单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-04-26	Pathogenesis of Germinal Matrix Hemorrhage: Insights from Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan, Annual review of pathology DOI:10.1146/annurev-pathmechdis-111523-023446 PMID:39401848	review	本文综述了单细胞转录组学在揭示人类胎儿大脑生发基质中神经发生和血管生成新机制方面的最新进展	利用单细胞转录组学揭示了免疫-血管相互作用在生发基质血管形态发生中的关键作用，以及促炎因子如何破坏这一过程导致出血	NA	阐明生发基质出血的发病机制并探索治疗干预措施	人类胎儿大脑生发基质中的神经发生和血管生成过程	生物医学	新生儿疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
282	2025-04-26	The Human Milk-derived Peptide Drives Rapid Regulation of Macrophage Inflammation Responses in the Neonatal Intestine 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101420 PMID:39414025	研究论文	本研究探讨了母乳细胞外囊泡中的肽CASB135-150在调节新生儿肠道先天免疫稳态中的作用及其对坏死性小肠结肠炎的保护机制	首次鉴定了母乳细胞外囊泡中的β-酪蛋白衍生肽CASB135-150，并阐明其通过破坏FHL2/TRAF6复合物抑制NF-κB信号通路的分子机制	研究主要基于大鼠坏死性小肠结肠炎模型，人体内的效果尚需进一步验证	探索母乳肽对新生儿肠道先天免疫稳态的调节作用	母乳细胞外囊泡中的肽CASB135-150及其对巨噬细胞炎症反应的调控	免疫学	坏死性小肠结肠炎	免疫荧光分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、共免疫沉淀(co-IP)、RNA测序(RNA-seq)	大鼠坏死性小肠结肠炎模型	分子生物学数据、测序数据	未明确说明具体样本数量（使用大鼠模型和体外培养的骨髓来源巨噬细胞）
283	2025-04-26	Impact of potential biomarkers, SNRPE, COX7C, and RPS27, on idiopathic Parkinson's disease 2025-Jan, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01591-x PMID:39467967	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别了特发性帕金森病(IPD)的潜在生物标志物SNRPE、COX7C和RPS27	首次在全血样本中识别出与IPD相关的关键基因和分子机制，并通过表观遗传学和RNA干扰验证了这些基因的调控	研究样本仅来自血液，未直接验证这些生物标志物在脑组织中的功能	寻找适用于特发性帕金森病的生物标志物	特发性帕金森病患者	生物信息学	帕金森病	基因表达分析、GO和KEGG通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、甲基化数据、microRNA数据	124个差异表达基因(来自未明确数量的IPD患者血液样本)
284	2025-04-26	Machine learning identification of NK cell immune characteristics in hepatocellular carcinoma based on single-cell sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Jan, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01581-z PMID:39433650	研究论文	本研究利用单细胞测序和大规模RNA测序技术，结合机器学习方法，识别肝细胞癌中具有NK细胞免疫特征的分子标志物	首次发现CD7在肝细胞癌中的高表达及其与预后的相关性，并验证了CD7高表达的NK细胞对肝癌细胞生长的抑制作用	样本量较小(8例正常肝组织和8例肝癌组织)，需要更大规模的研究验证结果	识别肝细胞癌中NK细胞的免疫特征分子标志物，并开发预后预测系统	肝细胞癌组织和正常肝组织中的NK细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序，大规模RNA测序，RT-qPCR，MTS，流式细胞术	机器学习模型	RNA测序数据	8例正常肝组织和8例肝癌组织
285	2025-04-26	Challenges and Opportunities in the Clinical Translation of High-Resolution Spatial Transcriptomics 2025-Jan, Annual review of pathology DOI:10.1146/annurev-pathmechdis-111523-023417 PMID:39476415	review	本文回顾了高分辨率空间转录组学技术在临床转化中的挑战与机遇	探讨了空间转录组学技术在亚细胞分辨率下数字化基因表达的潜力，及其在疾病机制识别和个性化治疗中的应用	讨论了高分辨率空间转录组学技术在快速转化中面临的挑战	推动空间转录组学技术在临床病理学中的应用，以实现个性化医疗	常规收集和存档的临床样本	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, next-generation sequencing	deep learning	gene expression data	NA
286	2025-04-26	Therapeutic targets for hepatocellular carcinoma identified using proteomics and Mendelian randomization 2025-Jan, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16785 PMID:39477889	研究论文	本研究利用蛋白质组学和孟德尔随机化方法识别了与肝细胞癌风险相关的10种蛋白质生物标志物，并探讨了其在HCC治疗中的潜在应用	首次通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法系统识别HCC相关蛋白标志物，并深入分析其细胞表达特征、蛋白互作网络及成药性	研究结果主要基于欧洲人群数据，需要在其他种族群体中进行验证	发现肝细胞癌的新型治疗靶点和蛋白标志物	肝细胞癌相关蛋白质	生物医学研究	肝细胞癌	蛋白质组学、孟德尔随机化(MR)、单细胞测序、KEGG通路分析、PPI网络分析	孟德尔随机化模型	蛋白质组数据、基因组数据	多个GWAS数据集(7个已发表研究)、DeCODE队列、FinnGen队列和UK Biobank数据
287	2025-04-26	RAC2 as a Tumor-Suppressive Biomarker Associated with T Cell Infiltration in Breast Cancer 2025-Jan, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1089/cbr.2024.0142 PMID:39479793	研究论文	本研究探讨了RAC2在乳腺癌中的肿瘤抑制作用和与T细胞浸润的关联	首次揭示了RAC2作为乳腺癌预后和诊断标志物的潜力，并阐明了其与免疫浸润的关系	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探究RAC2在乳腺癌中的作用及其临床意义	乳腺癌组织和健康组织	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化分析、基因集分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌数据集
288	2025-04-26	S100A8/A9 high-expression macrophages mediate renal tubular epithelial cell damage in acute kidney injury following acute type A aortic dissection surgery 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1530741 PMID:40270593	研究论文	探讨S100A8/A9高表达巨噬细胞在急性A型主动脉夹层手术后急性肾损伤中对肾小管上皮细胞的损伤作用	首次揭示S100A8/A9通过促进巨噬细胞向M1表型转化并激活TNF信号通路在急性肾损伤中的作用机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在临床患者中进行验证	阐明S100A8/A9在急性A型主动脉夹层手术后急性肾损伤中的分子机制	肾小管上皮细胞和巨噬细胞	分子生物学	急性肾损伤和急性A型主动脉夹层	转录组测序和单细胞测序	小鼠AKI模型和RAW264.7细胞模型	基因表达数据和细胞实验数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和TCMK-1、RAW264.7细胞系
289	2025-04-26	Single-cell RNA sequencing in diffuse large B-cell lymphoma: tumor heterogeneity, microenvironment, resistance, and prognostic markers 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1583250 PMID:40270607	综述	本文综述了单细胞RNA测序在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的应用，探讨了肿瘤异质性、微环境、耐药机制和预后标志物	整合单细胞RNA测序与空间转录组学和单细胞多组学数据，以进一步阐明疾病机制并识别新的治疗靶点	未提及具体样本量或研究局限性	加深对弥漫性大B细胞淋巴瘤的理解，推动精准治疗策略的发展	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、单细胞多组学	NA	RNA测序数据	NA
290	2025-04-26	Mapping Cell Identity from scRNA-seq: A primer on computational methods 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.051 PMID:40270709	review	本文提供了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中细胞身份注释的计算方法概述	对现有工具进行分类并讨论其关键优势、局限性和应用范围	未提及具体方法的性能比较或实验验证	为scRNA-seq数据中的细胞身份注释提供计算方法指南	单细胞RNA测序数据和相关的计算方法	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
291	2025-04-26	Investigation of the role of GEM in systemic lupus erythematosus through multi-omics joint analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569605 PMID:40270963	研究论文	通过多组学联合分析探究GEM在系统性红斑狼疮中的作用	首次通过单细胞RNA测序结合细胞实验揭示GEM基因在SLE成纤维细胞中的调控机制	研究局限于体外细胞实验，未进行动物模型验证	阐明GEM基因在系统性红斑狼疮发病机制中的作用	系统性红斑狼疮患者的成纤维细胞	生物医学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序, qRT-PCR, 细胞功能实验	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
292	2025-04-26	Epithelial and macrophage cell interaction in cervical cancer through single-cell RNA-sequencing and spatial analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1537785 PMID:40270962	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间分析研究宫颈癌中上皮细胞和巨噬细胞的相互作用	利用单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示了宫颈癌肿瘤微环境中上皮细胞和巨噬细胞的相互作用及其对预后的影响	研究依赖于公共数据库数据，可能受限于样本量和数据质量	探索宫颈癌肿瘤微环境的细胞组成和免疫学特征	宫颈癌患者的肿瘤微环境细胞	肿瘤免疫学	宫颈癌	单细胞RNA测序, 空间转录组分析, 免疫组化	基因集变异分析(GSVA), 肿瘤免疫功能障碍和排斥(TIDE)评分	基因组数据, 转录组数据, 临床生存数据	来自TCGA和GEO数据库的宫颈癌样本数据
293	2025-04-26	Identification of RNA-binding protein RBMS3 as a potential biomarker for immunotherapy in bladder cancer 2024-Dec, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.3233/CBM-230489 PMID:39392600	研究论文	本研究旨在开发基于RNA结合蛋白（RBP）的预后标志物，并识别膀胱癌（BLCA）中的关键枢纽RBP	首次将RBMS3识别为膀胱癌免疫治疗的潜在生物标志物，并揭示了其在肿瘤微环境重塑中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	开发RBP预后标志物并识别膀胱癌中的关键RBP	膀胱癌（BLCA）	生物信息学	膀胱癌	scRNA-Seq, 生物信息学分析	风险模型	RNA-seq数据, 蛋白质表达数据	NA
294	2025-04-26	Defective ribosome assembly impairs leukemia progression in a murine model of acute myeloid leukemia 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114864 PMID:39412990	研究论文	本研究探讨了核糖体组装在白血病细胞功能中的作用，并揭示了其在急性髓系白血病（AML）治疗中的潜在价值	揭示了核糖体组装缺陷如何通过影响蛋白质合成速率和转录因子调控来抑制AML进展，并证明了其在p53缺陷型AML中的抗白血病效果	研究主要基于小鼠模型和患者数据集，尚未进行临床试验验证	探索核糖体组装在AML发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	混合谱系白血病重排AML中的未成熟白血病细胞	癌症研究	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	小鼠AML模型	基因表达数据、蛋白质组数据	患者数据集和实验小鼠模型
295	2025-04-26	Polyclonal regeneration of mouse bone marrow endothelial cells after irradiative conditioning 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114779 PMID:39489938	研究论文	研究小鼠骨髓内皮细胞（BM-ECs）在辐射条件后的多克隆再生机制	揭示了BM-ECs在辐射后再生过程中的异质性变化，开发了单细胞体外克隆形成实验，并利用Rainbow小鼠和基于机器学习的模型证明BM-ECs的再生主要是多克隆驱动的	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究骨髓内皮细胞在辐射条件后的再生机制	小鼠骨髓内皮细胞（BM-ECs）	细胞生物学	造血干细胞移植相关疾病	单细胞RNA测序、成像技术、流式细胞术、机器学习模型	机器学习模型	单细胞RNA测序数据、图像数据、流式细胞数据	使用Rainbow小鼠模型进行实验
296	2025-04-26	Discriminative Domain Adaption Network for Simultaneously Removing Batch Effects and Annotating Cell Types in Single-Cell RNA-Seq 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3487574 PMID:39471116	研究论文	提出了一种名为D2AN的判别性域适应网络，用于同时消除单细胞RNA测序中的批次效应并进行细胞类型注释	结合对抗域适应策略、对比损失和自步学习机制，实现了全局分布匹配和判别性特征表示，优于现有方法	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决单细胞RNA测序分析中的批次效应问题并提高细胞类型注释准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	判别性域适应网络(D2AN)	基因表达数据	多个真实数据集（未提及具体数量）
297	2025-04-26	Scm6A: A Fast and Low-cost Method for Quantifying m6A Modifications at the Single-cell Level 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae039 PMID:39436235	research paper	介绍了一种基于机器学习的单细胞m6A定量方法Scm6A，用于快速、低成本地检测单细胞水平的m6A修饰	Scm6A结合m6A转录调控因子表达水平和顺式序列特征，提供了高效可靠的预测，并在多种细胞类型和疾病样本中验证了其可靠性	NA	开发一种快速、低成本且可靠的单细胞m6A定量方法，以解决现有方法在检测细胞间m6A特异性方面的挑战	外周血单个核细胞（PBMCs）中的CD4+和CD8+ T细胞、肺癌组织和COVID-19患者血液样本	machine learning	lung cancer, COVID-19	scRNA-seq, m6A-seq, MACS	machine learning-based approach	RNA sequencing data	外周血单个核细胞（PBMCs）、肺癌组织和COVID-19患者血液样本
298	2025-04-26	Polybacterial Intracellular Macromolecules Shape Single-Cell Epikine Profiles in Upper Airway Mucosa 2024-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.08.617279 PMID:39416216	研究论文	研究上呼吸道黏膜中多细菌细胞内大分子对单细胞表观因子谱的影响	揭示了多细菌细胞内大分子（PIMs）在黏膜上皮细胞中的持久存在及其对单细胞效应细胞因子表达和药物反应的线性驱动作用	研究主要基于人类口腔黏膜，可能无法完全代表其他上呼吸道区域	探究黏膜上皮细胞类型中宿主-微生物的相互作用	人类口腔黏膜上皮细胞和基质细胞	单细胞RNA测序	慢性炎症性疾病	单细胞RNA测序、杂交、免疫组织化学	NA	RNA序列数据、免疫组织化学图像	人类口腔角质形成细胞（HOKs）
299	2025-04-26	MSIsensor-RNA: Microsatellite Instability Detection for Bulk and Single-cell Gene Expression Data 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae004 PMID:39341794	research paper	开发了一种名为MSIsensor-RNA的软件，用于基于基因表达数据检测微卫星不稳定性（MSI）状态	首次提出了适用于单细胞基因表达数据的MSI检测方法，填补了该领域的空白	未明确说明在特定癌症类型或临床场景下的验证结果	开发一种准确、稳健且适应性强的MSI检测工具，扩展MSI检测的临床应用范围	批量基因表达数据和单细胞基因表达数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
300	2025-04-26	SCancerRNA: Expression at the Single-cell Level and Interaction Resource of Non-coding RNA Biomarkers for Cancers 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae023 PMID:39341795	research paper	介绍了一个名为SCancerRNA的数据库，该数据库总结了实验支持的长链非编码RNA、微RNA、PIWI相互作用RNA、小核仁RNA和环状RNA生物标志物的数据，以及它们在细胞水平上的差异表达数据	开发了一个全面且组织良好的在线资源SCancerRNA，用于提供单细胞水平上非编码RNA生物标志物的表达数据及其相互作用网络，这在之前是不可用的	NA	促进非编码RNA生物标志物在癌症诊断、进展监测和靶向治疗中的应用	非编码RNA生物标志物及其在单细胞水平上的表达和相互作用	digital pathology	cancers	single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	NA