单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-07-24	SpaDCN: Deciphering Spatial Functional Landscape from Spatially Resolved Transcriptomics by Aligning Cell-Cell Communications 2025-Jul, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202402111 PMID:39962819	研究论文	提出了一种名为SpaDCN的空间动态图卷积网络框架，用于从空间分辨转录组数据中解析空间功能景观	通过整合细胞间通讯动态和基因表达数据，在空间背景下揭示具有一致细胞组织的空间功能区域	未明确提及具体局限性	解决空间分辨转录组技术中识别病理相关空间功能景观的挑战	空间分辨转录组数据	数字病理	癌症	空间分辨转录组技术(SRT)	动态图卷积网络(SpaDCN)	基因表达数据	NA
282	2025-07-24	KMT2D Regulates Tooth Enamel Development 2025-Jul, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251320922 PMID:40103013	研究论文	本研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用及其机制	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在成釉细胞分化中的关键调控作用，并鉴定了其直接靶向的8个基因	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明KMT2D在牙釉质形成过程中的分子机制	KMT2D条件性敲除小鼠模型及其牙胚组织	发育生物学	牙釉质发育不全	条件性基因敲除、micro-CT、扫描电镜、RNA测序、CUT&RUN测序、单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据、组织学数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
283	2025-07-24	Single-Cell Transcriptome Reveals Aquaporin-Mediated Carbon Nanosol-Induced Growth Promotion of Plants 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504459 PMID:40305768	研究论文	研究通过单细胞转录组揭示了水通道蛋白介导的碳纳米溶胶促进植物生长的机制	首次在单细胞水平上解析了碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制，并发现水通道蛋白在此过程中的关键作用	研究仅针对烟草根部细胞，未涉及其他植物组织或其他植物物种	探究碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制	烟草根部细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序、荧光标记追踪、伪时间轨迹分析	NA	单细胞转录组数据、荧光成像数据	7,897个细胞，代表13种不同的细胞类型
284	2025-07-24	PP1A Modulates the Efficacy of Lenvatinib Plus ICIs Therapy by Inhibiting Ferroptosis in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501730 PMID:40344394	研究论文	本文研究了PP1A通过抑制铁死亡调节Lenvatinib联合ICIs治疗肝细胞癌的效果	揭示了PP1A通过去磷酸化Keap1抑制铁死亡，进而影响Keap1-Nrf2相互作用和PD-L1转录的新机制	研究主要基于体外和动物实验，临床转化效果尚需进一步验证	探索PP1A在肝细胞癌治疗抵抗中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌细胞系和动物模型	肿瘤生物学	肝细胞癌	转录组分析、铁死亡代谢物分析、单细胞测序	NA	分子生物学数据、测序数据	未明确说明样本数量，使用细胞系和动物模型
285	2025-07-24	Immune-Vascular Synergy: A Photodynamic Hydrogel Activating ALDH2 to Combat Inflammation and Enhance Angiogenesis in Diabetic Wound Healing 2025-Jul, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500391 PMID:40364604	research paper	该研究开发了一种光动力水凝胶，通过激活ALDH2来对抗炎症并促进糖尿病伤口愈合中的血管生成	提出了一种双功能策略的光动力水凝胶，独特地整合了ALDH2激活与免疫-血管调节，以解决糖尿病伤口愈合中的多重挑战	未提及具体的临床前或临床试验阶段，可能缺乏人体试验数据	开发一种新型治疗方法以改善糖尿病伤口愈合	糖尿病伤口组织	生物医学工程	糖尿病	光动力疗法、单细胞测序	NA	临床标本、实验数据	未明确提及具体样本数量
286	2025-07-24	MatriCom, a single-cell RNA-sequencing data mining tool to infer cell-extracellular matrix interactions 2025-Jul-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263927 PMID:40501363	研究论文	介绍了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于从单细胞RNA测序数据推断细胞外基质（ECM）成分之间以及不同细胞群体与ECM之间的通讯	开发了MatriCom工具，利用独特的MatriComDB数据库，包含超过25,000个经过整理的相互作用，用于从表达数据中推断相互作用，并构建了首个人类肾脏基质通讯网络	未明确提及具体限制，但可能依赖于数据库的覆盖范围和准确性	研究细胞外基质（ECM）成分之间以及细胞与ECM之间的通讯机制	单细胞RNA测序数据集中的细胞外基质成分和细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	46个健康成体组织的scRNA-Seq数据集
287	2025-07-24	Single-cell and spatial transcriptomics of stricturing Crohn's disease highlights a fibrosis-associated network 2025-Jul, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02225-y PMID:40562913	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术研究了克罗恩病（CD）狭窄病变中的纤维化相关网络	结合单细胞和空间转录组学技术，揭示了克罗恩病狭窄病变中的关键转录组和细胞网络，以及多细胞遗传风险因子的空间组织	样本量相对较小（61个样本，来自21名CD患者和10名非IBD患者），可能影响结果的普遍性	研究克罗恩病狭窄病变的纤维化机制及其相关细胞和基因网络	克罗恩病患者的肠道狭窄病变组织	数字病理学	克罗恩病	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	61个样本（来自21名CD患者和10名非IBD患者）
288	2025-07-24	Atlas of amnion development during the first trimester of human pregnancy 2025-Jul, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01696-9 PMID:40659869	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究人类妊娠早期羊膜的细胞类型及其动态重塑过程	首次系统鉴定了人类妊娠早期羊膜的主要细胞类型和亚型，揭示了上皮-间质和上皮-免疫细胞间的动态转变及关键细胞间通讯通路	研究仅聚焦于妊娠早期羊膜发育，未涵盖整个妊娠周期	阐明羊膜在早期妊娠中的细胞组成、动态重塑及发育机制	人类妊娠早期羊膜组织	发育生物学	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量（人类早期妊娠羊膜组织）
289	2025-07-24	Featured Immune Characteristics of Periodontitis and Primary Sjögren's Syndrome Revealed by Single-Cell Transcriptome Analyses 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70713 PMID:40696268	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示牙周炎和原发性干燥综合征的免疫特征	首次在单细胞水平上全面比较了牙周炎和原发性干燥综合征的免疫细胞景观，并揭示了两种疾病之间的共同分子机制	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探究牙周炎和原发性干燥综合征在免疫细胞层面的关联和共同分子机制	健康对照组、牙周炎患者和原发性干燥综合征患者的外周血单个核细胞	生物信息学	牙周炎, 原发性干燥综合征	单细胞转录组测序, NicheNetr分析	Seurat, NicheNetr	单细胞RNA测序数据	来自NCBI和NGDC数据库的健康对照组、牙周炎和原发性干燥综合征患者的PBMC数据
290	2025-07-24	Extracellular Origins of Cognition: Lessons from Primate Neocortical ECM 2025-Jul, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.13979 PMID:40696865	comments	本文评论了Vilicich等人的研究，该研究通过多模态方法构建了人类和非人灵长类动物发育中新皮质的ECM图谱	研究整合了单细胞转录组学、蛋白质组学和免疫组织荧光技术，揭示了ECM在皮质层和发育阶段的特异性分布	评论文章未直接进行实验研究，主要基于对他人研究的分析和讨论	探讨ECM在神经发育中的作用及其与神经发育障碍的潜在关联	人类和非人灵长类动物的发育中新皮质	神经科学	神经发育障碍	单细胞转录组学、蛋白质组学、免疫组织荧光	NA	分子数据、图像数据	NA
291	2025-07-24	Leveraging hypoxia-related genes signature for predicting the prognosis of bladder cancer 2025-Jun-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2025-118 PMID:40687655	研究论文	本研究探讨了缺氧相关基因（HRGs）在膀胱癌（BC）中的功能作用，并构建了一个预后风险模型	开发了一个基于HRGs的新型预后风险模型，并分析了其与免疫微环境、突变模式、药物敏感性及基因发育轨迹的关系	研究对缺氧在膀胱癌中的机制探讨仍有限，且模型需进一步验证	探索HRGs在膀胱癌中的功能作用，并构建预后风险模型以优化患者治疗效果	膀胱癌患者及其缺氧相关基因	生物信息学	膀胱癌	ssGSEA、qRT-PCR、单细胞测序	预后风险模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
292	2025-07-24	A pre-menopausal single-cell atlas for ovarian drug discovery 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.20.660779 PMID:40666883	研究论文	本文介绍了一个针对绝经前女性的单细胞图谱（PreMeno Atlas），旨在促进卵巢生物学研究和避孕靶点发现	首次整合了绝经前女性的单细胞数据集，包括14个组织的511,365个细胞，特别关注卵巢细胞基因特征和潜在药物靶点	研究主要基于绝经前女性数据，可能不适用于其他年龄段人群	促进对绝经前阶段卵巢生物学的理解，并支持针对年轻人群（如生育管理）的卵巢基因靶点识别	绝经前女性的卵巢细胞和其他13种组织细胞	单细胞生物学	生育管理	单细胞测序，空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	511,365个细胞（来自14个组织）
293	2025-07-24	MHCIIhiLYVE1loCCR2hi Interstitial Macrophages Promote Medial Fibrosis in Pulmonary Arterioles and Contribute to Pulmonary Hypertension 2025-Jun-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326173 PMID:40357547	research paper	该研究探讨了间质巨噬细胞（iMΦ）在肺动脉高压（PH）中促进肺动脉中膜纤维化的作用及其机制	首次发现MHCIIhiLYVE1loCCR2hi iMΦs通过WNT11/PCP通路促进肺动脉平滑肌细胞向成纤维细胞样表型转化，从而加剧肺动脉中膜纤维化	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证相对有限	阐明间质巨噬细胞在肺动脉高压发病机制中的作用	肺动脉高压患者和实验性PH动物的肺组织样本	病理生理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、谱系追踪、组织学分析、共培养实验、转基因动物实验	动物模型（Sugen-5416+缺氧+常氧刺激模型）	基因表达数据、组织学图像数据	患者样本和实验动物样本（具体数量未明确说明）
294	2025-07-24	Dissecting the liver inflammation ecosystem identifies annexin A1 as a pro-resolving target for liver failure 2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001427 PMID:40560812	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，解析了急性-慢性肝衰竭（ACLF）中的免疫景观，并发现ANXA1作为潜在的治疗靶点	首次全面描述了ACLF的免疫特征，并鉴定出ANXA1-FPR1轴作为炎症调控的关键通路	研究主要基于观察性数据，需要进一步实验验证ANXA1的治疗效果	解析ACLF的免疫机制并寻找治疗靶点	急性-慢性肝衰竭患者的肝脏组织和免疫细胞	免疫学	肝衰竭	单细胞RNA测序、空间测序、生物信息学分析	NA	RNA测序数据	ACLF患者、急性肝衰竭患者、失代偿性肝硬化患者和对照组的肝脏样本
295	2025-07-24	Serum amyloid A1-induced intrahepatic regulatory T-cell dysfunction drives autoimmune hepatitis progression 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001419 PMID:40489740	研究论文	本研究探讨了自身免疫性肝炎（AIH）中调节性T细胞（Tregs）的功能障碍及其与血清淀粉样蛋白A1（SAA1）的关系	揭示了AIH中肝内Tregs功能受损的机制，并发现SAA1通过toll样受体2影响Tregs功能，提出了针对SAA1的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类AIH患者中进行验证	探究AIH中Tregs功能障碍的机制及潜在治疗靶点	自身免疫性肝炎（AIH）小鼠模型中的调节性T细胞（Tregs）	免疫学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）、AAV8介导的基因治疗	FoxP3-DTR/eGFP小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用AIH小鼠模型进行研究
296	2025-07-24	Deficient FANCL Predisposes Endothelial Damage: A New Therapeutic Target for Pulmonary Hypertension 2025-Jun-06, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202408-1655OC PMID:40479584	research paper	该研究探讨了FANCL缺陷如何促进肺动脉高压（PAH）的发展，并提出靶向修复FANCL作为治疗PAH的新策略	首次揭示了FANCL缺陷在PAH发病机制中的关键作用，并通过基因补充和药物干预验证了其治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体临床试验中验证	阐明FA通路、DNA损伤与PAH之间的相互作用机制	FANCL基因缺陷小鼠模型、PAH患者肺标本和肺动脉内皮细胞、野生成和Fanclkf/kf小鼠的原代培养肺微血管内皮细胞	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、腺相关病毒介导的基因过表达	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	临床样本（PAH患者肺标本和PAECs）、小鼠模型和体外培养细胞
297	2025-07-24	A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma 2025-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02161-3 PMID:40399607	研究论文	应用单细胞空间转录组学揭示健康和哮喘状态下气道壁的细胞生态系统及其相互作用	首次揭示了健康和哮喘气道壁中促炎性细胞生态系统的空间分布及其相互作用机制	研究样本可能不足以代表所有哮喘亚型，且未探讨其他呼吸道疾病中的类似现象	解析气道壁细胞的空间分布及其在健康和哮喘状态下的相互作用	健康和哮喘患者的气道壁细胞	单细胞空间转录组学	哮喘	单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	健康和哮喘患者的气道壁样本
298	2025-07-24	Single-cell transcriptome analyses reveal the mechanism of mitochondrial activity in erectile dysfunction 2025-Jun, Sexual medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1093/sexmed/qfaf049 PMID:40689149	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了线粒体功能在勃起功能障碍（ED）中的机制	首次在单细胞水平上系统性地描述了ED的细胞异质性，并识别了与ED相关的线粒体基因和功能通路	样本代表性有限且缺乏直接实验验证	探究线粒体功能对勃起功能障碍细胞异质性的影响	勃起功能障碍患者的组织样本	单细胞转录组学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	64,993个高质量细胞
299	2025-07-24	Preterm birth increases susceptibility to hyperglycemia induced glomerular alterations in male mice 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00103-5 PMID:40442182	research paper	该研究探讨了早产对高血糖诱导的肾小球改变的影响	首次研究了早产对糖尿病肾病进展的影响，并揭示了早产如何增加高血糖诱导的肾损伤的易感性	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性小鼠或人类数据	确定早产对高血糖暴露后肾脏健康的影响	早产和足月出生的CD-1小鼠	NA	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、组织学、分子和成像技术	NA	分子和成像数据	早产和足月出生的CD-1小鼠
300	2025-07-24	D-SPIN constructs gene regulatory network models from multiplexed scRNA-seq data revealing organizing principles of cellular perturbation response 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.19.537364 PMID:37131803	research paper	介绍了一种名为D-SPIN的计算框架，用于从单细胞mRNA测序数据中构建基因调控网络模型	D-SPIN能够从数千种不同扰动条件下的单细胞mRNA测序数据中构建基因调控网络的定量模型，揭示细胞对扰动的响应机制	未明确提及具体局限性	揭示细胞信息处理和生理控制的原则	单细胞mRNA测序数据	computational biology	NA	scRNA-seq	D-SPIN	gene expression data	数千种不同扰动条件下的数据