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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-06-07 |
Study on the spatiotemporal regulation of interferon-stimulated genes during Zika virus infection
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1702266
PMID:41573570
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研究论文 | 本研究整合多系统转录组数据,结合细胞实验和生物信息学分析,系统探究了寨卡病毒感染过程中干扰素刺激基因的时空调控特征及功能 | 首次通过跨系统(人脑类器官、单核细胞来源树突状细胞、外周血单个核细胞)转录组数据整合分析,揭示干扰素刺激基因在寨卡病毒感染中的时空动态调控和细胞异质性,并筛选出潜在诊断生物标志物 | 研究样本量有限,且缺乏体内动物模型验证;部分发现的机制尚需进一步功能实验确认 | 阐释寨卡病毒感染中宿主干扰素刺激基因的时空调控特征及其抗病毒作用 | 寨卡病毒感染的人脑类器官、单核细胞来源树突状细胞、感染患者外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 寨卡病毒感染 | RNA-seq, 单细胞转录组测序, siRNA敲低实验 | LASSO回归 | 转录组测序数据, 单细胞转录组数据 | 人脑类器官、单核细胞来源树突状细胞、感染患者外周血单个核细胞(具体数量未详述) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 282 | 2026-06-07 |
ULMnet: inferring physical cell-cell communication networks from scRNAseq data using univariate linear models
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1722504
PMID:41583424
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研究论文 | 本研究开发了ULMnet方法,利用单变量线性模型从scRNAseq数据中推断物理细胞间通信网络 | 首次利用scRNAseq中的多联体(多重态)推断物理细胞间相互作用,而非传统的分泌信号分析 | 方法灵敏度约56%有待提高,且仅适用于scRNAseq数据中的多联体识别 | 开发计算工具从scRNAseq数据推断物理细胞间相互作用网络 | scRNAseq数据集中的细胞多联体(多重态)及物理附着的细胞对 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | 单变量线性模型(ULM) | 单细胞转录组数据 | 多种数据集包括细胞对、部分解离组织及健康/癌组织常规scRNAseq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 283 | 2026-06-07 |
Liquid-liquid phase separation-driven molecular subtyping and prognostic modeling in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1741979
PMID:41583431
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研究论文 | 本研究基于液-液相分离构建了结直肠癌分子亚型和预后模型 | 首次系统揭示液-液相分离调控在结直肠癌进展中的作用,并基于LLPS相关基因构建预后风险模型 | 未提及具体局限性 | 探索液-液相分离失调如何促进结直肠癌进展,并构建预后模型以指导个体化治疗 | 结直肠癌患者样本(566例肿瘤样本和19例正常对照) | 机器学习 | 结直肠癌 | 空间转录组学, RNA测序 | Cox回归, LASSO回归 | 转录组数据, 空间转录组数据 | 566例结直肠癌样本和19例正常对照 | NA | 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 284 | 2026-06-07 |
Advances in the identification of novel cell signatures in benign prostatic hyperplasia and prostate cancer using single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1684895
PMID:41583437
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综述 | 利用单细胞RNA测序技术识别良性前列腺增生和前列腺癌中新型细胞标志物的进展 | 系统总结了单细胞RNA测序在揭示良性前列腺增生和前列腺癌共享分子机制及新型细胞亚群中的最新发现,强调了该技术在解析细胞异质性和提供新治疗靶点方面的潜力 | 作为综述,未提供原始实验数据或验证结果,且依赖于现有研究,可能存在发表偏倚 | 探讨单细胞RNA测序在发现良性前列腺增生和前列腺癌中新型细胞亚群和分子标志物方面的作用,以促进对这两种疾病分子机制的理解和临床管理 | 良性前列腺增生和前列腺癌相关的细胞亚群及分子标志物 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 285 | 2026-06-07 |
Revealing the role of regulatory microglial IRF7-NLRP3 interactions in optic nerve damage of normal-tension glaucoma based on single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1700998
PMID:41601638
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示调节性小胶质细胞IRF7-NLRP3相互作用在正常眼压性青光眼视神经损伤中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示OPTN(E50K)突变通过IRF7-NLRP3相互作用调控小胶质细胞炎症,进而影响正常眼压性青光眼视神经损伤的机制 | 该研究主要基于小鼠模型,尚缺乏人体样本的直接证据 | 探索IRF7与NLRP3分子相互作用引起的小胶质细胞炎症在正常眼压性青光眼视神经损伤中的作用 | 野生型和OPTN(E50K)突变小鼠的视网膜小胶质细胞 | 单细胞组学, 数字病理学 | 正常眼压性青光眼 | 单细胞RNA测序, Western blot, qPCR, 免疫荧光, 分子对接 | NA | 基因表达数据 | 野生型和OPTN(E50K)突变小鼠的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 286 | 2026-06-07 |
Unveiling the immunometabolic landscape of colorectal cancer through PANoptosis-related gene expression
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1615022
PMID:41601652
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研究论文 | 通过PANoptosis相关基因表达揭示结直肠癌的免疫代谢景观 | 首次基于PANoptosis相关基因构建CPAN指数,有效区分结直肠癌高风险与低风险患者,并揭示其免疫代谢特征 | 未提及外部验证集的多样本来源及潜在偏倚,且PANoptosis机制在体内模型中的验证尚待进一步研究 | 探究PANoptosis相关基因在结直肠癌中的表达模式及其对免疫微环境和代谢重编程的影响,并构建风险分层模型 | 结直肠癌患者组织样本及细胞系(如CRC细胞系) | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 基因敲降 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 多个批量RNA-Seq数据集及单细胞RNA-Seq数据集,具体样本量未明确提及 | Illumina | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 287 | 2026-06-07 |
Decoding inflammatory regulation in ovarian cancer at single-cell resolution
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1719669
PMID:41601649
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综述 | 本文综述了单细胞技术揭示卵巢癌微环境中炎症调控机制的研究进展 | 聚焦卵巢癌的“双微环境”特性,整合单细胞组学解析炎症驱动的免疫抑制、基质重编程和耐药机制 | 单细胞技术的高成本和数据整合复杂性限制了临床转化,且缺乏纵向动态研究 | 阐释单细胞技术解析卵巢癌微环境中炎症调控的机制及临床转化挑战 | 卵巢癌微环境中的免疫细胞、基质细胞及炎症信号通路 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学FFPE样本 |
| 288 | 2026-06-07 |
TRIM29 drives ulcerative colitis by disrupting lipid metabolism via lysosomal dysfunction: a multi-omics and experimental study
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1728932
PMID:41601651
|
research paper | 通过多组学和实验研究揭示TRIM29通过溶酶体功能障碍扰乱脂质代谢驱动溃疡性结肠炎 | 首次发现TRIM29通过破坏溶酶体功能并重编程脂质代谢来驱动溃疡性结肠炎,并阐明TRIM29-溶酶体-脂质代谢轴 | 依赖DSS诱导的小鼠模型和体外细胞实验,结果需在人类样本中进一步验证 | 探究溃疡性结肠炎的潜在发病机制,特别是脂质代谢和溶酶体功能障碍的作用 | 溃疡性结肠炎组织样本、DSS诱导的结肠炎小鼠模型以及结肠上皮细胞 | machine learning | ulcerative colitis | RNA-seq, single-cell RNA-seq | LASSO, SVM, XGBoost | transcriptomic data, single-cell RNA-seq data | 未明确说明样本量,涉及公开转录组数据和单细胞RNA-seq数据 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 289 | 2026-06-07 |
Multi-omics integration identifies NK cell dysregulation and a five-gene diagnostic signature in major depressive disorder
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1700629
PMID:41601671
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研究论文 | 多组学整合分析揭示重度抑郁症患者中自然杀伤细胞功能失调及五个关键诊断基因 | 首次通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,结合机器学习方法,识别出NK细胞在MDD中的核心功能失调机制,并构建了基于五个关键基因的诊断模型 | 单细胞数据样本量较小(仅3例患者和3例对照),可能限制一般化;研究主要基于外周血样本,未涉及脑组织验证 | 揭示重度抑郁症中细胞类型特异性转录失调和免疫功能障碍的分子机制,识别诊断标志物和治疗靶点 | 重度抑郁症患者和健康对照的外周血单核细胞 | 机器学习 | 抑郁症 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | 机器学习(具体算法未明确指定) | 基因表达数据 | 3例MDD患者和3例健康对照的PBMCs(scRNA-seq);批量RNA-seq数据来自GSE39653数据集(具体样本数未说明) | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 290 | 2026-06-07 |
A multi-omics analysis of pancreatitis: bridging familial genetics and disease progression
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1707821
PMID:41601670
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研究论文 | 通过多组学分析将家族性胰腺炎的遗传学与疾病进展联系起来 | 整合了罕见家族性慢性胰腺炎和外显子组测序与急性胰腺炎公共数据集的单细胞RNA测序及批量转录组学,发现共有分子和细胞病理学,并构建了基于人工智能的预测模型 | 未明确提及局限性,但可能包括样本量有限(仅2例儿科CP患者)以及依赖公共数据集 | 阐明慢性胰腺炎和急性胰腺炎的遗传和免疫细胞基础,并识别潜在生物标志物和治疗靶点 | 两名儿科慢性胰腺炎患者及其家庭成员,以及一个包含119例急性胰腺炎患者的公共队列 | 机器学习 | 胰腺炎 | 全外显子组测序, 单细胞RNA测序, 批量转录组学, 加权基因共表达网络分析 | 人工智能驱动模型 | 基因序列, 转录组数据 | 2名儿科CP患者及其家庭成员进行WES,119例AP患者进行scRNA-seq和批量转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 291 | 2026-06-07 |
Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization identifies mitochondrial targets in immune cells for Major Depressive Disorder
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1700604
PMID:41601681
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研究论文 | 通过单细胞转录组孟德尔随机化分析,识别免疫细胞中线粒体在重度抑郁症中的靶点 | 首次整合多组学数据与机器学习,结合细胞类型特异性孟德尔随机化方法,鉴定出五种线粒体相关基因(HK2、NDUFS4、NEU1、SOD1和UCP2)在不同免疫细胞中的表达对重度抑郁症风险具有因果效应 | 未详细说明样本量大小、平台技术等具体实验细节,且验证仅在CUMS大鼠模型中进行,缺乏人类队列的直接验证 | 识别通过特定免疫细胞表达对重度抑郁症风险有因果影响的线粒体相关基因 | 重度抑郁症患者及CUMS大鼠模型 | 机器学习 | 重度抑郁症 | 孟德尔随机化、ssGSEA、CIBERSORT | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | NA |
| 292 | 2026-06-07 |
Single-cell transcriptional profiling revealed the protective effects of Buddleoside in sepsis-associated acute liver injury
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1713180
PMID:41601688
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析,揭示木犀草苷对脓毒症相关急性肝损伤的保护作用及其免疫调节机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术解析木犀草苷在脓毒症相关肝损伤中对多种肝细胞亚群的免疫调节作用,包括抑制内皮细胞激活、调控中性粒细胞和巨噬细胞的炎症表型 | 研究主要在动物模型中进行,尚未在人类样本中验证;木犀草苷的具体分子靶点尚未完全阐明 | 评估木犀草苷对脓毒症相关急性肝损伤的保护作用并探索其免疫调节机制 | 脓毒症相关急性肝损伤小鼠模型 | 数字病理学 | 脓毒症相关急性肝损伤 | scRNA-seq | NA | scRNA-seq数据 | 小鼠肝脏组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 293 | 2026-06-07 |
Multimodal analysis of TAAD pathogenesis: SHAP-enhanced interpretable models and single-cell sequencing analysis reveal immune microenvironment alterations
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1630404
PMID:41613150
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研究论文 | 通过整合转录组和单细胞转录组数据,结合SHAP增强的可解释机器学习模型,揭示Stanford A型主动脉夹层(TAAD)的免疫微环境改变及关键调控因子 | 首次利用SHAP分析量化机器学习模型中的特征贡献,并整合批量与单细胞转录组数据,鉴定出SIX4、SCNN1B和PCDH11X三个关键基因,其中SIX4被证实为血管平滑肌细胞可塑性和免疫信号动态的核心调节因子 | 研究主要基于公开数据库的二次分析,缺乏前瞻性临床验证;SIX4等基因在TAAD中的具体分子机制仍需进一步功能实验探索 | 阐明TAAD的分子机制并发现可靠生物标志物,以改善诊断并指导靶向干预 | Stanford A型主动脉夹层(TAAD)患者 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq | LASSO、随机森林、SVM-RFE | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 整合4个批量转录组数据集和2个单细胞转录组数据集(具体样本量未在摘要中明确) | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 294 | 2026-06-07 |
LOXL2 labels inflammation-associated myofibroblasts predicting kidney allograft dysfunction and fibrosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1671117
PMID:41607781
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研究论文 | 该文章研究了LOXL2作为肾移植后移植物纤维化和功能障碍的生物标志物,通过单细胞测序和成像发现LOXL2标记的间质性肌成纤维细胞在纤维化进程中扮演关键角色 | 首次发现LOXL2标记的SMA阴性、CD68阳性的间质性肌成纤维细胞亚群,并证明其可作为早期纤维化的生物标志物 | 文章未提及具体局限性,但回顾性分析中样本量有限(118例活检),且细胞数量的动态变化及长期预测价值需进一步验证 | 探索LOXL2作为肾移植后移植物纤维化和功能障碍的预测生物标志物 | 肾移植患者的活检组织,包括移植肾和天然肾中LOXL2+肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 肾移植后纤维化与功能障碍 | 单细胞测序,成像技术 | NA | 单细胞测序数据,图像数据 | 118例肾移植活检样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞测序平台 |
| 295 | 2026-06-07 |
A ligand-centered framework for γδ T cell activation in colorectal cancer revealed by single-cell and transformer-based perturbation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1715827
PMID:41607803
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA-seq数据集和基于Transformer的扰动分析,构建了结直肠癌中γδ T细胞活化的配体中心框架 | 首次将Transformer模型用于配体推断和扰动分析,系统解析结直肠癌中γδ T细胞的活化机制 | 研究主要依赖计算预测,缺乏体外或体内实验验证 | 解析结直肠癌中γδ T细胞的活化机制 | 结直肠癌浸润γδ T细胞 | 机器学习, 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, Transformer模型, 扰动分析 | Transformer | 基因表达数据 | 整合多个单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 296 | 2026-06-07 |
SCTC: inference of developmental potential from single-cell transcriptional complexity
2024-06-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae340
PMID:38709881
|
论文 | 提出一种基于经济复杂性理论的新型指标SCTC,用于从单细胞转录组数据推断发育潜能和伪时间 | 首次将经济复杂性理论应用于单细胞转录组分析,提出比传统指标SCTD更准确的发育潜能度量标准 | 基于特定假设(基因表达在发育过程中非单调下降),可能不适用于所有生物系统 | 准确推断单细胞发育潜能和重建细胞发育伪时间路径 | 单细胞转录组数据中的细胞和基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督算法 | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 297 | 2026-06-07 |
Senescence of human pancreatic beta cells enhances functional maturation through chromatin reorganization and promotes interferon responsiveness
2024-06-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae313
PMID:38682582
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研究论文 | 研究人类胰腺β细胞衰老通过染色质重组增强功能成熟并促进干扰素反应 | 首次揭示人类胰腺β细胞衰老通过染色质重组激活功能成熟基因增强子,并提高干扰素反应能力,而不产生典型的衰老相关分泌表型 | 未明确说明,但基于摘要可能缺乏体内功能验证或大规模临床样本验证 | 探究人类胰腺β细胞衰老状态及其对胰岛素分泌和干扰素反应的影响机制 | 人类胰腺β细胞(包括p16阳性衰老细胞) | machine learning | 糖尿病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 成人胰腺β细胞数据集(单细胞转录组) | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 298 | 2026-06-07 |
ImmunoPET imaging of Trop2 expression in solid tumors with nanobody tracers
2024-01, European journal of nuclear medicine and molecular imaging
IF:8.6Q1
DOI:10.1007/s00259-023-06454-3
PMID:37792026
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研究论文 | 开发针对Trop2的纳米抗体免疫PET探针,并在胰腺癌和胃癌临床前模型中评估其诊断能力 | 首次构建两种靶向Trop2的纳米抗体免疫PET探针([68Ga]Ga-NOTA-RTD98和[68Ga]Ga-NOTA-RTD01),在临床前模型中展示出优于[18F]-FDG的诊断性能 | 仅限临床前模型验证,尚未在人体中进行评估 | 研究跨膜糖蛋白Trop2在实体瘤中的表达,并开发特异性免疫PET探针用于肿瘤诊断 | 胰腺癌和胃癌细胞系及患者来源模型 | 计算机视觉 | 胰腺癌, 胃癌 | 免疫PET成像, 单细胞测序, 免疫组化, 流式细胞术 | NA | 图像, 测序数据, 组织微阵列 | 胰腺癌组织微阵列及多种胰腺癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 299 | 2026-06-07 |
Infiltrating lipid-rich macrophage subpopulations identified as a regulator of increasing prostate size in human benign prostatic hyperplasia
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1494476
PMID:39867899
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现,在良性前列腺增生中,富含脂质的巨噬细胞亚群(TREM2高表达和MARCO高表达)可调节前列腺体积增大 | 首次定义了两个新的良性前列腺增生免疫亚群(TREM2高表达和MARCO高表达巨噬细胞),并揭示了脂质丰富的巨噬细胞可能加剧大前列腺患者的下尿路症状 | 需要进一步研究评估靶向这些细胞在良性前列腺增生中的治疗益处 | 探究巨噬细胞表型转变及其代谢改变在良性前列腺增生导致前列腺体积增大中的作用 | 来自10个大前列腺(>90克)和10个小前列腺(<40克)的CD45+过渡区白细胞 | 数字病理学 | 前列腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 20个前列腺组织样本(10个大前列腺和10个小前列腺) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 300 | 2026-06-07 |
Single-cell transcriptome analysis of medaka lymphocytes reveals absence of fully mature T cells in the thymus and the T-lineage commitment in the kidney
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1517467
PMID:39867910
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研究论文 | 通过对青鳉淋巴细胞进行单细胞转录组分析,揭示了胸腺中缺乏完全成熟的T细胞以及肾脏中T谱系定向分化的特征 | 首次利用scRNA-seq分析青鳉淋巴细胞发育,发现与斑马鱼不同的种属特异性特征,包括胸腺中缺乏成熟SP T细胞及肾脏中存在T谱系定向淋巴细胞前体 | 仅分析了胸腺和肾脏两个器官,未覆盖其他淋巴组织;研究基于单一突变体模型,可能无法完全反映正常发育过程 | 理解青鳉淋巴细胞发育的分子和细胞机制,并与斑马鱼进行比较以揭示硬骨鱼类的共性和种属特异性 | 青鳉淋巴细胞 | 单细胞转录组学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 包含突变体和野生型青鳉的胸腺和肾脏淋巴细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |