单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30890 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2025-09-09 |
Plant metabolism: zoom in to the single-cell level
2025-Sep-01, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiaf375
PMID:40889291
|
综述 | 本文综述了单细胞水平技术在植物代谢研究中的应用，强调细胞类型特异性代谢物积累及其调控网络 | 整合质谱成像、单细胞转录组和多组学技术，实现细胞分辨率下代谢物与基因表达的直接可视化 | NA | 揭示植物特异性代谢的细胞类型水平调控机制，推动精准代谢工程 | 模型植物和药用植物中的稀有或特化细胞类型 | 植物代谢组学 | NA | 质谱成像、单细胞转录组学、多组学技术 | NA | 代谢组数据、转录组数据、多组学数据 | NA |
| 282 | 2025-09-09 |
Correction to 'Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline'
2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf126
PMID:40918070
|
correction | 对先前发表的Immunopipe单细胞RNA测序和TCR测序数据分析流程文章进行更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 283 | 2025-09-09 |
Cross-platform transcriptomic data integration identifies an overactive neuro-immune signature in human osteoarthritis synovium
2025-Aug-30, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.08.013
PMID:40889615
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研究论文 | 通过跨平台转录组数据整合分析，鉴定出人类骨关节炎滑膜中过度活跃的神经免疫特征 | 首次采用加权Z检验整合多个公共转录组数据集，系统揭示骨关节炎滑膜中神经免疫相互作用的分子网络，并预测滑膜细胞与背根神经节伤害性感受器之间的潜在互作 | 研究基于公共数据库的二次分析，缺乏实验验证；样本量有限（N=153），且仅关注终末期骨关节炎 | 表征骨关节炎滑膜的转录表型，重点关注与疼痛相关的信号通路 | 人类非骨关节炎和骨关节炎患者的滑膜组织 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序、多组学数据分析 | 加权Z检验整合分析、基因调控网络分析 | 转录组数据 | 153名受试者（来自8个GEO数据集） |
| 284 | 2025-09-09 |
Cholinergic Waves Have a Modest Influence on the Transcriptome of Retinal Ganglion Cells
2025-Aug-27, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0165-25.2025
PMID:40695599
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胆碱能波对小鼠视网膜神经节细胞转录组的类型特异性影响 | 首次在单细胞水平揭示胆碱能波对特定功能类型RGC转录组的微妙调控，而非此前认为的广泛影响 | 研究仅关注出生后第一周，未探讨更长期发育影响；样本来源于基因敲除模型，可能存在补偿机制 | 探究β2KO小鼠模型中胆碱能波缺失对视网膜神经节细胞基因表达的影响 | 野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs） | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交、全细胞记录 | NA | 基因表达数据、电生理数据 | 野生型和β2KO小鼠出生后第一周的视网膜神经节细胞 |
| 285 | 2025-09-09 |
A Benchmark of Semi-Supervised scRNA-seq Integration Methods in Real-World Scenarios
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.23.671952
PMID:40909636
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研究论文 | 系统评估五种半监督单细胞RNA测序整合方法在真实场景下的性能表现 | 首次在六种不同数据集和五种实际标注场景下系统比较半监督与无监督整合方法 | 仅评估了五种半监督方法，可能未涵盖所有现有方法 | 评估半监督scRNA-seq整合方法在实际应用中的有效性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | scANVI, scGEN, ssSTACAS, scDREAMER, ItClust | 基因表达数据 | 六个不同数据集 |
| 286 | 2025-09-09 |
Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006
PMID:40674215
|
研究论文 | 开发并应用Vivo-seq平台，在单细胞水平同时捕获转录组和磷酸化信号状态，揭示Th17细胞分化机制 | 首创Vivo-seq平台，通过深共晶溶剂固定细胞，实现转录组与磷酸化信号的多维度单细胞同步检测 | NA | 解析Th17细胞分化过程中转录与信号通路的协同调控机制 | T辅助17细胞（Th17 cells） | 单细胞多组学 | 免疫相关疾病 | scRNA-seq, 细胞内转录组和表位索引测序 | NA | 单细胞转录组数据、磷酸化蛋白数据 | NA |
| 287 | 2025-09-09 |
A spatiotemporal atlas of mouse gastrulation and early organogenesis to explore axial patterning and project in vitro models onto in vivo space
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116047
PMID:40728928
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研究论文 | 构建了一个小鼠原肠胚形成和早期器官发生的时空图谱，用于探索轴向模式并将体外模型投影到体内空间 | 整合了E7.25和E7.5天的空间转录组数据与现有单细胞RNA-seq图谱，创建了包含15万多个细胞的高分辨率时空图谱 | NA | 研究小鼠胚胎发育过程中的空间分化模式和细胞命运决定机制 | 小鼠胚胎（E6.5-E9.5天） | 发育生物学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 计算分析流程 | 空间转录组数据，单细胞RNA-seq数据 | 超过150,000个细胞，涵盖E6.5至E9.5天的小鼠胚胎 |
| 288 | 2025-09-09 |
Single-cell omics reveal the mechanisms of traditional Chinese medicines
2025-Aug-26, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157204
PMID:40916282
|
综述 | 本文探讨单细胞组学技术在揭示中药多组分复杂作用机制中的变革性潜力 | 首次系统阐述单细胞组学技术如何解析中药的细胞异质性和多组分协同作用机制 | 存在技术局限性和数据复杂性等挑战 | 推动中药现代化和科学验证 | 传统中药及其活性成分 | 生物医学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学 | NA | 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据 | NA |
| 289 | 2025-09-09 |
A Low Sodium Diet Activates HSD2 Neurons in the Nucleus Tractus Solitarii to Promote Sodium Appetite Via the cAMP/MAPK Signaling Pathway
2025-Aug-26, Journal of integrative neuroscience
IF:2.5Q3
DOI:10.31083/JIN42286
PMID:40919635
|
研究论文 | 本研究探讨低钠饮食通过激活NTS中的HSD2神经元经cAMP/MAPK信号通路促进钠食欲的神经机制 | 首次揭示HSD2神经元通过cAMP/MAPK信号通路介导钠食欲，并明确其下游神经投射靶点 | 研究仅使用小鼠模型，未在其它物种验证；神经元激活对自主神经功能的影响需进一步探讨 | 阐明低钠饮食条件下钠食欲的神经生物学机制 | 小鼠模型中的HSD2神经元及其神经通路 | 神经科学 | NA | scRNA-seq, 药理学干预, 顺行追踪, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 生理参数数据, 神经成像数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） |
| 290 | 2025-09-09 |
Stem cells within the HPA axis in tissue homeostasis and disease
2025-Aug-22, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf039
PMID:40590582
|
综述 | 本文总结了HPA轴内干细胞在组织稳态和疾病中的作用，包括其起源、分布及性别特异性活动 | 强调单细胞RNA测序揭示的干细胞群体异质性，并讨论体外分化HPA轴干细胞的新策略 | 对HPA轴动态组织可塑性机制的理解仍有限，尤其在人类研究中 | 探讨HPA轴干细胞在生理和病理条件下的调控功能及治疗潜力 | 下丘脑-垂体-肾上腺轴（HPA轴）中的干细胞和祖细胞 | NA | 代谢疾病、癌症 | 单细胞RNA测序、谱系追踪 | NA | NA | NA |
| 291 | 2025-09-09 |
Human single-cell atlas analysis reveals heterogeneous endothelial signaling
2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.15.670370
PMID:40894541
|
研究论文 | 通过整合人类15个组织的单细胞RNA测序数据，系统分析内皮细胞异质性及其在组织微环境中的信号交互 | 开发计算流程分析代谢物或蛋白质介导的细胞间通讯，并首次使用主题建模识别组织特异性的内皮细胞交互模式 | 研究仅基于scRNA-seq数据，可能未完全捕捉蛋白质修饰或空间组织等层面信息 | 探究内皮细胞在不同组织和血管类型中的异质性及微环境调控机制 | 人类15个组织中的内皮细胞及其他组织驻留细胞 | 单细胞基因组学 | NA | scRNA-seq, 主题建模, 细胞间通讯分析 | 主题模型 | 单细胞RNA测序数据 | 超过300万个单细胞，涵盖15个人体组织 |
| 292 | 2025-09-09 |
TissueFormer: a neural network for labeling tissue from grouped single-cell RNA profiles
2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.17.670735
PMID:40894666
|
研究论文 | 提出一种基于Transformer的神经网络TissueFormer，用于从单细胞RNA测序数据中推断群体水平标签 | 首次利用Transformer架构分析细胞群体组成信号，突破传统单细胞水平分析方法，能同时保持单细胞分辨率 | NA | 开发能够利用细胞组成信息推断组织身份和疾病状态的计算方法 | 小鼠大脑空间转录组数据中的细胞群体 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | Transformer | 单细胞RNA表达数据 | NA |
| 293 | 2025-09-09 |
Reviewing the Developing Significance of the Serine Protease PRSS23
2025-Aug-18, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL27294
PMID:40917042
|
综述 | 本文综述了丝氨酸蛋白酶PRSS23在多种生理和病理过程中的作用及其研究进展 | 整合了PRSS23从最初发现到近期在癌症、发育生物学和单细胞技术应用中的多功能性研究 | NA | 总结PRSS23的生物学功能和临床意义 | 丝氨酸蛋白酶PRSS23及其在正常生理和疾病中的作用 | 分子生物学 | 乳腺癌、胃癌、硬皮病 | scRNA-seq、生物信息学分析 | NA | 文献数据 | NA |
| 294 | 2025-09-09 |
Astaxanthin promotes in vitro maturation of mouse oocytes by regulating mitochondrial functions and protein homeostasis†
2025-Aug-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf107
PMID:40324205
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研究论文 | 本研究探讨虾青素通过调节线粒体功能和蛋白质稳态促进小鼠卵母细胞体外成熟 | 首次报道虾青素在卵母细胞体外成熟中的作用，并采用单细胞转录组测序和微蛋白质组学揭示其作用机制 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或临床前试验 | 提高小鼠卵母细胞体外成熟质量及早期胚胎发育能力 | 小鼠卵母细胞 | 生殖生物学 | NA | 单细胞转录组测序, 微蛋白质组学, 透明带激光打孔辅助体外受精 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 小鼠卵母细胞样本（具体数量未明确说明） |
| 295 | 2025-07-06 |
Developmental cues from epicardial cells simultaneously promote cardiomyocyte proliferation and electrochemical maturation
2025-Aug-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102572
PMID:40614731
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研究论文 | 研究探讨心外膜细胞如何同时促进心肌细胞增殖和电化学成熟 | 通过共培养hiPSC-CM与EPCs及EPD-FBs，揭示了心肌细胞增殖与成熟之间的新关系 | 3D-EHTs中的增殖效果有限，且研究未涉及体内环境验证 | 探究心外膜细胞对心肌细胞增殖和成熟的影响 | 人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞(hiPSC-CMs)和心外膜细胞(EPCs) | 细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、2D共培养、3D工程心脏组织(EHTs) | NA | 基因表达数据、电生理数据 | NA |
| 296 | 2025-09-09 |
A clonally expanded nodal T-cell population diagnosed as T-cell lymphoma after CAR-T therapy
2025-Aug-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62709-7
PMID:40796743
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研究论文 | 报道一例CAR-T治疗后出现T细胞淋巴瘤的克隆性扩增淋巴结T细胞群体 | 首次结合基因组测序和单细胞空间转录组学揭示CAR-T后T细胞淋巴瘤的克隆特征和空间分布 | 单病例报告，样本量有限 | 探讨CAR-T治疗后继发T细胞恶性肿瘤的分子特征 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 基因组测序，单细胞空间转录组学 | NA | 基因组数据，转录组数据，空间转录组数据 | 1例患者 |
| 297 | 2025-09-09 |
Singletrome enhances detection of long noncoding RNAs in single cell transcriptomes
2025-Aug-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13528-9
PMID:40796606
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研究论文 | 介绍Singletrome工具，用于增强单细胞转录组中长链非编码RNA的检测与分析 | 开发了Singletrome这一Singularity镜像工具，能整合蛋白质编码基因和lncRNA的GTF注释，考虑基因的正反义重叠，生成增强注释并支持下游分析 | NA | 提升单细胞RNA测序数据中长链非编码RNA的检测和注释准确性 | 长链非编码RNA（lncRNAs）和单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 298 | 2025-09-09 |
Multi-omics single-cell data alignment and integration with enhanced contrastive learning and differential attention mechanism
2025-Aug-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf443
PMID:40795161
|
研究论文 | 提出一种基于增强对比学习和差异注意力机制的单细胞多组学数据对齐与整合方法scECDA | 采用独立设计的自编码器自主学习各组学数据特征分布，结合增强对比学习和差异注意力机制有效降低噪声干扰 | NA | 提高单细胞多组学数据整合的准确性和细胞类型识别精度 | 单细胞多组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术，包括10X Multiome、CITE-seq和TEA-seq | 自编码器、对比学习、注意力机制 | 单细胞多组学数据 | 八个配对单细胞多组学数据集 |
| 299 | 2025-09-09 |
A Single-Cell Atlas-Inspired Hitchhiking Therapeutic Strategy for Acute Pancreatitis by Restricting ROS in Neutrophils
2025-Aug, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202502200
PMID:40395143
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序解析急性胰腺炎中中性粒细胞亚群，并开发了一种基于纳米反应器的靶向治疗策略以调控中性粒细胞极化 | 首次构建急性胰腺炎中性粒细胞单细胞图谱，并提出基于中性粒细胞'搭便车'的纳米治疗策略，实现原位合成抗氧化剂并同时抑制N1/N2极化 | NA | 开发针对急性胰腺炎的靶向治疗策略，通过调控中性粒细胞极化减轻炎症 | 中性粒细胞及其在急性胰腺炎中的亚群 | 数字病理 | 急性胰腺炎 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 300 | 2025-09-09 |
Decoding neuronal diversity: Mechanisms governing neural cell fate in Drosophila
2025-Aug, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2025.103061
PMID:40482397
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综述 | 本文综述了果蝇神经细胞命运决定的机制，重点探讨空间模式、时间模式和终端选择转录因子的作用 | 整合单细胞转录组学和全脑连接组学的最新突破，全面解析神经细胞身份编码机制 | NA | 揭示果蝇神经干细胞如何产生神经元多样性的机制 | 果蝇神经干细胞和神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学、全脑连接组学、经典遗传学、标记工具 | NA | 转录组数据、连接组数据 | NA |