单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-10-02	Tumor microenvironment delineates differential responders to trastuzumab emtansine in HER2-positive metastatic breast cancer patients previously treated with pyrotinib: an exploratory biomarker analysis of a phase II study (NJMU-BC02) 2025-Sep-29, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02409-2 PMID:41016944	研究论文	本研究探索T-DM1在既往接受吡咯替尼治疗的HER2阳性转移性乳腺癌患者中的疗效及潜在生物标志物	首次通过单细胞RNA测序发现癌细胞低细胞周期活性、活化巨噬细胞和CD8+T细胞与T-DM1疗效相关	样本量较小（36例），为探索性研究需要进一步验证	评估T-DM1在既往接受吡咯替尼和/或曲妥珠单抗+帕妥珠单抗治疗失败的HER2阳性转移性乳腺癌患者中的疗效和安全性	HER2阳性转移性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	36例HER2阳性转移性乳腺癌患者
282	2025-10-02	PD-L1(+) tumor-associated macrophages induce CD8(+) T Cell exhaustion in hepatocellular carcinoma 2025-Sep-29, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2025.101234 PMID:41027276	研究论文	本研究揭示了PD-L1阳性肿瘤相关巨噬细胞通过诱导CD8阳性T细胞耗竭在肝细胞癌免疫逃逸中的关键作用	首次通过整合单细胞转录组学、空间分析和功能实验系统阐明PD-L1(+) TAMs在肝癌中的免疫抑制机制，并验证了抗GM-CSF/抗PD-L1联合治疗的潜在价值	研究样本量相对有限，临床转化需要进一步验证	阐明PD-L1阳性肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌免疫微环境中的具体功能和机制	肝细胞癌患者肿瘤样本（113例）和鼠原位肝癌模型	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色、空间分析、体外功能实验、体内治疗模型	鼠原位肝癌模型	转录组数据、空间分布数据、功能实验数据	113例肝细胞癌患者手术标本和鼠模型样本
283	2025-10-02	Treg-microglia partnership in the injured spinal cord preserves Treg cell function and regulates microglial cholesterol metabolism 2025-Sep-29, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.09.001 PMID:41027425	研究论文	本研究揭示了调节性T细胞在脊髓损伤后通过调控小胶质细胞胆固醇代谢发挥神经保护作用的机制	首次发现Treg细胞与小胶质细胞之间的相互作用机制，特别是通过MHC II和CTLA-4途径调控胆固醇代谢和神经保护功能	NA	阐明调节性T细胞在脊髓损伤中的时空动态变化和具体功能机制	脊髓损伤小鼠模型中的调节性T细胞和小胶质细胞	免疫学与神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光	NA	基因表达数据、细胞表型数据	NA
284	2025-10-02	Dynamic modulation of claudin18.2 expression and remodeling of the tumor microenvironment in gastric cancer during chemo-immunotherapy 2025-Sep-29, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012683 PMID:41027671	研究论文	本研究探讨胃癌化疗免疫治疗期间Claudin18.2表达的动态变化及其对肿瘤微环境的影响	首次揭示CLDN18.2在化疗免疫治疗过程中的动态表达规律及其与免疫抑制性纤维化肿瘤微环境的关联	单臂二期临床试验设计，样本量有限（57例患者），生存结果在CLDN18.2阳性和阴性组间无显著差异	阐明CLDN18.2在胃癌化疗免疫治疗过程中的动态表达模式及其与肿瘤微环境的关系	晚期胃癌患者肿瘤组织样本	数字病理	胃癌	免疫组织化学、全转录组测序、全外显子测序、单细胞RNA测序	NA	组织图像、基因组数据、转录组数据	57例晚期胃癌患者的前瞻性系列肿瘤活检样本
285	2025-10-02	Human single-cell atlas analysis reveals heterogeneous endothelial signaling 2025-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.15.670370 PMID:40894541	研究论文	通过整合15个人体组织的单细胞RNA测序数据，系统研究内皮细胞异质性及其在组织微环境中的调控机制	首次在血管类型和组织微环境双重背景下系统研究内皮细胞异质性，并开发计算流程分析代谢物和蛋白质介导的细胞间通讯模式	研究基于已有单细胞数据集，可能受数据质量和覆盖度的限制	探究不同组织微环境中内皮细胞的异质性及其调控机制	人体多种组织中的内皮细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	主题模型(topic modeling)	单细胞转录组数据	超过300万个单细胞，来自15个人体组织
286	2025-10-02	Single-cell RNA sequencing reveals LGALS9+ epithelial and COMP+ stromal cell crosstalk driving keratoconus pathogenesis 2025-Sep-27, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147969 PMID:41022233	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示圆锥角膜发病机制中LGALS9+上皮细胞与COMP+基质细胞的相互作用	首次发现LGALS9阳性角膜上皮细胞和COMP阳性角膜基质细胞两个疾病特异性细胞亚群及其通过LGALS9-CD44/CD45和血小板反应蛋白信号通路形成的促纤维化、促炎症网络	样本量较小（5例患者和5例对照），需要更大规模研究验证	研究圆锥角膜的细胞图谱，揭示导致疾病进展的关键病理细胞群和信号通路	圆锥角膜患者和健康对照者的角膜组织	单细胞测序分析	圆锥角膜	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、生物信息学分析、免疫荧光、Western blot	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	5例圆锥角膜患者和5例健康对照的角膜组织
287	2025-10-02	SPP1-mediated crosstalk between macrophage and fibroblasts promotes benign airway stenosis 2025-Sep-26, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110627 PMID:41015147	研究论文	本研究通过大鼠模型和体外共培养系统揭示了M2巨噬细胞通过SPP1介导的信号通路促进良性气道狭窄的机制	首次阐明SPP1介导的巨噬细胞-成纤维细胞相互作用在良性气道狭窄中的关键作用，并验证mTOR抑制剂雷帕霉素的治疗潜力	研究主要基于SD大鼠模型和体外实验，需要进一步临床验证	阐明M2巨噬细胞在良性气道狭窄发病机制中的作用	SD大鼠、人肉芽组织来源的成纤维细胞、正常气道组织成纤维细胞	病理机制研究	良性气道狭窄	单细胞RNA测序、生物信息学分析、体外共培养系统	SD大鼠气道狭窄模型	基因表达数据、组织病理学数据	SD大鼠分为5个实验组（正常对照组和建模后第1、4、7、14天组）
288	2025-10-02	Comprehensive Immune Subtyping and Multi-Omics Profiling of the Tumor Microenvironment in Colorectal Cancer: Implications for Prognosis and Personalized Immunotherapy 2025-Sep-26, Current cancer drug targets IF:2.3Q3 DOI:10.2174/0115680096395386250910130110 PMID:41029020	研究论文	本研究通过多组学分析对结直肠癌肿瘤微环境进行免疫分型，并开发预后风险模型	首次整合免疫分型、风险建模、单细胞分析和微生物组分析，揭示微生物多样性对免疫治疗反应的影响	需要更多外部验证和临床前瞻性研究来确认模型的普适性	识别结直肠癌免疫亚型，开发预后模型，探索微生物多样性在肿瘤进展中的作用	结直肠癌患者及其肿瘤微环境	数字病理	结直肠癌	多组学分析、非负矩阵分解(NMF)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化、qPCR	Cox回归、LASSO回归、风险分层模型	多组学数据、单细胞测序数据、微生物组数据	结直肠癌患者样本（具体数量未在摘要中明确说明）
289	2025-10-02	Exploring therapeutic targets for hepatocellular carcinoma through druggable genes 2025-Sep-26, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000044627 PMID:41029168	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和多组学分析探索肝细胞癌的潜在治疗靶点	整合多种分析方法（两样本MR、SMR、贝叶斯共定位和蛋白质相互作用网络）系统识别肝细胞癌的潜在治疗靶点，并在单细胞水平验证表达模式	NA	识别肝细胞癌的潜在治疗靶点和药物靶点	肝细胞癌相关基因和药物靶点	生物信息学	肝细胞癌	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、蛋白质相互作用网络分析	两样本MR、SMR、贝叶斯共定位	基因组数据、单细胞RNA测序数据	NA
290	2025-10-02	A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes 2025-Sep-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63543-7 PMID:40998762	研究论文	本研究揭示了淋巴结淋巴管内皮细胞通过特定基因表达程序实现抗原长期存档的机制	首次定义了抗原存档LECs的独特转录程序，并证明该程序能预测不同疾病状态和物种中的抗原存档能力	NA	探究淋巴管内皮细胞如何实现持久抗原存档及其独特转录特征	小鼠和人类淋巴结中的淋巴管内皮细胞和树突状细胞	生物信息学	传染病	单细胞测序、空间转录组学	机器学习	基因表达数据	多个时间点的免疫后淋巴结组织样本
291	2025-10-02	Macrophage-derived FN1 promotes peritoneal cavity metastasis of gastric cancer by inhibiting the Hippo signaling pathway via SDC4 2025-Sep-24, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2025.120063 PMID:41005547	研究论文	本研究揭示巨噬细胞来源的FN1通过SDC4抑制Hippo信号通路促进胃癌腹膜腔转移的机制	首次发现巨噬细胞通过FN1-SDC4轴调控Hippo信号通路促进胃癌腹膜转移	NA	探究FN1在胃癌腹膜腔转移中的功能及作用机制	胃癌细胞、巨噬细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞测序、Western blot、MTT、迁移侵袭实验、克隆形成实验、细胞黏附实验、动物实验	NA	单细胞测序数据、实验数据	数据集GSE140182
292	2025-10-02	Integrated spatial transcriptomic profiling to dissect the cellular characteristics of tumor-associated tertiary lymphoid structures 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116250 PMID:40934085	研究论文	通过整合23种癌症的空间转录组数据构建泛癌TA-TLS图谱，解析肿瘤相关三级淋巴结构的细胞特征	首次构建泛癌TA-TLS图谱，发现成熟TLS中IgG+浆细胞的优先富集，鉴定CCL19+血管周细胞作为淋巴组织组织细胞，揭示动脉内皮细胞通过Notch信号抑制获得高内皮静脉样表型	研究主要基于空间转录组数据分析，需要进一步实验验证机制	解析肿瘤相关三级淋巴结构(TA-TLS)的细胞特征和形成机制	23种癌症的肿瘤相关三级淋巴结构	空间转录组学	泛癌研究	空间转录组学、计算机模拟分析、体外分析	NA	空间转录组数据	23种癌症的整合数据集
293	2025-10-02	Lymphatic dysfunction is linked to disease pathogenesis in Duchenne muscular dystrophy animal models 2025-Sep-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2505656122 PMID:40966282	研究论文	本研究通过动物模型揭示淋巴功能障碍与杜氏肌营养不良症发病机制之间的关联	首次在DMD动物模型中系统证实淋巴管功能异常与疾病进展的直接关联，并发现炎症性淋巴管生成现象	研究主要基于动物模型，尚未在人类患者中验证	探究杜氏肌营养不良症中淋巴系统是否失调及其与疾病发病机制的关系	小鼠、大鼠和金色猎犬肌营养不良模型，以及淋巴肌肉细胞	病理生理学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序、显微淋巴管造影、磁共振淋巴管成像、免疫荧光分析	动物疾病模型	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	D2小鼠模型、GRMD犬类模型及对应对照组
294	2025-10-02	SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection 2025-Sep-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf936 PMID:40985765	研究论文	提出SPACE框架，通过校正细胞类型混杂效应来改进空间可变基因聚类，从而提升空间域检测效果	无需预先知道基因簇数量、空间模式或细胞类型信息，能有效分离不相关的空间信号并保留特定模式	未明确提及具体的数据规模限制或计算复杂度问题	改进空间转录组分析中的空间域检测方法	空间可变基因(SVGs)	空间转录组学	NA	空间转录组学(ST)	聚类框架	空间转录组数据	NA
295	2025-10-02	Constructing Gene Regulatory Network using Chatterjee's Rank Correlation with Single-cell Transcriptomic Data 2025-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.17.676530 PMID:41000795	研究论文	提出基于Chatterjee秩相关系数的多检验框架，用于从单细胞转录组数据构建基因调控网络	使用非参数依赖度量方法，克服传统方法的理论假设限制，并提出针对非独立观测的数据驱动算法和定向调控检验新方法	NA	开发高效准确的基因调控网络推断方法	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	多检验框架	单细胞转录组数据	模拟数据集和真实数据集
296	2025-10-02	Astragaloside VI attenuates mechanical stress-induced cardiac remodeling through piezo1-VDAC1 dependent endoplasmic reticulum unfolded protein response 2025-Sep-22, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157288 PMID:41027153	研究论文	本研究探讨黄芪甲苷VI通过Piezo1-VDAC1依赖的内质网未折叠蛋白响应通路改善机械应力诱导的心脏重构的作用机制	首次揭示Piezo1-VDAC1相互作用在机械应力诱导心脏重构中的关键作用，并发现黄芪甲苷VI通过调控该通路改善内质网结构和功能的创新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床验证；转基因小鼠模型可能无法完全模拟人类疾病状态	探究黄芪甲苷VI通过Piezo1-VDAC1依赖的内质网未折叠蛋白响应通路治疗机械应力诱导心脏重构的机制	心肌细胞、Piezo1/VDAC1转基因小鼠和野生型小鼠	心血管药理学	心血管疾病	单细胞测序、网络药理学、宏基因组学、激光共聚焦显微镜、免疫荧光、分子生物学实验	转基因动物模型	多组学数据、图像数据、分子生物学数据	Piezo1TG/VDAC1TG转基因小鼠和野生型小鼠（具体数量未明确说明）
297	2025-10-02	Single-Cell Transcriptomics in Inherited Retinal Dystrophies: Current Findings and Emerging Perspectives 2025-Sep-16, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16091088 PMID:41010033	综述	本文综述了单细胞转录组学在遗传性视网膜营养不良研究中的应用现状与前景	系统总结了单细胞转录组学技术在解析视网膜特定细胞簇基因表达特征和早期分子变化方面的独特优势	NA	探讨单细胞转录组学技术如何增进对遗传性视网膜营养不良疾病机制的理解并促进新治疗靶点的发现	遗传性视网膜营养不良疾病	数字病理学	遗传性视网膜营养不良	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
298	2025-10-02	Single-cell multiomics identifies Tcf1 and Lef1 as key initiators of early thymic progenitor fate 2025-Sep-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adq8970 PMID:40938954	研究论文	通过单细胞多组学技术揭示Tcf1和Lef1是调控早期胸腺祖细胞命运的关键起始因子	首次结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，系统解析Tcf1和Lef1在早期胸腺祖细胞形成中的关键作用机制	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类系统中验证	探究调控早期胸腺祖细胞形成的分子机制	小鼠早期胸腺祖细胞	单细胞生物学	免疫系统发育	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	小鼠早期胸腺祖细胞单细胞样本
299	2025-10-02	Dual Therapeutic Impact of AXL Inhibitor AB-329: Chemotherapy Sensitization and Immune Microenvironment Reprogramming in TNBC 2025-Sep-12, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26188896 PMID:41009462	研究论文	本研究探讨AXL抑制剂AB-329在三阴性乳腺癌中的双重治疗作用：化疗增敏和免疫微环境重编程	首次揭示AXL抑制剂AB-329兼具化疗增敏和免疫微环境调控的双重功能，并发现其与紫杉醇联用优于其他化疗药物	研究基于临床前模型，尚未进行人体临床试验验证	评估AXL抑制剂AB-329在三阴性乳腺癌中的抗肿瘤疗效和免疫调节潜力	三阴性乳腺癌临床前模型，包括小鼠同种移植模型和人源化小鼠模型	肿瘤免疫治疗	三阴性乳腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序	临床前动物模型	基因表达数据、免疫细胞浸润数据	未明确具体样本数量，使用小鼠模型和人类乳腺癌组织样本
300	2025-10-02	Innate and adaptive immune features associated with immune-related adverse events 2025-Sep-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012414 PMID:40930749	研究论文	本研究通过多维度方法揭示了免疫检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件（irAE）的免疫学特征	首次系统揭示了irAE患者基线存在的促炎性自身免疫样状态特征及其在ICI治疗后的动态变化	样本量相对有限，需要更大规模研究验证	探索免疫检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件的免疫学机制	接受ICI治疗的癌症患者	免疫学	癌症	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、多重细胞因子检测、抗核抗体分析	NA	基因组数据、蛋白质组数据、细胞表型数据	162名患者