单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-08-08	A unified framework for cell-type-specific eQTL prioritization by integrating bulk and scRNA-seq data 2025-Feb-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2024.12.018 PMID:39824189	研究论文	本文提出了一个统计框架IBSEP，通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据来增强细胞类型特异性eQTL的优先级排序	IBSEP框架通过分层线性模型整合两种数据类型的汇总统计，克服了各自技术的局限性并利用了各自的优势	scRNA-seq研究受限于较小的样本量和技术限制	提高细胞类型特异性eQTL的优先级排序，以更深入地理解复杂疾病的遗传基础	外周血单个核细胞和大脑皮层数据集	基因组学	复杂疾病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	分层线性模型	RNA-seq数据	未明确说明具体样本量，但包括外周血单个核细胞和大脑皮层数据集
282	2025-08-08	Exploring the Expanded Role of Astrocytes in Primate Brain Evolution via Changes in Gene Expression 2025-Feb-05, Brain, behavior and evolution DOI:10.1159/000544004 PMID:39907990	review	本文探讨了灵长类动物大脑进化中星形胶质细胞基因表达的变化及其扩展作用	聚焦于灵长类动物星形胶质细胞基因表达和调控的进化，结合新技术如诱导多能干细胞和单细胞RNA测序	主要基于现有文献综述，缺乏新的实验数据	理解星形胶质细胞在灵长类动物大脑进化中的角色及其与神经退行性疾病的关联	灵长类动物的星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病, 帕金森病	诱导多能干细胞, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
283	2025-08-08	Integrative analysis of polyamine metabolism-related genes in gliomas: implications for prognosis and therapy 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1517557 PMID:40761256	研究论文	本文通过整合分析多胺代谢相关基因在胶质瘤中的作用，构建了一个预后风险模型，并探讨了其对治疗的潜在意义	首次基于多胺代谢相关基因构建了胶质瘤预后风险模型，并系统研究了肿瘤免疫微环境及药物敏感性	研究依赖于公共数据库数据，缺乏前瞻性临床验证	探索多胺代谢相关基因在胶质瘤预后评估和治疗中的潜在价值	胶质瘤患者	生物信息学	胶质瘤	LASSO Cox回归分析、WGCNA、单细胞RNA测序	风险预测模型	mRNA表达数据、单细胞测序数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的胶质瘤样本
284	2025-08-08	Identification of novel molecular subtypes and construction of a prognostic signature via multi-omics analysis and machine learning in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1590216 PMID:40761262	研究论文	通过多组学分析和机器学习识别肺腺癌的新分子亚型并构建预后特征	应用10种不同的聚类算法识别新的分子亚型，并构建了一个基于多组学和机器学习的预后特征（MO-MLPS），该特征在多个独立数据集中验证并优于49个已发表的预后特征	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和多样性，且体外实验需要进一步在体内验证	增强肺腺癌（LUAD）患者的预后分层	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, 多组学分析, 机器学习	多种机器学习算法	多组学数据, 单细胞RNA测序数据	TCGA-LUAD数据集和六个独立的GEO数据集
285	2025-08-08	ScaleSC: a superfast and scalable single-cell RNA-seq data analysis pipeline powered by GPU 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf167 PMID:40761324	research paper	介绍了一种基于GPU加速的大规模单细胞RNA-seq数据处理工具ScaleSC，显著提高了处理速度和可扩展性	利用GPU计算生态系统（如CuPy和CUDA）开发了ScaleSC，实现了超过20倍的速度提升，并能处理10-20百万个细胞的超大规模数据集	未明确提及具体限制，但暗示单A100卡处理能力虽强，但可能仍受限于更大规模数据集或多GPU支持的需求	解决大规模单细胞RNA-seq数据处理速度慢和可扩展性差的问题	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞RNA-seq数据	10-20百万个细胞，超过1000批次
286	2025-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Integrated with Bulk-RNA Sequencing Analysis Reveals Prognostic Signatures Based on PANoptosis in Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S533777 PMID:40761429	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序与批量RNA测序分析结合，揭示了基于PANoptosis的肝细胞癌预后特征	整合单细胞和批量RNA测序数据，结合机器学习方法，识别与PANoptosis相关的预后特征，并发现YIF1B作为双重预后生物标志物和肿瘤驱动因子	研究主要依赖生物信息学分析和实验研究，临床验证尚不充分	探索肝细胞癌进展中PANoptosis相关机制，以确定可操作的治疗靶点并优化患者特异性治疗结果	肝细胞癌患者	数字病理	肝细胞癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习	NA	RNA测序数据	NA
287	2025-08-08	Chevreul: an R bioconductor package for exploratory analysis of full-length single cell sequencing 2025, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.158 PMID:40761736	研究论文	介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Chevreul与其他scRNA-seq分析包的不同之处在于其易用性、分析全长RNA测序数据以获取外显子覆盖和转录本异构体推断的能力，以及对批次校正的支持	NA	开发一个工具，使没有编程经验的研究人员能够分析全长scRNA-seq数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
288	2025-08-08	Unraveling NK cell heterogeneity through single-cell sequencing: insights from physiological and tumor contexts for clinical applications 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612352 PMID:40761786	review	本文综述了通过单细胞测序技术揭示自然杀伤细胞（NK细胞）异质性的研究进展及其在肿瘤免疫治疗中的潜在应用	利用单细胞测序技术高分辨率地解析NK细胞的异质性，为肿瘤免疫治疗提供更精确的信息	NA	探究NK细胞异质性的形成机制及其在肿瘤微环境中的作用，以优化基于NK细胞的个性化治疗策略	自然杀伤细胞（NK细胞）	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞测序	NA	基因表达谱	NA
289	2025-08-08	Integrated multi-omics analysis and machine learning identify G protein-coupled receptor-related signatures for diagnosis and clinical benefits in soft tissue sarcoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561227 PMID:40761790	研究论文	本研究通过整合多组学分析和机器学习方法，识别了G蛋白偶联受体相关特征，用于软组织肉瘤的诊断和临床获益预测	结合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一个包含12种机器学习算法及其127种组合的新型框架，构建了GPR相关特征的诊断和预后模型	研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证	开发软组织肉瘤的诊断和预后预测工具	软组织肉瘤患者	机器学习	软组织肉瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	Stepglm+Enet, 多种机器学习算法组合	基因表达数据	基于TCGA和GEO数据库的数据集
290	2025-08-08	Analysis of immune characteristics and inflammatory mechanisms in COPD patients: a multi-layered study combining bulk and single-cell transcriptome analysis and machine learning 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1592802 PMID:40761855	研究论文	本研究通过结合大量和单细胞转录组分析及机器学习，探讨了COPD患者炎症基因的潜在作用和机制	结合了批量转录组和单细胞转录组分析，利用机器学习构建COPD风险预测模型，并筛选了潜在的中药单体成分	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	探讨COPD患者炎症基因的潜在作用和机制	COPD患者和正常个体的气道上皮组织	数字病理	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	转录组分析、Lasso回归、随机森林算法、单细胞测序、分子对接、分子动力学模拟	Lasso回归、随机森林	转录组数据	未明确说明样本数量，数据来源于GEO数据库
291	2025-08-08	WEST is an ensemble method for spatial transcriptomics analysis 2024-Nov-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100886 PMID:39515332	研究论文	提出了一种名为WEST的加权集成方法，用于提高空间转录组学数据分析的性能和鲁棒性	WEST方法利用集成技术改进了空间转录组学数据分析的准确性和灵活性，相比现有方法有显著提升	NA	改进空间转录组学数据分析的性能和鲁棒性	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	集成方法	空间转录组学数据	合成数据集和真实数据集
292	2025-08-08	Sensitive Multiplexed MicroRNA Spatial Profiling and Data Classification Framework Applied to Murine Breast Tumors 2024-08-06, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c01773 PMID:39044395	研究论文	本文介绍了一种高灵敏度的多重microRNA空间分析方法及其在小鼠乳腺肿瘤中的应用	开发了一种结合滚环扩增(RCA)和双扫描方法的高灵敏度空间检测技术，能够同时定量检测7种microRNA，并具有较大的动态范围(4个数量级)和极低的检测限(0.17 zeptomoles)	目前仅在小鼠乳腺肿瘤中进行了应用验证，尚未在人类临床样本中进行测试	开发高灵敏度的空间microRNA检测方法，以获取更多样本信息	小鼠乳腺肿瘤中的microRNA	数字病理学	乳腺癌	滚环扩增(RCA), 空间转录组学	NA	空间转录组数据	小鼠乳腺肿瘤样本(具体数量未明确说明)
293	2025-08-08	Evaluation of nanoscale versus hybrid micro/nano surface topographies for endosseous implants 2024-01-01, Acta biomaterialia IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.actbio.2023.10.030 PMID:37918471	研究论文	研究纳米级与混合微/纳米级表面形貌对骨整合过程中细胞功能的影响	首次使用单细胞RNA测序技术鉴定体内植入物表面最早的细胞群，并发现纳米级表面通过影响骨祖细胞和免疫细胞（巨噬细胞）以表面特异性方式改变骨形成过程	研究主要关注短期（21天内）的骨整合效果，长期效果尚不明确	评估不同表面形貌对骨整合过程中细胞功能和组织反应的影响	间充质干细胞（MSCs）和骨髓来源巨噬细胞（BMMs）	生物材料	骨疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	体外和体内实验，具体样本数量未明确说明
294	2025-08-08	Adult skin fibroblast state change in murine wound healing 2023-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-27152-4 PMID:36650180	研究论文	本研究通过分析小鼠皮肤伤口愈合过程中的单细胞RNA测序数据，探讨了成纤维细胞的异质性及其在伤口愈合中的作用	发现了一个特定的成纤维细胞亚群（cluster 3），该亚群在伤口皮肤中显著增加，并具有促进上皮间质转化（EMT）和血管生成的特征	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究皮肤伤口愈合过程中成纤维细胞的异质性及其功能	小鼠皮肤伤口愈合过程中的成纤维细胞	生物医学	伤口愈合	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个时间点（第2、4、7、14天）的小鼠皮肤样本
295	2025-08-08	Integrated single-cell transcriptomics and epigenomics reveals strong germinal center-associated etiology of autoimmune risk loci 2021-Oct-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abh3768 PMID:34623901	研究论文	通过单细胞转录组学和表观基因组学整合分析，揭示了生发中心在自身免疫风险位点中的重要作用	首次构建了人类扁桃体的单细胞转录组和表观基因组图谱，并揭示了生发中心相关细胞群在自身免疫遗传变异中的调控潜力	研究仅基于扁桃体组织，可能无法完全代表其他淋巴组织的特性	理解生发中心反应的基因调控原理及其在自身免疫疾病中的作用	人类扁桃体中的免疫细胞亚群	基因组学	自身免疫疾病	单细胞转录组学, 单细胞表观基因组学	NA	单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据	人类扁桃体组织样本
296	2025-08-07	Current concepts in the pathogenesis and clinical management of lymphangioleiomyomatosis 2025-Sep-01, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000001185 PMID:40501369	综述	本文综述了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）的发病机制和临床管理的最新进展，包括对激素途径、免疫系统相互作用、mTOR信号抑制及LAM微环境的理解，以及新型治疗方法的开发	探讨了LAM细胞的子宫起源、免疫逃逸机制、新一代mTOR通路阻断剂的应用，以及单细胞RNA测序和空间转录组学在LAM研究中的应用	NA	总结LAM的发病机制和临床管理的最新研究进展，探索新型诊断和治疗方法	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者及其相关生物学机制	医学研究	淋巴管平滑肌瘤病	单细胞RNA测序、空间转录组学、人工智能	NA	生物标志物数据、转录组数据	NA
297	2025-08-07	Single-cell transcriptomic analyses reveal cellular and molecular patterns of rose petal responses to gray mold infection 2025-Sep, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhaf152 PMID:40756631	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了玫瑰花瓣对灰霉病感染的细胞和分子响应模式	首次在单细胞水平上解析了玫瑰花瓣对灰霉病感染的防御机制，鉴定了7个不同的细胞群和多个关键基因	研究仅针对'Jumilia'玫瑰品种，结果可能不适用于其他玫瑰品种	探究玫瑰花瓣对灰霉病感染的防御机制	玫瑰花瓣细胞	植物病理学	灰霉病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量（玫瑰花瓣细胞）
298	2025-08-07	Cellular senescence in renal ischemia-reperfusion injury 2025-Aug-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003698 PMID:40625295	综述	本文综述了肾缺血再灌注损伤（IRI）中的细胞衰老现象及其在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转化中的关键作用	探讨了细胞衰老在IRI-AKI向慢性肾损伤转变中的核心机制，并讨论了针对细胞衰老的新兴疗法如senolytics和senomorphics	综述性质的文章，未涉及具体实验数据或样本量的限制	阐明细胞衰老在肾缺血再灌注损伤中的作用及其治疗潜力	肾缺血再灌注损伤（IRI）及其相关细胞衰老过程	病理学	肾病	单细胞测序技术、人工智能辅助药物筛选	NA	NA	NA
299	2025-08-07	Decoding the immune microenvironment of secondary chronic myelomonocytic leukemia due to diffuse large B-cell lymphoma with CD19 CAR-T failure by single-cell RNA-sequencing 2025-Aug-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003690 PMID:40625291	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解码了因CD19 CAR-T治疗失败导致的弥漫性大B细胞淋巴瘤继发慢性粒单核细胞白血病的免疫微环境	首次报道了CAR-T治疗后出现的一种新型继发肿瘤CMML，并详细描述了其免疫微环境特征	研究样本量较小，仅基于单个病例	阐明CAR-T治疗后继发肿瘤的发病机制并寻找潜在治疗靶点	CD19 CAR-T治疗失败的DLBCL患者继发CMML的骨髓样本	数字病理学	慢性粒单核细胞白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	1例患者的治疗前后骨髓样本
300	2025-08-07	High-resolution spatial transcriptomics in fixed tissue using a cost-effective PCL-seq workflow 2025-Aug-05, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279906.124 PMID:40764053	研究论文	介绍了一种名为PCL-seq的空间转录组学技术，用于固定组织中的高分辨率基因表达分析	开发了光控DNA标记策略的空间索引方法PCL-seq，适用于冷冻和FFPE组织，并实现亚细胞分辨率	NA	开发一种成本效益高且通用的空间转录组学工作流程	小鼠胚胎冷冻和FFPE组织切片	空间转录组学	NA	PCL-seq（光解和连接测序）	NA	基因表达数据	小鼠胚胎冷冻和FFPE组织切片，检测到约170,000个UMIs和8,600个基因