单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-05-16	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-May-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	research paper	该研究通过整合分析来自10种癌症类型的超过1400万个细胞的空间转录组学和蛋白质组学数据，揭示了四种保守的癌症相关成纤维细胞（CAFs）空间亚型	发现了四种跨癌症类型和空间组学平台保守的CAF空间亚型，并揭示了它们在空间组织模式、邻近细胞组成、互作网络和转录组特征上的差异	研究涉及10种癌症类型，但未涵盖所有癌症类型，且样本量虽大但可能仍存在某些癌症类型的代表性不足	探索癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤微环境中的空间异质性及其对肿瘤生物学和免疫生物学的影响	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics, proteomics	NA	spatial omics data	超过1400万个细胞，来自10种癌症类型
282	2025-05-16	Construction of a novel CD8T cell-related index for predicting clinical outcomes and immune landscape in ovarian cancer by combined single-cell and RNA-sequencing analysis 2025-May-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02582-4 PMID:40354001	研究论文	通过结合单细胞和RNA测序分析，构建了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），用于预测卵巢癌的临床结果和免疫景观	开发了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），能够准确预测卵巢癌患者的预后并区分具有不同免疫景观特征的患者	研究依赖于特定的数据集（如EMTAB8107、TCGA-OV等），可能限制了结果的广泛适用性	探索CD8T细胞相关生物标志物在预测卵巢癌预后和免疫治疗效果中的潜在作用	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序、RNA测序	机器学习	测序数据	多个卵巢癌队列（EMTAB8107、TCGA-OV、GSE26712、GSE26193）
283	2025-05-16	Multi-omics identify ribosome related causal genes methylation, splicing, and expression in prostate cancer 2025-May-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02584-2 PMID:40354008	研究论文	该研究通过整合多组学数据，探讨了核糖体相关基因与前列腺癌之间的关联	首次使用SMR和共定位分析结合单细胞分析，揭示了核糖体相关基因NSUN4和MPHOSPH6在前列腺癌中的因果作用	研究样本主要来自特定数据库(FinnGen等)，可能限制了结果的普适性	探究核糖体相关基因在前列腺癌发生发展中的作用机制	前列腺癌患者的多组学数据(基因组学、转录组学)	生物信息学	前列腺癌	SMR分析、共定位分析、单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	来自The Prostate Cancer Association Group和FinnGen研究的汇总数据
284	2025-05-16	High-resolution spatial transcriptomics and cell lineage analysis reveal spatiotemporal cell fate determination during craniofacial development 2025-May-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59206-2 PMID:40355462	研究论文	该研究通过高分辨率空间转录组学和细胞谱系分析，揭示了小鼠腭发育过程中颅神经嵴细胞(CNCCs)衍生的间充质细胞谱系多样化的时空动态	首次构建了小鼠腭发育过程中CNCCs衍生间充质细胞的高分辨率时空转录组图谱，并发现Sox9+间充质祖细胞群在腭发育起始时就存在异质性	研究仅针对小鼠模型，人类腭发育可能存在差异	阐明颅面发育过程中细胞命运决定的时空调控机制	小鼠胚胎颅神经嵴细胞(CNCCs)及其衍生的间充质细胞	发育生物学	NA	高分辨率空间转录组学、细胞谱系追踪	NA	转录组数据、空间定位数据	E10.5至E15.5的小鼠胚胎样本
285	2025-05-16	IL-11/IL-11R signal inhibition by 9MW3811 remodels immune tumor microenvironment and enhances anti-tumor efficacy of PD-1 blockade 2025-May-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00913-w PMID:40355638	research paper	该研究介绍了一种名为9MW3811的单克隆抗体，通过抑制IL-11/IL-11R信号通路，重塑肿瘤免疫微环境并增强PD-1阻断疗法的抗肿瘤效果	9MW3811作为一种新型单克隆抗体，能够有效中和IL-11，并通过调节肿瘤微环境中的免疫细胞功能，增强PD-1阻断疗法的疗效，特别是在PD-1无应答模型中表现出协同效应	研究主要基于小鼠模型，临床效果尚需进一步验证	探索IL-11信号通路抑制在抗肿瘤治疗中的作用及其与PD-1阻断疗法的协同效应	IL-11信号通路、肿瘤微环境、CD8+ T细胞	肿瘤免疫治疗	癌症	单克隆抗体技术、单细胞RNA-seq分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	多种小鼠肿瘤模型
286	2025-05-16	INHBA+ macrophages and Pro-inflammatory CAFs are associated with distinctive immunosuppressive tumor microenvironment in submucous Fibrosis-Derived oral squamous cell carcinoma 2025-May-12, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14261-2 PMID:40355814	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中独特的免疫抑制肿瘤微环境	首次揭示了INHBA+巨噬细胞和促炎性CAFs在口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中的免疫抑制作用及其与ACVR1/ACVR2A/ACVR2B的相互作用	研究主要基于转录组学和免疫荧光数据，缺乏体内功能验证实验	阐明口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中免疫抑制肿瘤微环境的特征	口腔鳞状细胞癌(OSCC)和口腔黏膜下纤维化(OSF)衍生的OSCC(ODSCC)	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫荧光染色	NA	转录组数据, 空间分布数据	来自GEO数据库的scRNA-seq和ST数据
287	2025-05-16	TCREMP: a bioinformatic pipeline for efficient embedding of T-cell receptor sequences from immune repertoire and single-cell sequencing data 2025-May-12, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169205 PMID:40368275	研究论文	介绍了一个名为TCREMP的生物信息学流程，用于从免疫库和单细胞测序数据中高效嵌入T细胞受体序列	开发了TCREMP流程，通过将TCR氨基酸序列数字化，基于其与常见观察序列的相似性，为比较分析提供参考点，并有助于解码TCR库样本中的抗原特异性预测	NA	改进TCR测序数据的处理，并用于追踪抗原特异性	T细胞受体（TCR）序列	生物信息学	NA	高通量测序，单细胞测序	NA	序列数据	NA
288	2025-05-16	Activated Schwann cells promote tumor growth in colon cancer 2025-May-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217791 PMID:40349909	research paper	该研究揭示了激活的雪旺细胞在结肠癌中的关键作用及其通过c-Jun依赖的机制促进肿瘤生长	首次发现肿瘤相关非髓鞘雪旺细胞在结肠癌中的增加及其与临床不良预后的关联，揭示了c-Jun在雪旺细胞激活和肿瘤促进中的核心作用	未明确雪旺细胞激活的具体上游信号通路，且体内实验模型可能需要进一步验证	探究雪旺细胞在结肠癌进展中的作用机制	结肠癌组织中的雪旺细胞	肿瘤微环境研究	结肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、共培养实验、基因敲除	NA	基因表达数据、临床数据	结肠癌组织样本与正常组织样本的比较
289	2025-05-16	Landscape of spatial disruption of homeostasis in the middle temporal gyrus of epileptic patients 2025-May-09, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149688 PMID:40350141	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了癫痫患者中颞叶回的空间稳态破坏的细胞和分子机制	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了癫痫患者中颞叶回的细胞和空间转录组变化，并鉴定了与空间稳态破坏相关的关键基因	样本量较小，且仅针对中颞叶回进行研究，未涵盖其他脑区	阐明癫痫患者中颞叶回的细胞和空间转录组变化及其与癫痫的关系	癫痫患者的中颞叶回组织	神经科学	癫痫	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、空间转移张量（STT）算法	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	癫痫患者和对照组的中颞叶回组织样本
290	2025-05-16	The analysis of X chromosome activity of porcine embryonic stem Cells: Study based on parthenogenetic embryonic stem cells with LCDM medium 2025-May-09, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2025.117479 PMID:40367543	研究论文	本研究旨在通过LCDM培养基从猪囊胚期胚胎中建立猪胚胎干细胞系，并从X染色体活性的角度分析其特征	首次在猪孤雌生殖胚胎干细胞中观察到X染色体侵蚀样状态，并发现X染色体活性与干细胞多能性状态密切相关	猪原始态胚胎干细胞系尚未成功建立，且缺乏标准化的表征和评估标准	建立猪胚胎干细胞系并研究X染色体活性与干细胞多能性的关系	猪孤雌生殖胚胎干细胞(ppLCDM)	干细胞生物学	NA	XIST RNA-FISH、免疫荧光染色、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	分子标记数据、表观遗传特征数据	NA
291	2025-05-16	IFN-γ and donor leukocyte infusions for relapsed myeloblastic malignancies after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.190655 PMID:40131369	research paper	该研究探讨了IFN-γ联合供体白细胞输注(DLI)在异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤中的安全性和初步疗效	首次在临床试验中评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发髓系恶性肿瘤的效果，并使用单细胞RNA测序(scRNA-Seq)分析IFN-γ对恶性髓系原始细胞的体内作用	样本量较小(n=7)，需要更大规模的研究来验证疗效	评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发髓系恶性肿瘤的安全性和初步疗效	异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病或骨髓增生异常综合征患者	血液肿瘤学	急性髓系白血病, 骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	临床数据, 单细胞RNA测序数据	7名患者
292	2025-05-16	Genomic evolution reshapes cell-type diversification in the amniote brain 2025-May-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.014 PMID:40367951	research paper	该研究通过单细胞分辨率空间转录组学技术，构建了乌龟、斑胸草雀、鸽子、小鼠和猕猴端脑及小脑的全面单细胞图谱，揭示了羊膜动物大脑细胞类型在进化中的保守性和多样性	首次在跨物种水平上系统比较了羊膜动物大脑细胞类型的进化特征，发现了鸟类与哺乳类在兴奋性神经元和小脑细胞类型上的显著差异，并鉴定出鸟类特有的浦肯野细胞亚型	研究仅涵盖部分代表性物种，可能无法完全反映所有羊膜动物的进化特征	探索羊膜动物大脑复杂性和认知功能进化的遗传机制	乌龟、斑胸草雀、鸽子、小鼠和猕猴的端脑及小脑细胞	基因组学	NA	单细胞分辨率空间转录组学	NA	单细胞基因表达数据	超过130万个细胞
293	2025-05-16	Subtypes of tumor-associated neutrophils and their roles in cancer immunotherapy 2025-May-05, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104763 PMID:40334802	review	本文综述了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在癌症免疫治疗中的亚型及其作用	总结了单细胞测序揭示的TAN亚型多样性，并探讨了促肿瘤和抗肿瘤亚群的区别与共性	缺乏全面的TAN分类系统	探讨TAN亚群在癌症免疫治疗中的变化及其作用	肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
294	2025-05-16	snPATHO-seq: A Detailed Protocol for Single Nucleus RNA Sequencing From FFPE 2025-May-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5291 PMID:40364991	research paper	介绍了一种名为snPATHO-seq的稳健且适应性强的单核RNA测序方法，用于从FFPE组织中生成高质量的转录组数据	snPATHO-seq通过优化的核分离和10× Genomics Flex检测，有效减少了组织碎片并保持了RNA完整性，优于现有的FFPE工作流程	未明确提及方法的局限性	开发一种能够从FFPE组织中生成高质量单核转录组数据的方法，以推动单细胞组学在转化和临床研究中的应用	FFPE组织样本，包括乳腺癌等疾病组织	单细胞组学	乳腺癌	单核RNA测序（snRNA-seq），10× Genomics Flex检测	NA	转录组数据	多样化的FFPE样本，包括疾病组织
295	2025-05-16	Intercellular communication after myocardial infarction: Macrophage as the centerpiece 2025-May-02, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102757 PMID:40320153	review	本文综述了心肌梗死后巨噬细胞亚群的动态变化及其在细胞间通讯中的核心作用，探讨了针对巨噬细胞的靶向治疗策略	揭示了巨噬细胞亚群在心肌梗死后不同时期的动态变化及其功能特性，特别关注了乳酸化修饰在巨噬细胞亚群转化和细胞间通讯中的调控潜力	NA	探讨心肌梗死后巨噬细胞亚群的动态变化及其在细胞间通讯中的核心作用，为心肌梗死的临床治疗提供新思路	心肌梗死后巨噬细胞亚群及其与心肌细胞、中性粒细胞、成纤维细胞、内皮细胞等其他心脏细胞的相互作用	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达谱	NA
296	2025-05-16	CALB1 and RPL23 Are Essential for Maintaining Oocyte Quality and Function During Aging 2025-May, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14466 PMID:39748132	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和蛋白质组分析，揭示了衰老卵母细胞中钙离子稳态失调的关键机制，并确定了Calb1和Rpl23两个基因在卵母细胞衰老过程中的重要作用	首次在单细胞分辨率下揭示了衰老卵母细胞中钙离子稳态失调的机制，并确定了Calb1和Rpl23两个关键基因的功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类卵母细胞中验证	探究卵母细胞衰老的分子机制	年轻和老年雌性小鼠的卵母细胞	生殖生物学	生殖健康问题	单细胞转录组测序	小鼠模型	转录组数据	年轻和老年雌性小鼠的卵母细胞
297	2025-05-16	Revealing VCAN as a Potential Common Diagnostic Biomarker of Renal Tubules and Glomerulus in Diabetic Kidney Disease Based on Machine Learning, Single-Cell Transcriptome Analysis and Mendelian Randomization 2025-May, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0233 PMID:39849979	research paper	该研究通过机器学习、单细胞转录组和孟德尔随机化方法，揭示了VCAN作为糖尿病肾病肾小管和肾小球共同诊断生物标志物的潜力	首次将VCAN识别为糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断标志物，并通过多种方法验证其诊断价值	未提及样本量大小，且仅针对糖尿病肾病进行研究	寻找糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断生物标志物	糖尿病肾病患者的肾小球和肾小管组织	machine learning	diabetic kidney disease	单细胞转录组分析、孟德尔随机化	NA	基因表达数据	NA
298	2025-05-16	Transcriptional Heterogeneity and Differential Response of Rod Photoreceptor Pathway Uncovered by Single-Cell RNA Sequencing of the Aging Mouse Retina 2025-May, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70001 PMID:39954235	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究小鼠视网膜衰老过程中的转录异质性和视杆细胞通路的差异反应	揭示了视网膜衰老过程中不同细胞类型的转录失调动态，并发现了视杆细胞和双极细胞的转录异质性亚群	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究视网膜衰老的分子机制，寻找与衰老相关视力障碍的生物标志物	小鼠视网膜	生物医学	老年性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3、12、18和24个月大的小鼠视网膜
299	2025-05-16	CTHRC1 expresses in cancer-associated fibroblasts and is associated with resistance to anti-androgen therapy in prostate cancer 2025-May, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01624-z PMID:40009323	research paper	本研究探讨了CTHRC1在前列腺癌中的表达及其对治疗抵抗的影响	首次揭示了CTHRC1在前列腺癌相关成纤维细胞中的表达及其与抗雄激素治疗抵抗的关联	研究主要基于公开数据库数据，缺乏实验验证	探索CTHRC1在前列腺癌中的表达及其对预后和治疗的影响	前列腺癌组织和正常前列腺组织	digital pathology	prostate cancer	RNA-seq, 单细胞RNA测序, CIBERSORT算法	NA	RNA测序数据, 免疫组织化学数据	1999例前列腺癌病例和531例正常对照，以及来自7个前列腺原发肿瘤的62,995个细胞的单细胞RNA测序数据
300	2025-05-16	Randomized phase 2 trial of pembrolizumab alone or in combination with low dose chemotherapy for patients with non-small cell lung cancer and poor performance status 2025-May, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108513 PMID:40203764	研究论文	比较单药pembrolizumab与pembrolizumab联合低剂量化疗在非小细胞肺癌（NSCLC）且体能状态较差患者中的疗效	首次在体能状态较差的NSCLC患者中比较了单药免疫治疗与免疫联合低剂量化疗的疗效，并探索了生物标志物对治疗反应的预测作用	样本量较小（43例患者），且生物标志物分析仅基于部分患者的可选血液样本	评估免疫治疗单独或联合低剂量化疗对体能状态较差的晚期NSCLC患者的疗效	晚期非小细胞肺癌且ECOG体能状态评分为2的患者	肿瘤学	非小细胞肺癌	流式细胞术、单细胞测序	NA	临床数据、血液样本	43例患者（每组20例可评估疗效）