单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 32324 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2025-11-06 |
A Single-Cell Atlas of Transcriptome Changes in the Intestinal Epithelium at the Suckling-to-Weaning Transition in Male Rabbits
2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101628
PMID:40907661
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了雄性兔子肠道上皮在哺乳到断奶过渡期的细胞类型特异性转录组变化 | 提供了首个兔子肠道上皮单细胞图谱，发现兔子是研究BEST4+上皮细胞的理想模型（小鼠缺乏此类细胞），并揭示了固体食物摄入对上皮防御系统和细胞分化的重塑作用 | 研究仅针对雄性兔子，未包括雌性样本；研究聚焦于盲肠区域，未涵盖整个肠道 | 识别固体食物摄入诱导的肠道上皮各细胞类型的转录组变化 | 雄性兔子肠道上皮细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年龄匹配的同窝哺乳期雄性兔子（摄入与未摄入固体食物组） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 282 | 2025-11-06 |
Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture
2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626
PMID:40907663
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研究论文 | 本研究利用小鼠三维肝脏切片模型探究了白细胞介素-4在肝脏细胞重编程和再生中的作用 | 首次在保留肝脏复杂细胞相互作用的三维培养系统中揭示IL-4促进肝脏再生的细胞重编程机制 | 研究基于小鼠模型，在人类肝脏中的适用性需要进一步验证 | 探究IL-4在肝脏再生中的细胞重编程作用及治疗潜力 | C57BL/6小鼠的精密切割肝脏切片，包括正常和硫代乙酰胺诱导的病变肝脏 | 单细胞生物学 | 肝坏死/肝纤维化 | 单核RNA测序，免疫组织化学染色，ATP检测 | 三维肝脏切片培养系统 | 单细胞转录组数据，蛋白质表达数据 | 8-10周龄C57BL/6小鼠的肝脏切片，包含正常和疾病模型 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 283 | 2025-11-06 |
STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf570
PMID:41171708
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研究论文 | 提出一种用于评估空间转录组学数据聚类性能的计算框架STEAM | 开发了首个专门针对空间转录组学数据的聚类评估算法和指标，通过机器学习分类预测方法评估聚类结果的一致性和可靠性 | NA | 解决空间转录组学数据缺乏真实标签导致的聚类验证难题 | 空间转录组学数据聚类结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | 机器学习分类和预测方法 | 空间转录组数据，空间蛋白质组数据 | 多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率、正常和病变组织 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 284 | 2025-11-06 |
C3a-C3aR1-Mediated Interactions Between Fibroblast-Like Synoviocytes and Macrophages Promote the Progression of Rheumatoid Arthritis
2025-Jul-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43319
PMID:40654154
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研究论文 | 本研究揭示成纤维样滑膜细胞通过C3a-C3aR1信号通路与巨噬细胞相互作用促进类风湿关节炎进展的机制 | 首次发现FLS与巨噬细胞通过C3a-C3aR1信号形成正反馈环路驱动滑膜炎症 | 研究主要基于小鼠胶原诱导关节炎模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 解析类风湿关节炎滑膜中细胞相互作用机制并探索治疗新靶点 | 类风湿关节炎患者滑膜组织和小鼠关节炎模型 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 成像质谱流式技术,单细胞RNA测序 | NA | 图像,基因表达数据 | 类风湿关节炎与骨关节炎滑膜组织比较，胶原诱导关节炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 285 | 2025-11-06 |
Macrophage sensitivity to bexmarilimab-induced reprogramming is shaped by the tumor microenvironment
2025-May-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011292
PMID:40379271
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研究论文 | 本研究通过乳腺癌患者来源的外植体培养模型，探索了肿瘤微环境对bexmarilimab诱导的巨噬细胞重编程敏感性的影响 | 首次使用患者来源的外植体培养模型系统评估bexmarilimab的治疗反应，并揭示了肿瘤微环境炎症状态是治疗敏感性的主要决定因素 | 研究基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的肿瘤微环境相互作用 | 探索肿瘤微环境对巨噬细胞重编程治疗bexmarilimab敏感性的影响机制 | 乳腺癌患者肿瘤组织及癌旁正常组织中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重细胞因子分析,条件培养基处理 | 患者来源的外植体培养模型 | RNA测序数据,细胞因子谱数据,空间转录组数据 | 乳腺癌患者肿瘤和癌旁组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 286 | 2025-11-06 |
Deconvolution and phylogeny inference of diverse variant types integrating bulk DNA-seq with single-cell RNA-seq
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf234
PMID:41169710
|
研究论文 | 提出TUSV-int框架，整合bulk DNA-seq和单细胞RNA-seq数据进行去卷积和系统发育推断 | 首次整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据，同时处理SNV、CNA和SV多种变异类型 | scDNA-seq数据成本高且技术挑战大，限制了在大规模队列中的常规应用 | 重建克隆谱系树以研究癌症进化 | 癌症基因组数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 整数线性规划(ILP) | 系统发育推断模型 | DNA测序数据,RNA测序数据 | NA | NA | bulk DNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 287 | 2025-11-06 |
Integrating single-cell transcriptomics and whole-genome CRISPR CAS9 screen identifies a cell cluster associated with tumor dependency in triple-negative breast cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1705923
PMID:41179682
|
研究论文 | 本研究整合单细胞转录组学和全基因组CRISPR筛选，识别出三阴性乳腺癌中与肿瘤依赖性相关的细胞亚群 | 首次结合单细胞转录组学与全基因组CRISPR筛选技术，系统识别三阴性乳腺癌肿瘤依赖性相关细胞亚群及其临床意义 | 研究主要基于公共数据库分析，实验验证仅限于体外细胞功能验证 | 识别三阴性乳腺癌的肿瘤依赖性基因和细胞亚群，探索新的治疗靶点 | 三阴性乳腺癌患者样本和细胞系 | 单细胞组学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA-seq, 全基因组CRISPR CAS9筛选, 基因组测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 基因组数据 | 多个公共数据库(TCGA-BRCA, METABRIC, DEPMAP)的样本数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 基因组测序 | NA | NA |
| 288 | 2025-11-06 |
Amelioration of intervertebral disc degeneration using engineered extracellular vesicle-delivered ZDHHC5 via inhibiting PANoptosis
2025 Jan-Dec, Journal of tissue engineering
IF:6.7Q1
DOI:10.1177/20417314251351011
PMID:41179831
|
研究论文 | 本研究通过工程化细胞外囊泡递送ZDHHC5抑制PANoptosis来改善椎间盘退变 | 首次发现PANoptosis是椎间盘退变的关键机制，并揭示PTH预处理的细胞外囊泡通过ZDHHC5/YBX1/ZBP1轴调控PANoptosis的新机制 | 细胞外囊泡产量有限且作用机制尚未完全明确 | 开发基于细胞外囊泡的椎间盘退变无细胞治疗策略 | 人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡 | 细胞治疗 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 289 | 2025-11-06 |
Enhanced ICOS Signaling Between Dendritic Cells and T Cells Characterizes the Immune Landscape of Human Cholangiocarcinoma
2025, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/9981470
PMID:41180156
|
研究论文 | 通过整合分析两个独立的单细胞RNA测序数据集，全面绘制了人类胆管癌的细胞景观和细胞间通讯网络 | 首次发现树突状细胞与T细胞间增强的ICOS信号传导是胆管癌的显著特征，并验证了ICOS-ICOSL轴在CD8+T细胞活化中的功能重要性 | NA | 探索胆管癌肿瘤微环境中的细胞相互作用和免疫调控机制 | 人类胆管癌组织样本 | 单细胞分析 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | CellChat分析 | 单细胞转录组数据 | 两个独立数据集（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 290 | 2025-11-06 |
Identification of keratinocyte-associated genes for immune characterization and drug response prediction in oral squamous cell carcinoma
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19953
PMID:41180476
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析识别口腔鳞状细胞癌中角质形成细胞相关基因，并构建诊断模型 | 首次系统分析角质形成细胞在OSCC中的作用机制，发现KRT16、CSTA和CSTB等新型生物标志物 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本量有限 | 识别角质形成细胞相关基因用于口腔鳞状细胞癌的免疫特征分析和药物反应预测 | 口腔鳞状细胞癌组织和细胞 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | 诊断模型, 列线图 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的OSCC单细胞和批量RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 291 | 2025-11-06 |
PTGDS: As a Specific Biomarker for Septic Cardiomyopathy
2025, Infection and drug resistance
IF:2.9Q2
DOI:10.2147/IDR.S554915
PMID:41180608
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序筛选脓毒症心肌病的特异性生物标志物，发现PTGDS作为新型诊断标志物 | 首次发现PTGDS作为脓毒症心肌病的特异性生物标志物，并通过单细胞RNA测序确定其在NK细胞和T细胞中的表达定位 | 基于初步概念验证队列，样本量有限 | 筛选脓毒症心肌病的特异性生物标志物，为早期识别和预后评估提供研究靶点 | 20例脓毒症患者和10例健康志愿者的外周血样本 | 生物信息学 | 脓毒症心肌病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, PPI分析, GO富集分析, KEGG通路分析, 生存分析, ROC曲线分析 | NA | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据 | 30例样本（20例脓毒症患者，10例健康志愿者） | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 292 | 2025-11-06 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals cell landscape and gene signatures associated with granulomatous lobular mastitis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1624640
PMID:41181111
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肉芽肿性小叶性乳腺炎的细胞景观和基因特征 | 首次对肉芽肿性小叶性乳腺炎进行单细胞RNA测序研究，鉴定了11种主要细胞群并发现M1巨噬细胞在疾病免疫病理中的核心作用 | 样本量较小（3例患者和3例对照），需要更大规模研究验证发现 | 系统比较GLM与健康乳腺组织的免疫微环境差异，揭示疾病相关细胞亚群和关键失调基因 | 肉芽肿性小叶性乳腺炎患者和健康对照的乳腺组织样本 | 单细胞组学 | 肉芽肿性小叶性乳腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例GLM患者和3例健康对照的乳腺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 293 | 2025-11-06 |
Correlation of immune cell subsets in the tumor microenvironment and peripheral blood with immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1633748
PMID:41181122
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析食管鳞癌肿瘤微环境和外周血中免疫细胞亚群与免疫治疗反应的相关性 | 首次系统揭示TIM3+ CD8+ T细胞在食管鳞癌免疫治疗中的预测价值，并建立了与临床疗效的定量关联 | 样本量有限，且为回顾性研究，需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探索食管鳞癌免疫治疗反应的预测生物标志物 | 食管鳞癌患者肿瘤组织、癌旁组织及外周血样本 | 生物信息学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | Seurat分析 | 基因表达数据, 流式细胞数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 294 | 2025-11-06 |
Subtype-specific NK cell-TAM interactions drive a novel prognostic signature in HNSCC
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1676878
PMID:41181127
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了头颈鳞状细胞癌中NK细胞与肿瘤相关巨噬细胞亚型特异性相互作用模式及其预后价值 | 首次系统解析HNSCC中NK细胞与TAM的亚型特异性相互作用网络，并构建了基于23个基因的预后特征模型CINT | 样本量相对有限（58例），需要在更大队列中进一步验证 | 探究头颈鳞状细胞癌免疫微环境中NK细胞与TAM的相互作用机制及预后意义 | 头颈鳞状细胞癌组织样本和公共数据库数据 | 肿瘤免疫学 | 头颈鳞状细胞癌 | 免疫组织化学, 单细胞RNA测序, 多组学分析, 免疫荧光 | LASSO Cox回归 | 单细胞RNA测序数据, 公共数据库数据, 免疫组织化学图像, 免疫荧光图像 | 58例HNSCC组织样本，另使用TCGA-HNSC、GSE65858等公共数据库 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 295 | 2025-11-06 |
Gut microbiome as a potential mediator linking sexual behaviors to immune profiles in HIV-negative men who have sex with men: a multi-omics study
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1659556
PMID:41181130
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研究论文 | 通过多组学研究探讨男男性行为者中肠道微生物组如何介导性行为与免疫特征之间的联系 | 首次在HIV阴性MSM人群中整合肠道微生物组与免疫系统多组学数据，揭示性行为通过肠道微生物影响免疫特征的潜在机制 | 研究样本仅限于HIV阴性男男性行为者，结果可能不适用于其他人群 | 探究性行为如何通过肠道微生物组影响男男性行为者的免疫特征 | HIV阴性男男性行为者 | 多组学研究 | HIV易感性 | 16S rRNA基因测序, 批量转录组测序, 单细胞RNA测序, 贝叶斯分析 | PCA, Spearman相关分析, BayesPrism算法, 因果中介分析 | 粪便微生物组数据, 血液转录组数据 | HIV阴性男男性行为者队列 | NA | 16S rRNA测序, 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 296 | 2025-11-06 |
TGF-β-driven T-cell exclusion in ovarian cancer: single-cell and spatial transcriptomic views of immune low-response states
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1698088
PMID:41181126
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综述 | 总结TGF-β驱动的T细胞排斥在卵巢癌中的作用机制及单细胞与空间转录组学视角下的免疫低应答状态 | 整合单细胞RNA/ATAC测序与空间转录组学解析TGF-β信号相关的基质屏障机制，提出结合PD-1疗法与TGF-β轴靶向治疗的精准免疫新策略 | 存在病灶特异性异质性（附件/网膜/腹膜）、检测标准化不足及预测指标稀缺等临床转化挑战 | 探讨TGF-β信号通路在卵巢癌免疫微环境中的作用及精准免疫治疗策略 | 上皮性卵巢癌的肿瘤微环境（成纤维细胞/肿瘤细胞/免疫细胞） | 空间转录组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 297 | 2025-11-06 |
The effects of cryopreservation on PBMCs transcriptome profile
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1690316
PMID:41181136
|
研究论文 | 本研究评估了优化冷冻保存程序对外周血单个核细胞转录组特征的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统评估长期冷冻保存对PBMC转录组的影响 | 仅评估了6个月和12个月两个时间点，未涵盖更短或更长的保存时间 | 评估优化冷冻保存程序对PBMC细胞活性和转录组特征的影响 | 外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序，流式细胞术，台盼蓝染色，碘化丙啶染色 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 冷冻保存6个月和12个月的PBMC样本，与新鲜细胞对比 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 298 | 2025-11-06 |
B cell subpopulations and their role in the pathogenesis of primary Sjögren's syndrome: insights from single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1665086
PMID:41181153
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析原发性干燥综合征患者B细胞亚群及其在疾病发病机制中的作用 | 首次在pSS中通过单细胞RNA测序系统鉴定B细胞亚群，揭示I型干扰素信号通路、BCR克隆性改变和异常基因使用在发病机制中的关键作用 | 样本量较小（3例pSS患者和3例健康对照），需要在更大队列中验证发现 | 探讨B细胞在原发性干燥综合征发病机制中的潜在作用 | 原发性干燥综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序，qRT-PCR，GO和KEGG通路富集分析，转录因子分析，拟时序分析，细胞通讯分析，BCR repertoire分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 单细胞测序：3例pSS患者和3例健康对照；qRT-PCR验证：22例pSS患者和22例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 299 | 2025-11-06 |
Comprehensive analysis of single-cell and bulk transcriptomes reveals key B-cell genes and immune microenvironment regulation in bladder cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1600254
PMID:41181151
|
研究论文 | 通过单细胞和批量转录组分析揭示膀胱癌中B细胞关键基因及免疫微环境调控机制 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序系统鉴定膀胱癌B细胞亚型的关键预后基因 | 样本量有限（8例患者肿瘤样本和4例正常样本） | 探索膀胱癌B细胞关键基因及其在肿瘤免疫微环境中的调控作用 | 膀胱癌患者的肿瘤组织和正常组织 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 体外实验验证 | 多组学分析 | 转录组数据 | 8例膀胱癌患者肿瘤样本和4例正常样本，共84,967个细胞（其中10,967个B细胞） | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 300 | 2025-11-06 |
Lactylation-Related Gene CALM1 Promotes Aortic Dissection via Immune Microenvironment Remodeling: Insights from Bioinformatics and Clinical Evidence
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S539938
PMID:41181366
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和临床证据揭示了乳酰化相关基因CALM1通过免疫微环境重塑促进主动脉夹层发生 | 首次系统研究乳酰化相关基因在主动脉夹层中的作用，发现CALM1可作为AD诊断的潜在生物标志物 | 仅验证了CALM1在临床样本中的表达差异，PARP1和PTBP1未显示显著差异 | 探讨乳酰化相关基因在主动脉夹层发病机制中的作用 | 主动脉夹层患者和健康个体的主动脉组织 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞测序，生物信息学分析 | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 两个AD相关数据集(GSE 52093和GSE 98770)及临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |