单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39637 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-05-20 |
Integrated analysis of programmed cell death-related genes identifies CORO1A as an apoptosis-associated gene in acute myeloid leukemia
2026, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.21303
PMID:42153148
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研究论文 | 整合程序性细胞死亡相关基因分析，鉴定CORO1A为急性髓系白血病中与凋亡相关的基因 | 首次整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，系统刻画急性髓系白血病中程序性细胞死亡相关基因的景观，并基于多算法框架构建五基因预后模型，同时发现CORO1A作为促凋亡癌基因的潜在作用 | 研究依赖公开数据集，样本量有限；CORO1A的功能验证仅在细胞系中进行，缺乏体内实验支持 | 探索程序性细胞死亡相关基因在急性髓系白血病中的表达谱及其预后和免疫治疗意义 | 急性髓系白血病患者骨髓样本及正常骨髓样本 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO, Cox比例风险模型, 多算法框架（10种学习器，117种组合） | 基因表达数据 | 训练集来自TCGA，测试集来自GSE71014；单细胞数据来自GSE154109（包含AML骨髓样本）；DepMap AML细胞系29个 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 282 | 2026-05-20 |
TNFAIP3 Reprograms T Cell Exhaustion and Restores Anti-Leukemia Immunity in Acute Myeloid Leukemia
2026, Cancer management and research
IF:2.5Q3
DOI:10.2147/CMAR.S592664
PMID:42153165
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现TNFAIP3在急性髓系白血病中调控T细胞耗竭并恢复抗白血病免疫 | 首次识别TNFAIP3为急性髓系白血病中T细胞耗竭的关键调控基因，并证明其过表达可逆转T细胞功能障碍，增强抗白血病免疫 | 研究样本量较小（24例患者和12例健康供者），且功能验证仅在体外进行，未开展体内动物模型实验 | 识别与急性髓系白血病中T细胞耗竭相关的免疫调控基因，并阐明其功能作用 | 急性髓系白血病患者的T细胞及健康供者的外周T细胞 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blotting、慢病毒介导的基因过表达 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 24例急性髓系白血病患者和12例健康供者的外周血T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 283 | 2026-05-20 |
Construction of an early diagnostic model for pulmonary hypertension based on aging-related signature genes and identification of potential therapeutic targets
2025-12-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-28921-7
PMID:41461777
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研究论文 | 基于衰老相关特征基因构建肺动脉高压早期诊断模型并识别潜在治疗靶点 | 首次整合多数据集转录组分析，利用三种机器学习方法筛选衰老相关特征基因，构建高精度诊断列线图，并发现TUL-XXI039作为多靶点潜在治疗化合物 | 研究基于已有数据集和体外模型，缺乏大规模临床验证及体内实验证据 | 开发肺动脉高压早期诊断生物标志物并探索衰老靶向治疗策略 | 肺动脉高压患者转录组数据及体外缺氧诱导的肺动脉平滑肌细胞模型 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 转录组分析、单细胞RNA测序、qPCR、分子对接 | LASSO回归、随机森林、支持向量机、列线图 | 基因表达数据 | 训练队列及多个独立验证队列（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 284 | 2026-05-20 |
Spatial transcriptomic profiling of decalcified murine musculoskeletal samples via Xenium Prime 5K
2025-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.22.693132
PMID:41509209
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研究论文 | 详细描述了利用Xenium Prime 5K平台对小鼠脱钙骨骼肌组织进行空间转录组分析的完整样本处理流程 | 首次提出针对小鼠骨骼肌组织的完整样本处理流程，包括经心灌注、固定、脱钙、石蜡处理及共嵌入策略，实现了高质量空间转录组数据生成，并保留了关键解剖背景 | 未提及明显的局限性，但可实现性可能受限于特定组织类型和平台成本 | 开发一个能够高效生成小鼠骨骼肌组织空间转录组数据的样本处理流程 | 成年小鼠完整膝关节、胫骨和腰椎骨样本 | 数字病理学 | 不适用 | 基于成像的空间转录组学 | 不适用 | 空间转录组数据 | 成年小鼠的多个肌肉骨骼组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium Prime 5K | 10x Genomics Xenium Prime 5K平台进行成像型空间转录组分析 |
| 285 | 2026-05-20 |
Resistance of endothelial cells to SARS-CoV-2 infection in vitro
2025-12-23, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01205-25
PMID:41347787
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研究论文 | 本研究重新评估了内皮细胞对SARS-CoV-2的易感性，发现培养的或原位的内皮细胞均不容易被活病毒直接感染 | 首次在体外培养及人肺切片原位实验中证明，无论培养还是天然的人内皮细胞均不易直接受SARS-CoV-2感染，这挑战了之前认为内皮细胞是病毒靶点的观点 | 研究主要基于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂环境；且样本量有限，结果需要进一步在动物模型或临床研究中验证 | 探讨内皮细胞对SARS-CoV-2的易感性，以澄清其在COVID-19血管炎症中的角色 | 人肺、主动脉内皮细胞、内皮祖细胞以及人肺切片中的原位内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、荧光成像、ELISA、RT-qPCR、假病毒试验 | NA | 图像、基因表达数据 | 内皮细胞来自肺、主动脉和祖细胞培养物，以及人肺切片中的原位细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 用于人肺切片的单细胞RNA测序，捕获与SARS-CoV-2病毒基因组对齐的分子标识符 |
| 286 | 2026-05-20 |
PHD-MS: Multiscale Domain Identification for Spatial Transcriptomics via Persistent Homology
2025-Nov-11, ArXiv
PMID:41293536
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研究论文 | 该论文提出一种基于持续同调的多尺度空间结构识别方法PHD-MS，用于空间转录组学数据中不同形态尺度的组织结构解析 | 首次将拓扑数据分析中的持续同调方法应用于空间转录组学领域，实现跨形态尺度的空间结构识别，超越了传统单尺度聚类方法的局限性 | 对前沿区域等异质性区域的结构解析可能仍需进一步优化 | 开发一种能同时识别空间转录组数据中多尺度组织结构的新算法 | 多种组织类型的空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 持续性同调 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 287 | 2026-05-20 |
Video - Visual Integration of Drosophila Enhancer Organization: A tool for integrating and visualizing chromatin accessibility, in vivo transcription factor binding and motif occurrence in tissue-specific differentially expressed genes
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.27.684897
PMID:41279708
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研究论文 | 介绍VIDEO工具，用于整合和可视化果蝇增强子组织中的染色质可及性、体内转录因子结合及基序出现情况 | 提供了首个交互式网络工具，能够整合染色质可及性、转录因子结合和基序出现数据，在组织特异性上下文中探索基因调控 | 未在正文中明确说明其局限性，但可能受限于果蝇模型及预设的数据类型和基因列表来源 | 开发一个网络分析工具，以可视化和整合组织特异性差异表达基因中保守转录因子结合基序、染色质可及性和转录因子结合数据 | 果蝇组织特异性差异表达基因及其近端增强子区域 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, 原位杂交, 微阵列, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据、转录因子结合数据 | NA（工具演示涉及唾液腺和胚胎后肠的特定基因集） | NA | NA | NA | NA |
| 288 | 2026-05-20 |
Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveal Tumor Cell Characteristics and Communication Features of Primary and Lymphatic Metastatic Hypopharyngeal Squamous Cell Carcinoma
2025-10, Head & neck
DOI:10.1002/hed.28195
PMID:40395022
|
研究论文 | 通过单细胞和 bulk RNA 测序揭示原发性和淋巴转移性下咽鳞状细胞癌的肿瘤细胞特征及通讯特点 | 首次系统比较原发灶与淋巴转移灶中恶性上皮细胞的基因表达差异和细胞通讯特征，并基于配体-受体对构建预后预测模型，有效区分淋巴结转移状态 | 未明确提及样本大小和外部验证队列，可能影响模型泛化性 | 探究下咽鳞癌淋巴结转移的关键驱动因素和潜在治疗靶点，建立预后预测工具 | 下咽鳞状细胞癌原发肿瘤和淋巴转移样本中的恶性上皮细胞 | RNA测序 | 下咽鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | 配体-受体对模型（4-LRs模型） | 单细胞RNA测序数据、bulk RNA测序数据 | 训练集、测试集和整个队列，具体样本数未明确 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | NA | NA |
| 289 | 2026-05-20 |
Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of cerebral cavernous malformations
2025-09-30, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10011-x
PMID:41028361
|
综述 | 综述单细胞测序在脑海绵状血管畸形转录景观中的应用，探讨多种细胞类型的转录特征及治疗策略 | 首次系统综述单细胞RNA测序技术在脑海绵状血管畸形模型中的应用，聚焦内皮细胞、周细胞、成纤维细胞、星形胶质细胞和免疫细胞的转录景观及其对疾病进展的贡献 | 未提及具体局限性 | 总结单细胞RNA测序技术在脑海绵状血管畸形研究中的最新进展，并识别针对不同细胞群的潜在治疗策略 | 脑海绵状血管畸形相关细胞类型，包括内皮细胞、周细胞、成纤维细胞、星形胶质细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 脑部血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 290 | 2026-05-20 |
KC1036, a multi-kinase inhibitor with anti-angiogenic activity, can effectively suppress the tumor growth of Ewing sarcoma
2025-09-18, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10008-6
PMID:40965696
|
研究论文 | 论文研究了多激酶抑制剂KC1036通过抗血管生成活性抑制尤文肉瘤肿瘤生长的有效性 | 首次通过单细胞RNA测序解析尤文肉瘤肿瘤微环境中的细胞间通讯网络，并基于此网络推断出多激酶抗血管生成抑制剂对尤文肉瘤的治疗潜力，进一步验证了新型多激酶抑制剂KC1036优于现有药物 | 研究仅限于临床前模型（CDX和PDX模型），未涉及人体临床试验 | 探索新型多激酶抑制剂KC1036对尤文肉瘤的治疗效果及其潜在机制 | 尤文肉瘤细胞系、CDX小鼠模型和PDX小鼠模型 | 机器学习 | 尤文肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 涉及多种尤文肉瘤细胞系和两种动物模型（CDX和PDX），未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 未提及具体平台详细信息 |
| 291 | 2026-05-20 |
Benchmarking sketching methods on spatial transcriptomics data
2025-Sep-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672376
PMID:40909701
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研究论文 | 系统比较了空间转录组学中不同草图采样方法的性能 | 首次针对空间转录组数据系统评估草图采样方法，提出结合空间信息和表达信息的平滑加权策略以平衡组织覆盖与转录组异质性 | 未在更多多样化组织类型或更高分辨率平台上验证，且模拟数据可能不完全反映真实空间异质性 | 探索现有草图采样方法在空间转录组分析中的适用性及空间偏差影响 | 真实空间转录组数据集（小鼠卵巢、MERFISH脑组织、人乳腺癌、肺）及模拟数据 | 机器学学习 | 乳腺癌、肺癌 | 空间转录组测序 | 随机化SVD、空间加权矩阵 | 空间转录组表达数据及空间坐标 | 四个真实数据集（含小鼠卵巢、人乳腺癌等）及模拟数据 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | MERFISH脑组织数据，其他数据集平台未明确 |
| 292 | 2026-05-20 |
Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels
2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322100
PMID:40371469
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和功能实验，揭示了TRPV4通道在收集淋巴管收缩功能调控中的作用机制，包括TRPV4+髓系细胞与淋巴肌细胞或淋巴内皮细胞之间的相互作用 | 首次系统研究了TRPV4通道在收集淋巴管中的表达模式和功能角色，揭示了TRPV4+髓系细胞通过分泌前列腺素激活TXA2受体导致淋巴管收缩失调的新机制 | 未提及明显的局限性 | 探究TRPV4通道在收集淋巴管中的表达和功能角色及其与淋巴系统疾病的关系 | 小鼠收集淋巴管和乳腺癌相关淋巴水肿患者的活检样本 | 数字病理学 | 淋巴系统疾病, 乳腺癌相关淋巴水肿 | 单细胞RNA测序, 共聚焦显微镜, 功能实验 | NA | 基因表达数据, 图像数据, 功能测量数据 | 小鼠收集淋巴管和乳腺癌相关淋巴水肿患者的活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 293 | 2026-05-20 |
In Vivo and In Vitro Analysis of Cathepsin D in Bone Homeostasis and Osteoporosis
2025-09-01, Journal of musculoskeletal & neuronal interactions
IF:1.7Q4
PMID:40889199
|
research paper | 通过体内与体外分析，探究组织蛋白酶D在骨稳态与骨质疏松中的作用 | 首次利用单细胞测序数据鉴定CTSD在骨质疏松与非骨质疏松状态下的差异表达，并结合体外与体内实验验证其对成骨分化和骨矿物质密度的影响 | 未详细提及具体局限性 | 探索组织蛋白酶D作为骨质疏松潜在生物标志物和治疗靶点的作用 | 人类股骨头组织、人间充质干细胞、小鼠 | machine learning | geriatric disease | single-cell sequencing, RT-qPCR, western blot, immunofluorescence staining, alizarin red staining | NA | single-cell sequencing data, gene expression data, histological staining data | 人类股骨头组织样本（来自GEO数据库），人间充质干细胞（体外实验），卵巢切除小鼠（体内实验） | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 294 | 2026-05-20 |
Identification of High-Risk Cells in Single-Cell Spatially Resolved Transcriptomics Data Using DEGAS Spatial Smoothing
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635803
PMID:39975321
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研究论文 | 利用DEGAS空间平滑方法在单细胞空间转录组数据中识别高风险细胞 | 通过潜在表示和域自适应技术将疾病属性从患者转移到单细胞RNA测序数据中的单个细胞，解决现有方法无法关联单个细胞与疾病特征的问题 | 未明确说明具体局限性 | 评估DEGAS方法在多种单细胞空间转录组平台数据中的适用性，并识别组织样本中的高风险细胞和区域 | 肝细胞癌和皮肤黑色素瘤组织样本，以及新生成的II型糖尿病Xenium数据集 | 机器学习 | 肝细胞癌, 皮肤黑色素瘤, II型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 潜在表示模型, 域自适应模型 | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium平台用于II型糖尿病数据集生成 |
| 295 | 2025-10-06 |
Bridging the gap of late-gestation nephrogenesis using a non-human primate model
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.18.670897
PMID:40894529
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研究论文 | 本研究利用非人灵长类动物模型探索晚期妊娠肾单位生成机制 | 首次在恒河猴中发现晚期妊娠特有的分化肾单位祖细胞谱系分支，揭示了WNT和SEMA信号通路成分在侧支肾单位生成期间的组成变化 | 研究样本量有限，且依赖于公共数据库的人类数据整合 | 阐明晚期妊娠肾单位生成的分子机制 | 恒河猴胎儿肾脏细胞和人类胎儿肾脏细胞 | 发育生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, RNAScope验证 | NA | 单细胞转录组数据 | 9个恒河猴胎儿肾脏样本和8个人类胎儿肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 296 | 2026-05-20 |
Molecular characterization of benign intracranial glioependymal and arachnoid cysts suggest heterogeneous mechanisms of action
2025-Jul-01, Journal of neuropathology and experimental neurology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jnen/nlaf029
PMID:40197611
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研究论文 | 该研究对良性颅内胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿进行分子表征，提出异质性作用机制 | 首次通过单细胞测序和RNA表达分析揭示两种囊肿的细胞组成差异，发现胶质室管膜囊肿中钠转运蛋白和水通道蛋白表达上调，提示主动液体分泌机制 | 样本量较小（仅16例患者），且未进一步验证囊肿形成的分子机制 | 阐明良性颅内囊肿形成和生长的异质性机制 | 16例接受手术治疗的良性颅内囊肿患者的囊壁病理样本（8例）和囊液（4例） | 数字病理学 | 颅内囊肿 | H&E染色、免疫荧光染色、单细胞测序、RNA表达谱分析 | NA | 图像、文本 | 16例患者，其中8例囊壁样本，4例囊液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 297 | 2026-05-20 |
High-throughput differentiation of human blood vessel organoids reveals overlapping and distinct functions of the cerebral cavernous malformation proteins
2025-06-06, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-09985-5
PMID:40478324
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研究论文 | 通过高通量分化人血管类器官，揭示了脑海绵状畸形蛋白CCM1、CCM2和CCM3在功能上的重叠与差异 | 结合高通量血管类器官分化、CRISPR敲除、单细胞RNA测序和高内涵成像，系统比较了三种CCM基因敲除在细胞类型特异性表达模式和增殖行为上的差异 | NA | 阐明CCM1、CCM2和CCM3突变导致不同临床表型（尤其是CCM3更严重）的分子和细胞机制 | 人诱导多能干细胞分化而来的血管类器官及其中的成纤维细胞、神经细胞、间充质细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 脑海绵状畸形 | 单细胞RNA测序、高内涵成像、CRISPR基因敲除 | NA | 图像、基因表达数据 | 96孔板格式中多次分化的血管类器官；涉及CCM1、CCM2和CCM3敲除及野生型对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 298 | 2026-05-20 |
D-SPIN constructs gene regulatory network models from multiplexed scRNA-seq data revealing organizing principles of cellular perturbation response
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.19.537364
PMID:37131803
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研究论文 | 介绍D-SPIN计算框架，从多重单细胞RNA测序数据构建基因调控网络模型，揭示细胞对扰动响应的组织原则 | D-SPIN能够从数千种不同扰动条件下的单细胞mRNA-seq数据生成定量基因调控网络模型，解析基因敲除扰动下的细胞命运决定关键调控因子和远程通路协调机制 | NA | 开发可解释的基因调控网络模型构建框架，揭示细胞信息处理和生理调控原则 | 基因调控网络模型及其在细胞扰动响应中的作用机制 | 机器学习 | NA | NA | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 299 | 2026-05-20 |
Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure
2025-May-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095
PMID:40315846
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，解析儿童高级别胶质瘤的免疫景观，揭示治疗压力下细胞状态的变化 | 首次全面分析儿童高级别胶质瘤的免疫微环境，比较成人与儿童之间的差异，并探索化疗/放疗和免疫检查点抑制治疗后的免疫微环境变化 | 未提供具体局限性信息 | 分析儿童高级别胶质瘤的免疫景观，探究治疗压力下免疫细胞状态变化 | 儿童弥漫性高级别胶质瘤或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞 | 数字病理学 | 儿童高级别胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 来自儿童弥漫性高级别胶质瘤或高级别室管膜瘤患者的配对样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序, 空间转录组学分析 |
| 300 | 2026-05-20 |
Low-Strength Type I Interferon Signaling Promotes CAR T-Cell Treatment Efficacy
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653878
PMID:40463198
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示I型干扰素信号强度对CAR T细胞治疗效果的影响，并提出低强度IFN-I信号增强治疗的新策略 | 首次发现低强度I型干扰素信号可增强CAR T细胞细胞毒性和体内疗效，且与共刺激域类型无关，具有临床转化可行性 | 研究样本量较小（8例患者），且未在其他淋巴瘤亚型或实体瘤中进行验证 | 探索影响CAR T细胞治疗弥漫大B细胞淋巴瘤疗效的分子决定因素，并开发增强策略 | 8例复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者的CAR T细胞输注产品 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8例患者的输注产品 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'测序平台 |