单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-09-19	Blood transcriptome analysis reveals CTSB and ATP6V0D1 expression in circulating monocytes as potential biomarkers of sepsis 2025-Sep-05, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002693 PMID:40961380	研究论文	本研究通过血液转录组分析识别出循环单核细胞中CTSB和ATP6V0D1的表达作为脓毒症的潜在生物标志物	首次将CTSB和ATP6V0D1确定为与脓毒症患者28天死亡率显著相关的单核细胞特异性生物标志物	样本量较小（脓毒症患者n=20，健康对照n=12），需更大规模研究验证	识别脓毒症外周血单核细胞(PBMCs)中的转录组变化作为潜在生物标志物	脓毒症患者和健康个体的外周血单核细胞	生物信息学	脓毒症	RNA-seq, 生物信息学分析, 免疫细胞荧光检测	加权基因共表达网络分析(WGCNA), 蛋白质-蛋白质相互作用分析	转录组数据	32个样本（20例脓毒症患者+12例健康对照），外部验证队列479例
282	2025-09-19	After the bite: cellular responses to mosquito blood feeding 2025-Sep, Trends in parasitology IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.pt.2025.07.018 PMID:40803965	研究论文	通过单细胞转录组学和代谢组学分析埃及伊蚊中肠和脂肪体组织在吸血后的细胞反应	首次在吸血后蚊子组织中鉴定新细胞类型和标记物，并揭示转录组和代谢响应及病毒感染的动态过程	NA	探究蚊子吸血后的细胞水平响应机制	埃及伊蚊（Aedes aegypti）的中肠和脂肪体组织	单细胞组学	虫媒病毒感染	单细胞转录组学、代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	NA
283	2025-09-19	Heart failure-specific cardiac fibroblasts contribute to cardiac dysfunction via the MYC-CXCL1-CXCR2 axis 2025-Sep, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00698-y PMID:40931092	研究论文	本文揭示了心力衰竭特异性心脏成纤维细胞通过MYC-CXCL1-CXCR2轴导致心功能不全的机制	首次发现心力衰竭特异性心脏成纤维细胞亚群及其通过MYC-CXCL1-CXCR2信号通路影响心肌细胞功能的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究心脏成纤维细胞在心力衰竭中的作用机制	小鼠心脏、新生大鼠心肌细胞、人iPSC来源心肌细胞及人心力衰竭组织样本	心血管疾病研究	心力衰竭	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠压力超负荷模型、人类心力衰竭患者与对照组心脏组织
284	2025-09-19	IL7R+ T Cell-Macrophage Crosstalk Links Asthma to Alzheimer's Pathogenesis: Integrating Mendelian Randomization and CellChat Analysis 2025-Sep, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70809 PMID:40951943	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和单细胞分析探讨中重度哮喘与阿尔茨海默病之间的潜在因果联系和分子机制	首次整合孟德尔随机化与单细胞通讯分析揭示IL7R+ T细胞-巨噬细胞串扰在哮喘与阿尔茨海默病关联中的作用	研究主要基于欧洲裔人群数据，遗传相关性分析未发现显著重叠	探究中重度哮喘与阿尔茨海默病之间的因果关系和生物学机制	欧洲裔人群的基因组数据和单细胞测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 连锁不平衡评分回归(LDSC)	NA	基因组关联数据, 单细胞测序数据	AD样本455,258例，中重度哮喘样本57,695例
285	2025-09-19	A Spinal Circuit for Modular Gating of Organ Somatosensation 2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.27.672386 PMID:40949983	研究论文	本研究识别了一组遗传定义的腰骶脊髓中间神经元，它们调控膀胱感觉输入和排尿反射	发现了分子特性不同的神经元亚型，这些神经元对协调膀胱-括约肌活动和门控内脏疼痛至关重要	NA	探索协调器官功能（如膀胱控制）的特定脊髓回路	腰骶脊髓中间神经元	神经科学	泌尿系统疾病	单细胞转录组学、原位生理学、回路追踪	NA	分子数据、生理数据	NA
286	2025-09-19	shinyUMAP: an online tool for promoting understanding of single cell omics data visualization 2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.27.672621 PMID:40949989	研究论文	开发了一个名为shinyUMAP的在线工具，用于帮助用户交互式探索单细胞组学数据的UMAP可视化效果	提供了一个交互式在线平台，允许用户上传单细胞数据并实时调整UMAP超参数，直观观察细胞簇分布变化	NA	促进对单细胞组学数据可视化中UMAP方法的正确理解和使用	单细胞组学数据，特别是scRNA-seq表达数据	生物信息学	NA	UMAP（均匀流形近似与投影）	NA	单细胞组学数据	NA
287	2025-09-19	Single-Cell RNA Analysis Reveals Reduced Frequency and Activity of CXCR5+ Atypical Memory B Cells in Islet Xenotransplantation Treated With Clinically Applicable Immunosuppressants Including Belimumab 2025 Sep-Oct, Xenotransplantation IF:3.3Q2 DOI:10.1111/xen.70076 PMID:40964768	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了Belimumab在猪到非人灵长类胰岛异种移植中抑制B细胞活性的机制	首次在异种移植模型中揭示Belimumab不仅减少CXCR5+非典型记忆B细胞比例，还引起所有B细胞亚群的功能损伤	研究基于非人灵长类动物模型，临床适用性需进一步验证	评估Belimumab作为免疫抑制剂在胰岛异种移植中的作用机制	恒河猴的血液样本及移植的猪胰岛细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	恒河猴治疗前后血液样本
288	2025-09-19	Single-cell RNA sequencing study reveals the potential role of the RPS26 gene in attention deficit hyperactivity disorder 2025-Aug-30, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111444 PMID:40653146	研究论文	通过单细胞RNA测序技术探索RPS26基因在注意力缺陷多动障碍（ADHD）中的潜在作用及其与心血管疾病的分子联系	首次应用单细胞RNA测序技术研究ADHD患者白细胞亚群的基因表达差异，并发现RPS26基因在单核细胞中的调控作用	样本量较小（仅一对异卵双胞胎），且主要基于体外实验验证，需要更大规模研究进一步确认	探索ADHD与心血管疾病之间的潜在生物学联系，重点关注单核/巨噬细胞生物学	ADHD患者（特别是异卵双胞胎中患病个体）的白细胞样本	生物信息学	注意力缺陷多动障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量PCR（qPCR），体外功能实验	NA	RNA测序数据，基因表达数据	一对ADHD不一致的异卵双胞胎
289	2025-09-19	An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657738 PMID:40502179	研究论文	本研究通过整合新数据集与已有数据，构建并验证了Hydractinia symbiolongicarpus的更新版体细胞单细胞图谱	发现了新的神经亚型、两个空间分布不同的腺细胞群体、一个匍匐茎特异性细胞类型以及一个推定的免疫细胞簇，并揭示了完整的刺细胞发育轨迹	NA	深化对刺胞动物细胞多样性和动态变化的理解，为干细胞和再生研究提供资源	Hydractinia symbiolongicarpus（一种刺胞动物模型）的摄食水螅体和匍匐茎组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	超过47,000个细胞
290	2025-09-19	Stem Cell Markers LGR5, LGR4 and Their Immediate Signalling Partners are Dysregulated in Preeclampsia 2025-Apr, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10831-2 PMID:39688759	研究论文	本研究首次描述了LGR5和LGR4及其信号伴侣在人类胎盘中的表达，并发现它们在先兆子痫中失调	首次在人类胎盘中表征LGR5/LGR4及其配体/靶点，并发现其与先兆子痫和胎儿生长受限的关联	缺氧和促炎细胞因子处理未显著改变LGR5/LGR4表达，暗示其他机制可能参与	研究LGR5/LGR4在胎盘中的表达特征及其在先兆子痫和胎儿生长受限中的失调机制	人类胎盘组织、滋养层干细胞和不同妊娠期胎盘样本	生殖医学	先兆子痫	原位杂交、单细胞转录组学、单核RNA测序、转录组分析	NA	mRNA表达数据、测序数据	早孕期(n=11)、早产(n=9)、足月(n=11)胎盘样本，先兆子痫组(n=81)与对照组(n=19)等
291	2025-09-19	MFAP4 Deficiency Attenuates Liver Fibrosis by Regulating Hepatic Stellate Cell Fate Through Inhibition of the FAK/PI3K/NFκB Signaling Pathway 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101548 PMID:40449846	研究论文	本研究探讨MFAP4通过调控肝星状细胞命运在肝纤维化中的作用机制	首次揭示MFAP4通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞活化和凋亡抵抗的分子机制	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，人类临床相关性需进一步验证	阐明MFAP4在肝纤维化发生发展中的功能作用和分子机制	野生型和Mfap4基因敲除小鼠、LX-2细胞系、肝星状细胞	肝脏病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、qPCR	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	基因修饰小鼠模型和细胞系实验
292	2025-08-04	A Reflux Linked GATA Factor Fulcrum Dictates Lineage Commitment Through GPRC5B During the Esophageal Dysplastic Transition 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552 PMID:40490196	研究论文	本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生转变过程中的作用机制	发现了GATA因子在食管腺癌发展中的关键作用，并识别了GATA诱导的GPRC5B作为功能性标记物和可能的驱动因子	研究主要基于体外实验和芯片器官模型，需要进一步的体内验证	阐明GATA家族成员在Barrett食管向食管腺癌转变过程中的分子机制	食管细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）和癌症基因组图谱数据	癌症生物学	食管腺癌	RNA测序、shRNA或CRISPR介导的基因沉默、空间转录组学、芯片器官研究	NA	基因表达数据、空间转录组数据	癌症基因组图谱中的EAC病例、食管细胞系和病变来源的ASCs
293	2025-09-19	Regulatory TCRαβ+ Double Negative T Cells Suppress γδ T Cells and Alleviate Colitis 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101553 PMID:40505772	研究论文	本研究探讨了调节性TCRαβ+双阴性T细胞（DNT细胞）通过抑制γδ T细胞缓解结肠炎的作用机制	首次揭示DNT细胞通过E-cadherin和NKG2D协同增强对γδ T细胞的细胞毒性，并证明异体DNT细胞移植可缓解结肠炎且不引发移植物抗宿主病	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	阐明调节性DNT细胞在结肠炎中的免疫调节作用及治疗潜力	小鼠结肠组织中的免疫细胞（DNT细胞和γδ T细胞）	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序，过继性细胞转移	NA	基因表达数据，细胞表型数据	小鼠模型（具体数量未在摘要中说明）
294	2025-09-19	Enhanced resistance to Listeria infection in mice surviving sepsis: the role of lipid metabolism and myeloid cell reprogramming 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1588987 PMID:40520167	研究论文	本研究探讨脓毒症存活小鼠通过脂质代谢和髓系细胞重编程增强对李斯特菌感染的抵抗力	发现脓毒症存活诱导髓系细胞脂质代谢重编程，增强对胞内病原体的免疫防御	研究基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究脓毒症存活后免疫系统增强抵抗二次感染的机制	脓毒症存活小鼠及李斯特菌感染模型	免疫学	脓毒症及细菌感染	单细胞RNA测序、定量RT-PCR、免疫组化、血清细胞因子检测、血浆脂质组学	NA	基因表达数据、脂质组学数据、细胞表型数据	实验小鼠模型（具体数量未明确说明）
295	2025-09-19	Hepatocyte Apolipoprotein J Accelerates Injury-induced Liver Fibrosis by Activation Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Through Ranbp2 Mediated-SUMOylation 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556 PMID:40545037	研究论文	本研究探讨肝细胞载脂蛋白J（ApoJ）通过RanBP2介导的SUMO化激活STAT3通路，从而加速损伤诱导的肝纤维化进程	首次揭示ApoJ通过促进STAT3的K679位点SUMO化并增强其核转位来激活STAT3通路，提出ApoJ/STAT3/RanBP2轴作为肝纤维化治疗新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化潜力需进一步验证	探究肝细胞ApoJ如何调控STAT3通路介导旁分泌信号激活肝星状细胞	肝细胞、肝星状细胞（HSCs）、小鼠模型、肝硬化患者单细胞RNA测序数据	分子病理学	肝纤维化/肝硬化	单细胞RNA测序、基因敲除/过表达模型、细胞培养上清处理	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	肝硬化患者与健康对照的单细胞RNA数据集、多种肝纤维化小鼠模型
296	2025-09-19	Histopathologic Evaluation and Single-cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients With Inflammatory Bowel Disease 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101563 PMID:40571096	研究论文	本研究通过组织病理学评估和单细胞空间转录组学分析结肠标本，揭示与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常	首次结合传统组织病理学与单细胞空间转录组学技术，系统揭示J型储袋失败的分子机制和免疫微环境特征	回顾性研究设计，样本来源单一医疗中心，空间转录组学分析仅针对部分患者亚组	识别与回肠储袋-肛门吻合术失败相关的组织病理学特征并探究其分子机制	接受回肠储袋-肛门吻合术治疗的炎症性肠病患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学，免疫组织化学	NA	组织切片，基因表达数据	417例患者队列，其中部分进行空间转录组学分析
297	2024-11-22	Author Correction: Single-cell transcriptomics stratifies organoid models of metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2024-Dec, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00308-w PMID:39567832	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
298	2025-09-19	Advancing toward a unified eosinophil signature from transcriptional profiling 2024-Nov-27, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae188 PMID:39213186	综述	本文总结了小鼠和人类嗜酸性粒细胞在血液和组织中的转录谱研究进展，并讨论了不同方法的优势和潜在问题	提出建立嗜酸性粒细胞研究的通用技术标准，推动领域发展并实现跨研究比较	嗜酸性粒细胞转录分析受细胞脆弱性和高质量RNA分离难度限制，人类样本研究仍存在知识空白	提高嗜酸性粒细胞相关疾病的诊断精确性和治疗选择	小鼠和人类嗜酸性粒细胞	转录组学	嗜酸性粒细胞相关疾病	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、微阵列	NA	RNA序列数据	NA
299	2025-09-19	Sample multiplexing for retinal single-cell RNA sequencing 2024-Nov-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111250 PMID:39569377	研究论文	本文建立了一种用于小鼠视网膜神经节细胞的单细胞RNA测序样本多重标记流程，利用胆固醇修饰寡核苷酸进行样本标记	开发了基于胆固醇修饰寡核苷酸的scRNA-seq样本多重标记方法，能够解析样本来源同时保留表型数据	NA	解决稀有细胞群体在单细胞RNA测序中的表征挑战，提高样本识别精度	小鼠视网膜神经节细胞	单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，胆固醇修饰寡核苷酸标记	NA	单细胞转录组数据	NA
300	2025-09-19	Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation 2024-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.12.618004 PMID:39416197	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了脂肪组织中神经相关巨噬细胞（NAMs）在调控脂肪稳态和抑制年龄相关炎症中的关键作用	首次定义了CD169+神经相关巨噬细胞（NAMs）亚群，并证明其通过防止儿茶酚胺抵抗来抑制衰老相关炎症	NA	探究脂肪组织巨噬细胞（ATMs）如何调控年龄相关炎症（inflammaging）	小鼠内脏白色脂肪组织（VAT）中的巨噬细胞亚群	免疫学	老年性疾病	单细胞测序、血管内标记、正交验证	NA	单细胞测序数据	NA