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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-01-17 |
DPM: A Deep Learning and Optimal Transport Framework for Cost-Effective Spatial Metabolomics
2026-Jan-15, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c06903
PMID:41538726
|
研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习与最优传输理论的框架DPM,用于从相邻切片数据中准确预测空间代谢组学中代谢物的空间分布 | 首次将最优传输理论引入空间代谢组学数据预测,提出了一种优化的映射策略,在配准和预测精度上超越了传统的基于特征相似性的方法 | NA | 开发一种成本效益高的空间代谢组学数据预测方法,以降低高分辨率、多切片质谱成像的高昂成本 | 组织切片中的空间代谢物分布 | 空间代谢组学 | NA | 质谱成像(MSI) | 深度学习 | 图像 | NA | NA | 空间代谢组学 | NA | NA |
| 282 | 2026-01-17 |
Integration of imaging-based and sequencing-based spatial omics mapping on the same tissue section via DBiTplus
2026-Jan-15, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02948-0
PMID:41540123
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DBiTplus的新型空间组学技术,可在同一组织切片上整合基于成像和测序的空间组学图谱 | 开发了DBiTplus技术,首次实现了在同一组织切片上结合测序空间转录组学和多重蛋白质成像,并利用空间条形码和RNase H介导的cDNA回收技术,同时保持组织结构用于蛋白质成像 | NA | 开发一种整合多模态空间组学方法,以在单细胞分辨率下研究细胞异性和功能 | 冷冻小鼠胚胎、福尔马林固定石蜡包埋的人淋巴结和淋巴瘤组织 | 空间组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组学、多重蛋白质成像、空间条形码、RNase H介导的cDNA回收 | NA | 空间转录组数据、蛋白质成像数据 | 多种样本类型,包括小鼠胚胎和人类淋巴组织 | NA | 单细胞空间转录组学、空间蛋白质组学 | DBiTplus | DBiTplus整合工作流程,结合测序空间转录组学和多重蛋白质成像 |
| 283 | 2026-01-17 |
scSNViz: Visualization and analysis of Cell-Specific expressed SNVs
2026-Jan-14, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag023
PMID:41533688
|
研究论文 | 本文介绍了scSNViz,一个用于从单细胞RNA测序数据中探索、量化和可视化表达的单核苷酸变异的R包 | 开发了首个专注于表达SNV可视化和定量分析的工具,支持变异等位基因分数估计、SNV表达谱聚类以及2D/3D可视化,并整合了多种单细胞分析框架 | 工具依赖于现有单细胞分析框架(如Seurat、Slingshot),可能受限于这些框架的性能;且主要针对有生物信息学经验的用户,尽管提供了示例工作流 | 开发一个工具来准确表征单细胞水平的表达遗传变异,以理解转录异质性、等位基因调控和突变动态 | 单细胞RNA测序数据中的表达单核苷酸变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 284 | 2026-01-17 |
Dynamics of lung-infiltrating virus-specific T cells associated with age-dependent SARS-CoV-2 pneumonia severity
2026-Jan-14, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013866
PMID:41533733
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研究论文 | 本研究通过建立小鼠适应SARS-CoV-2株感染的Nr4a3-Tocky小鼠模型,探究了年龄依赖性SARS-CoV-2肺炎严重性与肺浸润病毒特异性T细胞动态的关系 | 利用新型Nr4a3-Tocky小鼠模型,首次在活体内通过荧光Timer蛋白分析抗原反应性T细胞的动态和诱导,揭示了年龄相关肺炎症与抗原特异性T细胞延迟诱导共存导致更严重肺炎的机制 | 研究基于小鼠模型,可能无法完全模拟人类COVID-19的复杂免疫反应,且样本量未明确说明 | 探究年龄依赖性SARS-CoV-2肺炎严重性的免疫机制,特别是肺浸润病毒特异性T细胞的动态作用 | 成年和老年Nr4a3-Tocky小鼠,感染小鼠适应SARS-CoV-2株 | 免疫学 | COVID-19肺炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、荧光Timer蛋白分析、细胞因子检测 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据、细胞因子浓度数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 285 | 2026-01-17 |
Combined inhibition of FACT and BET disrupts transcription to suppress tumor growth in mouse models of diffuse midline glioma
2026-Jan-14, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adr1557
PMID:41533777
|
研究论文 | 本研究探索了联合抑制FACT和BET蛋白在治疗弥漫性中线胶质瘤中的疗效和机制 | 首次提出并验证了联合靶向FACT和BET蛋白在DMG中的协同治疗效果,揭示了其通过诱导转录崩溃和激活免疫反应的双重作用机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外培养,临床转化效果尚需进一步验证 | 开发针对弥漫性中线胶质瘤的新型联合治疗策略 | 弥漫性中线胶质瘤细胞、小鼠异种移植模型 | 肿瘤生物学 | 弥漫性中线胶质瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | 三个独立的患者来源异种移植模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 286 | 2026-01-17 |
Tumor-associated macrophages educated by IGSF9 exhibit a senescence-associated secretory phenotype to promote tumor immune escape
2026-Jan-14, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012889
PMID:41534903
|
研究论文 | 本研究揭示了IGSF9通过结合TMUB1激活IL-6/STAT3信号通路,诱导肿瘤相关巨噬细胞衰老并呈现衰老相关分泌表型,从而促进肿瘤免疫逃逸 | 首次发现TMUB1是IGSF9的结合蛋白,并阐明IGSF9通过诱导TAM衰老形成免疫抑制微环境的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证尚不充分 | 探究IGSF9如何影响肿瘤相关巨噬细胞功能及其在肿瘤免疫逃逸中的作用 | 肿瘤相关巨噬细胞、T细胞、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 肿瘤 | 空间转录组学、RNA-seq、流式细胞术、酵母双杂交、GST pull-down、免疫共沉淀 | NA | 空间转录组数据、RNA-seq数据、流式细胞数据 | 多个小鼠模型(C57BL/6、NSG、OT-II等) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 287 | 2026-01-17 |
Rab37-mediated OPN secretion enriches SPP1+ macrophages through autocrine-paracrine signaling to drive lung tumor progression
2026-Jan-14, Oncogenesis
IF:5.9Q1
DOI:10.1038/s41389-026-00596-3
PMID:41535255
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研究论文 | 本研究揭示了Rab37通过介导骨桥蛋白(OPN)的分泌,以自分泌-旁分泌信号方式富集SPP1+巨噬细胞,从而驱动肺肿瘤进展的机制 | 首次鉴定Rab37作为肺肿瘤微环境中巨噬细胞功能异质性的关键调控因子,并阐明了其通过OPN/STAT3信号轴重塑巨噬细胞表型、建立免疫抑制微环境的具体分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和临床样本分析,尚未在人体内进行功能性验证;Rab37-OPN轴作为治疗靶点的临床转化潜力仍需进一步评估 | 探究肺肿瘤微环境中巨噬细胞功能异质性的分子调控机制及其在肿瘤进展中的作用 | 肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、肺肿瘤细胞、Rab37基因、骨桥蛋白(OPN)信号通路 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、基因敲除模型、临床样本分析、多变量统计分析 | NA | 单细胞转录组数据、临床病理数据 | 未明确说明具体样本数量,但包含Rab37野生型与敲除型肿瘤模型以及临床肺癌标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 288 | 2026-01-17 |
Analysis Camellia sinensis var. sinensis cv. Fuding Dabaicha genome unveils structural variation-driven metabolic innovation
2026-Jan-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68463-8
PMID:41535305
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序结合PacBio HiFi和ONT超长测序技术,构建了福鼎大白茶的单倍型解析基因组,揭示了结构变异如何驱动茶叶代谢多样性 | 首次利用单细胞测序技术对茶树精子细胞进行测序,结合长读长测序实现高精度单倍型解析基因组组装,并建立了基于半同胞的QTL定位平台 | 研究主要聚焦于福鼎大白茶品种,结果可能不直接适用于其他茶树品种,且样本量相对有限 | 探究茶树基因组结构变异与代谢多样性之间的关联 | 茶树(Camellia sinensis var. sinensis cv. Fuding Dabaicha) | 基因组学 | NA | 单细胞测序, PacBio HiFi测序, ONT超长测序 | NA | 基因组序列数据 | 107个精子细胞 | PacBio, Oxford Nanopore Technologies | 单细胞测序, 长读长测序 | PacBio HiFi, ONT | PacBio HiFi测序和Oxford Nanopore Technologies超长测序技术 |
| 289 | 2026-01-17 |
Single-cell and multi-omic characterization of ex vivo expanded ASTRLs from stable kidney transplant recipients reveals a regulatory T cell phenotype
2026-Jan-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-33656-6
PMID:41535376
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、流式细胞术和质谱流式细胞术,详细表征了从稳定肾移植受者外周血单核细胞扩增的异质性抗原特异性T富集调节细胞系(ASTRL),揭示了其获得调节性T细胞转录组特征 | 首次结合单细胞和多组学技术对肾移植受者扩增的ASTRL进行深入表征,发现其CD4 T细胞在供体抗原刺激下克隆扩增并呈现Treg相关转录组,包括上调CD39、TIGIT等基因,与经典Treg特征有强重叠 | 研究为临床前模型,样本来源有限,未在体内验证ASTRL的治疗效果,且TCR多样性降低可能影响长期免疫应答 | 探究肾移植受者中扩增的ASTRL的细胞表型和转录组特征,以评估其作为调节性细胞疗法的潜力 | 从稳定肾移植受者外周血单核细胞(PBMC)扩增的异质性抗原特异性T富集调节细胞系(ASTRL) | 数字病理学 | 肾移植 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、质谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 290 | 2026-01-17 |
Integrating single-cell and bulk transcriptomes with machine learning reveals a CAF signature for immunotherapy response in dMMR endometrial cancer
2026-Jan-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04414-5
PMID:41535649
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk转录组数据,并应用机器学习算法,构建了一个基于Wnt相关癌症相关成纤维细胞的风险特征模型,用于预测错配修复缺陷型子宫内膜癌的预后和免疫治疗反应 | 首次在dMMR EC中系统识别Wnt相关CAF亚群,并应用包含10种算法、101种组合的多算法机器学习框架来构建预后特征,最终筛选出包含6个基因的最佳特征 | 研究基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床队列验证;模型在更广泛人群中的普适性有待进一步确认 | 探究CAF在dMMR EC预后和免疫治疗反应中的作用,并构建预测模型 | 错配修复缺陷型子宫内膜癌 | 机器学习 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,拷贝数变异分析 | CoxBoost,弹性网络(Enet),多算法机器学习框架 | RNA-seq数据,单细胞数据 | 单细胞数据中识别了9,682个肿瘤细胞和5,476个正常细胞;bulk RNA-seq数据来自公共数据库 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 291 | 2026-01-17 |
Altered trophoblasts, macrophages, and immunologic microenvironment in the placenta: Implications of poorly controlled type 2 diabetes mellitus revealed by single-cell transcriptomics
2026-Jan-14, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003853
PMID:41537453
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 292 | 2026-01-17 |
Altered hepatic metabolism in Down syndrome
2026-Jan-14, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116835
PMID:41538324
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了唐氏综合征患者肝脏代谢的改变,包括胆汁酸水平升高和肝功能异常蛋白标志物,并在小鼠模型中验证了这些发现 | 首次通过大规模多组学分析(包括血浆代谢组和蛋白质组)结合单细胞转录组学,系统揭示了唐氏综合征中肝脏代谢的广泛改变,并发现饮食脂肪调节可显著影响这些代谢异常 | 研究主要基于小鼠模型和血浆样本,人类肝脏组织的直接证据有限;样本量虽超过400人,但可能未涵盖所有唐氏综合征亚型或年龄组 | 探究唐氏综合征对肝脏代谢的影响及其潜在机制 | 唐氏综合征患者(人类)和Dp16小鼠模型 | 代谢组学与转录组学 | 唐氏综合征 | 多组学分析(代谢组学、蛋白质组学)、bulk RNA测序、单细胞转录组学 | Dp16小鼠模型(唐氏综合征模型) | 血浆样本、肝脏组织RNA序列数据 | 超过400人的血浆样本及Dp16小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 293 | 2026-01-17 |
The circ_0042103/TAF15/NER axis regulates inflammation and DNA damage in pulpitis
2026-Jan-13, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04817-1
PMID:41530875
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研究论文 | 本研究探讨了环状RNA circ_0042103通过结合TAF15蛋白,降低NER修复蛋白ERCC1和PCNA水平,从而增加DNA损伤和炎症,在牙髓炎进展中形成circ_0042103/TAF15/NER轴的作用机制 | 首次揭示了circ_0042103/TAF15/NER轴在牙髓炎中的调控作用,阐明了环状RNA通过影响DNA损伤修复通路加剧炎症的新机制 | 研究主要基于体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证;样本量较小,临床相关性需进一步确认 | 探究环状RNA在牙髓炎进展中的功能及其调控DNA损伤和炎症的分子机制 | 炎症牙髓组织、人牙髓干细胞(hDPSCs) | 分子生物学 | 牙髓炎 | 微阵列、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、生物信息学分析、RNA FISH、pull-down实验、核质分离实验 | NA | RNA测序数据、基因表达数据、蛋白质印迹数据 | 未明确具体样本数量,涉及炎症牙髓组织和hDPSCs细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 294 | 2026-01-17 |
Fibroblast-derived alarmin promotes oral wound healing by activating regulatory T cells that relay pro-angiogenic and anti-inflammatory responses
2026-Jan-13, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116829
PMID:41533514
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研究论文 | 本研究揭示了口腔成纤维细胞通过分泌警报素IL-33激活调节性T细胞,从而促进血管生成和抗炎反应,加速口腔伤口愈合的机制 | 首次在小鼠口腔损伤模型中鉴定出PI16网状成纤维细胞富含IL-33,并证明其通过激活Treg细胞分泌MIF和TGF-β1来调控伤口愈合过程 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限,且具体信号通路细节有待进一步阐明 | 探究成纤维细胞在口腔伤口愈合中的免疫调节功能及其分子机制 | 小鼠口腔损伤模型、人类口腔黏膜组织 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 295 | 2026-01-17 |
Differentiation in the human urothelia is defined by distinct alternative polyadenylation
2026-Jan-13, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116839
PMID:41533515
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研究论文 | 本研究揭示了在人类尿路上皮分化过程中,选择性多聚腺苷酸化(APA)是转录组多样性的主要来源,独立于mRNA水平变化 | 首次在人类尿路上皮分化中系统性地将APA与细胞状态特异性转录组多样性联系起来,并通过单细胞成像和报告基因实验验证了APA对蛋白质表达的调控作用 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,APA事件的直接功能验证和具体分子机制仍需进一步探索 | 探究人类尿路上皮分化过程中转录组多样性的生成机制 | 人类输尿管尿路上皮细胞,包括基底祖细胞、中间细胞和终末分化的伞状细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞成像,报告基因实验 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 13,544个尿路上皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 296 | 2026-01-17 |
Genomic and immune landscape of parthanatos in breast carcinoma: The central role of AIFM1
2026-Jan-13, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153283
PMID:41534495
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研究论文 | 本研究通过分析乳腺癌中的parthanatos细胞死亡形式,揭示了AIFM1在基因组不稳定性和免疫抑制中的核心作用及其预后价值 | 首次在乳腺癌中系统量化parthanatos活性,并确定AIFM1作为关键生物标志物,关联基因组不稳定性和免疫抑制 | 基于公共队列数据的回顾性分析,可能受数据异质性和样本选择偏倚影响 | 探究parthanatos在乳腺癌中的作用机制及AIFM1的预后和治疗潜力 | 乳腺癌患者队列、细胞系和动物模型 | 生物信息学与肿瘤学 | 乳腺癌 | 转录组学分析、单细胞RNA测序、空间转录组学、功能富集分析、免疫景观分析 | 逐步Cox回归模型 | 转录组数据、临床数据、基因组数据 | 来自公共队列的乳腺癌患者数据,具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 297 | 2026-01-17 |
A brain-driven neural circuit contributes to tissue regeneration in joint cartilage
2026-Jan-13, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.12.004
PMID:41535204
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研究论文 | 本文通过多学科方法揭示了大脑通过神经回路调控关节软骨再生的机制 | 首次实验证实大脑通过特定神经回路(PVNCRH神经元至交感神经)调控组织再生,并识别了ADRB2受体在其中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和人类关节软骨外植体,临床转化需进一步验证 | 探究大脑是否及如何调控组织再生,以关节软骨为例 | 人类骨关节炎患者和小鼠模型的关节软骨组织 | 神经科学 | 骨关节炎 | 磁共振成像、多突触逆行追踪、化学遗传学/光遗传学操作、单细胞RNA测序 | NA | 图像、序列数据 | 人类患者和小鼠模型,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 298 | 2026-01-17 |
Protocol for dual spatial transcriptomic profiling of infected tissues
2026-Jan-13, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104282
PMID:41538322
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于感染组织的双重空间转录组分析协议,旨在分析宿主和病原体的转录模式 | 开发了一种双重空间转录组分析协议,能够同时分析宿主和病原体的转录模式,用于建立病理适应特征并预测感染结果 | NA | 建立感染组织中宿主和病原体特异性转录模式的分析方法 | 感染组织 | 空间转录组学 | 感染性疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 299 | 2026-01-17 |
Prenatal glucocorticoids exposure disrupts maturation of a cluster of microglia, causing poor social memory and more repetitive behaviors
2026-Jan-13, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116820
PMID:41538329
|
研究论文 | 本研究揭示了产前糖皮质激素暴露通过破坏MRC1小胶质细胞的成熟,导致后代出现社交记忆缺陷和重复行为增加的机制 | 首次发现产前糖皮质激素暴露会特异性导致MRC1小胶质细胞成熟停滞,并鉴定出F13a1作为关键调控因子和潜在治疗靶点 | 研究主要基于动物模型,人类样本证据仅来自脐带血检测,需要进一步临床验证 | 探究产前糖皮质激素暴露导致自闭症谱系障碍风险的分子机制 | 产前暴露于地塞米松的后代大鼠及其海马组织、人类脐带血样本 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | 动物行为学模型 | 基因表达数据、行为学数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及大鼠后代和人类脐带血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 300 | 2026-01-17 |
RAS/MEK/PI3K pathway inhibition augments response to CD40 agonism by targeting CD11b+ Bregs thereby overcoming melanoma PD1-resistance
2026-Jan-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67315-1
PMID:41526341
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研究论文 | 本研究探讨了通过联合RAS/MEK/PI3K通路抑制剂与CD40激动剂,靶向CD11b+ Bregs以克服黑色素瘤PD1耐药性的治疗策略 | 首次揭示RAS/MEK/PI3K通路抑制剂能抑制CD40激动剂诱导的CD11b+ PD-L1 Bregs,从而增强CD8 T细胞介导的肿瘤杀伤,为ICB耐药黑色素瘤提供新治疗选择 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;样本量有限,未涵盖所有黑色素瘤亚型 | 开发针对ICB耐药BRAF/NRAS突变黑色素瘤的有效二线治疗方案 | BRAF/NRAS突变黑色素瘤肿瘤细胞、CD11b+ Bregs、CD8 T细胞 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | scRNA-Seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | C57BL/6小鼠模型及患者样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |