单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-07-26	A prognostic biomarker of disulfidptosis constructed by machine learning framework model as potential reporters of pancreatic adenocarcinoma 2024-11, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111371 PMID:39209222	研究论文	本研究通过机器学习框架模型构建了一种预测胰腺腺癌（PAAD）预后的生物标志物，探索了双硫死亡（disulfidptosis）与PAAD的关联及其在免疫浸润和药物敏感性中的作用	首次在PAAD中系统研究了双硫死亡的遗传和机制层面，并构建了基于双硫死亡的预后模型，同时验证了基因MET在双硫死亡中的关键作用	样本量较小（仅16个PAAD样本），且研究结果需要更大规模的临床验证	探索双硫死亡在PAAD中的作用机制及其作为预后标志物的潜力	胰腺腺癌（PAAD）患者样本和PAAD细胞系	机器学习	胰腺癌	scRNA-seq, LASSO回归, WGCNA	LASSO回归模型	单细胞RNA测序数据	16个PAAD样本（来自GSE154778数据集）和TCGA-PAAD数据库数据
282	2025-07-26	Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.24.619910 PMID:39554174	研究论文	本研究探讨了细胞因子混合物对人类THP-1巨噬细胞重编程的能力，使其表现出与阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型	首次使用IL4、CSF1/MCSF、IL34和TGFβ等细胞因子混合物诱导人类巨噬细胞向疾病相关状态重编程，模拟了疾病相关小胶质细胞（DAM）和脂质相关巨噬细胞（LAM）的转录状态	研究仅在体外THP-1巨噬细胞系中进行，未在体内或原代细胞中验证	探索巨噬细胞在神经退行性疾病中的作用及其治疗潜力	人类THP-1巨噬细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、转录组分析、功能实验	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	体外培养的THP-1巨噬细胞系
283	2025-07-26	Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.09.612147 PMID:39314271	研究论文	利用原代人呼吸道上皮细胞（hAECs）模拟肺部环境，研究两种临床重要真菌病原体的细胞特异性反应	首次报道了对感染曲霉和球孢子菌的hAECs进行单细胞转录分析，提供了关键的疾病机制数据集	动物模型不能完全模拟人类疾病，研究依赖于体外模型	研究呼吸系统真菌感染的早期发病机制	原代人呼吸道上皮细胞（hAECs）	单细胞分析	呼吸系统真菌感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
284	2025-07-26	Multi-omics integration reveals the oncogenic role of eccDNAs in diffuse large B-cell lymphoma through STING signalling 2024-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1815 PMID:39183480	研究论文	该研究通过多组学整合揭示了eccDNAs通过STING信号通路在弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的致癌作用	首次报道了eccDNAs在DLBCL中的表达谱及其通过cGAS非依赖性方式激活STING信号通路的机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步开展	探究eccDNAs在DLBCL发生发展中的作用机制	弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)及其相关分子机制	肿瘤分子生物学	淋巴瘤	circular DNA测序(circle-seq)、原子力显微镜、CCK-8、scRNA-seq	动物模型	基因组数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及GEO数据库分析和动物实验
285	2025-07-26	Generating Neuroimmune Assembloids Using Human Induced Pluripotent Stem Cell (iPSC)-Derived Cortical Organoids and Microglia 2024-Jul-09, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2024_554 PMID:38976205	research paper	本文提出了一种使用人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的皮质类器官和小胶质细胞生成神经免疫组装体的新方法	创新点在于将小胶质细胞整合到皮质类器官中，确保其长期存活和成熟，为研究神经细胞类型与免疫细胞在神经系统疾病中的相互作用提供了新工具	传统类器官协议常忽视小胶质细胞的作用，而本文方法弥补了这一不足，但未提及可能的技术挑战或局限性	研究目的是开发一种能够模拟神经发育和神经系统疾病的体外模型系统	研究对象是人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的皮质类器官和小胶质细胞	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色	神经免疫组装体	RNA-seq数据、图像数据	NA
286	2025-07-26	Gene Regulatory Programs that Specify Age-Related Differences during Thymocyte Development 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.599011 PMID:38948840	研究论文	本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育程序的转录和表观遗传图谱，揭示了年龄相关的基因调控程序差异及其与表型和功能的关系	发现了从发育早期就随年龄分化的基因模块，揭示了新生小鼠在早期胸腺细胞发育中具有更开放的染色质状态，并利用CRISPR扰动方法结合单细胞RNA测序发现了一个保守的转录调节因子	研究仅限于小鼠模型，人类T细胞发育的年龄相关差异仍需进一步验证	探究T细胞发育过程中年龄相关的基因调控程序差异	新生和成年小鼠的T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR扰动	NA	转录组数据, 表观遗传数据	新生和成年小鼠的T细胞样本
287	2025-07-26	High-throughput RNA isoform sequencing using programmed cDNA concatenation 2024-Apr, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01815-7 PMID:37291427	research paper	介绍了一种名为MAS-ISO-seq的高通量RNA异构体测序技术，通过编程方式连接cDNA以提高长读长测序的通量	提出了一种新的技术MAS-ISO-seq，能够将cDNA编程连接成适合长读长测序的分子，使通量提高了15倍以上	未提及具体的技术限制或潜在问题	提高RNA异构体测序的通量，以更高效地捕获完整的转录异构体	肿瘤浸润T细胞的单细胞RNA测序	基因组学	肿瘤	MAS-ISO-seq, 长读长测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量，但提到每个测序运行可产生近4000万cDNA读长
288	2025-07-26	CROPseq-multi: a versatile solution for multiplexed perturbation and decoding in pooled CRISPR screens 2024-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.17.585235 PMID:38558968	研究论文	介绍了一种名为CROPseq-multi的多重扰动和解码解决方案，用于CRISPR筛选	开发了一种与mRNA嵌入条形码兼容的多重扰动系统，提高了条形码检测效率和解码效率	未明确提及具体限制	改进CRISPR筛选中的多重扰动和解码技术	遗传元素和表型	基因编辑	NA	CRISPR, SpCas9, 单细胞测序	NA	mRNA条形码	未明确提及样本数量
289	2025-07-26	Characterization of mismatch-repair/microsatellite instability-discordant endometrial cancers 2024-02-01, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.35030 PMID:37751191	研究论文	本研究评估了子宫内膜癌中错配修复(MMR)/微卫星不稳定性(MSI)状态检测的一致性及其表达异质性的影响因素	揭示了MMR表达异质性病例的高复发率及其与肿瘤侵袭性的关联，并指出仅报告MMR完整/缺失会错过生物标志物导向治疗的机会	样本量相对有限(666例)，且未对所有病例进行全转录组分析和下一代测序	评估子宫内膜癌中MMR/MSI状态检测的一致性及其临床意义	666例子宫内膜癌患者	数字病理学	子宫内膜癌	免疫组化(IHC)、MSI检测、MLH1甲基化分析、全转录组分析、下一代测序	NA	组织样本、基因表达数据	666例子宫内膜癌病例
290	2025-07-26	A Network Medical Framework based on Inflammatory Genes to Identify Drug Candidates for Abdominal Aortic Aneurysms 2024, Current molecular pharmacology IF:2.4Q3 DOI:10.2174/1874467217666230517104426 PMID:37198994	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序和RNA测序的生物医学数据，以及药物-靶标相互作用和蛋白质-蛋白质相互作用的网络医学数据，识别了腹主动脉瘤的关键靶点和潜在药物化合物	提出了一个基于炎症基因的网络医学框架，用于识别腹主动脉瘤的潜在药物候选物，并发现了与免疫评分和炎症通路密切相关的关键靶点SLC2A3和IER3	研究主要依赖于计算模拟和体外数据，尚未进行体内实验验证	识别腹主动脉瘤的关键靶点和潜在治疗药物	腹主动脉瘤的单细胞RNA测序和RNA测序数据，药物-靶标相互作用和蛋白质-蛋白质相互作用网络	数字病理学	腹主动脉瘤	scRNA-seq, RNA-seq	网络医学框架	基因表达数据，药物-靶标相互作用数据，蛋白质-蛋白质相互作用数据	AAA和非动脉瘤对照样本中的10种细胞类型
291	2025-07-26	Integration of whole transcriptome spatial profiling with protein markers 2023-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01536-3 PMID:36593397	研究论文	开发了一种名为SPOTS的高通量空间转录组和蛋白质分析技术，用于整合空间转录组学和蛋白质组学数据	SPOTS技术首次实现了高通量的空间转录组和蛋白质同时分析，显著提高了信号分辨率和细胞聚类能力	未提及该技术在特定组织类型或疾病模型中的验证情况	解决空间转录组学和蛋白质组学数据整合的实验限制	生物组织的空间转录组和蛋白质数据	空间组学	NA	SPOTS (Spatial PrOtein and Transcriptome Sequencing)	NA	空间转录组数据、蛋白质数据	NA
292	2025-07-26	Single-cell analysis of human nasal mucosal IgE antibody secreting cells reveals a newly minted phenotype 2023-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2023.02.008 PMID:36931600	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类鼻黏膜IgE抗体分泌细胞，揭示了一种新发现的表型	首次在过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉中发现并描述了IgE抗体分泌细胞的转录组特征及其与IgD和记忆B细胞的克隆关系	样本量较小（n=3），可能影响结果的普遍性	研究IgE抗体分泌细胞在过敏性真菌性鼻窦炎中的特征和功能	过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉中的CD19和CD19抗体分泌细胞	免疫学	过敏性真菌性鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3例患者的鼻息肉样本
293	2025-07-26	T cell characteristics associated with toxicity to immune checkpoint blockade in patients with melanoma 2022-02, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01623-z PMID:35027754	研究论文	本研究探讨了黑色素瘤患者在接受免疫检查点抑制剂治疗时，T细胞特征与毒性反应之间的关系	首次发现循环中激活的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性这两个预处理因素与严重irAE发展相关	样本量相对较小(n=27, 26和18)，且仅针对黑色素瘤患者	探索与免疫检查点抑制剂毒性相关的T细胞特征	接受抗PD-1单药或抗PD-1与抗CTLA-4联合ICIs治疗的黑色素瘤患者	免疫学	黑色素瘤	飞行时间质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序、批量RNA测序和批量T细胞受体(TCR)测序	NA	血液样本	93份治疗前和早期治疗血液样本，3个患者队列(n=27, 26和18)
294	2025-07-25	A novel immunocompetent transgenic mouse model of DHF reveals Syk-mediated Th2-polarized cytokine storm as a key driver of vascular leakage 2025-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2025.2531178 PMID:40623122	研究论文	该研究建立了一种新型免疫活性转基因小鼠模型，用于研究登革热出血热（DHF）的发病机制	首次建立了具有完整先天/适应性免疫的免疫活性小鼠模型，揭示了Syk介导的Th2极化细胞因子风暴是血管渗漏的关键驱动因素	NA	研究登革热出血热（DHF）的发病机制	hTim4转基因C57BL/6J小鼠和人类DHF组织	免疫病理学	登革热出血热	单细胞RNA测序和空间转录组学分析	转基因小鼠模型	RNA测序数据和转录组数据	NA
295	2025-07-25	PD-1 regulates tumor-infiltrating CD8+ T cells in both a cell-intrinsic and a cell-extrinsic fashion 2025-Oct-06, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230542 PMID:40705010	研究论文	研究PD-1在肿瘤浸润CD8+ T细胞中的细胞内在和外在调控机制	开发了一种可诱导的PD-1敲除模型，揭示了PD-1抑制剂通过非细胞自主机制增强T细胞功能的新机制	研究仅基于MC38肿瘤细胞模型，未在其他肿瘤模型中验证	探究PD-1缺失对CD8+ T细胞功能的影响及其在肿瘤微环境中的作用机制	PD-1缺失和表达的CD8+ T细胞	癌症免疫治疗	癌症	单细胞RNA-seq和TCR-seq	可诱导PD-1敲除模型	基因表达数据和T细胞受体序列数据	MC38肿瘤细胞模型中的CD8+ T细胞
296	2025-07-25	POSTN is exclusively activated in cancer-associated fibroblasts and leads to unfavorable prognosis of patients with gastric cancer 2025-Sep, Molecular and clinical oncology IF:1.4Q4 DOI:10.3892/mco.2025.2877 PMID:40692747	research paper	该研究揭示了POSTN在胃癌相关成纤维细胞中的特异性激活及其与患者不良预后的关联	首次发现POSTN在CAFs中的显著上调及其通过YAP1/TEAD1共转录因子的直接调控机制	研究主要基于公共数据库和免疫组化数据，缺乏体内实验验证	探究胃癌肿瘤微环境中CAF相关标志物的临床意义及其在耐药性中的作用	胃癌患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	digital pathology	gastric cancer	免疫组化染色、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、临床样本数据	内部队列胃癌患者样本及公共数据库数据
297	2025-07-25	Rethinking eco-evo studies of gene expression for non-model organisms in the genomic era 2025-Aug, Molecular ecology IF:4.5Q1 DOI:10.1111/mec.17378 PMID:38721834	perspective	探讨基因组时代下非模式生物基因表达研究的生态与进化研究新方向	提出利用长读长测序和单细胞RNA测序技术解决传统RNA测序在非模式生物研究中的局限性	未具体说明技术应用中的实际挑战或数据解读难度	推动生态基因组学中基因表达研究的精度与深度	非模式生物的基因表达	生态基因组学	NA	长读长测序(long-read sequencing), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
298	2025-07-25	NFATc1 Fosters Allergic Contact Dermatitis Responses by Enhancing the Induction of IL-17-Producing CD8 Cells 2025-Aug, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.11.014 PMID:39733935	研究论文	本文研究了NFATc1在过敏性接触性皮炎中对IL-17产生的CD8 T细胞（Tc17细胞）的诱导作用	揭示了NFATc1在调控CD8 T细胞向Tc17细胞分化中的关键作用，并提出了NFATc1作为减轻CD8 T细胞介导的过敏反应的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究NFATc1在过敏性接触性皮炎中的作用机制	小鼠模型中的CD8 T细胞	免疫学	过敏性接触性皮炎	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	野生型小鼠和Nfatc1xCd4-cre小鼠
299	2025-07-25	Long-Term High-Fat Diet Affected Bone Marrow Microenvironment During Aging at Single-Cell Resolution 2025-Aug, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70276 PMID:40692664	研究论文	本研究通过单细胞分辨率探讨了长期高脂饮食对衰老过程中骨髓微环境的影响	揭示了长期高脂饮食导致骨髓微环境中成骨向成脂转变的机制，并发现了骨髓与大脑之间可能的信号交流轴	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明长期高脂饮食如何影响衰老过程中的骨髓和实体器官	衰老小鼠的骨髓微环境	生物医学	骨质疏松症	单细胞转录组学	LHA小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
300	2025-07-25	SETDB1 ensures the continuity of embryonic to adult neural stem cells through metabolic alterations in the dentate gyrus 2025-Jul-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424315122 PMID:40699919	研究论文	本文揭示了SETDB1通过代谢改变在胚胎神经祖细胞向成人神经干细胞（aNSCs）转变过程中的关键作用	发现SETDB1通过调控COX6B2影响氧化磷酸化（OXPHOS），从而控制aNSCs的命运，防止其向星形胶质细胞分化	研究主要聚焦于齿状回发育过程中的SETDB1功能，可能不适用于其他脑区	探究胚胎神经祖细胞如何转变为成人神经干细胞并维持其池的机制	胚胎神经祖细胞、成人神经干细胞（aNSCs）、星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA