单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-09-15	SPOCK1 promotes the progression of breast cancer by modulating cancer-associated fibroblasts and exerts a synergistic effect with ANXA2 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1619171 PMID:40837013	研究论文	本研究通过多组学分析揭示SPOCK1通过调控癌症相关成纤维细胞促进乳腺癌进展，并与ANXA2存在协同效应	首次系统阐明SPOCK1在乳腺癌中通过CAFs调节肿瘤微环境的机制，并发现其与ANXA2的协同作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内功能验证和临床前模型数据	探索SPOCK1在乳腺癌中的表达模式、预后意义及免疫微环境调控机制	乳腺癌组织样本和癌细胞系	癌症生物学	乳腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫组化(mIHC)	统计模型（R和GraphPad Prism分析）	基因组数据、转录组数据、临床数据	TCGA和GEO数据库的乳腺癌样本（具体数量未明确说明）
282	2025-09-15	Is postoperative cognitive dysfunction a disease of microglial inflammatory memory? A state-transition model from metabolic stress to epigenetic lock-in 2025, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2025.1648161 PMID:40843245	综述	提出术后认知功能障碍（POCD）是由小胶质细胞身份稳定转变驱动的炎症记忆回路模型，而非短暂神经炎症	将POCD重新定义为小胶质细胞命运转变，提出线粒体功能障碍-染色质重塑-持续极化共同演化的闭环炎症记忆回路机制	NA	解释术后认知功能障碍的持久性机制并提出治疗策略	小胶质细胞炎症记忆机制	神经科学	老年疾病	单细胞转录组学、染色质可及性分析	状态转换模型	NA	NA
283	2025-09-15	Integrated multi-omics profiling of immune microenvironment and drug resistance signatures for precision prognosis in prostate cancer 2025, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.) DOI:10.20517/cdr.2025.47 PMID:40843359	研究论文	本研究通过整合多组学数据开发了一个以前列腺癌免疫微环境为中心的预后模型，用于精准预测治疗抵抗和患者生存	首次结合多组学数据、单细胞RNA测序和实验验证，构建了连接免疫异质性、基因组不稳定性和治疗抵抗的预后框架，并识别出亚型特异性耐药模式	研究主要依赖公共数据库（TCGA和GEO）的回顾性数据，外部验证样本量相对有限（329例），且实验验证仅在细胞系中进行	开发前列腺癌的精准预后模型，解析肿瘤微环境与治疗抵抗的关系	前列腺癌患者（来自TCGA-PRAD的554个样本和329个外部验证样本）及835个前列腺癌细胞	数字病理	前列腺癌	多组学整合分析、CIBERSORT、ESTIMATE、WGCNA、ScRNA-seq、LASSO回归	LASSO回归模型	转录组数据、基因组数据、单细胞RNA测序数据	883个样本（554 TCGA + 329外部验证）和835个细胞
284	2025-09-15	Pathophysiological Insights Into the Role of Osteoclasts in Osteoarthritis: Mechanisms, Therapeutic Targets, and Future Directions 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525245 PMID:40851840	综述	本文探讨了破骨细胞在骨关节炎发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	整合单细胞RNA测序技术与传统方法，从时空维度研究破骨细胞基因表达模式，可能发现新的治疗靶点	NA	填补骨关节炎治疗领域的知识空白并推动创新治疗方法的发展	破骨细胞在骨关节炎中的功能与调控机制	骨生物学	骨关节炎	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
285	2025-09-15	Comprehensive Insights Into the Role of TRPM4 in Pan-Cancer Progression and Immune Regulation 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S542176 PMID:40860345	研究论文	本研究探讨TRPM4在泛癌进展和免疫调控中的作用，通过多组学分析和实验验证揭示其与肿瘤预后及免疫治疗反应的关联	首次全面分析TRPM4在33种癌症类型中的表达模式、免疫浸润特征及与免疫治疗疗效的关系，并结合实验验证其功能	样本量有限（特别是临床验证部分仅19例肺腺癌患者），主要依赖生物信息学分析，实验验证需进一步扩展	探究TRPM4在泛癌中的表达特征、预后价值、免疫调控作用及对免疫治疗反应的影响	33种癌症类型的肿瘤样本（来自TCGA、GTEx等数据库）及乳腺癌、肺腺癌、食管癌细胞系	生物信息学与肿瘤免疫学	泛癌（包括肺癌、乳腺癌、食管癌等）	RNA-seq（bulk和scRNA-seq）、免疫组化（IHC）、多重免疫荧光（mIHC）、基因敲低实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞数据、临床病理数据	TCGA+GTEx泛癌数据集（33种癌症）、19例肺腺癌患者组织样本、多种癌细胞系
286	2025-09-15	smartSim: simulation of splice aware single cell smart-seq3 data 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf183 PMID:40861396	研究论文	本文介绍了smartSim，一种用于模拟Smart-seq3单细胞RNA测序数据的仿真工具	首次开发能够模拟Smart-seq3协议特异性偏差（包括UMI和内部读段）的剪接感知单细胞数据仿真器	NA	为单细胞RNA测序中的异构体重建和选择性剪接检测计算方法提供基准测试资源	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	Smart-seq3, RNA-seq	NA	测序数据	NA
287	2025-09-15	Construction of thyroid cancer classification and iodine metabolism related diagnostic model using thyroid differentiation score and bioinformation 2024-Sep-06, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000039464 PMID:39252309	研究论文	构建基于甲状腺分化评分和生物信息学的甲状腺癌分类及碘代谢相关诊断模型	整合甲状腺分化评分、多组学数据和机器学习方法，首次开发出与碘代谢相关的THCA亚型诊断模型，并鉴定出5个独立预测基因	NA	提高甲状腺癌不同亚型的诊断准确性和治疗针对性	甲状腺癌（THCA）患者	生物信息学	甲状腺癌	RNA-seq, qRT-PCR, GSVA, 机器学习	逻辑回归诊断模型	基因表达数据，临床病理信息，单细胞RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的甲状腺癌样本
288	2025-09-15	Human Pancreatic α-Cell Heterogeneity and Trajectory Inference Analysis Using Integrated Single Cell- and Single Nucleus-RNA Sequencing Platforms 2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.19.567715 PMID:38014078	研究论文	通过整合单细胞和单核RNA测序技术揭示人类胰腺α细胞的异质性及其在2型糖尿病中的转分化轨迹	首次发现人类α细胞存在五个转录组不同的亚群，并利用轨迹推断分析揭示α与β细胞双向转分化的基因特征	研究主要基于体外胰岛和移植胰岛数据，未完全模拟体内自然环境	探究人类胰腺α细胞异质性及在2型糖尿病中细胞命运转换的机制	人类胰岛细胞（来自非糖尿病供体和2型糖尿病供体）及胰岛移植物	单细胞组学	2型糖尿病	scRNA-seq, snRNA-seq, 轨迹推断分析, RNA velocity/PAGA分析	NA	单细胞转录组数据	人类非糖尿病供体和2型糖尿病供体的胰岛样本
289	2025-09-14	Neuroimmune integration in chronic stress: mechanisms of TRPV1-CB2 crosstalk, inflammation, and neural resilience 2025-Oct-15, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149826 PMID:40645538	综述	本文综述了慢性压力下神经免疫整合机制，重点关注TRPV1-CB2受体串扰、炎症和神经韧性	整合神经化学范式与TRPV1/CB2受体动态、神经炎症级联和氧化应激的前沿见解，并提出神经免疫整合模型	分子网络间复杂串扰及先进疗法可及性不平等	探索慢性压力下的神经免疫整合机制并开发神经保护治疗策略	神经免疫系统、分子信号通路（MAPK、CREB）和应激反应机制	神经科学	精神与神经疾病	CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞RNA测序	神经免疫整合模型	NA	NA
290	2025-09-14	Single-cell transcriptome analysis reveals dysregulation of microglial iron homeostasis in temporal lobe epilepsy 2025-Oct-15, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149885 PMID:40803604	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示颞叶癫痫中微胶质细胞铁稳态失调的关键作用	首次在颞叶癫痫中发现一种独特的微胶质细胞表型，其特征是铁积累和神经炎症，且与癫痫发作频率正相关	机制研究尚不充分，需进一步实验验证	探究微胶质细胞在铁代谢和神经炎症中的作用及其与颞叶癫痫发病机制的关系	颞叶癫痫患者的脑组织样本	生物信息学	颞叶癫痫	单细胞/单核RNA测序，免疫组化，基因调控网络分析	NA	转录组数据，图像数据	颞叶癫痫患者与对照组的脑组织样本（具体数量未明确说明）
291	2025-09-14	Unveiling Moxibustion's Impact on AD Mice Learning and Memory: Role of Mitochondrial Respiratory Chain Complex I Subunit in the Hippocampus 2025-Oct, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05147-2 PMID:40531365	研究论文	本研究探讨艾灸通过调节海马线粒体呼吸链复合物I改善阿尔茨海默病小鼠学习和记忆能力的机制	首次结合空间转录组学、生化检测和电镜技术系统揭示艾灸通过能量代谢途径改善认知功能的分子机制	研究局限于APP/PS1小鼠模型，尚未在人类患者中验证	阐明艾灸改善阿尔茨海默病认知功能障碍的作用机制	APP/PS1转基因阿尔茨海默病模型小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学、生化检测、透射电镜	NA	基因表达数据、生化指标、超微结构图像	APP/PS1转基因小鼠样本
292	2025-09-14	Single-Cell Sequencing Screening of Biomarkers Associated with Lipophagy in the MPTP Model Mice of Parkinson's Disease 2025-Oct, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05014-0 PMID:40537664	研究论文	通过单细胞测序筛选与帕金森病MPTP模型小鼠脂噬相关生物标志物	首次结合脂噬机制在帕金森病中筛选出Ubb、Gapdh、Cox4i1和Hsp90aa1四个关键生物标志物，并揭示少突胶质细胞和神经元的关键作用	样本量较小（n=3/组），仅使用小鼠模型，未进行人类样本验证	探究脂噬在帕金森病中的具体分子机制及潜在治疗靶点	MPTP诱导的帕金森病模型小鼠脑组织细胞	单细胞生物学	帕金森病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	细胞聚类分析、伪时间分析	单细胞转录组数据	6只小鼠（3只PD模型，3只对照组）
293	2025-09-14	Single-Cell Transcriptome Patterns of Transposable Elements in Alzheimer's Disease 2025-Oct, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05140-9 PMID:40537665	研究论文	通过单细胞核RNA测序分析阿尔茨海默病患者前额叶皮层样本，揭示转座子转录本在不同脑细胞类型中的表达模式	首次在单细胞水平系统报道AD中转座子转录本的细胞类型特异性变化模式，特别是发现兴奋性神经元中逆转录转座子转录本增加最显著	研究主要基于前额叶皮层样本，可能无法完全代表其他脑区的变化	探究阿尔茨海默病中转座子转录本的细胞类型特异性表达规律	阿尔茨海默病患者前额叶皮层细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	sc/snRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	143,951个细胞
294	2025-09-14	The brainstem BBSome regulates glucose homeostasis and lean mass in a state-dependent manner 2025-Oct, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102222 PMID:40744313	研究论文	本研究探讨了脑干纤毛和BBSome蛋白复合体在能量平衡和葡萄糖稳态中的作用	揭示了脑干特定神经元中BBSome通过自主神经平衡调节葡萄糖稳态的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	研究脑干纤毛和BBSome在代谢调节中的功能	Phox2b神经元、小鼠模型	神经代谢学	代谢性疾病	免疫荧光、共聚焦成像、单细胞RNA测序、病毒技术、神经记录	基因敲除小鼠模型	图像数据、转录组数据、生理指标数据	使用Phox2bCre/Ift88 fl/fl和Phox2bCre/Bbs1fl/fl基因工程小鼠，在高脂饮食和对照饮食条件下进行研究
295	2025-09-14	Effects of β-catenin deficiency on adipose tissue physiology 2025-Oct, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102226 PMID:40759324	研究论文	本研究探讨了脂肪细胞中β-catenin缺失对白色脂肪组织基因表达及细胞间通讯的影响	揭示了性别特异性代谢表型，并发现内皮细胞和细胞外囊泡通过上调Ctnnb1 mRNA维持组织稳态的补偿机制	研究主要基于小鼠模型，未明确人类组织中的适用性；性别差异机制尚未完全阐明	探究脂肪细胞Wnt/β-catenin信号缺失对脂肪组织稳态维持的分子机制	脂肪细胞特异性β-catenin敲除小鼠（Ctnnb1AdKO）的脂肪组织及基质血管细胞	分子生物学	代谢性疾病	代谢表型分析、bulk RNA测序、流式细胞术、单细胞RNA测序、细胞外囊泡分离	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、代谢参数	性别分组的转基因小鼠模型（具体数量未明确说明）
296	2025-09-14	Regulating the cell differentiation trajectory of progenitor cells in adipose tissue fibrosis 2025-Oct, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102231 PMID:40780446	研究论文	本研究探讨了基质Gla蛋白（MGP）在脂肪组织纤维化中对祖细胞分化轨迹的调控作用	发现MGP缺失会促使脂肪源性干细胞（ASC）从成脂分化转向纤维化分化，并鉴定出两个新的ASC亚群（ASC1和ASC4）	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明MGP在白色脂肪组织纤维化中的作用机制	脂肪祖细胞（APCs）和小鼠模型	细胞生物学	代谢性疾病	scRNA-seq, 信号通路研究	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	使用全局和Pdgfral-Cre介导的Mgp缺失小鼠模型
297	2025-09-14	Penthorum chinense Pursh extract ameliorates lupus nephritis disease in MRL/lpr mice via the PPARγ/NFκB signaling axis 2025-Sep-25, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120379 PMID:40780476	研究论文	本研究探讨了Penthorum chinense Pursh提取物（PGF）通过调节PPARγ/NFκB信号轴改善MRL/lpr小鼠狼疮性肾炎的疗效与机制	首次揭示PGF通过调控巨噬细胞PPARγ/NFκB信号轴治疗狼疮性肾炎，并整合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序进行多组学验证	研究基于小鼠模型和细胞实验，临床转化潜力需进一步人体试验验证	评估PGF对狼疮性肾炎的治疗效果并阐明其通过PPARγ/NFκB通路的分子机制	MRL/lpr小鼠（狼疮模型）、Raw264.7巨噬细胞和HK2细胞	药理学	狼疮性肾炎	UPLC-Q-TOF/MS、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、RT-qPCR、转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序	NA	分子生物学数据、组学数据、病理学数据	MRL/lpr小鼠模型、细胞系（Raw264.7和HK2）
298	2025-09-14	Transcriptomic bioinformatics analysis proposes a novel BCL2-MAPK14-TXN oxidative stress diagnostic model of sepsis and identifies TXN as an oxidative stress-related signature gene in sepsis 2025-Sep-23, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115016 PMID:40540896	研究论文	本研究通过生物信息学分析提出了一种基于BCL2-MAPK14-TXN的脓毒症氧化应激诊断模型，并验证了TXN作为关键标志基因的作用	首次构建了BCL2-MAPK14-TNX氧化应激诊断模型，并通过实验初步验证了TXN在脓毒症氧化应激中的调控作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证尚属初步，需要进一步推动应用验证	筛选脓毒症相关的氧化应激基因并验证其诊断价值	脓毒症患者与对照组的基因表达数据	生物信息学	脓毒症	微阵列数据分析、机器学习算法、CIBERSORT、ssGSEA、单细胞RNA测序	诊断列线图(nomogram)模型	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE65682、GSE95233、GSE131761、GSE33118、GSE175453)的训练、测试和验证队列
299	2025-09-14	Pharming: Joint Clonal Tree Reconstruction of Single-Nucleotide Variant and Copy Number Aberration Evolution from Single-Cell DNA Sequencing of Tumors 2025-Sep-15, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1177/15578666251374694 PMID:40944534	研究论文	提出一种名为Pharming的新方法，用于从单细胞DNA测序数据中联合推断SNV和CNA的克隆进化树	利用CNA推断的高准确性和SNV与CNA区域的共现性，实现更精确的肿瘤系统发育重建	低通量测序技术的低覆盖度可能影响SNV推断的可靠性	重建肿瘤进化历史，理解突变获取顺序和不同类型改变之间的动态相互作用	肿瘤细胞中的单核苷酸变异(SNV)和拷贝数变异(CNA)	计算生物学	乳腺癌	单细胞DNA测序，全基因组测序	肿瘤系统发育推断方法	DNA测序数据	模拟数据和三阴性乳腺癌病例
300	2025-09-14	High-plex imaging of hepatoblastoma and adjacent liver in pediatric patients reveals a predominant myeloid infiltrate expressing immune-checkpoints 2025-Sep-13, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04164-3 PMID:40944713	研究论文	本研究通过高plex成像和单细胞RNA测序分析儿童肝母细胞瘤的免疫微环境，发现其以表达免疫检查点的髓系细胞浸润为主	首次系统描绘肝母细胞瘤的免疫景观，揭示髓系细胞主导的免疫微环境及VISTA/SIRPα检查点表达特征	样本量有限且依赖公共单细胞数据集验证，未进行功能性实验验证靶向治疗的可行性	解析肝母细胞瘤免疫微环境特征以探索免疫治疗新策略	儿童肝母细胞瘤组织及配对癌旁正常肝组织	数字病理学	肝母细胞瘤	成像质谱流式技术、免疫荧光染色、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	组织图像、基因表达数据	初治及化疗后肝母细胞瘤组织与配对正常肝组织（具体样本量未明确说明）