单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-09-28	Integrated spatial transcriptomic profiling to dissect the cellular characteristics of tumor-associated tertiary lymphoid structures 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116250 PMID:40934085	研究论文	通过整合23种癌症的空间转录组数据构建泛癌TA-TLS图谱，揭示肿瘤相关三级淋巴结构的细胞特征与形成机制	首次构建泛癌TA-TLS空间转录组图谱，发现CCL19+血管周细胞的成纤维细胞功能及动脉内皮细胞通过Notch信号抑制获得高内皮静脉样表型的新机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有待加强	解析肿瘤相关三级淋巴结构（TA-TLS）的细胞特征、空间组织及其形成成熟机制	23种癌症的肿瘤相关三级淋巴结构	空间转录组学	泛癌研究（多种癌症）	空间转录组学、生物信息学分析、体外实验	NA	空间转录组数据	涵盖23种癌症类型的多癌种数据集
282	2025-09-28	Innate Immune-Cloaked Microgel-Coated Mesenchymal Stromal Cells Reverse Persistent Pulmonary Fibrosis via Reparative Macrophages 2025-Sep-23, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202504590 PMID:40984773	研究论文	本研究开发了一种先天免疫伪装微凝胶包被的间充质基质细胞，用于治疗持续性肺纤维化	通过微凝胶包被和CD47自身标记激动剂功能化，使治疗细胞逃逸组织驻留巨噬细胞的清除，并发现过渡性抗原呈递巨噬细胞亚群介导修复效应	NA	开发新型细胞疗法逆转持续性肺纤维化	间充质基质细胞和肺纤维化模型	组织工程与再生医学	肺纤维化	单细胞RNA测序	细胞工程平台	基因表达数据	NA
283	2025-09-28	Tertiary lymphoid structures in Merkel cell carcinoma facilitate naïve and central memory T-cell infiltration linked to immunotherapy response 2025-Sep-23, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012224 PMID:40992783	研究论文	本研究通过多组学分析揭示默克尔细胞癌中三级淋巴结构通过招募初始和中央记忆T细胞促进免疫治疗反应的机制	首次在MCC中结合空间转录组学和TCR克隆型映射，证实TLS作为 naïve T细胞进入门户的功能及其与免疫治疗响应的直接关联	样本量较小（27例患者），且为观察性研究难以确立因果关系	阐明三级淋巴结构在默克尔细胞癌免疫微环境中的作用机制	27例接受免疫检查点抑制剂治疗的默克尔细胞癌患者肿瘤组织	数字病理	默克尔细胞癌	转录组测序、多重免疫可视化分析、TCR克隆型映射、空间转录组学、WGCNA	NA	组织样本、转录组数据、空间转录组数据	27例MCC患者治疗前肿瘤样本
284	2025-09-28	Spatial regulation of CD8+ T cells at the HLA-E-NKG2A axis drives HIV persistence in lymph node B cell follicles 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116181 PMID:40849901	研究论文	本研究通过空间转录组学和高维组织细胞计量技术，揭示了HIV在淋巴结B细胞滤泡中持续存在的免疫调控机制	首次发现HLA-E-NKG2A轴通过空间调控CD8+ T细胞功能驱动HIV免疫逃逸的新机制	研究样本局限于HIV感染者，未涉及其他免疫疾病模型的验证	探究淋巴结B细胞滤泡中HIV病毒库的免疫逃逸机制	HIV感染者的淋巴结组织样本	免疫学	HIV/AIDS	空间转录组学、高维组织细胞计量、FACS分析	NA	空间转录组数据、流式细胞数据、组织切片数据	不同抗逆转录病毒治疗阶段的HIV感染者淋巴结样本
285	2025-09-28	Distinct roles for NF-κB in hematopoietic stem cells and the bone marrow milieu in promoting hematopoietic aging 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116193 PMID:40875292	研究论文	本研究通过NF-κB活性升高实验模型揭示其在造血衰老中的双重作用机制	首次明确区分NF-κB在造血干细胞自主功能与骨髓微环境中的不同作用，并建立单细胞RNA测序标记框架进行跨物种验证	实验模型为基因修饰小鼠，与自然衰老过程可能存在差异	解析炎症信号通路NF-κB在造血衰老表型形成中的具体作用机制	造血干细胞(HSC)及骨髓微环境	造血干细胞生物学	衰老相关血液疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表观基因组学、转录组学分析	IκB缺陷小鼠模型	基因表达数据、功能实验数据	小鼠模型及人类HSC数据集（具体数量未明确说明）
286	2025-09-28	Junctional adhesion molecule C limits glioblastoma stem-like cell invasion by regulating integrin adhesion at the endothelial interface 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116194 PMID:40875295	研究论文	本研究揭示了连接粘附分子C（JAMC）通过调节整合素粘附在胶质母细胞瘤干细胞样细胞（GSCs）与内皮界面相互作用中的关键抑制作用	首次发现JAMC通过调控整合素-SHARPIN轴限制GSCs在内皮界面的粘附和侵袭行为	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究胶质母细胞瘤干细胞样细胞与内皮细胞相互作用的分子机制	胶质母细胞瘤干细胞样细胞（GSCs）和内皮细胞	癌症生物学	胶质母细胞瘤	脱细胞基质、共培养、器官型脑切片、空间转录组学、定量蛋白质组学	NA	分子生物学数据、转录组数据、蛋白质组数据	小鼠模型和人类样本（具体数量未明确说明）
287	2025-09-28	Single-cell transcriptomic reconstruction of the human hair cycle: Capturing the temporal dynamics of skin tissue remodeling 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116196 PMID:40884793	研究论文	通过单细胞转录组测序重建人类毛发生长周期的时空动态变化	首次建立人类毛发周期的伪时间序列模型，揭示16种细胞群体在组织重塑中的动态基因表达	样本量有限（19个皮肤组织），仅包含单个毛囊样本	解析人类皮肤组织重塑过程中的分子和细胞机制	人类皮肤组织中的毛囊及相关细胞群体	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	伪时间序列分析	单细胞转录组数据	19个人类皮肤组织样本（每个样本含单个毛囊）
288	2025-09-28	Advances in artificial intelligence for spatial transcriptomics in cancer: Special focus on Yin Yang 1 (YY1) and Raf kinase inhibitor protein (RKIP) 2025-Sep-22, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189456 PMID:40992707	综述	本文综述人工智能在癌症空间转录组学中的应用，特别关注YY1和RKIP基因	聚焦AI与空间转录组学融合的新兴领域，通过YY1和RKIP案例展示机器学习方法如何揭示癌症微环境新机制	作为综述文章未涉及原始实验数据验证	探讨人工智能技术解析空间转录组数据在癌症研究中的应用价值	癌症微环境中的基因表达模式（重点关注YY1和RKIP）	生物信息学	癌症	空间转录组学、机器学习、统计分析	支持向量机(SVM)、随机森林(RF)、PCA、t-SNE、UMAP	空间基因表达数据	NA
289	2025-09-28	Epac1 deletion attenuates Müller glial pathological activation and mitigates retinal neurodegeneration in ischemia-induced retinopathy 2025-Sep-19, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.09.031 PMID:40976555	研究论文	本研究通过基因敲除技术探讨Epac1在缺血性视网膜病变中对Müller胶质细胞病理激活和视网膜神经变性的作用机制	首次揭示Epac1通过调节Müller细胞中VEGF信号通路促进视网膜神经变性的新机制	研究仅限于小鼠OIR模型，临床转化价值需进一步验证	探究Epac1在缺血性视网膜病变中的作用及其分子机制	氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型和原代Müller细胞	眼科疾病机制研究	缺血性视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色、qPCR、Western blot、邻近连接分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织形态学数据	OIR小鼠模型（具体数量未明确说明）
290	2025-09-28	Immune microenvironment and fibroblast subpopulation in diabetic wound healing 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113440 PMID:40995117	研究论文	通过单细胞RNA测序分析糖尿病足溃疡愈合过程中的免疫微环境和成纤维细胞亚群	首次在单细胞水平揭示糖尿病伤口愈合中炎症单核细胞轴和成纤维细胞亚群的特定变化	NA	探究糖尿病足溃疡愈合障碍的细胞分子机制	糖尿病足溃疡患者的肉芽组织	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序、荧光成像	NA	单细胞转录组数据、蛋白质影像数据	NA
291	2025-09-28	Single-cell analysis of heterogeneity and molecular changes in cultured corneal epithelial stem cells during serial passage 2025-Sep-17, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf041 PMID:40574692	研究论文	利用单细胞转录组学分析长期传代培养中角膜上皮干细胞群体的异质性和分子变化	首次通过单细胞分辨率揭示角膜缘干细胞在长期培养中存在三个功能各异的祖细胞亚群，并发现小分子RepSox可部分维持干细胞特性	研究仅限于体外培养模型，未验证体内功能；分子机制有待深入解析	探究长期传代培养中角膜缘干细胞特性丧失的分子机制	体外培养的人角膜缘干细胞	单细胞组学	角膜疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞基因表达数据	22,708个细胞
292	2025-09-28	Consistent self-organized emergence of hyaline cartilage in human induced pluripotent stem cell-derived multi-tissue organoids 2025-Sep-17, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf043 PMID:40577622	研究论文	开发了一种利用人多能干细胞生成透明软骨的简化多组织类器官方案	建立了无需异源成分和饲养层的简单培养方案，通过多组织类器官实现透明软骨的稳定生成	NA	建立稳定生成透明软骨的标准化培养方案	人诱导多能干细胞衍生的多组织类器官	组织工程	软骨相关疾病	RNA测序、生物信息学分析、组织学检测、免疫组化、单细胞RNA测序	多组织类器官模型	基因表达数据、组织学图像数据	NA
293	2025-09-28	A TLR4-dependent fibroblast-monocyte axis in tumor-draining lymph nodes contributes to metastasis in triple-negative breast cancer 2025-Sep-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.08.015 PMID:40957419	研究论文	本研究揭示了三阴性乳腺癌中肿瘤引流淋巴结通过TLR4依赖的成纤维细胞-单核细胞轴促进转移的免疫抑制机制	首次发现TLR4依赖的FRC-单核细胞轴在TDLNs中形成免疫抑制微环境，并证明局部TLR4抑制联合αPD-1疗法可增强抗肿瘤免疫	机制研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需扩展	探究三阴性乳腺癌肿瘤引流淋巴结的免疫微环境重组及其在转移中的作用	三阴性乳腺癌小鼠模型和人类TNBC样本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	空间转录组学、体外共培养实验	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	小鼠模型和人类TNBC样本（具体数量未明确说明）
294	2025-09-28	Human-mouse cross-species comparison identifies common and unique aspects of intestinal mesenchyme development 2025-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.03.674033 PMID:40950081	研究论文	通过单细胞RNA测序和组学方法比较小鼠与人类肠道间质发育的异同	首次开展跨物种单细胞水平肠道间质细胞发育的系统性对比研究	未探讨物种特异性基因功能差异的生物学机制	解析哺乳动物肠道间质细胞发育的进化保守性与物种特异性	小鼠和人类胚胎期肠道间质细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, FISH, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	小鼠和人类胚胎肠道组织样本（具体数量未明确）
295	2025-09-28	Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123275 PMID:40138961	研究论文	开发了一种导电心脏芯片模型，用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子响应	首次将导电水凝胶支架与微流控芯片结合，构建具有原生心肌电导特性的3D心脏芯片模型	未明确说明模型在长期稳定性和药物测试验证方面的局限性	开发仿生心脏组织模型并研究电传导对心脏发育的影响	人诱导多能干细胞来源的心肌细胞和心脏成纤维细胞	组织工程	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、微流控技术	3D心脏芯片模型	基因表达数据、功能分析数据	使用hiPSC来源的细胞构建工程化心脏组织，并与已发表成人心脏数据集进行比较
296	2025-09-28	FemXpress: Systematic Analysis of X Chromosome Inactivation Heterogeneity in Female Single-Cell RNA-Seq Samples 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504754 PMID:40583143	研究论文	开发了一种名为FemXpress的计算工具，用于分析女性单细胞RNA测序数据中的X染色体失活异质性	首次提出不依赖亲本基因组信息即可基于X连锁SNPs对单细胞进行X染色体失活起源分类的计算方法	NA	开发分析X染色体失活异质性的计算工具	女性单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	单细胞RNA测序数据	食蟹猴多组织样本、胚胎和结肠肿瘤数据集
297	2025-09-28	Tracing and Capturing the Epiblast Pluripotency of Sheep Preimplantation Embryos 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417764 PMID:40586282	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析建立了绵羊形成态和始发态多能干细胞，并揭示了绵羊胚胎发育过程中的多能性调控机制	首次在绵羊中成功捕获形成态和始发态多能干细胞，并进行了跨物种（小鼠、猪、绵羊）早期胚胎发育比较分析	NA	研究绵羊着床前胚胎上胚层多能性的变化规律和调控机制	绵羊着床前胚胎（E1-E14天）	发育生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	绵羊胚胎发育E1至E14天的单细胞样本
298	2025-09-28	Integrated Transcriptome and Metabolomics Analyses Show MYC as a Potential Therapeutic Target for Behçet's Uveitis 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417843 PMID:40586758	研究论文	本研究通过整合转录组和代谢组学分析，揭示MYC作为贝赫切特葡萄膜炎潜在治疗靶点	首次结合代谢组学和单细胞RNA测序技术揭示MYC通过调控糖酵解通路驱动T细胞异常反应的机制	研究样本量有限，机制验证主要依赖小鼠模型	探索贝赫切特葡萄膜炎的代谢特征并寻找潜在治疗靶点	贝赫切特葡萄膜炎患者和实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型	生物医学研究	自身免疫性葡萄膜炎	非靶向代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	代谢组数据、单细胞转录组数据	贝赫切特葡萄膜炎患者与健康对照组的临床样本及EAU小鼠模型
299	2025-09-28	Choroid Plexus Fibroblast-ILC2 Niche Promotes Adult Hippocampal Neurogenesis after Traumatic Brain Injury 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415984 PMID:40605604	研究论文	本研究揭示创伤性脑损伤后脉络丛中ILC2细胞的积累及其通过调节免疫微环境和促进海马神经发生改善神经功能的机制	首次发现脉络丛成纤维细胞-ILC2生态位在TBI后促进成年海马神经发生的作用机制	NA	探究创伤性脑损伤后脉络丛的结构变化和免疫细胞浸润特征及其对神经再生的影响	创伤性脑损伤小鼠模型、脉络丛组织、海马组织	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、单核RNA测序、组织学分析	NA	基因表达数据、组织学图像数据	NA
300	2025-09-28	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	综述	本文概述了空间转录组学平台及其在HIV组织持久性研究中的应用工作流程	提出将空间转录组学技术应用于HIV组织持久性机制研究的路线图，实现HIV感染细胞与微环境的高分辨率分析	靶向捕获中目标数量增加会降低灵敏度，需避免报告生物学意义不明的特征	探讨空间转录组学在揭示HIV组织持久性机制及指导治疗策略中的应用	HIV感染的组织细胞及其微环境	空间转录组学	HIV/艾滋病	空间转录组学、ATAC-seq、蛋白质捕获、T细胞受体测序	NA	空间转录组数据	NA