单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-09-01	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	提出Sunbear联合建模框架，用于整合多条件和多模态单细胞时间序列数据	开发能够同时处理多条件（如性别、批次）和多模态（如scRNA-seq、scATAC-seq）数据的时序建模方法，实现单细胞时序谱的插补、对齐和外推	NA	推断小鼠胚胎发育过程中的多条件和多模态时序谱	小鼠胚胎单细胞	计算生物学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	联合建模框架（Sunbear）	单细胞多模态时序数据	NA
282	2025-09-01	Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States 2024-Aug-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457 PMID:39105287	研究论文	通过单细胞多模态分析揭示心血管疾病风险状态下单核细胞的异质性和功能亚群	首次结合CITE-seq和scRNA-seq技术对超过43万单核细胞进行高维多模态分析，识别出多个功能独特的亚群并验证其存在	NA	解析单核细胞在心血管疾病风险状态下的转录组和表型景观	人类和小鼠模型的单核细胞	单细胞组学	心血管疾病	CITE-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 表型数据	437,126个单核细胞
283	2025-09-01	Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data 2023-11-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03099-1 PMID:37974276	研究论文	开发了一种名为Cytomulate的CyTOF数据模拟算法，用于支持细胞计数方法的评估与开发	能够准确捕捉CyTOF数据的多种特征，并在学习整体数据分布方面优于单细胞RNA-seq方法及生成模型	NA	提供可重现且准确的CyTOF数据模拟，为方法开发和评估奠定基础	CyTOF数据	计算生物学	NA	CyTOF（飞行时间质谱流式细胞术）	生成模型	细胞计数数据	NA
284	2025-08-31	Integrated multidimensional bioinformatics analysis of the molecular mechanisms of ulcerative colitis-associated colorectal cancer and MMP1 as a potential therapeutic target 2025-Sep, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00917-5 PMID:40681672	研究论文	通过整合多组学分析探索溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并识别MMP1作为潜在治疗靶点	首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序揭示MMP1通过免疫微环境调节发挥保护作用，并预测ilomastat作为新型抑制剂	研究依赖于公共数据库数据，需实验验证MMP1机制和ilomastat疗效	解析UC相关CRC的分子机制并寻找治疗靶点	溃疡性结肠炎和结直肠癌的分子数据与基因表达谱	生物信息学	结直肠癌	多组学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	生物网络分析	基因组、转录组、蛋白质组数据	来自GEO、TCGA和GWAS数据库的多组学数据集
285	2025-08-31	Cholinergic Waves Have a Modest Influence on the Transcriptome of Retinal Ganglion Cells 2025-Aug-27, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0165-25.2025 PMID:40695599	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胆碱能波对小鼠视网膜神经节细胞转录组的类型特异性影响	首次在单细胞水平揭示胆碱能波对RGC转录组的调控具有类型特异性且影响程度有限，而非此前认为的广泛统一影响	研究仅关注出生后第一周末的RGC，未涵盖其他发育阶段或更长期的转录组变化	探究β2KO小鼠模型中胆碱能波缺失对功能性RGC类型基因表达的影响	野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交、全细胞记录	NA	基因表达数据、电生理数据	野生型和β2KO雌雄小鼠出生后第一周末分离的RGCs
286	2025-08-31	Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006 PMID:40674215	研究论文	开发并应用Vivo-seq平台，在单细胞水平整合转录组和磷酸化信号信息，揭示Th17细胞分化命运	提出Vivo-seq创新平台，首次实现单细胞内转录状态和磷酸化信号状态的同时捕获	NA	研究Th17细胞分化过程中的信号网络和细胞状态决定机制	T辅助17细胞（Th17 cells）	单细胞组学	免疫相关疾病	scRNA-seq, 细胞内转录组和表位索引测序	NA	单细胞转录组数据, 磷酸化信号数据	NA
287	2025-08-31	Immune signaling mediates stromal changes to support epithelial reprogramming in celiac duodenum 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116039 PMID:40694474	研究论文	通过单细胞RNA测序分析乳糜泻十二指肠中免疫信号介导的基质变化以支持上皮重编程	构建了迄今最全面的乳糜泻单细胞RNA测序数据集，揭示了成纤维细胞通过IL-1β和IFN-γ介导支持上皮干细胞重编程的新机制	NA	研究乳糜泻中细胞间通信机制及组织水平细胞动态响应	乳糜泻患者和对照组的十二指肠组织样本	单细胞测序分析	乳糜泻	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本，共203,555个细胞
288	2025-08-31	A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010 PMID:40701148	研究论文	本研究揭示了STAT3通过调控ITGB3表达加速胰腺癌发生发展的新机制	发现STAT3通过染色质可及性调控ITGB3表达的塑性调控机制，并建立了一个18基因特征用于生存分层	NA	探究STAT3信号通路在胰腺导管腺癌进展中的调控机制	胰腺导管腺癌细胞	癌症生物学	胰腺癌	ChIP-seq, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
289	2025-08-31	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes radioresistance in non-small-cell lung cancer 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116018 PMID:40711881	研究论文	本研究探讨癌症相关成纤维细胞（CAFs）来源的Fibulin-5通过抑制铁死亡促进非小细胞肺癌放疗抵抗的机制	首次揭示CAFs通过分泌Fibulin-5激活整合素αVβ5/Src-STAT3通路并抑制ACSL4表达，从而削弱放疗诱导的铁死亡过程	NA	鉴定预测放疗疗效的CAF表达分子并阐明非小细胞肺癌放疗抵抗机制	非小细胞肺癌患者组织样本、癌症相关成纤维细胞及癌细胞系	肿瘤生物学	肺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、基因敲低、临床组织分析	NA	基因表达数据、临床数据	复发患者组织样本（具体数量未明确说明）
290	2025-08-31	A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114 PMID:40782349	研究论文	本研究通过单细胞时空图谱揭示了嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键作用	首次发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎性成纤维细胞，形成正向反馈循环驱动免疫细胞招募	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	解析2型皮肤炎症的细胞机制并识别治疗靶点	小鼠皮肤炎症模型（MC903和oxazolone诱导的皮炎）	免疫学	特应性皮炎	MERFISH, scRNA-seq	NA	单细胞空间转录组数据	约430,000个细胞
291	2025-08-31	A spatiotemporal atlas of mouse gastrulation and early organogenesis to explore axial patterning and project in vitro models onto in vivo space 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116047 PMID:40728928	研究论文	构建了一个包含超过15万个细胞的小鼠原肠胚形成和早期器官发生时空图谱，用于探索轴向模式	整合空间转录组学和单细胞RNA-seq数据，创建了高分辨率时空图谱，并开发了计算流程将体外模型投影到体内空间	NA	研究小鼠胚胎发育过程中的空间分化模式和细胞命运决定机制	小鼠胚胎（E6.5-E9.5天）	发育生物学	NA	空间转录组学，单细胞RNA-seq	计算投影流程	空间转录组数据，单细胞RNA-seq数据	超过150,000个细胞，涵盖E6.5至E9.5天的小鼠胚胎
292	2025-08-31	Gut commensal microbiota drive tailored macrophage responses 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116157 PMID:40828655	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类巨噬细胞对多种共生菌的响应，揭示其异质性和菌种特异性	首次大规模使用单细胞RNA测序（74,476个细胞）研究人类巨噬细胞对15种共生菌的响应，发现菌种特异性和Gram状态影响的转录簇	研究使用单核细胞衍生的巨噬细胞，可能不完全代表体内原生巨噬细胞行为	探究人类巨噬细胞对不同共生菌的异质性免疫响应机制	人类单核细胞衍生的巨噬细胞和15种主要共生细菌	免疫学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	74,476个单核细胞衍生的巨噬细胞，暴露于15种细菌
293	2025-08-31	FAHD1-mediated pyruvate metabolism in hepatocellular carcinoma: Multi-omics and causal genetic evidence 2025-Aug-14, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100494 PMID:40814172	研究论文	本研究通过多组学与因果遗传证据揭示FAHD1介导的丙酮酸代谢在肝细胞癌中的作用机制	首次整合单细胞转录组、空间图谱和遗传因果推断识别丙酮酸高活性上皮亚群，发现FAHD1作为因果驱动因子并揭示其通过ITGB2介导的细胞互作机制	NA	探究肝细胞癌中丙酮酸代谢的因果调控因子及其空间互作机制	肝细胞癌肿瘤微环境中的上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞	多组学分析	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间图谱、孟德尔随机化、分子对接	NA	转录组数据、空间数据、遗传数据	NA
294	2025-08-31	Colorectal cancer heterogeneity co-evolves with tumor architecture to determine disease outcome 2025-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.11.669722 PMID:40832253	研究论文	利用深度学习分析结直肠癌组织架构和细胞核形态，揭示肿瘤异质性与组织结构的协同演化关系及其对患者预后的预测价值	开发了亚细胞分辨率的高通量图像分析范式，结合空间转录组学等技术首次发现组织结构与细胞状态间的动态协同演化反馈环路	NA	探究结直肠癌异质性演化机制及其与临床预后的关系	结直肠癌患者组织样本和类器官	数字病理学	结直肠癌	深度学习、空间转录组学、多重免疫组化、患者来源类器官	深度学习	图像、转录组数据	NA
295	2025-08-31	The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Aug-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561 PMID:40759369	研究论文	本研究揭示p53功能获得性突变通过上调uPAR表达促进胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的机制	首次发现TP53 GoF突变通过持续上调PLAUR/uPAR表达介导吉西他滨耐药，并阐明其独立于EGFR的ERK1/2激活新机制	主要基于细胞系实验，临床样本验证仍需扩大；scRNA-seq分析仅显示相关性而非因果性	探究胰腺导管腺癌化疗后侵袭转移能力增强的分子机制	胰腺导管腺癌细胞系（PANC1、MIA PaCa-2）及TCGA数据库中人PDAC样本	肿瘤分子机制研究	胰腺癌	scRNA-Seq、基因沉默、TCGA数据挖掘	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	两种PDAC细胞系及TCGA中PDAC患者样本
296	2025-08-31	Biallelic BRF2 mutations disrupt redox homeostasis as etiological factors in syndromic immunodeficiency and developmental disorders 2025-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.006 PMID:40781771	研究论文	本研究通过鉴定双等位基因BRF2突变，揭示了其通过破坏RNA Pol III转录导致氧化还原稳态失衡，进而引发综合征性免疫缺陷和发育异常的分子机制	首次建立BRF2功能缺陷与氧化还原稳态破坏之间的致病性联系，并发现其对GPX1和GPX4等关键氧化还原调节基因的特异性影响	研究基于单个家族病例，样本规模有限，且分子机制的深入验证仍需进一步实验	阐明BRF2突变相关遗传疾病的分子发病机制及其与多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷的关联	携带复合杂合BRF2变异的家族病例，表现为多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷	遗传学与分子病理学	免疫缺陷疾病	全外显子组测序，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	1个家族病例（包含先证者及其家系成员）
297	2025-08-31	Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens 2025-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655669 PMID:40475436	研究论文	开发了一种基于单克隆来源和遗传条形码的胚胎体（EB）方案，以解决嵌合类器官筛选中的统计瓶颈问题	提出单克隆条形码胚胎体方法，有效克服嵌合胚胎体分化过程中的克隆复杂性降低问题，提高遗传筛选的可重复性和统计效力	目前仅在小鼠胚胎干细胞中进行了概念验证实验，尚未在人类细胞或更复杂器官模型中广泛应用	优化遗传筛选方法，提高嵌合类器官模型中转录因子功能研究的准确性和可重复性	小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs）	发育生物学	NA	CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传条形码	NA	基因表达数据	涉及所有转录因子的CRISPR筛选，具体样本数量未明确说明
298	2025-08-31	Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids 2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.22.665939 PMID:40777494	研究论文	本研究构建了人类小肠发育过程中间充质细胞的高分辨率空间转录组图谱，并用于评估干细胞衍生肠道类器官	首次通过单细胞RNA测序和Xenium空间转录组技术系统绘制了人类肠道发育中的间充质细胞空间分布图谱，定义了5个特定解剖位置的细胞群体	NA	解析人类肠道发育过程中间充质细胞的时空组织结构和分子特征	人类小肠发育过程中的间充质细胞（成纤维细胞/基质细胞）	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序, Xenium空间转录组技术	NA	空间转录组数据	NA
299	2025-08-31	Deciphering the tumor immune microenvironment: single-cell and spatial transcriptomic insights into cervical cancer fibroblasts 2025-Jul-05, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03432-5 PMID:40616092	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，解析宫颈癌肿瘤免疫微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性及其功能作用	首次在宫颈癌中系统鉴定出六种成纤维细胞亚型，并揭示C0 MYH11⁺成纤维细胞通过MDK-SDC1信号轴在肿瘤进展中的关键作用	研究结果仅部分揭示了CAFs的免疫调节功能，需要进一步验证MDK-SDC1通路的治疗潜力	解析宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞的异质性并探索免疫治疗新靶点	宫颈癌患者的肿瘤组织和细胞系	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 反卷积分析, FACS, 多重免疫荧光	预后预测模型	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, bulk RNA-seq数据	人类宫颈癌组织样本和培养细胞系
300	2025-08-31	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2025-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09002-1 PMID:40369080	研究论文	本研究揭示了人类特异性增强子HARE5通过调控神经祖细胞增殖和神经发生能力，精细调节皮层发育和连接性	首次通过基因组编辑的小鼠和灵长类模型证明人类特异性HARE5增强子通过放大WNT信号通路促进神经祖细胞增殖，从而驱动人类大脑皮层扩张	NA	探究人类加速区域（HARs）在物种特异性皮层发育中的功能贡献	基因组编辑的小鼠模型、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞及皮层类器官	发育生物学	NA	基因组编辑、单细胞RNA测序、固定和活体成像、谱系分析	NA	基因组数据、转录组数据、成像数据	多种转基因动物模型和体外细胞模型