单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-05-17	Integrated proteogenomic characterization of localized prostate cancer identifies biological insights and subtype-specific therapeutic strategies 2025-Apr-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58569-w PMID:40180929	research paper	该研究通过整合基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据，对145例中国患者的局限性前列腺癌进行了分子亚型分析，并鉴定出NANS蛋白作为潜在的预后生物标志物和治疗靶点	首次在局限性前列腺癌中整合多组学数据进行分子亚型分析，并发现NANS蛋白通过调节sialoglycan-sialic acid-Siglec轴影响肿瘤免疫微环境	研究样本仅来自中国患者，可能限制了结果的普适性	探索局限性前列腺癌的分子异质性并寻找新的治疗策略	145例中国患者的局限性前列腺癌样本	digital pathology	prostate cancer	基因组测序、转录组测序、蛋白质组分析、磷酸化蛋白质组分析、scRNA-seq、免疫荧光分析	orthotopic transplanted mouse models	multi-omics data (genomic, transcriptomic, proteomic, phosphoproteomic)	145例局限性前列腺癌患者样本
282	2025-05-17	Development and validation of basement membrane-related signatures for predicting postoperative recurrence, tumor microenvironment and drug candidates in chordomas 2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14006-1 PMID:40181316	研究论文	本研究开发和验证了与基底膜相关的基因特征，用于预测脊索瘤术后复发、肿瘤微环境和药物候选	首次建立了由五个基底膜相关基因组成的预后特征，并验证了其作为独立预后因素的准确性和可靠性，同时揭示了基底膜相关基因通过PI3K-Akt信号通路影响脊索瘤的恶性行为	样本量相对较小（77例进行批量转录组测序，6例进行单细胞RNA测序），可能需要更大规模的研究进一步验证	探索基底膜相关基因在颅底脊索瘤预后评估和生物学行为中的作用	颅底脊索瘤患者和脊索瘤细胞	数字病理学	脊索瘤	批量转录组测序、单细胞RNA测序、LASSO Cox回归分析	LASSO Cox回归模型	转录组数据	77例患者进行批量转录组测序，6例患者进行单细胞RNA测序
283	2025-05-17	Microwave ablation of non-small cell lung cancer enhances local T-cell abundance and alters monocyte interactions 2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14002-5 PMID:40181307	research paper	本研究探讨了微波消融（MWA）对非小细胞肺癌（NSCLC）微环境中免疫细胞群的影响	首次在单细胞水平上揭示了MWA后NSCLC微环境中T细胞丰度的增加以及单核细胞与T细胞（或B细胞）之间相互作用的改变	样本量较小，仅涉及接受分次MWA治疗的患者	识别MWA后NSCLC微环境中免疫细胞群的变化并分析免疫细胞中失调的基因	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	RNA测序数据	接受分次MWA治疗的NSCLC患者的肿瘤活检样本
284	2025-05-17	FOSB is a key factor in the genetic link between inflammatory bowel disease and acute myocardial infarction: multiple bioinformatics analyses and validation 2025-Apr-03, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02129-0 PMID:40181401	research paper	该研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了FOSB等关键基因在炎症性肠病（IBD）和急性心肌梗死（AMI）共病中的重要作用	首次通过多组学方法鉴定出THBD、FOSB、ADGPR3、IL1R2和PLAUR五个关键基因在IBD和AMI共病机制中的核心作用，并构建了高预测精度的AMI诊断模型	研究主要基于生物信息学分析，实验验证样本量有限，需要更大规模的临床研究进一步确认	探索IBD与AMI之间的遗传机制联系，寻找潜在的诊断标志物和治疗靶点	IBD和AMI相关的基因表达数据	生物信息学	炎症性肠病, 急性心肌梗死	微阵列分析, WGCNA, qRT-PCR, Western blotting, 单细胞测序	LASSO, 随机森林, Boruta	基因表达数据	NCBI GEO数据库中的多个微阵列数据集
285	2025-05-17	Functional maturation of preterm intestinal epithelium through CFTR activation 2025-Apr-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07944-w PMID:40169914	研究论文	本研究探讨了人类Wharton's jelly间充质干细胞来源的细胞外囊泡（EVs）对促进早产儿肠道上皮功能成熟的作用	发现EV39处理能显著上调与肠上皮细胞功能相关的成熟特异性基因表达，并通过CFTR依赖机制促进细胞增殖、上皮屏障完整性和脂肪酸摄取	研究结果仅在人源早产模型中得到验证，未在小鼠肠道类器官中观察到类似效应	探索促进早产儿肠道上皮功能成熟的方法	早产儿回肠组织来源的人类早产肠道模型	发育生物学	早产相关疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	人类早产肠道模型（具体样本量未明确说明）
286	2025-05-17	Knockout of cyclin-dependent kinases 8 and 19 leads to depletion of cyclin C and suppresses spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Apr-02, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96465 PMID:40172945	研究论文	研究敲除CDK8和CDK19对小鼠精子发生和雄性生育能力的影响	首次发现CDK8和CDK19双敲除导致细胞周期蛋白C（CCNC）耗竭，并揭示了其通过激酶非依赖性功能影响精子发生的新机制	CDK8/19抑制剂处理未能重现基因敲除表型，说明可能存在其他补偿机制	探究CDK8和CDK19在雄性生殖系统中的功能	CDK8和CDK19双敲除小鼠模型	分子生物学	男性不育症	基因敲除技术、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠模型进行实验
287	2025-05-17	A donor PD-1+CD8+ TSCM-like regulatory subset mobilized by G-CSF alleviates recipient acute graft-versus-host-disease 2025-Apr-02, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02183-1 PMID:40175340	research paper	研究发现一种新型供体外周T细胞亚群，能够抑制急性移植物抗宿主病（aGVHD）同时促进受体的免疫重建	首次鉴定出一种具有双重Treg和Teff功能的PD-1+CD8+ TSCM样调节性T细胞亚群，可作为优化供体选择的指标	研究样本量相对较小（n=80），且主要在单中心进行	优化临床供体选择标准并鉴定与更好受体预后相关的供体淋巴细胞亚群	80例G-CSF动员的供体及其对应的80例单倍体相合和全相合allo-HSCT受体	免疫学	急性移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	临床数据和单细胞转录组数据	80例供体-受体对（发现队列）和30例验证队列
288	2025-05-17	A realistic FastQ-based framework FastQDesign for ScRNA-seq study design issues 2025-Apr-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07938-8 PMID:40175506	研究论文	提出了一种基于FastQ文件的scRNA-seq研究设计框架FastQDesign，用于优化实验设计	首个基于FastQ文件的研究设计框架，利用公开数据集的原始FastQ文件作为参考，在固定预算内提供最优设计建议	NA	解决scRNA-seq实验设计中的细胞数量和测序深度优化问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	FastQ文件	一个合成数据集和九个真实数据集
289	2025-05-17	Identification of potential shared gene signatures between periodontitis and breast cancer by integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq data 2025-Apr-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95703-6 PMID:40175565	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别了牙周炎和乳腺癌之间潜在的共享基因特征	首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据研究牙周炎和乳腺癌的共享基因特征，并发现ANKRD29和TDO2作为诊断生物标志物	机制研究仍需进一步实验验证	探究牙周炎和乳腺癌之间相互作用的基因、通路和免疫细胞	牙周炎和乳腺癌患者样本	生物信息学	牙周炎, 乳腺癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, qRT-PCR, 免疫组化染色	机器学习方法	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的牙周炎和乳腺癌样本
290	2025-05-17	Life-long microbiome rejuvenation improves intestinal barrier function and inflammaging in mice 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02089-8 PMID:40176137	研究论文	研究通过长期粪便微生物移植（FMT）改善小鼠肠道屏障功能和炎症老化	首次在小鼠中验证了长期年轻微生物群移植对延缓衰老的积极作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索微生物群定向干预对延缓哺乳动物衰老的潜力	小鼠	微生物组学	衰老相关疾病	粪便微生物移植（FMT）、16S rRNA基因分析、宏基因组学、单细胞RNA测序	NA	微生物组数据、转录组数据	使用8周龄小鼠和同龄小鼠作为供体
291	2025-05-17	Faecalibacterium prausnitzii-derived outer membrane vesicles reprogram gut microbiota metabolism to alleviate Porcine Epidemic Diarrhea Virus infection 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02078-x PMID:40176190	research paper	研究探讨了Faecalibacterium prausnitzii及其外膜囊泡在缓解猪流行性腹泻病毒(PEDV)感染中的作用	首次发现F.prausnitzii外膜囊泡(OMVs)通过改变肠道菌群代谢和增加磷脂酰胆碱(PC)水平来缓解PEDV感染	研究仅使用猪模型和细胞系，未进行人体试验	探索F.prausnitzii及其OMVs对PEDV感染的缓解作用及其机制	猪流行性腹泻病毒(PEDV)感染的仔猪模型和IPEC-J2、Vero细胞系	微生物学与病毒学	猪流行性腹泻	蛋白质组学、非靶向代谢组学、小RNA测序、宏基因组分析、单细胞测序	动物模型(仔猪)和细胞模型	微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了仔猪模型和两种细胞系
292	2025-05-17	IL-12-producing cytokine factories induce precursor exhausted T cells and elimination of primary and metastatic tumors 2025-Apr-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010685 PMID:40169286	research paper	研究探讨了通过局部施用IL-12细胞因子工厂来诱导前体耗竭T细胞（Tpex）并消除原发性和转移性肿瘤的安全性和抗肿瘤效果	提出了一种新的免疫治疗方法，通过IL-12细胞因子工厂诱导Tpex细胞的招募和系统免疫，避免了传统IL-12治疗的毒性问题	研究主要在动物模型中进行，尚未在人类临床试验中验证其安全性和有效性	开发一种安全有效的免疫治疗方法，以诱导Tpex细胞的招募和系统免疫，治疗多种实体瘤	前体耗竭T细胞（Tpex）、原发性和转移性肿瘤	免疫治疗	结直肠癌、黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、动物实验数据	9只结直肠癌小鼠、黑色素瘤小鼠、非人灵长类动物
293	2025-05-17	Severe inflammation and lineage skewing are associated with poor engraftment of engineered hematopoietic stem cells in patients with sickle cell disease 2025-Apr-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58321-4 PMID:40169559	research paper	该研究探讨了在镰状细胞病（SCD）患者中，基因改造的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）移植的效果及其与炎症和谱系偏斜的关系	研究发现，移植效果不佳的患者中，最不成熟的造血干细胞（HSCs）表现出加剧的炎症特征和谱系偏斜，这为理解基因治疗效果的变异性提供了新视角	研究样本量较小，且长期疗效和安全性仍需进一步观察	评估基于DREPAGLOBE的基因治疗在SCD患者中的短期安全性和长期疗效	镰状细胞病（SCD）患者	基因治疗	镰状细胞病	慢病毒载体（DREPAGLOBE）基因治疗	NA	临床数据和单细胞转录组数据	参与I/II期临床试验的SCD患者，随访18至36个月
294	2025-05-17	BRD4 as the key lactylation related gene in heart failure identified through bioinformatics analysis 2025-Apr-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91506-x PMID:40169651	research paper	通过生物信息学分析识别出BRD4作为心力衰竭中与乳酸化修饰相关的关键基因	首次利用多种生物信息学分析方法确定BRD4是心力衰竭中关键的乳酸化相关基因，为研究心力衰竭中酰化相关机制奠定了基础	研究依赖于公开数据集和体外细胞模型，未进行大规模临床验证	识别与心力衰竭进展相关的乳酸化修饰基因并探讨其生物学意义	心力衰竭患者基因表达数据及体外细胞模型	生物信息学	心血管疾病	LASSO, WGCNA, ROC曲线分析, 基因集富集分析, 免疫细胞浸润分析, 单细胞测序	NA	基因表达数据	GSE5406数据集和GSE161470单细胞测序数据集
295	2025-05-17	Integrating single-cell RNA sequencing, WGCNA, and machine learning to identify key biomarkers in hepatocellular carcinoma 2025-Apr-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95493-x PMID:40169794	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、WGCNA和机器学习技术，识别肝细胞癌的关键生物标志物	结合单细胞RNA测序、WGCNA和三种机器学习算法，识别出肝细胞癌的潜在诊断标志物，并利用分子对接技术验证药物与核心蛋白的结合能力	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	识别肝细胞癌的诊断和治疗生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、分子对接	机器学习算法（未具体说明）、逻辑回归	基因表达数据	从GEO数据库下载的微阵列和单细胞RNA测序数据集
296	2025-05-17	STopover captures spatial colocalization and interaction in the tumor microenvironment using topological analysis in spatial transcriptomics data 2025-Apr-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01457-1 PMID:40170080	研究论文	介绍了一种名为STopover的新方法，利用空间分辨转录组学数据和拓扑分析来研究肿瘤微环境	通过逐步降低特征阈值提取连通组件，利用Jaccard指数量化空间重叠，并通过转录组谱置换评估统计显著性	NA	阐明基于免疫肿瘤学的肿瘤-免疫相互作用	肿瘤微环境中的免疫和基质细胞浸润模式	数字病理学	肺癌, 乳腺癌	空间分辨转录组学(SRT)	NA	转录组数据	NA
297	2025-05-17	Landscape of T Cells in Tuberculous Pleural Effusion 2025-Apr, The clinical respiratory journal DOI:10.1111/crj.70066 PMID:40170555	研究论文	本研究探讨了结核性胸腔积液(TPE)患者胸腔积液(PE)和外周血(PB)中T淋巴细胞亚群的表达模式、调控机制和功能	首次在单细胞水平上分析了TPE患者PE和PB中T淋巴细胞亚群的分布及其功能特性	样本量较小(仅4例TPE患者)，可能影响结果的普遍性	了解TPE患者PE和PB中T细胞的分布模式和动态变化	结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血中的T淋巴细胞亚群	免疫学	结核病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), T-SNE投影, Gene Set Variation Analysis (GSVA), 伪时间分析, ELISA	NA	单细胞转录组数据, 细胞因子数据	4例TPE患者的PE和PB样本
298	2025-05-17	SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881 PMID:40179332	研究论文	提出了一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器结合对比学习方法，用于空间转录组学数据分析	首次在GNN中同时采用节点掩码和边掩码机制，结合MGAE和MGCL模块提升模型鲁棒性和聚类精度	未明确说明方法在超大规模数据集上的可扩展性	解决空间转录组数据高稀疏性导致的模型不稳定问题	空间转录组学数据中的细胞空间定位	生物信息学	NA	空间分辨转录组学(SRT)	图神经网络(GNN), 图自编码器, 对比学习	空间基因表达数据	来自5个不同平台的8个数据集
299	2025-05-17	scTrans: Sparse attention powers fast and accurate cell type annotation in single-cell RNA-seq data 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012904 PMID:40184563	research paper	本文介绍了一种名为scTrans的新型单细胞Transformer模型，用于快速准确地注释单细胞RNA测序数据中的细胞类型	scTrans采用稀疏注意力机制，利用所有非零基因，有效降低输入数据维度同时最小化信息损失	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的速度和准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Transformer	基因表达数据	31种不同小鼠组织的近百万个细胞
300	2025-05-17	CD4+CD25- T-Cell-Secreted IFN-γ Promotes Corneal Nerve Degeneration in Diabetic Mice 2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.4.15 PMID:40192636	研究论文	本研究探讨了糖尿病性角膜病变中角膜神经退化与树突状细胞（DCs）增多之间的关系	发现CD4+CD25- T细胞通过分泌IFN-γ促进角膜神经退化，而非DCs或CD8+ T细胞	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索糖尿病性角膜病变中角膜神经退化的机制	糖尿病小鼠的角膜神经和免疫细胞	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序、共培养实验、抗体阻断	NA	基因表达数据、图像数据	糖尿病小鼠和健康小鼠的角膜样本