单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-05-10	Comprehensive analysis of plasma cell heterogeneity and immune interactions in multiple myeloma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1549742 PMID:40330467	研究论文	本研究通过单细胞测序和转录组数据分析，深入探讨了多发性骨髓瘤中浆细胞的异质性及其免疫相互作用	首次通过单细胞测序鉴定出10种主要细胞类型，并构建了预后预测模型，揭示了风险组与免疫特征的关联	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索多发性骨髓瘤发展的潜在机制，为改进治疗方法和提高患者预后提供新方向	多发性骨髓瘤中的浆细胞及其异质性	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞测序，转录组分析，NMF，WGCNA，LASSO，multiCox回归分析	预后预测模型	转录组数据	多个公共数据库中的样本，具体数量未明确说明
282	2025-05-10	Multi-omics identification of a polyamine metabolism related signature for hepatocellular carcinoma and revealing tumor microenvironment characteristics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1570378 PMID:40330470	研究论文	本研究通过多组学方法鉴定了一个与多胺代谢相关的肝细胞癌特征，并揭示了肿瘤微环境特征	使用101种机器学习算法构建了一个包含9个基因的多胺代谢相关特征（PMRS），并验证了其在肝细胞癌患者中的预后价值	研究结果需要进一步的临床实验验证	探索多胺代谢在肝细胞癌中的作用，并开发预后风险特征	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据	TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌样本
283	2025-05-10	Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Role of Macrophage-Mediated CD44-AKT-CCL2 Pathways in Renal Tubule Injury during Calcium Oxalate Crystal Formation 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0690 PMID:40330661	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了巨噬细胞介导的CD44-AKT-CCL2通路在草酸钙晶体形成过程中肾小管损伤的作用	发现了肾小管损伤和S1近端小管细胞通过SPP1-CD44对与巨噬细胞的主要通讯方式，以及CD44-AKT通路介导的CCL2分泌在草酸钙晶体形成中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	深入了解草酸钙晶体形成过程中肾脏功能的改变及其分子机制	小鼠肾脏组织	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	小鼠草酸钙模型	RNA测序数据	5个时间点的小鼠肾脏组织样本
284	2025-05-10	The first single-cell sequencing of Plasmodiophora brassicae reveals genetic diversity and clonal dynamics 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1581233 PMID:40330724	研究论文	首次对芸薹根肿菌进行单细胞测序，揭示其遗传多样性和克隆动态	首次对芸薹根肿菌进行单细胞测序，揭示了其遗传多样性和克隆动态，支持了平衡选择维持病原体种群内多基因型的假说	研究仅基于单个根的样本，可能无法完全代表田间种群的遗传多样性	研究芸薹根肿菌的遗传多样性和繁殖生物学	芸薹根肿菌	基因组学	植物病害	单细胞测序	NA	DNA序列数据	4,000个原生质体（来自单个根），其中500个细胞进行了更详细的分析
285	2025-05-10	Neuroinflammation and stress-induced pathophysiology in major depressive disorder: mechanisms and therapeutic implications 2025, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2025.1538026 PMID:40336842	综述	本文综述了神经炎症与压力诱导的病理生理学在重度抑郁症中的作用机制及治疗意义	聚焦于压力诱导的神经炎症过程及其在抑郁症发病和进展中的作用，探讨了抗炎活性小分子在治疗中的潜在效果	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的总结和分析	探讨神经炎症在重度抑郁症中的机制及治疗潜力	神经炎症过程，特别是小胶质细胞和星形胶质细胞的过度激活及促炎细胞因子水平升高	神经科学	重度抑郁症	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
286	2025-05-10	Spatial visualization provides insight into immune modulation by an L-DBF vaccine formulation against Shigella 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1577040 PMID:40336950	研究论文	本研究探讨了L-DBF疫苗配方在肺部免疫调节中的作用，通过空间转录组学方法分析了两剂L-DBF/ME疫苗对肺部免疫景观的影响	首次使用空间转录组学方法揭示L-DBF/ME疫苗如何重塑肺部免疫架构，包括B细胞、T细胞标记物表达的变化，以及成纤维细胞和心肌细胞的重新编程	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	评估L-DBF/ME疫苗配方对肺部免疫反应的调节作用	L-DBF疫苗配方及其对肺部免疫系统的影响	免疫学	志贺菌病	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
287	2025-05-10	Multivariate stochastic modeling for transcriptional dynamics with cell-specific latent time using SDEvelo 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55146-5 PMID:39738101	研究论文	本文提出了一种名为SDEvelo的生成方法，通过多元随机微分方程（SDE）建模未剪接和剪接RNA的动态，以推断RNA速度	SDEvelo首次通过多元随机微分方程建模RNA速度，显式地模拟转录动态中的固有不确定性，并估计跨基因的细胞特异性潜在时间	未提及具体局限性	改进单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中的动态建模方法，以更准确地重建和预测细胞分化和状态转换的定向轨迹	未剪接和剪接RNA的动态	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组学	SDE	单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据	模拟数据和四个scRNA-seq及空间转录组学数据集
288	2025-05-10	Systemic immune profiling analysis identifying M2-TAM related genes predicted colon cancer prognosis and chemotherapy responses 2024-Dec-27, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040979 PMID:39969348	research paper	该研究通过系统性免疫分析识别与M2-TAM相关的基因，预测结肠癌的预后和化疗反应	开发了新的M2样巨噬细胞标记物，构建了基于M2的预后模型，并验证了其独立预后因素的作用	研究依赖于公共数据库数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索与M2样巨噬细胞相关的基因特征，以预测结肠癌的预后和化疗反应	结肠癌患者	digital pathology	colon cancer	bulk transcriptome, single-cell RNA sequencing, weighted gene coexpression network analysis, least absolute shrinkage and selection operator, Cox regression	risk model	RNA sequencing data, clinical data	来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的结肠癌患者数据
289	2025-05-10	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.01.605536 PMID:39149356	研究论文	本文介绍了一种名为sciRED的方法，用于改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	开发了sciRED方法，通过消除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量等方式，改进了单细胞RNA测序数据的因子分析	NA	提高单细胞RNA测序数据因子分析的解释性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	sciRED	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（包括肾脏图谱、PBMC数据集、大鼠肝脏图谱和健康人类肝脏图谱）
290	2025-05-10	cfDiffusion: diffusion-based efficient generation of high quality scRNA-seq data with classifier-free guidance 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf071 PMID:39987461	research paper	提出了一种基于扩散模型的新方法cfDiffusion，用于高效生成高质量的单细胞RNA测序数据	结合了Classifier-Free Guidance和高层次特征缓存机制，显著降低了模型开发的训练成本，并提高了生成多属性单细胞数据的表达能力和效率	推理时间仍比scDiffusion长	解决单细胞RNA测序数据模拟中数据分布预定义和多属性细胞模拟的问题	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	diffusion models	gene expression data	多组测序平台的数据集
291	2025-05-10	Lamination-based organoid spatially resolved transcriptomics technique for primary lung and liver organoid characterization 2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2408939121 PMID:39514315	research paper	介绍了一种基于层压的类器官空间转录组学技术（LOSRT），用于原代肺和肝脏类器官的表征	开发了一种新的空间转录组学技术LOSRT，适用于原代组织来源的类器官，解决了标准化组织切片方法不适用的问题	尚未证明该技术在其他类型类器官中的适用性	开发一种自动化、集成的空间转录组学方法，用于原代组织来源类器官的表征	原代小鼠肺和肝脏来源的类器官	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, droplet-engineering method	NA	spatial transcriptomic data	原代小鼠肺和肝脏来源的类器官
292	2025-05-10	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Aug-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4819117/v1 PMID:39149508	research paper	本文介绍了一种名为sciRED的单细胞RNA测序数据分析方法，旨在提高数据因子分析的解读性	sciRED通过消除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子，并确定结果因子代表的基因和生物过程，改进了单细胞RNA测序数据的因子分析	NA	改进单细胞RNA测序数据的因子分析解读性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	sciRED	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（包括肾脏图谱、PBMC数据集、大鼠肝脏图谱和健康人类肝脏图谱）
293	2025-05-10	Endogenous FGFs drive ERK-dependent cell fate patterning in 2D human gastruloids 2024-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.08.602611 PMID:39026750	research paper	研究FGF在人类2D胃泌素样干细胞模型中驱动ERK依赖性细胞命运模式的作用	发现了FGF依赖性ERK信号在2D胃泌素样细胞中以前未知的作用，并揭示了FGF4和FGF17通过基底定位的FGFR1诱导原始条纹样细胞的机制	研究基于体外2D胃泌素样模型，可能不完全反映体内胚胎发育的复杂性	探究FGF在人类胃泌素过程中的功能及其机制	2D胃泌素样干细胞模型	发育生物学	NA	scRNA-seq, in situ hybridization	2D gastruloid	基因表达数据	NA
294	2025-05-10	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	研究论文	提出了一种名为MICA的统计框架，用于从信息论角度检测多个组学研究中具有一致多类表达模式的生物标志物	MICA框架首次从信息论角度解决了多类设计（如多种疾病亚型、治疗、组织或细胞类型）的生物标志物检测问题，相比现有方法具有更高的准确性和错误发现率控制	未明确提及方法在样本量极小时的表现，也未讨论在不同类型组学数据整合时的适用性	开发一种能够整合多个组学研究并检测具有一致多类表达模式的生物标志物的统计方法	多类设计的组学数据（如多种疾病亚型、治疗、组织或细胞类型的样本）	生物信息学	三阴性乳腺癌	RNA-Seq（包括单细胞RNA-Seq）	MICA（基于互信息的统计框架）	转录组数据（包括批量转录组和单细胞转录组数据）	未明确说明具体样本量，但涉及多个研究（包括小鼠代谢相关转录组研究和雌激素处理表达谱研究）
295	2025-05-10	Transcriptional control of the Cryptosporidium life cycle 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07466-1 PMID:38811723	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）整个生命周期的基因表达程序，并确定了雄性命运的最早决定因素Myb-M转录因子	使用单细胞RNA测序技术揭示了隐孢子虫生命周期的基因表达程序，并首次确定了雄性命运的决定因素Myb-M转录因子	研究主要基于体外培养和感染动物模型，可能无法完全反映人体内的实际情况	研究隐孢子虫生命周期及其分子机制，为疫苗和治疗方法的开发提供基础	隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）	分子生物学	腹泻病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	体外培养和感染动物的隐孢子虫样本
296	2025-05-10	Spatial co-transcriptomics reveals discrete stages of the arbuscular mycorrhizal symbiosis 2024-04, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01666-3 PMID:38589485	研究论文	本研究利用单核和空间RNA测序技术，探索了截形苜蓿和Rhizophagus irregularis在AM共生中的转录组，揭示了共生过程中的细胞和空间动态	结合单细胞和空间转录组学技术，首次在细胞和空间分辨率上解析了AM共生的动态过程	研究仅针对截形苜蓿和Rhizophagus irregularis，结果可能不适用于其他植物-真菌共生系统	解析植物与AM真菌共生的分子机制，为作物改良提供理论基础	截形苜蓿和Rhizophagus irregularis	植物分子生物学	NA	单核RNA测序, 空间RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但涉及截形苜蓿和Rhizophagus irregularis的多个细胞类型
297	2025-05-10	The cancer-associated fibroblasts interact with malignant T cells in mycosis fungoides and promote the disease progression 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1474564 PMID:39963655	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了蕈样肉芽肿（MF）中恶性T细胞与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的相互作用及其在疾病进展中的作用	揭示了恶性T细胞从TRM主导表型向TCM主导表型的转变过程，以及CAFs通过IL-6/JAK2/STAT3/SOX4或IL-6/HIF-1α/SOX4通路促进恶性T细胞侵袭和转移的机制	研究样本来自晚期MF患者，可能无法完全代表早期MF的特征	探究蕈样肉芽肿的发病机制及肿瘤微环境在其中的作用	晚期蕈样肉芽肿患者及健康对照的肿瘤组织、邻近正常组织和外周血单个核细胞	肿瘤微环境研究	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	晚期MF患者和健康对照的肿瘤组织、邻近正常组织和PBMC样本
298	2025-05-10	SPACEL: deep learning-based characterization of spatial transcriptome architectures 2023-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43220-3 PMID:37990022	研究论文	介绍了一种基于深度学习的空间转录组架构表征工具SPACEL，用于分析空间转录组数据	SPACEL结合了多层感知机、图卷积网络和对抗学习算法，能够对多个ST切片进行联合分析并构建组织的3D架构	未提及具体的技术限制或应用范围限制	解决空间转录组数据中多个切片的联合分析和3D堆叠构建的挑战	空间转录组(ST)数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	多层感知机(MLP)、图卷积网络(GCN)、对抗学习算法	空间转录组数据	模拟和真实ST数据集，来自多种组织和ST技术
299	2025-05-10	Brain-to-gut trafficking of alpha-synuclein by CD11c+ cells in a mouse model of Parkinson's disease 2023-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43224-z PMID:37981650	研究论文	该研究通过小鼠模型揭示了帕金森病中α-突触核蛋白从大脑到肠道的运输机制	首次证明了CD11c+细胞在α-突触核蛋白从大脑到肠道运输中的作用，并发现肠道CD11c+细胞具有类似小胶质细胞的特性	研究仅使用雄性小鼠模型，未涉及雌性个体	探索帕金森病中α-突触核蛋白聚集体的传播机制	帕金森病小鼠模型中的α-突触核蛋白和CD11c+细胞	神经科学	帕金森病	免疫组织化学、单细胞RNA测序、光转换蛋白标记	PD小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明小鼠数量
300	2025-05-10	Simultaneous selection of nanobodies for accessible epitopes on immune cells in the tumor microenvironment 2023-11-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43038-z PMID:37978291	research paper	介绍了一种名为INSPIRE-seq的新方法，用于在复杂环境中筛选纳米抗体	提出INSPIRE-seq技术，能够并行富集穿透肿瘤微环境的免疫细胞结合纳米抗体	未明确提及具体样本量或实验规模的限制	开发用于发现治疗性生物制剂靶向分子的技术	肿瘤微环境中的免疫细胞	synthetic biology	肿瘤	next-generation sequencing, single-cell RNA sequencing, immunofluorescence, structural modeling and docking	NA	sequencing data, imaging data	NA