单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-07-04	Identification of anoikis-related subtypes and a risk score prognosis model, the association with TME landscapes and therapeutic responses in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1602831 PMID:40599775	研究论文	本研究通过分析肝癌中与失巢凋亡相关基因的表达、突变和拷贝数变异，建立了预后风险评分模型，并探讨了其与肿瘤微环境特征和免疫治疗反应的关系	首次在肝癌中鉴定了两种不同的失巢凋亡亚型，并开发了一个基于TTC26和TPX2的双基因预后模型，揭示了TTC26在肝癌细胞增殖、迁移和侵袭中的促进作用	研究主要基于公共数据集，需要更多独立队列验证模型的临床适用性	阐明失巢凋亡相关基因在肝癌中的预后意义和治疗相关性	肝癌患者和肝癌细胞系	肿瘤基因组学	肝癌	WGCNA, LASSO Cox回归, 单细胞RNA-seq	预后风险评分模型	基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据	公共数据集中的肝癌样本
282	2025-07-04	Single-cell RNA sequencing: new insights for pulmonary endothelial cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1576067 PMID:40599812	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肺内皮细胞（PECs）研究中的新见解及其在生理和病理条件下的应用	利用scRNA-seq技术揭示了PECs在表型多样性和分子特征上的异质性，及其在肺微环境中的空间定位依赖性	未提及具体的技术限制或样本量不足等问题	探讨scRNA-seq在PECs研究中的应用及其对肺病理生理学治疗的推动作用	肺内皮细胞（PECs）	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
283	2025-07-04	Tppp3 is a novel molecule for retinal ganglion cell identification and optic nerve regeneration 2024-12-29, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01917-6 PMID:39734233	研究论文	本文研究了Tppp3在视网膜神经节细胞(RGCs)神经保护和轴突再生中的作用	首次揭示了Tppp3在哺乳动物轴突再生中的作用，并开发了一种新的RGC神经保护和轴突再生治疗策略	研究仅基于啮齿动物模型，尚未在人类中进行验证	探索促进中枢神经系统(CNS)轴突再生的分子调节剂	视网膜神经节细胞(RGCs)和视神经	再生医学	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序，批量RNA测序	视神经挤压(ONC)模型	RNA测序数据	小鼠、猕猴和人类的RGCs
284	2025-07-04	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-12-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01906-9 PMID:39696694	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加BDNF水平逆转颅脑放射治疗引起的认知衰退和神经退行性后果的效果	首次在颅脑放射治疗小鼠模型中验证了RZ通过增加BDNF水平改善认知功能的作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索缓解放射治疗引起的认知功能障碍（RICD）的神经保护方法	接受颅脑放射治疗的小鼠模型	神经科学	脑癌	空间转录组学分析、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠模型	基因表达数据、行为学数据	接受9 Gy颅脑放射的成年小鼠，分为RT+Vehicle和RT+RZ组
285	2025-07-04	Spatial transcriptomics in focal cortical dysplasia type IIb 2024-11-30, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01897-7 PMID:39614299	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，探究了局灶性皮质发育不良IIb型（FCD IIb）中异常神经元和气球细胞区域的转录变化	首次在FCD IIb中构建了异常神经元和气球细胞区域的转录组空间图谱，揭示了这些区域在mTOR信号通路、自噬和炎症反应中的潜在作用	样本量较小（仅3例患者），可能影响结果的普遍性	探究FCD IIb中异常神经元和气球细胞区域的分子特征及其在癫痫发生中的作用	局灶性皮质发育不良IIb型患者的脑组织样本	数字病理学	癫痫	空间转录组学	NA	转录组数据	3例FCD IIb患者的新鲜冷冻脑组织样本
286	2025-07-04	TLR8 agonist selgantolimod regulates Kupffer cell differentiation status and impairs HBV entry into hepatocytes via an IL-6-dependent mechanism 2024-Nov-11, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331396 PMID:38697771	研究论文	研究TLR8激动剂selgantolimod通过IL-6依赖机制调节Kupffer细胞分化状态并抑制HBV进入肝细胞的作用	揭示了selgantolimod通过调节Kupffer细胞转录组和细胞间通讯，间接抑制HBV进入肝细胞的新机制	研究主要基于体外实验和转录组数据分析，需要更多体内实验验证	阐明selgantolimod在肝脏微环境中的免疫调节作用和对HBV感染的抑制机制	Kupffer细胞、肝细胞和HBV病毒	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA-seq、RNA-seq	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了公开的单细胞RNA-seq数据和实验模型
287	2025-07-04	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.23.614590 PMID:39386496	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的潜力	首次在颅脑放疗小鼠模型中验证了RZ通过提升BDNF水平改善认知功能及神经保护作用，并采用空间转录组学揭示其分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证效果	探索缓解颅脑放疗引起的认知功能障碍（RICD）的治疗方法	接受颅脑放疗的成年小鼠	神经科学	脑癌	空间转录组学分析、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠颅脑放疗模型	基因表达数据、行为学数据、蛋白质水平数据	未明确说明小鼠数量，实验组包括RT+Veh和RT+RZ组
288	2025-07-04	Validation of an organ mapping antibody panel for cyclical immunofluorescence microscopy on normal human kidneys 2024-Jul-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00426.2023 PMID:38721662	研究论文	本文通过标准化方法验证了一组抗体，用于在人类肾脏中通过免疫荧光显微镜识别18种主要细胞类型和5种细胞外基质区室	开发了一种用于二维和三维循环免疫荧光(CyCIF)的器官映射抗体面板，提供了比标准荧光显微镜更详细的组织分割和体积评估方法	NA	解决抗体验证标准化不足导致的人类研究不可重复性问题	正常人肾脏组织	数字病理学	NA	循环免疫荧光显微镜(CyCIF)	NA	图像	NA
289	2025-07-04	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1 PMID:38978567	研究论文	本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据即可识别细胞类型和状态	开发了TACIT算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学分析中的模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的耗时和易错问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学分析、空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	多组学数据	5个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）
290	2025-07-04	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596861 PMID:38895230	research paper	开发了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学分析中的模糊细胞	TACIT算法在无需训练数据的情况下，通过无偏阈值和专注于相关标记的方法，提高了细胞类型和状态识别的准确性和可扩展性	虽然TACIT在多个数据集中表现优异，但其在更广泛的组织类型和疾病模型中的通用性尚未验证	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和易出错问题	细胞类型和状态	spatial biology	inflammatory gland diseases	spatial transcriptomics and proteomics	unsupervised algorithm	multiomic assays	5,000,000 cells; 51 cell types from three niches (brain, intestine, gland)
291	2025-07-04	Targeting ARNT attenuates chemoresistance through destabilizing p38α-MAPK signaling in glioblastoma 2024-05-28, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06735-1 PMID:38806469	研究论文	本研究探讨了芳烃受体核转位子（ARNT）在胶质母细胞瘤（GBM）发病机制中的功能意义及其作为治疗靶点的潜力	揭示了ARNT通过激活p38 MAPK信号通路促进GBM化疗耐药的新机制，并发现通过干扰ARNT/p38α蛋白相互作用可恢复替莫唑胺敏感性	研究主要基于体外实验和公共数据集分析，缺乏体内实验验证	探究ARNT在GBM发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤组织和细胞系	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	慢病毒shRNA沉默、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	公共数据集中的GBM组织样本和体外培养的GBM细胞系
292	2025-07-04	Cannabidiol protects against acute aortic dissection by inhibiting macrophage infiltration and PMAIP1-induced vascular smooth muscle cell apoptosis 2024-04, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.02.006 PMID:38387723	研究论文	本研究探讨了大麻二酚（CBD）在急性主动脉夹层（AAD）中的治疗作用及其机制	揭示了CBD通过抑制巨噬细胞浸润和PMAIP1诱导的血管平滑肌细胞凋亡来保护AAD的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的直接证据尚不充分	探索CBD对AAD的治疗效果及其分子机制	小鼠AAD模型和人类主动脉血管平滑肌细胞（HAVSMCs）	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序	小鼠AAD模型	RNA测序数据、病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和人类AAD样本
293	2025-07-04	Quantification of spatial pharmacogene expression heterogeneity in breast tumors 2023-01, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.1686 PMID:35906899	研究论文	本研究利用Visium空间转录组学平台分析了六例乳腺癌组织中286个药物基因的空间表达异质性	首次在乳腺癌组织中系统量化药物基因的空间表达异质性，并鉴定出与活性氧处理和解毒机制相关的高异质性基因	样本量较小（仅6例乳腺癌组织），且未进行化疗处理样本的对照研究	探究乳腺癌肿瘤区域内药物基因的空间表达异质性及其对化疗耐药性的潜在影响	乳腺癌组织中的药物基因表达	数字病理学	乳腺癌	Visium空间转录组学	NA	空间转录组数据	6例乳腺癌组织（4例来自生物样本库，2例来自10× Genomics数据库）
294	2025-07-03	Gut microbial Nordihydroguaiaretic acid suppresses macrophage pyroptosis to regulate epithelial homeostasis and inflammation 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2518338 PMID:40596758	研究论文	该研究探讨了衰老相关的肠道菌群失调对结肠炎发展的影响，并发现肠道微生物代谢物NDGA通过抑制巨噬细胞焦亡来调节肠道炎症	揭示了肠道微生物代谢物NDGA通过GSDMD/NR4A1/NLRP3轴抑制巨噬细胞焦亡的新机制，为老年相关IBD提供了潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究衰老相关肠道菌群失调如何加剧炎症性肠病(IBD)	野生型和IL-10缺陷小鼠、IBD患者和老年人样本	肠道微生物组学	炎症性肠病(IBD)	粪便微生物移植(FMT)、16S rDNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠结肠炎模型	微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	小鼠实验和人类观察性研究(具体数量未明确说明)
295	2025-07-03	Hydroxychloroquine cures autoimmune myocarditis by inhibiting the innate immune system via the C-X-C motif chemokine ligand 16 and C-X-C motif receptor 6 axis between macrophages and T cells 2025-Aug, British journal of pharmacology IF:6.8Q1 DOI:10.1111/bph.70028 PMID:40222951	研究论文	本研究评估了羟氯喹（HCQ）通过抑制先天免疫系统中的CXCL16和CXCR6轴治疗自身免疫性心肌炎的疗效	揭示了HCQ通过抑制YY1转录因子下调CXCL16表达，从而减少Th17和NKT细胞的趋化作用，改善心肌炎的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	评估HCQ治疗心肌炎的疗效及其作用机制	实验性自身免疫性心肌炎（EAM）小鼠模型	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blotting	小鼠EAM模型	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	未明确提及具体样本数量，使用EAM小鼠模型
296	2025-07-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Functional Exhaustion of T Cells in Oral Lichen Planus 2025-Aug, Molecular oral microbiology IF:2.8Q3 DOI:10.1111/omi.12495 PMID:40366262	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示口腔扁平苔藓中T细胞的功能耗竭	首次使用单细胞RNA测序技术揭示口腔扁平苔藓中T细胞的组成和异质性，并发现CD8+耗竭T细胞的增加	样本量较小（仅3名患者和3名健康个体），且动物模型可能无法完全模拟人类疾病	研究口腔扁平苔藓的发病机制，特别是T细胞在其中的作用	口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织，以及小鼠慢性炎症模型	单细胞测序	口腔扁平苔藓	scRNA-seq, RT-qPCR, HE染色, 免疫荧光染色	小鼠慢性炎症模型	单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 组织病理学数据	3名口腔扁平苔藓患者和3名健康个体的口腔黏膜组织
297	2025-07-03	Machine learning-based integration develops a hypoxia-derived signature for improving outcomes in glioma 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112023 PMID:40585359	研究论文	该研究通过机器学习整合开发了一个基于缺氧微环境的特征，用于改善胶质瘤的预后	首次利用单细胞RNA测序分析揭示了缺氧微环境中不同类型细胞间的异质性通讯，并开发了一个11基因特征来预测临床结果	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证	研究缺氧微环境在胶质瘤中的临床意义并开发预后工具	胶质瘤患者	机器学习	胶质瘤	单细胞RNA测序，RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	六个队列的胶质瘤患者样本
298	2025-07-03	BDNF as a Key Mediator in Eosinophilic Inflammation in CRSwNP: Insights From Transcriptomic and Functional Analysis 2025-Jul-02, International forum of allergy & rhinology IF:7.2Q1 DOI:10.1002/alr.23628 PMID:40600933	研究论文	本研究探讨了脑源性神经营养因子（BDNF）在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中作为嗜酸性炎症关键介质的作用	首次将BDNF定位为CRSwNP中上皮细胞-嗜酸性粒细胞相互作用的关键调控因子，并揭示了其通过Th2通路和JAK/STAT信号传导促进炎症的机制	样本量相对较小（23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物），且主要关注嗜酸性CRSwNP亚型	阐明BDNF在CRSwNP发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者（特别是嗜酸性亚型）的鼻黏膜组织和鼻腔分泌物	免疫病理学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）	Bulk-RNA测序、ELISA、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、流式细胞术、transwell实验	NA	转录组数据、蛋白质定量数据、细胞实验数据	23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物样本
299	2025-07-03	Exploring the interconnection between PANoptosis and chronic inflammatory diseases: identifying key targets and therapeutic strategies for periodontitis and ulcerative colitis 2025-Jul-02, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04320-7 PMID:40600991	研究论文	本研究探讨了PANoptosis与慢性炎症性疾病（如牙周炎和溃疡性结肠炎）之间的关联，并识别了关键靶点和治疗策略	首次将PANoptosis与牙周炎和溃疡性结肠炎联系起来，识别了BAG3、LYN和APOE等核心基因作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型，需要进一步临床验证	探索PANoptosis在慢性炎症性疾病中的作用机制并识别潜在治疗靶点	牙周炎(PD)和溃疡性结肠炎(UC)	生物医学	牙周炎, 溃疡性结肠炎	差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, GO和KEGG富集分析, LASSO和SVM-RFE算法, 单细胞RNA测序, 分子对接模拟	DSS诱导的UC小鼠模型	基因表达数据	GSE16134(PD)和GSE87466(UC)数据集, 实验小鼠模型
300	2025-07-03	Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs 2025-Jul, Journal of biomaterials science. Polymer edition DOI:10.1080/09205063.2024.2445376 PMID:39729311	综述	本文综述了骨质疏松症管理中基因表达和激素调控的最新发现，包括单细胞RNA测序和长链非编码RNA等新方法	介绍了骨质疏松症治疗中的最新方法，如单细胞RNA测序、长链非编码RNA研究，以及基于遗传和激素变异的个性化治疗策略	需要进一步研究和科学家与临床医生的合作，以将这些新发现应用于实际医疗中	探讨骨质疏松症的分子机制和临床治疗突破	骨质疏松症的基因表达和激素信号传导	医学研究	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA