单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-05-08	Ibudilast Protects Retinal Bipolar Cells From Excitotoxic Retinal Damage and Activates the mTOR Pathway 2025-May, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24657 PMID:39916387	研究论文	研究伊布地司特在兴奋性毒性视网膜损伤模型中对视网膜神经元的保护作用及其激活mTOR通路的机制	首次发现伊布地司特通过抑制PDE和激活mTOR通路保护视网膜双极细胞，并揭示了双极细胞与Müller胶质细胞之间的旁分泌信号通路在神经保护中的作用	研究仅使用鸡的视网膜损伤模型，未在哺乳动物或人类中进行验证，且mTOR抑制剂雷帕霉素未能减少细胞死亡	探究伊布地司特对视网膜神经元的保护机制及其潜在临床应用价值	鸡视网膜神经元（特别是双极细胞）和Müller胶质细胞	神经保护	视网膜损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、光谱域光学相干断层扫描（SD-OCT）、视网膜电图	兴奋性毒性视网膜损伤模型	基因表达数据、影像数据、电生理数据	未明确说明样本数量，使用鸡视网膜模型
282	2025-05-08	Integrating microbial GWAS and single-cell transcriptomics reveals associations between host cell populations and the gut microbiome 2025-May, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-01978-w PMID:40195537	研究论文	该研究通过整合微生物GWAS和单细胞转录组学，揭示了宿主细胞群与肠道微生物组之间的关联	开发了计算框架scBPS，首次系统地整合微生物GWAS和单细胞RNA测序数据，识别与肠道微生物相关的宿主组织和细胞类型	研究依赖于现有的GWAS和单细胞RNA测序数据，可能受限于数据的覆盖范围和深度	探索宿主遗传、肠道微生物组与特定细胞环境之间的联系	人类24个器官的微生物组和254种宿主细胞类型	计算生物学	NA	单细胞RNA测序、微生物GWAS	scBPS	单细胞RNA测序数据、GWAS数据	207种微生物分类群和254种宿主细胞类型
283	2025-05-08	Tumor-infiltrating mast cells as potential chemoimmunotherapy enhancer in triple-negative breast cancer 2025-Apr-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011899 PMID:40306958	research paper	该研究探讨了肿瘤浸润性肥大细胞（TIMCs）在三阴性乳腺癌（TNBC）中的潜在免疫调节作用及其与化疗免疫疗法结合的潜力	揭示了TIMCs在TNBC肿瘤免疫微环境中的关键调节作用，并提出了TIMCs靶向治疗与化疗免疫疗法结合的新策略	研究主要基于小鼠和人类单细胞测序数据，临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	探索TNBC中TIMCs的免疫调节机制及其在化疗免疫疗法中的潜在增强作用	三阴性乳腺癌（TNBC）中的肿瘤浸润性肥大细胞（TIMCs）	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	整合了小鼠和人类的单细胞测序数据（具体样本数量未提及）
284	2025-05-08	scDGG: Dynamic gene graphs for enhancing clustering analysis of single-cell RNA sequencing data via spatiotemporal representations 2025-Apr-30, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108483 PMID:40328048	research paper	该研究提出了一种名为scDGG的多视图图学习架构，用于从各种信号通路中压缩动态基因图，以提高单细胞RNA测序数据的聚类分析准确性	提出动态基因图的概念，相比静态基因图能更全面地观察调控机制，并开发了scDGG多视图图学习架构	未明确提及具体的数据集规模限制或模型计算复杂度问题	提高单细胞RNA测序数据的聚类分析准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	多视图图学习架构(scDGG)	基因表达数据	基准scRNA-seq数据集（未明确数量）
285	2025-05-08	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的技术可重复性、数据标准化方法和检测灵敏度	首次系统地评估了数字空间分析(DSP)技术在临床样本中的表现，并与单分子成像(SMI)平台进行了比较	研究主要关注肾脏组织，可能不适用于其他组织类型	评估空间转录组学技术在临床应用中的可行性和可靠性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	数字空间分析(DSP), 单分子成像(SMI)	NA	空间转录组数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本(具体数量未提及)
286	2025-05-08	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Apr-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次发现并证实脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞对心肌梗死后伤口愈合的必要性和充分性	研究主要基于小鼠模型，人类数据有限	探究心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞和心肌梗死后心脏修复	心血管疾病研究	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、联体共生、细胞过继转移	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、RNA测序数据	小鼠模型和人类ST段抬高型心肌梗死患者
287	2025-05-08	Investigative needle core biopsies support multimodal deep-data generation in glioblastoma 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58452-8 PMID:40295505	研究论文	本文探讨了在胶质母细胞瘤（GBM）中，通过常规立体定向针芯活检进行多组学分析的可行性和应用	展示了从常规立体定向针芯活检中生成深度数据的可能性，并进行了高分辨率的多组学分析，包括单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学等	研究样本量有限，且立体定向活检用于监测治疗反应的效用尚未明确	评估立体定向针芯活检在胶质母细胞瘤治疗反应监测中的可行性和数据生成能力	胶质母细胞瘤（GBM）患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、T细胞克隆型分析、MHC I类免疫肽组学	NA	多组学数据	未明确提及具体样本数量，但使用了标准活检组织
288	2025-05-08	Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development 2025-Apr-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.04.003 PMID:40300602	研究论文	研究揭示了哺乳动物前脑发育过程中区域扩张的机制，特别是通过单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱和单细胞RNA测序技术	提供了小鼠大脑的单细胞分辨率出生日期图谱，识别了FAM210B作为调控线粒体功能和乳酸产生的关键因子，从而影响前脑神经祖细胞的自我复制分裂	研究主要基于小鼠模型，人类大脑发育的类似机制尚未完全验证	探索哺乳动物大脑区域扩张的发育机制	小鼠大脑的神经祖细胞和神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠大脑的单细胞数据
289	2025-05-08	Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt5915 PMID:40279436	research paper	研究肥胖与骨关节炎（OA）严重程度和疼痛之间的关系，特别是脂肪分泌的瘦素和补体因子D的作用	揭示了脂肪分泌的瘦素通过调节补体因子D（adipsin）影响OA的结构和疼痛表型，证实了脂肪与关节之间的系统性交互作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究肥胖相关脂肪因子（特别是瘦素）在OA发病机制中的具体作用	脂肪分泌的瘦素和补体因子D，以及它们对OA严重程度和疼痛的影响	生物医学	骨关节炎	空间转录组学、全局无监督多组学分析	小鼠模型（脂肪营养不良小鼠）	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠实验模型
290	2025-05-08	Microglial colonization routes and their impacts on cellular diversity 2025-Apr-25, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.04.004 PMID:40288616	review	本文探讨了小胶质细胞在脑发育过程中通过不同定植途径对其多样性的影响	重点关注小胶质细胞通过不同定植途径对细胞多样性的影响，结合单细胞转录组学的最新发现	小胶质细胞多样性形成的具体机制仍不清楚	研究小胶质细胞在脑发育过程中的多样性形成机制	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
291	2025-05-08	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6314842/v1 PMID:40313763	研究论文	该研究通过多模态分析方法识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的空间和分子特征	整合了多种高通量技术（如单细胞RNA测序、空间蛋白质组学等）进行多模态分析，揭示了TIL扩增的基因组和空间决定因素	研究主要针对高级别胶质瘤，结果在其他免疫排斥性癌症中的普适性需要进一步验证	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为基于T细胞的免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq、Xenium转录组学、CODEX空间蛋白质组学	NA	多组学数据（基因组、转录组、蛋白质组）	未明确提及具体样本数量，但涉及高级别胶质瘤的TIL生成与非生成肿瘤对比
292	2025-05-08	Metabolic reprogramming through histone lactylation in microglia and macrophages recruits CD8+ T lymphocytes and aggravates spinal cord injury 2025-Apr-24, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.04.003 PMID:40328251	研究论文	本文研究了脊髓损伤（SCI）后小胶质细胞和巨噬细胞（IAMs）通过组蛋白乳酸化介导的代谢重编程招募CD8+ T淋巴细胞并加剧神经功能损伤的机制	揭示了糖酵解重编程通过组蛋白乳酸化增强Cxcl16转录的新机制，并提出了针对CXCL16-CXCR6轴的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和患者脑脊液样本，人类脊髓组织的直接证据有限	探究脊髓损伤后先天免疫与适应性免疫的相互作用机制	小胶质细胞、巨噬细胞、CD8+ T淋巴细胞	神经免疫学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	脊髓损伤患者脑脊液样本和损伤小鼠脊髓组织
293	2025-05-08	Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics 2025-Apr-23, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103790 PMID:40272979	研究论文	本文提出了一种用于空间转录组学的新鲜冷冻大豆组织制备方案	针对植物组织在空间转录组学应用中的挑战，提出了一套完整的大豆组织制备流程	仅适用于大豆组织，未验证在其他植物组织上的适用性	解决植物组织在空间转录组学研究中的制备难题	新鲜冷冻的大豆组织	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
294	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing of pig lung transplantation reveals macrophage ferroptosis in lung ischemia-reperfusion injury 2025-Apr-20, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.04.011 PMID:40262727	research paper	该研究通过猪肺移植模型的单细胞RNA测序，揭示了巨噬细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的作用	首次在大型动物模型中研究肺缺血再灌注损伤，并发现巨噬细胞铁死亡的关键作用	研究仅关注了早期再灌注损伤，未涉及长期预后	探索肺缺血再灌注损伤的病理机制	猪肺移植模型中的肺组织	digital pathology	lung cancer	single-cell RNA sequencing, transmission electron microscopy	orthotopic pig lung transplant model	RNA-seq data, microscopy images	猪肺移植模型的组织样本
295	2025-05-08	Integrative analysis of bulk RNA and single-cell sequencing data reveals a liquid-liquid phase separation signature for clear cell renal cell carcinoma 2025-Apr-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149313 PMID:39921047	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞测序数据，揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的液-液相分离（LLPS）特征，并构建了一个预后和免疫治疗反应预测的签名	首次基于LLPS相关基因构建了ccRCC的预后和免疫治疗反应预测签名，并通过单细胞测序和体外实验验证了签名基因的表达及其对ccRCC细胞恶性生物学行为的影响	研究主要基于TCGA数据，可能需要更多独立数据集进行验证	建立透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的预后和免疫治疗反应预测签名	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者和细胞	数字病理学	肾癌	RNA测序，单细胞测序	Cox回归，LASSO算法	RNA测序数据，单细胞测序数据	TCGA数据集中的ccRCC样本
296	2025-05-08	Individualized patient tumor organoids faithfully preserve human brain tumor ecosystems and predict patient response to therapy 2025-Apr-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.01.002 PMID:39938519	研究论文	开发了一种快速、高效且复杂的培养系统（IPTO），能够准确重现人脑肿瘤的细胞和分子病理学	IPTO模型能够培养多种中枢神经系统肿瘤，包括成人、儿童和转移性脑癌，并能预测患者特异性药物反应	未明确提及具体局限性	开发一种能够准确模拟人脑肿瘤并预测治疗反应的临床前模型	人脑肿瘤，包括成人、儿童和转移性脑癌	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	IPTO（个体化患者肿瘤类器官）	基因组、表观基因组和单细胞RNA测序数据	前瞻性患者队列（具体数量未提及）
297	2025-05-08	Overcoming immunotherapy resistance in hepatocellular carcinoma by targeting myeloid IL-8/CXCR2 signaling 2025-Apr-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.02.002 PMID:39916327	研究论文	本研究探讨了通过靶向髓系IL-8/CXCR2信号通路克服肝细胞癌免疫治疗耐药性的机制	揭示了IL-8/CXCR2通路在免疫检查点阻断(ICB)耐药性中的作用，并提出了AZD5069作为CXCR2拮抗剂的潜在治疗策略	研究样本量有限，且主要基于临床前模型，需要进一步临床试验验证	阐明IL-8/CXCR2通路介导的ICB耐药机制，并探索克服耐药性的治疗策略	肝细胞癌(HCC)患者和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	ICB耐药原位小鼠模型	RNA测序数据	晚期HCC患者的基线及治疗中活检样本
298	2025-05-08	A systematic review of single-cell RNA sequencing applications and innovations 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108362 PMID:39919386	综述	本文系统回顾了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的应用和创新，特别是在胰岛细胞研究中的进展	强调了scRNA-seq在揭示细胞类型、基因活性和细胞间相互作用方面的创新应用	讨论了scRNA-seq在样本制备、测序和计算分析方面的挑战和限制	研究scRNA-seq在复杂生物过程和疾病理解中的重要性	胰岛细胞	基因组学	糖尿病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
299	2025-05-08	Identification and validation of immune-related biomarkers and polarization types of macrophages in keloid based on bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.burns.2025.107413 PMID:39923303	研究论文	通过bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了瘢痕疙瘩中免疫相关生物标志物及巨噬细胞极化类型	首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq技术，识别了BMP1和IL1R1作为瘢痕疙瘩的新型生物标志物，并揭示了巨噬细胞极化失调的状态	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索瘢痕疙瘩的免疫相关生物标志物及巨噬细胞极化类型，为治疗提供新思路	瘢痕疙瘩组织及正常组织	生物信息学	瘢痕疙瘩	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, LASSO, SVM-RFE, RF, WB, IF	LASSO, SVM-RFE, RF	RNA-seq数据	多个GEO数据集（GSE83286, GSE212954, GSE92566, GSE90051）
300	2025-05-08	Unveiling FKBP7 as an early endoplasmic reticulum sentinel in pancreatic stellate cell activation, collagen remodeling and tumor progression 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217538 PMID:39924075	research paper	该研究揭示了FKBP7作为胰腺星状细胞（PSCs）激活、胶原重塑和肿瘤进展中的早期内质网哨兵的作用	首次将FKBP7鉴定为PSCs的早期激活标志物，并揭示其通过BiP复合物调节特定胶原亚型分泌的机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化潜力尚需进一步验证	探究内质网驻留蛋白在胰腺导管腺癌（PDAC）间质激活中的作用机制	胰腺星状细胞（PSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、功能缺失实验	NA	基因表达数据、组织病理图像	PDAC患者组织样本（数量未明确）