单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-05-03	A practical guide for choosing an optimal spatial transcriptomics technology from seven major commercially available options 2025-Jan-20, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11235-3 PMID:39833687	review	本文分析和比较了七种主要商业可用的空间转录组技术，以帮助研究人员根据其特定研究目标选择最合适的平台	提供了针对七种商业空间转录组技术的详细比较和选择指南	仅涵盖商业可用技术，可能未包括所有最新或实验性技术	帮助研究人员选择最适合其需求的空间转录组技术	七种商业可用的空间转录组技术	空间转录组学	NA	空间转录组技术	NA	RNA分子空间分布数据	NA
282	2025-05-03	Desmoglein-2 was a novel cancer-associated fibroblasts-related biomarker for oral squamous cell carcinoma 2025-Jan-20, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-024-05284-5 PMID:39833796	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析，识别出口腔鳞状细胞癌(OSCC)中与癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的生物标志物DSG2，并评估其预后价值	首次将DSG2鉴定为OSCC中CAFs相关的预后生物标志物，并揭示其与免疫治疗反应的相关性	研究样本量未明确说明，且机制研究有待深入	探索OSCC中CAFs相关的生物标志物及其临床意义	口腔鳞状细胞癌(OSCC)患者样本	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序(ScRNA-seq)、qPCR、western blot	Cox回归分析、受试者工作特征(ROC)分析	基因表达数据	未明确说明
283	2025-05-03	Gene function revealed at the moment of stochastic gene silencing 2025-Jan-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07530-0 PMID:39828795	research paper	介绍了一种名为scSGS的新方法，利用单细胞基因表达的自然变异性来解析基因功能	提出scSGS方法，通过分类转录活跃和沉默的细胞样本，识别差异表达基因来推断目标基因功能，避免了基因敲除和扰动研究中的生存偏差	NA	开发一种高效的方法来预测基因功能，减少基因功能研究中转基因动物的使用	基因表达和功能	genomics	NA	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
284	2025-05-03	Intercellular TIMP-1-CD63 signaling directs the evolution of immune escape and metastasis in KRAS-mutated pancreatic cancer cells 2025-Jan-18, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02207-4 PMID:39825392	research paper	研究揭示了KRAS突变的胰腺癌细胞通过TIMP-1-CD63信号通路逃避免疫清除和促进转移的机制	发现了早期浸润巨噬细胞通过TIMP-1-CD63信号维持ERKactiveDUSP2low癌细胞群的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证有限	探究KRAS突变上皮细胞获得免疫逃逸和转移能力的机制	KRAS突变的胰腺导管腺癌细胞	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、数字空间转录组分析	基因工程小鼠模型	RNA测序数据、空间转录组数据	人类和小鼠原代胰腺癌细胞系、临床PDAC样本
285	2025-05-03	Cortisol regulates neonatal lung development via Smoothened 2025-Jan-18, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03104-0 PMID:39827090	研究论文	研究揭示了皮质醇通过竞争性结合Smoothened（SMO）的富含半胱氨酸结构域（CRD）来调节胆固醇对SMO的刺激，从而调控新生小鼠肺成熟的新机制	首次发现皮质醇通过竞争性结合SMO的CRD结构域抑制Shh/SMO信号通路的激活，进而调控肺成纤维细胞的增殖和肺发育	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明皮质醇在新生儿肺发育中的保护机制	新生小鼠肺组织	分子生物学	新生儿呼吸窘迫综合征（NRDS）	分子对接模拟（Autodock）、体外结合实验、CRISPR-Cas9基因编辑、scRNA-seq、FISH	基因编辑小鼠模型（Smoa/a）	分子相互作用数据、基因表达数据、形态学数据	基因编辑小鼠模型及对照组的肺组织样本
286	2025-05-03	ERG mediates the differentiation of hepatic progenitor cells towards immunosuppressive PDGFRα+ cancer-associated fibroblasts during hepatocarcinogenesis 2025-Jan-18, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07270-9 PMID:39827226	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了肝祖细胞在炎症刺激下异常分化为PDGFRα+癌症相关成纤维细胞的机制及其在肝细胞癌免疫抑制微环境中的作用	首次发现肝祖细胞可通过TLR4受体激活MAPK信号通路和下游转录因子ERG分化为PDGFRα+ CAFs，并阐明这类CAFs在肿瘤微环境中的双重免疫调节作用	研究主要基于大鼠原发HCC模型，人类HCC中的验证仍需进一步研究	阐明肝细胞癌中免疫抑制微环境形成的机制	肝祖细胞和PDGFRα+癌症相关成纤维细胞	肿瘤微环境	肝细胞癌	单细胞测序	大鼠原发HCC模型	单细胞转录组数据	NA
287	2025-05-03	Inferring single-cell and spatial microRNA activity from transcriptomics data 2025-Jan-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07454-9 PMID:39827321	research paper	该研究介绍了一种名为miTEA-HiRes的方法，用于高分辨率评估单细胞和空间转录组数据中的miRNA活性	提出了一种新的方法miTEA-HiRes，能够在单细胞和空间转录组数据中高分辨率地评估miRNA活性	未明确提及方法的局限性	开发一种方法来评估miRNA在不同细胞群体和系统中的活性	单细胞转录组数据、特定类型的单细胞群体和空间转录组数据	生物信息学	多发性硬化症	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	转录组数据	外周血单核细胞（比较多发性硬化症患者和对照组）
288	2025-05-03	Distinct myeloid-derived suppressor cell populations in human glioblastoma 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abm5214 PMID:39818911	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，鉴定了人类胶质母细胞瘤中两种不同的髓系来源的抑制细胞（MDSC）群体，并揭示了它们与肿瘤细胞的相互作用机制	首次在IDH野生型胶质母细胞瘤中鉴定出两种功能不同的MDSC亚群（E-MDSC和M-MDSC），并发现E-MDSC与代谢性干细胞样肿瘤细胞在假栅栏区的空间共定位及相互调控关系	样本量相对有限（33例胶质瘤），且未深入探讨MDSCs在其他类型胶质瘤中的作用	阐明胶质瘤相关髓系细胞在肿瘤生长和免疫逃逸中的作用机制	人类胶质瘤组织中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	33例人类胶质瘤样本
289	2025-05-03	Real-world effectiveness and safety of oral azvudine versus nirmatrelvir‒ritonavir (Paxlovid) in hospitalized patients with COVID-19: a multicenter, retrospective, cohort study 2025-Jan-17, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02126-w PMID:39819859	研究论文	比较阿兹夫定与尼马特雷韦-利托那韦（Paxlovid）在住院COVID-19患者中的真实世界有效性和安全性	首次在大规模真实世界数据中比较阿兹夫定与Paxlovid的疗效和安全性，并发现阿兹夫定对肝细胞癌（HCC）患者的额外益处	研究为回顾性队列设计，可能存在选择偏倚	评估两种抗病毒药物在COVID-19住院患者中的临床效果差异	40,876名来自中国河南和新疆的COVID-19住院患者	临床医学	COVID-19	单细胞RNA测序，体外和体内实验	Cox回归模型	临床数据	40,876名住院患者（匹配后3,606名）
290	2025-05-03	Tissue-resident immune cells: from defining characteristics to roles in diseases 2025-Jan-17, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02050-5 PMID:39820040	review	本文综述了组织驻留免疫细胞（TRICs）的定义特征及其在健康和疾病中的作用	系统总结了所有TRIC类型的发育和功能特征，并探讨了其在疾病治疗中的潜在应用	未完全总结每种TRIC类型的起源、发育轨迹和细胞间交互作用，且缺乏对TRICs在疾病进展中的系统性概述	探讨组织驻留免疫细胞在健康和疾病中的主要作用及其治疗潜力	组织驻留免疫细胞（TRICs）	免疫学	NA	单细胞测序、时空组学	NA	NA	NA
291	2025-05-03	Single-cell transcriptome atlas of lamprey exploring Natterin- induced white adipose tissue browning 2025-Jan-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56153-w PMID:39820434	研究论文	本研究构建了一个包含604,460个细胞/核和70种细胞类型的七鳃鳗全面细胞图谱，探索了Natterin诱导的白色脂肪组织褐变	首次构建了七鳃鳗的全面细胞图谱，发现了与有颌脊椎动物同源的细胞类型，并揭示了Natterin在脂质代谢中的作用	研究仅基于14个七鳃鳗组织样本，样本量相对较小	探索脊椎动物细胞进化及脂肪组织可塑性和代谢调控	七鳃鳗的多种组织和细胞类型	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	604,460个细胞/核，来自14个七鳃鳗组织样本
292	2025-05-03	Single-cell profiling transcriptomic reveals cellular heterogeneity and cellular crosstalk in breast cancer lymphatic node, bone, and brain metastases 2025-Jan-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85531-z PMID:39820531	research paper	通过单细胞转录组分析揭示乳腺癌淋巴结、骨和脑转移的细胞异质性和细胞间通讯	利用单细胞测序数据首次系统分析了乳腺癌原发灶与淋巴结、骨和脑转移灶之间的细胞异质性，并发现了pCAFs在转移过程中的关键作用	样本量较小（原发灶n=4，淋巴结转移n=4，脑转移n=3，骨转移n=2），且数据来自公共数据库	探究乳腺癌转移过程中的细胞异质性和细胞间通讯机制	乳腺癌原发灶和转移灶（淋巴结、骨、脑）的微环境	digital pathology	breast cancer	single-cell sequencing, immunohistochemical staining, multispectral immunohistochemical staining	InferCNV, CellChat	transcriptomic data, image	13 samples (4 primary, 4 lymphatic node metastasis, 3 brain metastasis, 2 bone metastasis)
293	2025-05-03	Innovative treatment of age-related hearing loss using MSCs and EVs with Apelin 2025-Jan-17, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-09988-4 PMID:39820591	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术探索间充质干细胞（MSCs）及其外泌体（EVs）在治疗年龄相关性听力损失（ARHL）中的潜力	首次证明MSCs可分化为内耳细胞亚群，并通过EVs递送Apelin促进M2巨噬细胞极化，从而恢复听觉功能	研究仅在体外和小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索MSCs和EVs在治疗年龄相关性听力损失中的治疗效果	间充质干细胞（MSCs）、外泌体（EVs）和老年小鼠模型	再生医学	老年性疾病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	老年小鼠模型
294	2025-05-03	An atlas of neuropathic pain-associated molecular pathological characteristics in the mouse spinal cord 2025-Jan-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07506-0 PMID:39820760	研究论文	本研究通过整合空间转录组学、单核RNA测序和大块RNA测序，揭示了小鼠脊髓在神经病理性疼痛条件下的区域病理异质性	首次系统地展示了DRG神经元与脊髓背角神经元及胶质细胞之间的'跨组学对话'，揭示了神经病理性疼痛条件下通讯模式的改变	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	解析神经病理性疼痛的分子病理机制	小鼠脊髓和背根神经节	神经科学	神经病理性疼痛	空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)、大块RNA测序(bulk RNA-seq)	小鼠神经病理性疼痛模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用NP小鼠和假手术小鼠进行比较
295	2025-05-03	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2025-Jan-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01432-w PMID:39825401	meta-analysis	通过小鼠和人类前列腺单细胞转录组的元分析，揭示了组织退化、再生和癌症中广泛的上皮细胞可塑性	利用随机矩阵理论去噪数据集，建立了正常小鼠和人类前列腺的参考细胞类型分类，并使用最优输运方法比较了跨物种上皮细胞群体的转录组相似性	研究主要基于单细胞转录组数据，可能忽略了蛋白质水平或其他分子层面的变化	研究前列腺上皮细胞状态在组织稳态、肿瘤起始和进展中的动态变化	小鼠和人类前列腺组织	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	新的和先前发表的小鼠和人类前列腺组织的scRNA-seq数据集
296	2025-05-03	Single-cell analysis reveals Mycobacterium tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of permissive macrophages in infected mouse lungs 2025-Jan-17, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq8158 PMID:39813329	研究论文	通过单细胞分析揭示了结核分枝杆菌ESX-1在感染小鼠肺部促进许可性巨噬细胞积累的作用	首次使用多种单细胞RNA测序技术研究了ESX-1在MNP异质性和反应中的作用，并发现ESX-1依赖的免疫逃逸转录特征	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究结核分枝杆菌ESX-1分泌系统对肺部单核吞噬细胞招募和分化的影响	小鼠和鼠骨髓来源的巨噬细胞(BMDM)	感染免疫学	结核病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录数据	小鼠肺部组织和骨髓来源巨噬细胞
297	2025-05-03	Integrative genetics and multiomics analysis reveal mechanisms and therapeutic targets in vitiligo highlighting JAK STAT pathway regulation of CTSS 2025-Jan-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86134-4 PMID:39824912	研究论文	该研究通过整合多组学数据，揭示了白癜风发病机制及潜在治疗靶点，特别是JAK/STAT通路对CTSS的调控作用	整合GWAS、pQTL、eQTL、微阵列和单细胞RNA-seq等多组学数据，首次提出JAK/STAT通路通过调控CTSS参与黑素细胞抗原加工的新机制，并鉴定出ERBB3等5个可成药基因靶点	需进一步实验验证CTSS及相关基因的治疗潜力，结果尚未进行临床转化评估	阐明白癜风的遗传和分子机制，寻找潜在治疗靶点	白癜风患者的血液和皮肤病变组织	多组学整合分析	白癜风	GWAS-meta分析、分子对接、SMR分析、微阵列、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据	未明确样本量（包含GWAS、微阵列和单细胞RNA-seq数据集）
298	2025-05-03	Herpesviruses mimic zygotic genome activation to promote viral replication 2025-Jan-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55928-5 PMID:39814710	研究论文	该研究发现疱疹病毒通过模仿合子基因组激活（ZGA）来促进病毒转录和复制	揭示了疱疹病毒通过激活DUX4表达来模拟合子基因组激活，从而促进病毒转录和复制的新机制	研究主要基于HSV-1病毒，其他疱疹病毒亚科的验证可能不足	探究DNA病毒如何利用宿主细胞机制促进自身复制	疱疹病毒、乳头瘤病毒和Merkel细胞多瘤病毒	病毒学	病毒感染	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、纳米抗体构建	NA	单细胞测序数据	患者单细胞测序数据集
299	2025-05-03	Inhibition of Interleukin-40 prevents multi-organ damage during sepsis by blocking NETosis 2025-Jan-16, Critical care (London, England) DOI:10.1186/s13054-025-05257-2 PMID:39819454	研究论文	研究发现白细胞介素40（IL-40）在脓毒症中作为新的生物标志物和治疗靶点，通过阻断NETosis防止多器官损伤	首次揭示IL-40在脓毒症中的关键作用，并证明其通过调控中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）形成影响疾病进展	研究主要基于小鼠模型和有限的患者队列，需要更大规模的临床验证	探索脓毒症的新型生物标志物和治疗靶点	脓毒症患者和小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）	基因敲除小鼠模型	临床数据、实验数据	两个独立的脓毒症患者队列和实验小鼠
300	2025-05-03	Enhancing single-cell transcriptomics using interposed anchor oligonucleotide sequences 2025-Jan-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07474-5 PMID:39819888	research paper	该文章提出了一种改进的单细胞转录组学方法，通过在条形码和UMI之间插入锚定寡核苷酸序列来减少合成错误的影响	引入了锚定寡核苷酸序列的设计，显著减少了因合成不准确而需要丢弃的读数	NA	提高单细胞转录组学的准确性和效率	单细胞转录组学中的寡核苷酸捕获设计	单细胞测序	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA