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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-06-20 |
Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637114
PMID:39975212
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研究论文 | 通过对人类皮肤中单个黑色素细胞的克隆扩增进行深度表型分析,揭示了不同突变负荷的黑色素细胞亚群及其空间分布特征 | 首次发现阳光损伤皮肤中存在低突变负荷的黑色素细胞群,这些细胞具有更干细胞样特征,且通过单细胞空间转录组学揭示了其与高突变负荷细胞的不同空间分布——低突变黑色素细胞存在于毛囊和表皮间,而高突变细胞几乎只存在于表皮间 | 未提及具体限制 | 理解调控黑色素细胞内稳态的机制 | 来自31名捐赠者的297个黑色素细胞 | 数字病理学 | 皮肤相关疾病(如黑色素瘤) | 单细胞空间转录组学 | NA | 基因表达谱、突变图谱、形态特征、空间分布数据 | 31名捐赠者、297个黑色素细胞 | 10x Genomics | 单细胞空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium空间转录组学平台 |
| 282 | 2026-06-20 |
Identification of cell-type specificity, trans- and cis-acting functions of plant lincRNAs from single-cell transcriptomes
2025-01, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.20269
PMID:39550625
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研究论文 | 利用单细胞转录组数据鉴定植物lincRNA的细胞类型特异性及顺式和反式作用功能 | 首次在单细胞分辨率下系统鉴定植物lincRNA的细胞类型特异性,并揭示其顺式和反式调控作用 | 未提供具体限制信息 | 研究植物lincRNA在单细胞水平上的细胞类型特异性及其顺式和反式调控功能 | 水稻、拟南芥、番茄和玉米的lincRNA | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 283 | 2026-06-20 |
The advance of single cell transcriptome to study kidney immune cells in diabetic kidney disease
2024-11-16, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-024-03853-y
PMID:39550562
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综述 | 本文讨论了单细胞转录组学在糖尿病肾病研究中的应用,重点分析了免疫细胞在疾病进展中的作用 | 通过整合单细胞RNA测序研究,提供了对糖尿病肾病中免疫细胞(包括巨噬细胞、T细胞、B细胞等)作用的新视角,为发病机制和免疫治疗策略提供了新见解 | 肾脏结构和功能复杂且异质性高,研究每个细胞类型在病理生理中的功能仍然具有挑战性 | 探讨单细胞转录组学在糖尿病肾病领域的应用,并突出免疫细胞在该疾病中的重要作用 | 糖尿病肾病患者的肾脏活检和尿液样本中的免疫细胞 | 机器学习 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 284 | 2026-06-20 |
Oxysterols contribute to immune cell recruitment in SLE skin lesions
2024-10-22, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-024-03414-6
PMID:39438997
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研究论文 | 本研究探索了氧化甾醇在系统性红斑狼疮(SLE)皮肤病变中的作用及其对免疫细胞招募的影响 | 首次通过靶向氧化脂质代谢组学分析鉴定了SLE皮肤病变中异常氧化胆固醇代谢,并阐明了成纤维细胞通过IL-1β介导的p38 MAPK和NFκB通路表达CH25H和CYP7B1,进而通过GPR183轴促进免疫细胞招募的机制 | 研究主要基于体外实验和数据分析,缺乏体内验证;样本量可能有限,且未涉及其他免疫细胞类型或长期临床结果 | 阐明氧化甾醇代谢在SLE皮肤病变发病机制中的作用 | 系统性红斑狼疮患者的皮肤病变组织及成纤维细胞 | 自然语言处理 | 系统性红斑狼疮 | 液相色谱-质谱联用(LC-MS)靶向氧化脂质代谢组学、免疫组织化学染色、单细胞测序数据分析 | NA | 代谢组学数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 285 | 2026-06-20 |
The miR-203/ZBTB20/MAFA Axis Orchestrates Pancreatic β-Cell Maturation and Identity During Weaning and Diabetes
2024-10-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db23-0604
PMID:39058664
|
研究论文 | 本研究揭示了miR-203/ZBTB20/MAFA轴在断奶和糖尿病期间调控胰腺β细胞成熟和身份的作用机制 | 首次发现miR-203的成熟形式(miR-203)在营养转变过程中调控β细胞成熟,并通过单细胞RNA测序证明miR-203升高促进未成熟β细胞向CgBHi内分泌细胞转化 | 未在人体样本中验证该调控轴的作用 | 探究营养转变与β细胞成熟之间的分子机制,揭示调控β细胞成熟的关键信号通路 | 胰腺β细胞 | 机器学习 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 小鼠胰腺β细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 286 | 2026-06-20 |
No Evidence for Persistent Enteroviral B Infection of Pancreatic Islets in Patients With Type 1 Diabetes and Prediabetes From RNA Sequencing Data
2024-10-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0076
PMID:39083653
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研究论文 | 通过RNA测序数据分析,未发现1型糖尿病及前驱糖尿病患者胰岛中存在持续性肠道病毒B感染的证据 | 首次利用人类胰腺分析计划(HPAP)的大规模RNA-seq数据(包括α、β、外分泌细胞及单细胞数据),通过Kraken2和STAR双重方法系统评估肠道病毒B的存在 | 无法排除非常低水平的持续性肠道病毒B感染存在的可能性 | 验证肠道病毒B持续性感染是否为1型糖尿病的重要病因 | 1型糖尿病、前驱糖尿病(自身抗体阳性但未发病)、2型糖尿病及非糖尿病患者的胰腺组织样本 | 自然语言处理 | 1型糖尿病 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 243个批量RNA文库和79个单细胞RNA文库 | NA | NA | NA | NA |
| 287 | 2026-06-20 |
Integrated analysis of bulk and single-cell RNA-seq data reveals cell differentiation-related subtypes and a scoring system in bladder cancer
2024-10, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70111
PMID:39400959
|
研究论文 | 整合批量与单细胞RNA-seq数据,揭示膀胱癌细胞分化相关亚型并构建评分系统 | 首次识别膀胱癌细胞分化相关分子亚型并构建CDR评分系统,发现ANXA5作为潜在治疗靶点 | 未提及具体局限性信息 | 探索膀胱癌细胞分化相关基因的分子亚型及其预后意义,并建立评分系统 | 膀胱癌细胞分化相关基因、膀胱癌患者样本 | 机器学习和数字病理学 | 膀胱癌 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、Lasso回归、Cox回归 | WGCNA、Lasso、Cox回归模型 | 基因表达数据(批量与单细胞RNA-seq) | 两个GEO单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | NA | NA |
| 288 | 2026-06-20 |
Unlocking reproducible transcriptomic signatures for acute myeloid leukaemia: Integration, classification and drug repurposing
2024-09, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70085
PMID:39267259
|
研究论文 | 通过整合34个数据集(包括单细胞RNA测序数据)识别急性髓系白血病(AML)相关基因签名,结合XGBoost模型进行亚型分类和药物重定位,并构建了CSAMLdb数据库平台 | 首次整合多组公开数据集(含scRNA-seq)系统性筛选出191个低变异高一致性的AML特征基因,并开发了结合XGBoost和自定义框架的亚型分类方法,同时通过药物重定位发现solasonine对高危患者潜在疗效 | 未明确说明研究局限性 | 解决AML转录组研究的异质性问题,通过数据整合和机器学习方法实现可重复的分子分型和药物重定位 | 急性髓系白血病患者转录组数据(包含34个数据集,26个对照组、6个预后数据集和2个scRNA-seq数据集) | 机器学习 | 急性髓系白血病 | RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接 | XGBoost | 转录组数据 | 34个数据集(含26个对照组、6个预后数据集和2个单细胞RNA测序数据集) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 289 | 2026-06-20 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of MYH11+ tumour-associated fibroblasts between left-sided and right-sided colorectal cancer
2024-09, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70102
PMID:39294858
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示左右侧结直肠癌中MYH11+肿瘤相关成纤维细胞的异质性 | 首次发现MYH11+癌相关成纤维细胞亚群在左侧结直肠癌中富集,并揭示其通过与巨噬细胞相互作用促进肿瘤迁移,为左右侧结直肠癌异质性提供新见解 | NA | 探讨左右侧结直肠癌中免疫和基质细胞的异质性特征及差异 | 12例左侧结直肠癌和10例右侧结直肠癌患者的免疫细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 22例患者(12例左侧结直肠癌,10例右侧结直肠癌) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 290 | 2026-06-20 |
Cross-modal integration of bulk RNA-seq and single-cell RNA sequencing data to reveal T-cell exhaustion in colorectal cancer
2024-09, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70101
PMID:39344205
|
研究论文 | 提出DeepTEX,一种整合bulk RNA-seq和单细胞RNA测序数据的多组学深度学习方法,揭示结直肠癌中T细胞耗竭的异质性 | 首次通过跨模态知识蒸馏和域适应模型整合不同组学数据,预测T细胞耗竭异质性并识别关键功能通路和基因 | 未提及局限性 | 探究结直肠癌中T细胞耗竭的异质性及潜在治疗靶点 | 结直肠癌患者的T细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | DeepTEX(域适应模型和跨模态知识蒸馏模型) | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 291 | 2026-06-20 |
Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway
2024-07-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.180198
PMID:39042459
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、蛋白质组学和高级显微镜技术,分析原发性纤毛运动障碍患者的呼吸道上皮细胞,揭示了一个专门的纤毛谷胱甘肽通路 | 首次发现纤毛GSTA2通路对正常纤毛运动至关重要,并揭示了PCD患者与杂合母亲及健康个体之间独特的转录组特征 | NA | 探究原发性纤毛运动障碍的分子机制及其对多纤毛细胞的影响 | 原发性纤毛运动障碍患者、其杂合母亲和健康个体的原代培养上皮细胞,以及来自PCD患者的诱导多能干细胞 | 数字病理学 | 原发性纤毛运动障碍 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 高级显微镜, 免疫金标记 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 显微镜图像 | PCD患者、杂合母亲和健康个体的原代细胞,以及一名PCD患者的iPSCs(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 292 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics unveil a unique molecular profile of mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived immune suppressor cells
2024-06-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.009
PMID:38795702
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 293 | 2026-06-20 |
Single-cell and genome-wide Mendelian randomization identifies causative genes for gout
2024-06-03, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-024-03348-z
PMID:38831441
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研究论文 | 结合单细胞转录组学和全基因组孟德尔随机化分析,鉴定与痛风相关的致病基因 | 首次整合单细胞转录组学、全基因组关联研究、表达数量性状位点和甲基化数量性状位点数据,利用孟德尔随机化方法揭示蛋白质与痛风的因果关系 | 未明确提及,但可能包括样本量有限或验证不足等常见局限 | 研究痛风疾病中基因表达调控机制并阐明其发病机制 | 痛风相关的基因、甲基化位点和蛋白质 | 机器学习 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序、全基因组关联研究、孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据、甲基化数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 294 | 2026-06-20 |
Targeting pathogenic fibroblast-like synoviocyte subsets in rheumatoid arthritis
2024-05-23, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-024-03343-4
PMID:38783357
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综述 | 本文综述了类风湿关节炎中致病性成纤维样滑膜细胞亚群及其作为治疗靶点的潜力 | 系统总结了近年通过单细胞RNA测序等高通量技术鉴定的RA中致病性FLS亚群及其特征,并探讨了靶向这些亚群的新策略 | 目前尚无FLS特异性靶向疗法应用于RA临床管理,且直接靶向通用成纤维细胞标志物可能引起伤口愈合减慢或纤维化等副作用 | 探讨RA中致病性FLS亚群的特征及其分化机制,为开发新型FLS靶向策略提供见解 | 类风湿关节炎患者发炎滑膜中的成纤维样滑膜细胞致病性亚群 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 295 | 2026-06-20 |
Identification and verification of a novel signature that combines cuproptosis-related genes with ferroptosis-related genes in osteoarthritis using bioinformatics analysis and experimental validation
2024-05-13, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-024-03328-3
PMID:38741149
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研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证,构建了结合铜凋亡相关基因与铁死亡相关基因的新型特征基因,用于探索骨关节炎的发病机制 | 首次将铜凋亡相关基因与铁死亡相关基因结合构建骨关节炎的新型特征基因签名,并整合单细胞RNA-seq数据分析细胞分布 | 未提供 | 探索骨关节炎的发病机制并辅助其治疗 | 骨关节炎 | 机器学习 | 骨关节炎 | 生物信息学分析, 单细胞RNA-seq | 机器学习方法 | 基因表达数据, 单细胞RNA-seq数据 | GSE82107数据集 | 未提供 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 未提供 | 未提供 |
| 296 | 2026-06-20 |
Integrative multi-omics profiling in human decedents receiving pig heart xenografts
2024-05, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-02972-1
PMID:38760586
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研究论文 | 通过多组学分析,研究了接受猪心脏异种移植的人类患者的分子反应 | 首次在人类接受猪心脏异种移植后,通过多组学(转录组、脂质组、蛋白质组和代谢组)分析,揭示了早期分子和免疫反应的差异 | 仅涉及两例患者,样本量小,且观察时间短,难以推广至更广泛人群 | 深入了解异种移植后的分子景观,特别是早期免疫和代谢反应 | 接受10基因编辑猪心脏异种移植的两名人类患者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 脂质组学, 蛋白质组学, 代谢组学 | NA | 血液样本, 组织样本 | 2名人类患者(1男1女),每6小时采集血液样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 脂质组学, 蛋白质组学, 代谢组学 | NA | NA |
| 297 | 2026-06-20 |
SOCS3 regulates pathological retinal angiogenesis through modulating SPP1 expression in microglia and macrophages
2024-05-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.025
PMID:38504518
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研究论文 | 本研究揭示了SOCS3通过调节微胶质细胞和巨噬细胞中SPP1的表达来调控病理性视网膜血管生成 | 首次发现SOCS3/STAT3/SPP1轴在病理性视网膜血管生成中的关键调控作用,并鉴定出表达Spp1的微胶质细胞和巨噬细胞亚群 | 未提供具体局限性信息 | 探究髓系细胞中SOCS3缺失对眼部新生血管形成过程中微胶质细胞和巨噬细胞积累的影响及其分子机制 | 小鼠模型中的微胶质细胞和巨噬细胞 | 机器学习和数字病理学 | 视网膜血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠血管生成模型中的细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 298 | 2026-06-20 |
Envelope protein-specific B cell receptors direct lentiviral vector tropism in vivo
2024-05-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.002
PMID:38449314
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研究论文 | 研究发现慢病毒载体经不同假型包膜蛋白修饰后,通过B细胞受体(BCR)介导的方式特异性地转导不同的脾脏B细胞亚群 | 首次揭示假型慢病毒载体可通过与包膜蛋白特异性结合的B细胞受体进入B细胞,实现亚群选择性的基因递送,并激活转导B细胞的增殖与分化 | NA | 探究慢病毒载体经系统给药后脾脏B细胞转导的机制及不同假型对B细胞亚群的选择性 | 慢病毒载体、脾脏B细胞、B细胞受体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 299 | 2026-06-20 |
Integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome data reveal the significant role of macrophages in lupus nephritis
2024-04-12, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-024-03311-y
PMID:38610007
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研究论文 | 通过整合单细胞及批量转录组数据,揭示巨噬细胞在狼疮肾炎中的重要作用 | 首次利用单细胞RNA测序数据分析狼疮肾炎中巨噬细胞的表型转变(从炎症巡逻型到吞噬型再到抗原提呈型),并发现LGALS9基因在巨噬细胞中的显著上调及其促炎作用,为治疗提供潜在靶点 | 仅基于公共数据集中LN样本与正常肾组织的转录组数据,且LGALS9功能研究仅限于THP-1细胞系,未在体内动物模型中验证 | 识别狼疮肾炎中异常的免疫细胞组分和信号通路,寻找潜在治疗靶点 | 狼疮肾炎组织样本和正常肾组织 | 数字病理学 | 狼疮肾炎 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 慢病毒介导过表达 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 狼疮肾炎组织样本与正常肾组织(具体数量未在摘要中说明) | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 300 | 2026-06-20 |
SORC: an integrated spatial omics resource in cancer
2024-01-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad820
PMID:37811897
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研究论文 | 开发了一个整合的癌症空间组学资源SORC,用于可视化和分析癌症空间转录组数据 | 首次构建了涵盖17种癌症类型、269个切片共计722,899个点的综合空间组学资源,并整合了匹配的单细胞RNA-seq数据,提供五大分析模块 | 未明确提及局限性 | 提供一个全面的空间解析癌症细胞图谱,增强对肿瘤微环境的理解 | 17种癌症类型的空间转录组数据集,包括722,899个点、269个切片,以及匹配的334,379个单细胞和46种细胞类型 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 图像 | 269个切片、722,899个点、334,379个单细胞、46种细胞类型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |