单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-06-18	Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements 2024-09-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52490-4 PMID:39294132	研究论文	本文提出了一种结合高度多重扰动与单细胞RNA测序的实验框架，用于识别细胞类型特异的CRISPRa响应顺式调控元件及其调控的基因	开发了一种新的实验框架，结合多重扰动和单细胞RNA测序，能够高效识别细胞类型特异的CRISPRa响应元件	增强子对CRISPRa的响应受限于细胞类型，可能依赖于染色质景观或其他反式作用因子	开发一种方法用于大规模筛选细胞类型特异的基因激活gRNA	K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元	基因编辑与单细胞测序	自闭症谱系障碍(ASD)和神经发育障碍(NDD)	CRISPRa, sc-RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	493个gRNAs靶向候选顺式调控元件
282	2025-06-18	PRDM3/16 regulate chromatin accessibility required for NKX2-1 mediated alveolar epithelial differentiation and function 2024-09-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52154-3 PMID:39284798	研究论文	研究PRDM3和PRDM16如何通过调控染色质可及性影响NKX2-1介导的肺泡上皮细胞分化和功能	揭示了PRDM3和PRDM16通过调节染色质可及性在NKX2-1依赖的肺泡上皮细胞分化中的关键作用	未明确PRDM3/16与其他共激活因子的具体相互作用机制	探究肺泡上皮细胞分化和功能的表观遗传调控机制	肺泡上皮细胞（AT2细胞和AT1细胞）	表观遗传学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC-seq、CUT&RUN	NA	基因组数据、表观遗传数据	基因敲除小鼠模型
283	2025-06-18	Positionally distinct interferon stimulated dermal immune acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet's syndrome 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.24.600500 PMID:38979312	research paper	该研究通过单核和批量转录组学分析Sweet综合征皮肤样本，揭示了干扰素特征及其在成纤维细胞中的表达，以及这些细胞在促进中性粒细胞招募中的作用	首次在Sweet综合征皮肤中识别出位置不同的免疫活性成纤维细胞亚群，并揭示了它们通过I型干扰素激活促进中性粒细胞招募的机制	研究主要基于临床存档样本和体外培养的成纤维细胞，可能无法完全反映体内复杂的微环境	探究Sweet综合征中中性粒细胞浸润的细胞和分子机制	Sweet综合征患者的皮肤样本和体外培养的人真皮成纤维细胞	digital pathology	Sweet's syndrome	单核转录组学、批量转录组学、单分子分辨率空间转录组学	NA	转录组数据	临床存档的Sweet综合征皮肤样本和体外培养的原代人真皮成纤维细胞
284	2025-06-18	Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq 2024-Jun-26, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4559348/v1 PMID:38978578	研究论文	本文提出了一种名为TORC的策略，用于在单细胞RNA测序（scRNA-seq）监督细胞类型识别中构建参考数据	TORC是首个针对scRNA-seq监督细胞类型识别中参考数据选择和构建的方法，能够缓解参考数据和目标数据之间数据分布和细胞类型组成的差异	未明确提及具体局限性	提高scRNA-seq数据中细胞类型识别的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	模拟和真实数据分析
285	2025-06-18	Single-Cell Analysis Uncovers Striking Cellular Heterogeneity of Lung-Infiltrating Regulatory T Cells during Eosinophilic versus Neutrophilic Allergic Airway Inflammation 2024-Jun-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300646 PMID:38647384	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了嗜酸性粒细胞和中性粒细胞性气道炎症模型中肺部浸润的调节性T细胞（Tregs）的异质性	揭示了不同类型的气道炎症会导致肺部浸润的Tregs表现出显著的异质性，并发现ST2表达与嗜酸性炎症和组织驻留Tregs相关	Treg特异性ST2缺失并未影响嗜酸性过敏性炎症的发展或肺部驻留Tregs的生成，其具体机制仍需进一步研究	探究不同类型过敏性气道炎症对肺部浸润Tregs异质性和组织驻留特性的影响	肺部浸润的Foxp3+调节性T细胞（Tregs）	免疫学	过敏性气道炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
286	2025-06-18	Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment 2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.595971 PMID:38853821	研究论文	本研究探讨了先驱因子ETV2通过招募抑制因子REST来限制内皮细胞（EC）谱系定向的机制	揭示了ETV2通过招募REST抑制非EC谱系基因的创新机制	研究主要基于体外诱导多能干细胞模型，可能不完全反映体内情况	阐明ETV2驱动内皮细胞谱系定向的分子机制	人诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞	发育生物学	NA	CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因组学数据	NA
287	2025-06-18	Identification of epigenetic silencing of the SFRP2 gene in colorectal cancer as a clinical biomarker and molecular significance 2024-05-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05329-x PMID:38802858	研究论文	本研究探讨了SFRP2基因在结直肠癌中的甲基化状态及其作为临床生物标志物的潜力	首次在大型生物样本队列中验证SFRP2甲基化水平与结直肠癌临床分期的关系，并发现其在血液中的预测价值	样本量相对有限，需要更大规模研究验证	探究SFRP2甲基化水平在结直肠癌诊断和治疗中的意义	结直肠癌患者和健康参与者的血液、脂肪和结肠组织样本	分子病理学	结直肠癌	qPCR、450K DNA阵列、DNA焦磷酸测序	NA	基因表达和甲基化数据	健康参与者110人(男48/女62)，结直肠癌患者85人(男61/女24)
288	2025-06-18	A new integrative analysis of histopathology and single cell RNA-seq reveals the CCL5 mediated T and NK cell interaction with vascular cells in idiopathic pulmonary arterial hypertension 2024-05-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05304-6 PMID:38797830	研究论文	通过组织病理学和单细胞RNA测序的综合分析，揭示了特发性肺动脉高压中CCL5介导的T细胞和NK细胞与血管细胞的相互作用	结合WGCNA、差异表达分析、PPI和功能富集分析，以及血流动力学相关的组织病理学评分，识别了IPAH中与炎症相关的枢纽基因，并通过单细胞RNA测序数据进一步验证了这些基因的表达细胞类型及其细胞间相互作用	研究中使用的单细胞RNA测序数据可能受到样本量和数据质量的限制	探索特发性肺动脉高压（IPAH）中炎症和免疫失调的机制	IPAH患者的肺组织样本和单细胞RNA测序数据	生物信息学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、差异表达分析、PPI分析	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	IPAH患者和对照组的肺组织样本，以及单细胞RNA测序数据
289	2025-06-18	Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements 2024-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.28.534017 PMID:37034704	研究论文	本文提出了一种结合多重扰动和单细胞RNA测序的实验框架，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因	开发了一种结合多重扰动和单细胞RNA测序的新方法，用于大规模筛选细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件	未明确提及方法的适用范围或潜在的实验限制	开发一种方法用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因	K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元	基因治疗	自闭症谱系障碍(ASD)和神经发育障碍(NDD)	CRISPRa, 单细胞RNA测序(sc-RNA-seq)	NA	基因表达数据	493个gRNAs靶向的候选调控元件
290	2025-06-18	Glutamine antagonist DRP-104 suppresses tumor growth and enhances response to checkpoint blockade in KEAP1 mutant lung cancer 2024-03-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9859 PMID:38536921	研究论文	研究谷氨酰胺拮抗剂DRP-104在KEAP1突变肺癌中抑制肿瘤生长并增强检查点阻断反应的效果	首次展示了DRP-104通过抑制谷氨酰胺依赖的核苷酸合成和促进抗肿瘤T细胞反应来抑制KEAP1突变肿瘤的生长，并增强抗PD1治疗的响应	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	开发针对KEAP1突变肺癌的靶向治疗方法	KEAP1突变的肺癌肿瘤	肿瘤学	肺癌	多模态单细胞测序和体外功能实验	NA	NA	临床前患者来源的异种移植模型和抗原性原位肺癌模型
291	2025-06-18	Spatially resolved single-cell atlas of ascidian endostyle provides insight into the origin of vertebrate pharyngeal organs 2024-03-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adi9035 PMID:38552007	research paper	通过Stereo-seq和单细胞RNA测序技术，构建了海鞘内柱的空间分辨单细胞图谱，揭示了脊椎动物咽部器官的进化起源	发现了与脊椎动物听觉侧线系统毛细胞转录组相似的细胞群，重塑了对基础脊索动物咽部的理解	NA	探索脊椎动物咽部器官的进化起源	海鞘内柱	单细胞测序	NA	Stereo-seq, 单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
292	2025-06-18	Multiple parallel cell lineages in the developing mammalian cerebral cortex 2024-03-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn9998 PMID:38536915	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和条形码谱系追踪技术，揭示了哺乳动物大脑皮层发育中多个平行细胞谱系的存在	发现了多个顶端放射状胶质细胞(RGC)类别启动平行谱系，最终汇聚到共同的新生神经元类别，这一现象在具有折叠皮层的物种(如雪貂和人类)中保守，但在小鼠中不保守	研究主要关注雪貂和人类，未全面涵盖其他哺乳动物物种	探究具有扩展生发区和折叠皮层物种(如人类)的大脑皮层神经发生机制	雪貂和人类大脑皮层生发区的祖细胞及其谱系	发育神经生物学	大脑皮层畸形	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 条形码谱系追踪	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个雪貂和人类皮层生发区样本
293	2025-06-18	Temporal Single-Cell Sequencing Analysis Reveals That GPNMB-Expressing Macrophages Potentiate Muscle Regeneration 2024-Mar-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4108866/v1 PMID:38585871	研究论文	通过时间单细胞测序分析揭示表达GPNMB的巨噬细胞增强肌肉再生	发现了一种表达GPNMB的独特巨噬细胞亚群，该亚群在巨噬细胞介导的肌肉再生中起关键作用	NA	研究巨噬细胞在骨骼肌修复中的作用及其表型多样性	骨骼肌中的巨噬细胞	生物医学	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	不同时间点的骨骼肌单细胞
294	2025-06-18	Gastrulation-stage gene expression in Nipbl+/- mouse embryos foreshadows the development of syndromic birth defects 2024-03-22, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4239 PMID:38507484	research paper	研究Nipbl+/-小鼠胚胎在原肠胚阶段的基因表达变化，以预测综合征性出生缺陷的发生	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了Nipbl+/-小鼠胚胎在原肠胚和早期心脏新月阶段的基因表达异常及其与Cornelia de Lange综合征的关联	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探讨Nipbl基因缺陷如何通过基因表达失调和细胞谱系分配异常导致出生缺陷	Nipbl+/-和野生型小鼠胚胎	发育生物学	Cornelia de Lange综合征	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和Nipbl+/-小鼠胚胎
295	2025-06-18	Kidins220 and Aiolos promote thymic iNKT cell development by reducing TCR signals 2024-03-15, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj2802 PMID:38489359	研究论文	本文研究了Kidins220和Aiolos在胸腺iNKT细胞发育过程中通过减少TCR信号的作用	首次揭示了Kidins220通过调节TCR信号在iNKT细胞发育不同阶段的双重作用，并确定了Aiolos作为Kidins220下游效应分子的角色	研究主要基于小鼠模型，人类iNKT细胞中的类似机制尚未验证	阐明Kidins220在iNKT细胞发育过程中的调控机制	胸腺iNKT细胞	免疫学	NA	scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	T细胞特异性Kidins220敲除小鼠和Aiolos敲除小鼠
296	2025-06-18	Single-cell nanobiopsy enables multigenerational longitudinal transcriptomics of cancer cells 2024-03-08, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl0515 PMID:38446884	研究论文	介绍了一种能够从单个细胞及其后代中进行多代纵向细胞质采样的纳米活检平台	开发了一种基于扫描离子电导显微镜（SICM）的纳米活检平台，实现了对单个细胞及其后代的多代纵向转录组分析	目前仅在体外对胶质母细胞瘤细胞进行了72小时的实验，尚未在更广泛的细胞类型或更长时间内验证	研究细胞状态转换的动态轨迹，特别是癌症细胞在化疗和放疗后的转录组变化	胶质母细胞瘤（GBM）脑肿瘤细胞	单细胞测序技术	胶质母细胞瘤	扫描离子电导显微镜（SICM），单细胞RNA测序	NA	转录组数据	体外培养的胶质母细胞瘤细胞，实验持续72小时
297	2025-06-18	ACC1-mediated fatty acid biosynthesis intrinsically controls thymic iNKT cell development 2024-02-21, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxad049 PMID:38041796	研究论文	本研究探讨了乙酰辅酶A羧化酶1（ACC1）在胸腺不变自然杀伤T细胞（iNKT细胞）发育中的关键作用	揭示了ACC1通过调控细胞存活来控制胸腺iNKT细胞发育的新机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类iNKT细胞的发育	探究代谢通路在iNKT细胞发育中的作用	胸腺iNKT细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	T细胞特异性ACC1缺失的小鼠模型
298	2025-06-18	Techniques for Rapidly Sampling Six Crucial Organs in Adult Xenopus 2024-02-16, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66489 PMID:38436453	研究论文	本文提供了一种快速采样成年非洲爪蟾六个关键器官的技术方案	更新了成年非洲爪蟾器官识别和取样的标准，以适应定量蛋白质组学和单细胞转录组学等现代方法的需求	仅针对六种特定器官，未涵盖所有可能的器官或组织	建立成年非洲爪蟾器官识别和取样的标准化方法，以促进多实验室对成年器官系统的研究	成年非洲爪蟾的心脏心室、肝脏、脂肪体、胰腺、成对肾脏和皮肤	生物医学研究	NA	定量蛋白质组学、单细胞/核转录组学、原位杂交、免疫组织化学、组织学	NA	组织样本	NA
299	2025-06-18	Identification of immune-related gene signatures for chronic obstructive pulmonary disease with metabolic syndrome: evidence from integrated bulk and single-cell RNA sequencing data 2024-01-29, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxad043 PMID:37878760	research paper	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别慢性阻塞性肺疾病（COPD）与代谢综合征（MetS）共有的免疫相关基因标记	首次结合WGCNA和机器学习方法筛选并验证了13个COPD与MetS共有的枢纽基因，并通过单细胞RNA测序分析揭示了肺泡巨噬细胞中ROS的积累	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探索COPD与MetS共有的免疫相关生物标志物及其潜在机制	慢性阻塞性肺疾病（COPD）与代谢综合征（MetS）患者	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病, 代谢综合征	bulk RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 机器学习	机器学习（具体模型未说明）	RNA测序数据	NA
300	2025-06-18	Utilization of donor CLL-1 CAR-T cells for the treatment of relapsed of acute myeloid leukemia following allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491341 PMID:39896798	research paper	评估供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病(AML)中的疗效和安全性	首次使用供体来源的CLL-1 CAR-T细胞治疗异基因HSCT后复发的AML患者，并探索了CD4+和CD8+ CAR-T细胞比例对副作用的影响	样本量较小(仅12例患者完成治疗)，且缺乏长期随访数据	评估供体CLL-1 CAR-T细胞治疗移植后复发AML的安全性和有效性	14例异基因HSCT后复发的AML患者(最终12例完成治疗)	细胞治疗	急性髓系白血病	CAR-T细胞治疗，scRNA-seq	NA	临床数据，单细胞转录组数据	12例完成治疗的AML患者