单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-06-17	ISLR knockdown enhances radiotherapy-induced anti-tumor immunity by disrupting the Treg-mregDC-lymphoid niche in triple-negative breast cancer 2025-Jun-14, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114988 PMID:40517736	研究论文	本研究探讨了放疗如何通过调节ISLR表达影响三阴性乳腺癌的免疫治疗效果	揭示了ISLR通过调控MIF/CD74信号通路在免疫逃逸中的关键作用，并证明靶向ISLR可增强放疗和免疫治疗的协同效应	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在临床患者中验证	探索放疗对ISLR表达的调节作用及其对三阴性乳腺癌免疫治疗的影响	三阴性乳腺癌细胞系(MDA-MB-231)和小鼠移植瘤模型	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学分析	小鼠异种移植模型	基因表达数据、细胞功能数据	细胞系实验和小鼠模型(具体数量未明确说明)
282	2025-06-17	Chemokine CCL12 in trigeminal ganglion contributes to CFA-induced mechanical allodynia in mice 2025-Jun-13, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.06.026 PMID:40517940	研究论文	本研究探讨了CCL12在三叉神经节中对CFA诱导的小鼠机械性异常性疼痛的作用	揭示了CCL12通过促进巨噬细胞浸润及IL-6和TNF-α的产生，在CFA诱导的口面部异常性疼痛中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	研究CCL12在慢性炎症性疼痛中的作用机制	小鼠三叉神经节	神经科学	慢性疼痛	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光	小鼠疼痛模型	基因表达数据, 行为数据	未明确说明小鼠数量
283	2025-06-17	Single cell RNA-sequencing reveals BHLHE40 and NDRG1 as key regulatory molecules modulating the trophoblastic senescence in preeclampsia 2025-Jun-11, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.06.009 PMID:40517485	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了BHLHE40和NDRG1在调节子痫前期滋养层细胞衰老中的关键作用	首次发现BHLHE40和NDRG1是调节子痫前期滋养层细胞衰老的关键分子，并验证了其临床预测价值	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要更多体内实验验证	探究子痫前期滋养层细胞衰老的分子机制和关键调控靶点	子痫前期患者的胎盘组织和LPS诱导的子痫前期大鼠模型	生物信息学	子痫前期	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ChIP检测, 批量转录组测序, WGCNA分析	nomogram预测模型	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE173193, GSE24129, GSE75010)和实验验证样本
284	2025-06-17	Specificity protein 1 suppresses prohibitin 1 to induce macrophage M1 polarization and impair phagocytosis, exacerbating sepsis-associated acute lung injury 2025-Jun-05, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.434 PMID:40482976	研究论文	本研究探讨了特异性蛋白1（SP1）和抑制蛋白1（PHB1）轴在脓毒症相关急性肺损伤（ALI）中调控巨噬细胞极化和功能的作用	首次揭示了SP1通过转录抑制PHB1表达，促进巨噬细胞M1极化并损害吞噬功能，从而加剧脓毒症诱导的ALI	未来研究需要探索针对调节巨噬细胞极化和改善脓毒症相关ALI免疫稳态的靶向治疗	研究脓毒症相关急性肺损伤的分子机制及潜在治疗靶点	巨噬细胞极化和功能	分子生物学与免疫学	脓毒症相关急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量测序（HTS）、机器学习（ML）算法、免疫荧光、ELISA、RT-qPCR、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	使用盲肠结扎穿孔（CLP）诱导的小鼠模型进行体内外研究
285	2025-06-17	Role and Validation of Lactylation-Related Gene Markers in Postmenopausal Osteoporosis 2025-Jun, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-025-05216-1 PMID:40131629	研究论文	本研究探讨了乳酰化相关基因标记在绝经后骨质疏松症中的作用及其验证	首次结合单细胞RNA测序和转录组数据，利用多组学数据和机器学习算法识别与PMOP因果相关的基因及诊断基因	研究样本来源和数量未明确说明，可能影响结果的普适性	探究乳酰化相关基因在绝经后骨质疏松症发展中的具体作用及其作为诊断标志物的潜力	绝经后骨质疏松症患者	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 转录组分析, 孟德尔随机化(MR)分析	多种机器学习算法组合	单细胞RNA测序数据, 转录组数据	NA
286	2025-06-17	Genetic and genomic insights into male reproductive tract development 2025-Jun, Fertility and sterility IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.fertnstert.2025.03.024 PMID:40174856	综述	本文回顾了男性生殖道（MRT）发育的遗传和基因组分析，强调了单细胞测序在发现细胞类型和细胞过程中的应用	利用单细胞测序技术揭示了MRT发育中的细胞类型和过程，并系统性地整理了与MRT发育相关的表型术语和基因	小鼠数据与人类数据在表型术语和基因关联上存在差异，需要进一步的知识协调	理解男性生殖道发育的遗传基础及其与成年后医疗结果的关系	男性生殖道发育相关的基因和表型	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	涉及269个独特基因和35个表型术语
287	2025-06-17	Pathological α-synuclein dysregulates epitranscriptomic writer METTL3 to drive neuroinflammation in microglia 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115618 PMID:40279247	research paper	该研究探讨了m6A甲基转移酶复合物中的METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的作用	揭示了METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的新作用，特别是在小胶质细胞中的调控机制	研究主要基于体外和动物模型，人类组织样本的分析仍需进一步验证	探究m6A RNA修饰在神经退行性疾病中的作用机制	人类小胶质细胞、星形胶质细胞、阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）和路易体痴呆（DLB）患者的死后组织	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据、组织样本	人类死后组织样本及体外培养的细胞模型
288	2025-06-17	Transcription factors that define the epigenome structures and transcriptomes in microglia 2025-May-25, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104814 PMID:40425139	研究论文	本文探讨了转录因子如何通过定义小胶质细胞的表观基因组结构和转录组来维持大脑健康	识别了PU.1、IRF8、SALL1和SMAD4这四个转录因子作为小胶质细胞身份的决定因素，并揭示了它们如何与其他转录因子协同作用	未提及具体实验的样本量或研究范围限制	研究小胶质细胞转录组程序的调控机制及其在神经炎症和神经退行性疾病中的作用	小胶质细胞及其转录因子	表观遗传学	神经退行性疾病	ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	NA
289	2025-06-17	Longitudinal single-cell analysis reveals RUNX1T1 as an early driver in treatment-induced neuroendocrine transdifferentiation 2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653660 PMID:40463134	研究论文	通过纵向单细胞分析揭示了RUNX1T1作为治疗诱导神经内分泌转分化的早期驱动因素	首次在患者来源的异种移植模型中识别出一个新的早期中间过渡细胞状态，并发现RUNX1T1作为神经内分泌转分化的关键转录调节因子	研究仅基于单一患者来源的异种移植模型，可能限制了结果的普适性	探索治疗诱导神经内分泌前列腺癌(t-NEPC)发展过程中的时间动态和分子驱动因素	前列腺腺癌向神经内分泌癌转分化过程	癌症生物学	前列腺癌	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	患者来源的异种移植模型(PDX)	单细胞转录组数据	7个时间点的样本(从去势前到复发NEPC)
290	2025-06-17	Spatial transcriptomics highlights B cells as key contributors to a complete and durable response to chemo-immunotherapy in a patient with resectable NSCLC 2025-May-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011563 PMID:40350207	research paper	该研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示B细胞在可切除非小细胞肺癌患者对化疗免疫疗法产生完全和持久反应中的关键作用	利用空间转录组学结合单细胞RNA测序和血清蛋白质组分析，首次揭示了B细胞在不同成熟状态下的关键作用，并观察到治疗后原发肿瘤中三级淋巴结构的形成	研究仅基于一个病例，样本量有限，需要更大规模的研究验证结果	探索可切除非小细胞肺癌患者对化疗免疫疗法产生完全和持久反应的分子机制	一名可切除非小细胞肺癌伴同步脑转移的患者	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, single-cell RNA-sequencing, serum proteomic profiling	NA	transcriptomic data, proteomic data	1名患者（包括治疗前脑转移灶和治疗后原发肺肿瘤组织）
291	2025-06-17	Hepatic stellate cell heterogeneity: Functional aspects and therapeutic implications 2025-May-08, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001386 PMID:40338161	综述	本文综述了肝星状细胞（HSCs）在健康和疾病肝脏中的异质性及其功能	整合了单细胞测序、空间转录组学及临床前和临床数据，提供了对HSC异质性的最新理解	NA	探讨HSC异质性在肝脏稳态和疾病中的作用及其治疗潜力	肝星状细胞（HSCs）及其与肝细胞、内皮细胞、巨噬细胞/单核细胞、T细胞和肿瘤细胞的相互作用	NA	肝病	单细胞测序, 空间转录组学	NA	NA	NA
292	2025-06-17	Revolutionizing cancer treatment: Navigating the intricate landscape of cellular signaling networks 2025-May, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University IF:2.1Q3 DOI:10.17219/acem/205024 PMID:40418208	研究论文	探讨癌症治疗中细胞信号网络的动态重连及其对治疗抵抗的影响	利用单细胞多组学、空间转录组学和AI驱动的网络建模等创新技术解析癌症的适应性机制	未提及具体研究样本大小或数据类型的限制	通过整合系统生物学与计算和实验方法，设计能够克服癌症进化适应性的适应性疗法	肿瘤细胞、非编码基因组和微环境之间的动态交互	系统生物学	癌症	单细胞多组学、空间转录组学、AI驱动的网络建模	AI-powered network modeling	多组学数据	NA
293	2025-06-17	A single-cell sequencing-based analysis of a 13-year-old with maxillary sinus NUT carcinoma 2025-Mar, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107185 PMID:39862476	研究论文	通过对一名13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织进行单细胞RNA测序，揭示了肿瘤微环境中的细胞异质性和潜在治疗靶点	首次利用单细胞RNA测序技术分析NUT癌的肿瘤微环境，发现上皮细胞亚群的不同功能特征和免疫微环境的特征	研究仅基于一名患者的样本，样本量较小，结果可能需要更大规模的研究验证	探索NUT癌的肿瘤生物学特性和潜在治疗靶点	13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织	数字病理	NUT癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1名患者的肿瘤组织
294	2025-06-17	Single-cell chromatin accessibility landscape profiling reveals the diversity of epigenetic regulation in the rat nervous system 2025-Jan-24, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04432-y PMID:39856121	研究论文	通过单细胞ATAC-seq技术分析大鼠神经系统中的染色质可及性，揭示细胞类型特异性调控元件及其在脑功能中的作用	首次在大鼠神经系统多个脑区生成单细胞染色质可及性图谱，并整合RNA-seq数据构建少突胶质前体细胞中以Jun转录因子为中心的基因调控网络	研究仅针对成年大鼠，未涵盖发育阶段或其他物种	解析哺乳动物神经系统的表观遗传调控多样性	16个大鼠脑区的174,593个高质量细胞核	表观遗传学	神经系统疾病	scATAC-seq, 单核RNA-seq	基因调控网络(GRN)	表观基因组数据	174,593个细胞核(来自16个脑区)
295	2025-06-17	High expression of CCL3/CCL4/CCL5/CCR5 promotes exhausted CD8+ T cells terminal differentiation and is associated with poor prognosis in pediatric B-ALL patients 2025 Jan-Dec, International journal of immunopathology and pharmacology IF:3.0Q2 DOI:10.1177/03946320251346823 PMID:40522146	研究论文	本研究旨在识别B-ALL细胞与耗竭CD8 T细胞之间差异上调的配体-受体相互作用，并基于CCL3/CCL4/CCL5表达水平开发多变量Cox回归模型以预测儿童B-ALL患者的总生存期	首次报道了CCL3/CCL4/CCL5-CCR5轴在B-ALL中终末耗竭CD8 T细胞分化中的关键作用，并开发了创新的分层模型	NA	探索B-ALL细胞对耗竭T细胞亚群的影响及其对患者预后的影响	儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者	生物医学研究	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）	多变量Cox回归模型	转录组数据	221例儿童B-ALL样本及来自研究中心的成人B-ALL患者数据
296	2025-06-17	Candida albicans: a historical overview of investigations into an important human pathogen 2025-Jan-01, Canadian journal of microbiology IF:1.8Q4 DOI:10.1139/cjm-2025-0036 PMID:40522159	review	本文回顾了白色念珠菌研究的历史发展，从早期临床观察到现代高通量基因组技术	整合了多组学方法，以增强对白色念珠菌感染的理解和控制能力	NA	追踪白色念珠菌研究的历史发展，并探讨新技术在抗真菌耐药性中的应用	白色念珠菌	微生物学	念珠菌病	基因组学、转录组学、CRISPR-Cas9、全基因组测序、功能基因组学、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
297	2025-06-17	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2024-09-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52440-0 PMID:39333113	研究论文	开发了一种计算方法来整合scHi-C和scRNA-seq数据，以精确定义3D调控和生物背景依赖的细胞亚群	首次在单细胞分辨率上整合了3D染色质结构和基因表达数据，定义了新的拓扑整合亚群（TISPs）和拓扑保守关联域（CAD）	研究主要基于乳腺癌细胞模型系统，可能在其他癌症类型中的适用性有待验证	探索3D染色质结构在单细胞分辨率上对细胞异质性的调控机制	乳腺癌细胞	计算生物学	乳腺癌	scHi-C, scRNA-seq	MUDI算法	单细胞测序数据	公开可用的和新生成的scHi-C和scRNA-seq数据
298	2025-06-17	Single Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma in Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.10.561724 PMID:39386437	研究论文	通过单细胞RNA测序分析导管原位癌（DCIS）和匹配的正常乳腺组织，揭示了基因型与表型之间的复杂关系及其对上皮组成的影响	利用单细胞RNA测序和推断的拷贝数变异（CNV）分析DCIS病变，揭示了肿瘤内克隆异质性与基因表达差异的关联，并发现特定细胞状态比例的改变与癌症进展相关	研究主要基于临床标本和档案样本，可能受到样本数量和质量的限制	探究导管原位癌（DCIS）生长及进展为浸润性癌症的机制	导管原位癌（DCIS）病变和匹配的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、拷贝数变异（CNV）分析、系统发育分析	NA	RNA-seq数据	临床标本和档案样本中的DCIS病变及正常乳腺组织
299	2025-06-17	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals a myeloid cell-related regulon predicting neoadjuvant immunotherapy response across cancers 2024-05-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05123-9 PMID:38773508	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了与髓系细胞相关的调节子在预测跨癌症新辅助免疫治疗反应中的作用	发现了一个与免疫检查点抑制剂(ICI)反应相关的PPARG调节子，并构建了髓系细胞图谱	研究样本量有限，主要集中在肺癌、结直肠癌和乳腺癌	探索免疫治疗反应的潜在机制并预测ICI反应	肺癌、结直肠癌和乳腺癌患者	生物信息学	肺癌、结直肠癌、乳腺癌	scRNA-seq、pySCENIC、Symphony参考映射	NA	RNA测序数据	1例治疗前和1例治疗后达到病理完全缓解的肺腺癌患者，以及多个公共数据集（包括TCGA泛癌队列和5个ICI转录组队列）
300	2025-06-17	Human surface ectoderm and amniotic ectoderm are sequentially specified according to cellular density 2024-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh7748 PMID:38427729	research paper	该研究开发了一种人类多能干细胞模型，用于研究羊膜外胚层和表面外胚层的分化机制	提出了基于细胞密度的人类羊膜外胚层和表面外胚层分化机制的新模型	研究结果基于体外培养系统，可能无法完全反映体内发育情况	探究人类非神经外胚层发育机制	人类多能干细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	干细胞分化模型	基因表达数据	NA