单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-05-01	Mixed exposure to PFOA and PFOS induces oocyte apoptosis and subfertility in mice by activating the Hippo signaling pathway 2025-Mar, Reproductive toxicology (Elmsford, N.Y.) DOI:10.1016/j.reprotox.2024.108829 PMID:39746460	研究论文	研究PFOA和PFOS混合物通过激活Hippo信号通路诱导小鼠卵母细胞凋亡和生育能力下降的机制	首次揭示了PFOA和PFOS混合物通过激活Hippo信号通路导致卵母细胞凋亡和生育能力下降的具体机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究PFOA和PFOS混合物对卵母细胞质量和雌性生育能力的影响机制	雌性小鼠及其卵母细胞	生殖毒理学	生育障碍	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
282	2025-05-01	Lymphocytes-Associated Extracellular Vesicles Activate Natural Killer Cells in HNSCC 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16440 PMID:39749376	研究论文	研究头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中淋巴细胞相关的小细胞外囊泡（sEVs）如何激活自然杀伤细胞（NK细胞）	揭示了sEVs中RNA货物的异质性，并发现T细胞通过sEVs间接增强NK细胞的细胞毒性能力	研究结果基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和算法限制的影响	探索HNSCC中sEVs的异质性及其在抗肿瘤免疫中的作用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的小细胞外囊泡（sEVs）和自然杀伤细胞（NK细胞）	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	SEVtras算法	RNA测序数据	NA
283	2025-05-01	Persistent pre-exhausted CD8+ T cells shape the tumor immune microenvironment in anaplastic thyroid cancer 2025-Mar-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2 DOI:10.1530/ERC-24-0169 PMID:39752183	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析未分化甲状腺癌(ATC)和乳头状甲状腺癌(PTC)的肿瘤免疫微环境，重点关注预耗竭CD8+ T细胞的流行情况及生物标志物	发现预耗竭CD8+ T细胞在ATC中普遍存在，并鉴定出GNLY作为其潜在生物标志物	未来研究需要探索GNLY及其他已鉴定生物标志物在调节甲状腺癌免疫反应中的功能意义	了解甲状腺癌肿瘤免疫微环境的细胞和基因表达动态，为开发靶向免疫疗法提供依据	未分化甲状腺癌(ATC)和乳头状甲状腺癌(PTC)的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光染色, 共培养实验	NA	单细胞转录组数据	多个独立的ATC和PTC单细胞转录组数据集
284	2025-05-01	Longitudinal single-cell RNA sequencing reveals a heterogeneous response of plasma cells to colonic inflammation 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139307 PMID:39753172	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示了浆细胞在结肠炎症中的异质性反应	首次使用单细胞RNA测序技术分析了浆细胞在炎症不同阶段的动态变化，并鉴定了关键基因和转录因子	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究浆细胞在结肠炎症中的动态变化及其分子机制	DSS诱导的小鼠结肠炎模型中的浆细胞	单细胞测序	结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	6周龄雄性C57BL/6小鼠
285	2025-05-01	Analysis of multi-condition single-cell data with latent embedding multivariate regression 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01996-0 PMID:39753773	研究论文	本文介绍了一种名为潜在嵌入多元回归（LEMUR）的模型，用于分析多条件单细胞RNA测序数据，无需预先进行离散分类	LEMUR模型能够在无需预先进行离散分类的情况下，整合不同条件下的数据，预测细胞基因表达变化，并识别具有一致差异表达的细胞邻域	未明确提及具体局限性	开发一种新的分析方法，用于识别异质组织中不同条件下的基因表达差异	单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症、阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	潜在嵌入多元回归（LEMUR）	基因表达数据	NA
286	2025-05-01	LncRNA-MEG3/miR-93-5p/SMAD7 axis mediates proliferative and inflammatory phenotypes of fibroblast-like synoviocytes in rheumatoid arthritis 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139390 PMID:39755314	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA和批量RNA测序数据集，揭示了类风湿性关节炎（RA）滑膜的细胞景观、分化轨迹、转录组特征和免疫浸润特征，并探讨了MEG3在RA加重和逆转中的作用及机制	首次揭示了MEG3/miR-93-5p/SMAD7轴在RA滑膜成纤维细胞增殖和炎症表型中的调控作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨RA的发病机制及潜在治疗靶点	RA滑膜组织和滑膜成纤维细胞	分子生物学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
287	2025-05-01	Microglial Responses to Alzheimer's Disease Pathology: Insights From "Omics" Studies 2025-Mar, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24666 PMID:39760224	综述	本文回顾了关于小胶质细胞在阿尔茨海默病(AD)病理中反应的研究，特别是通过多种'组学'技术在小鼠模型中的应用	综合分析了多种'组学'技术在小胶质细胞表型和分子模式研究中的应用，为AD病理机制提供了新的见解	主要基于小鼠模型研究，可能无法完全反映人类AD的复杂性	阐明小胶质细胞在AD发病机制中的作用	小胶质细胞在AD中的反应	神经科学	阿尔茨海默病	转录组学、表观基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、脂质组学和代谢组学	小鼠AD模型	组学数据	NA
288	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing in ovarian cancer: Current progress and future prospects 2025-Mar, Progress in biophysics and molecular biology DOI:10.1016/j.pbiomolbio.2025.01.002 PMID:39778630	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卵巢癌研究中的应用、进展及未来前景	填补了现有研究中缺乏对多篇利用scRNA-seq技术研究卵巢癌的文献进行综合比较和总结的空白	讨论了scRNA-seq在卵巢癌研究中的局限性及未来发展方向	总结和比较不同研究中使用scRNA-seq技术探索卵巢癌发展、异质性、肿瘤微环境和治疗抵抗的结果	卵巢癌	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
289	2025-05-01	Integrated analyses uncover new features of atypical memory B cells and novel targets for intervention 2025-03, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152877 PMID:39938454	研究论文	本研究通过整合分析揭示了非典型记忆B细胞（AMB）的新特征及其在系统性风湿病中的致病作用	首次通过单细胞RNA测序和CyTOF技术全面描述了AMB的转录组特征和免疫表型，并揭示了其在系统性风湿病中的参与机制	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证AMB的具体功能机制	阐明AMB的生物学特征及其在系统性风湿病中的作用	非典型记忆B细胞（AMB）及其在系统性红斑狼疮（SLE）、类风湿关节炎（RA）和干燥综合征（SjS）患者中的变化	免疫学	系统性风湿病（包括SLE、RA和SjS）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CyTOF技术、生物信息学分析	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但涉及SLE、RA和SjS患者的血液和组织样本
290	2025-05-01	Deciphering key roles of B cells in prognostication and tailored therapeutic strategies for lung adenocarcinoma: a multi-omics and machine learning approach towards predictive, preventive, and personalized treatment strategies 2025-Mar, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-024-00390-4 PMID:39991096	研究论文	本研究利用多组学和机器学习方法揭示了B细胞在肺腺癌中的预后作用，并开发了一个预测模型以支持个性化治疗策略	首次整合多组学数据和机器学习算法，开发了Scissor+相关B细胞评分（SRBS），用于预测肺腺癌患者的预后和个性化治疗反应	研究结果需要在更大规模的患者队列中进行验证，且实验验证部分仅限于LDHA基因	探索B细胞在肺腺癌预后中的作用，并开发个性化治疗策略	肺腺癌患者及其肿瘤微环境中的B细胞	数字病理学	肺腺癌	多组学分析（包括bulk RNA、ATAC-seq、单细胞RNA和空间转录组测序）和机器学习	多种机器学习算法的集成模型	多组学数据（RNA-seq、ATAC-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组）	训练集和验证集中的肺腺癌患者样本（具体数量未明确说明）
291	2025-05-01	Modeling GATA2 deficiency in mice: the R396Q mutation disrupts normal hematopoiesis 2025-Mar, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02508-z PMID:39774796	研究论文	本研究描述了一种模拟GATA2缺陷的小鼠模型，探讨了R396Q突变对正常造血功能的破坏作用	首次建立了与GATA2缺陷相关白血病进展的Gata2突变小鼠模型，揭示了该突变在造血干细胞功能和亚群分布上的特异性影响	研究仅针对R396Q这一特定突变，可能无法完全代表所有GATA2缺陷的病理机制	探究GATA2缺陷导致白血病转化的分子机制	Gata2 R396Q突变小鼠模型	血液病学	白血病	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	基因表达数据	未明确说明具体数量，使用突变小鼠模型进行研究
292	2025-05-01	Droplet microfluidics: unveiling the hidden complexity of the human microbiome 2025-Feb-25, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00877d PMID:39775305	综述	本文综述了微滴微流控技术在人类微生物组研究中的应用及其潜力	强调了微滴微流控技术在单细胞测序、不可培养微生物的分离与培养以及微生物活动与相互作用研究中的关键作用	未具体提及该技术的局限性	探讨微滴微流控技术在微生物组研究中的应用及其对健康和疾病理解的潜在影响	人类微生物组	微生物组学	NA	微滴微流控技术、单细胞测序技术、基因组和RNA测序	NA	微生物组数据	NA
293	2025-05-01	Spatial proteomics reveals sirtuin 1 to be a determinant of T-cell infiltration in human melanoma 2025-Feb-18, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae433 PMID:39739311	research paper	该研究通过空间蛋白质组学技术揭示了SIRT1在人类黑色素瘤中作为T细胞浸润的决定因素	结合多种技术手段（显微镜、质谱成像、液相色谱-质谱联用及计算数据挖掘）首次系统解析了黑色素瘤中T细胞浸润区的蛋白质组特征，并发现SIRT1的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床样本验证仍需进一步开展	揭示免疫检查点抑制剂治疗反应的肿瘤微环境调控机制	人类黑色素瘤组织样本及小鼠黑色素瘤模型	digital pathology	melanoma	显微镜技术、MALDI质谱成像、LC-MS、单细胞RNA测序	小鼠同源移植模型	蛋白质组数据、转录组数据、影像数据	未明确说明人类样本量，使用两种小鼠黑色素瘤模型
294	2025-05-01	PTN secreted by cardiac fibroblasts promotes myocardial fibrosis and inflammation of pressure overload-induced hypertrophic cardiomyopathy through the PTN-SDC4 pathway 2025-Feb-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123356 PMID:39765325	研究论文	探讨心脏成纤维细胞分泌的PTN通过PTN-SDC4通路促进压力超负荷诱导的肥厚型心肌病的心肌纤维化和炎症	揭示了PTN-SDC4通路在压力超负荷诱导的肥厚型心肌病中的作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索肥厚型心肌病中心脏成纤维细胞和巨噬细胞之间的细胞间通讯网络	肥厚型心肌病小鼠模型	心血管疾病研究	肥厚型心肌病	单细胞RNA测序、RT-qPCR、Edu染色、transwell实验、western blot、免疫荧光实验、CCK-8、H&E染色、超声心动图	TAC小鼠模型	RNA-seq数据	GSE137167数据集中的单细胞RNA测序数据
295	2025-05-01	SPP1-mediated M2 macrophage polarization shapes the tumor microenvironment and enhances prognosis and immunotherapy guidance in nasopharyngeal carcinoma 2025-Feb-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113944 PMID:39742726	研究论文	本研究探讨了SPP1在鼻咽癌肿瘤微环境中的作用，并建立了一个基于机器学习的SPP1驱动的M2巨噬细胞特征来预测患者预后	揭示了SPP1在鼻咽癌中通过CD44/JAK2/STAT3信号通路促进M2巨噬细胞极化的机制，并建立了首个SPP1相关的M2巨噬细胞特征模型	研究主要基于体外实验和回顾性数据分析，需要进一步临床验证	阐明SPP1在鼻咽癌肿瘤微环境中的作用机制并开发预后预测工具	鼻咽癌患者样本和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	鼻咽癌	转录组分析、单细胞RNA测序、机器学习	机器学习框架	转录组数据、单细胞数据	福建肿瘤医院鼻咽癌队列、GEO数据库数据集和单细胞RNA测序数据集
296	2025-05-01	Unveiling the role of ACTL6A in uveal melanoma metastasis and immune microenvironment 2025-Feb-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113841 PMID:39746274	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨ACTL6A在葡萄膜黑色素瘤（UM）转移和免疫微环境中的作用及其临床价值	发现ACTL6A下调与UM预后不良相关，并鉴定出一种新型免疫细胞簇与UM转移相关	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	预测和评估ACTL6A在UM预后和发展中的可能机制和临床价值	葡萄膜黑色素瘤（UM）	生物信息学	葡萄膜黑色素瘤	生物信息学分析、scRNA-seq、QUANTISEQ、MCP-counter	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	来自TCGA和8个GSE数据库的数据
297	2025-05-01	Shared chemoresistance genes in ESCC and cervical Cancer: Insights from pharmacogenomics and Mendelian randomization 2025-Feb-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113933 PMID:39755112	研究论文	通过药物基因组学和孟德尔随机化方法，研究食管鳞状细胞癌和宫颈癌中共有的化疗耐药基因	利用单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，首次发现CD8+T效应记忆细胞在两种癌症化疗耐药中的关键作用，并鉴定出三个与耐药相关的基因	研究主要基于遗传学分析，需要进一步的实验验证这些基因在临床治疗中的具体作用机制	探索食管鳞状细胞癌和宫颈癌中共有的化疗耐药机制	食管鳞状细胞癌(ESCC)和宫颈癌患者	药物基因组学	食管鳞状细胞癌, 宫颈癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR), MTT实验, 免疫组化	Wald比率法, 逆方差加权法, MR-Egger, 加权中位数分析	基因表达数据, 基因组关联研究数据	多个队列的耐药样本
298	2025-05-01	Comparison of differences in transcriptional and genetic profiles between intra-central nervous system and extra-central nervous system large B-cell lymphoma 2025-Feb, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101119 PMID:39733690	研究论文	比较中枢神经系统内外大B细胞淋巴瘤在转录和遗传特征上的差异	通过单细胞RNA测序和全外显子测序，揭示了PCNS-DLBCL特有的B细胞亚群和突变特征，以及免疫抑制性肿瘤微环境	样本量相对较小（93例患者），且未涉及功能实验验证发现的分子机制	探索PCNS-DLBCL的特定发病机制和治疗靶点	PCNS-DLBCL、SCNS-DLBCL和ecDLBCL患者的肿瘤样本	肿瘤基因组学	非霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序、全外显子测序	NA	转录组数据、基因组数据	93例患者肿瘤样本
299	2025-05-01	KLF2-dependent transcriptional regulation safeguards the heart against pathological hypertrophy 2025-Feb, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.12.010 PMID:39733990	research paper	该研究揭示了转录因子KLF2在心肌细胞生物学中的保护作用，特别是在心脏肥大过程中的负调控作用	首次证明KLF2作为心脏肥大的负调控因子，并揭示了辛伐他汀通过提升KLF2表达缓解心肌细胞肥大的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外心肌细胞模型，人类心脏肥大的直接证据尚需进一步研究	探索KLF2在心肌细胞生物学中的作用及其在心脏肥大中的调控机制	成年人类心脏心肌细胞、C57BL/6J小鼠、新生大鼠心室肌细胞和人胚胎干细胞衍生的心肌细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、RNA-seq、CUT&Tag分析	NA	RNA测序数据、基因表达数据	多种心肌细胞模型及小鼠模型
300	2025-05-01	Laser-capture microdissection for spatial transcriptomics of immunohistochemically detected neurons 2025-Feb, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.108150 PMID:39736395	研究论文	开发了一种名为'IHC/LCM-Seq'的空间转录组学方法，用于免疫组化检测的神经元	使用铝试剂和聚乙烯磺酸作为创新的RNA保存策略，保持RNA在4%甲醛固定脑切片中的完整性	NA	开发一种高灵敏度和准确性的批量测序方法，用于表征免疫组化标记神经元的转录组景观	免疫组化检测的神经元，特别是调节生殖的促性腺激素释放激素（GnRH）神经元	空间转录组学	NA	激光捕获显微切割（LCM），NextSeq Illumina平台测序	NA	RNA测序数据	成年雄性大鼠和小鼠的GnRH神经元