本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-06-10 |
HDAC1 modulates sepsis-induced immunosuppression by driving the exhaustion of CD8+ T cells
2026-Feb-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197224
PMID:41729078
|
研究论文 | 本研究探讨了组蛋白去乙酰化酶1(HDAC1)通过驱动CD8+ T细胞耗竭来介导脓毒症诱导的免疫抑制的机制 | 首次揭示HDAC1通过与NFAT1直接相互作用促进其核转位,进而上调抑制性分子表达,驱动CD8+ T细胞耗竭,并确认HDAC1作为脓毒症免疫抑制的潜在治疗靶点 | 主要为小鼠模型和体外实验,临床样本量可能有限,且HDAC1抑制剂的长期安全性和有效性未详细评估 | 阐明HDAC1在脓毒症诱导的CD8+ T细胞耗竭中的作用及其分子机制 | 脓毒症患者外周血样本和小鼠脓毒症模型中的CD8+ T细胞 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 脓毒症患者外周血样本及小鼠模型样本(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于小鼠肺部细胞分析 |
| 282 | 2026-06-10 |
WWP2 underlies ROS-induced granulosa cell apoptosis by promoting ubiquitination of BAK in polycystic ovary syndrome
2026-Feb-23, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08500-y
PMID:41730845
|
研究论文 | 本研究揭示了泛素连接酶WWP2通过促进BAK泛素化在多囊卵巢综合征中调节氧化应激诱导的颗粒细胞凋亡的分子机制 | 首次证明WWP2在多囊卵巢综合征颗粒细胞凋亡中的作用,并阐明其通过BAK泛素化调节线粒体凋亡的具体分子机制 | NA | 阐明活性氧(ROS)如何通过E3泛素连接酶WWP2调节多囊卵巢综合征中颗粒细胞的凋亡机制 | 多囊卵巢综合征患者的颗粒细胞以及KGN细胞系和Wwp2基因敲除的小鼠模型 | 数字病理学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 临床颗粒细胞样本和PCOS小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 283 | 2026-06-10 |
Single-cell and spatial transcriptomics define 20E-driven developmental reprogramming in silkworm wing disc
2026-Feb-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69518-6
PMID:41730863
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学构建家蚕翅原基10个时间点的时空单细胞图谱,揭示20-羟基蜕皮酮驱动的发育重编程机制 | 首次构建家蚕翅原基高分辨率时空单细胞图谱,提出五阶段基因转换模型,并揭示20E激素快速加速细胞命运转变的机制 | 未提及具体局限性 | 阐明昆虫翅发育的时空逻辑及激素驱动的发育重编程机制 | 家蚕翅原基 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 图像 | 家蚕翅原基10个时间点样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 284 | 2026-06-10 |
Tumor cell villages define the co-dependency of tumor and microenvironment in liver cancer
2026-Feb-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69797-z
PMID:41723121
|
研究论文 | 通过空间单细胞成像和单细胞RNA测序分析肝癌中肿瘤细胞与微环境的共依赖性关系 | 提出深度学习策略将肿瘤细胞状态与其周围环境架构进行空间映射,并发现不同的肿瘤细胞状态可形成独特的“村庄”结构,每个村庄由特定的微环境支持 | 未提及具体局限性 | 理解肿瘤如何建立其独特的空间景观以及驱动肿瘤适应性的因素 | 来自50个肿瘤标本的超过200万个细胞,以及740名肝癌患者的单细胞、空间和批量转录组数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间单细胞成像、单细胞RNA测序 | 深度学习 | 图像、转录组数据 | 50个肿瘤标本、740名肝癌患者 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 285 | 2026-06-10 |
Utilizing bulk and single-cell RNA sequencing to identify potential biomarkers linked to angiogenesis and integrated stress response in chondrosarcoma
2026-Feb-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-40800-3
PMID:41723200
|
研究论文 | 利用批量与单细胞RNA测序识别与软骨肉瘤血管生成和整合应激反应相关的潜在生物标志物 | 首次通过综合批量与单细胞RNA测序分析,确定HSPA8、LMNA和SERPINH1作为软骨肉瘤中与血管生成和整合应激反应相关的潜在生物标志物,并揭示其调控网络及细胞互作机制 | 样本量有限且主要依赖公开数据库,部分分析结果尚未在独立队列中验证,分子机制验证仍停留在表达水平 | 鉴定软骨肉瘤中与血管生成和整合应激反应相关的潜在生物标志物,并阐明其分子机制 | 软骨肉瘤患者样本 | 机器学习 | 软骨肉瘤 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 来源于GEO数据库的多个数据集(GSE30835、GSE22855、GSE184118) | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 286 | 2026-06-10 |
Milk fat globule-EGF factor 8 enhances the proliferation and migration of thyroid carcinoma cells through epithelial-mesenchymal transition and PI3K/AKT signaling pathway
2026-Feb-21, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-026-04242-5
PMID:41723511
|
研究论文 | 发现MFG-E8通过EMT和PI3K/AKT信号通路促进甲状腺癌细胞增殖和迁移 | 首次揭示MFG-E8在甲状腺癌中的表达和功能,特别是其与侵袭性亚型的关系及潜在临床应用价值 | 未提及具体局限性,需进一步验证临床转化价值 | 研究MFG-E8在甲状腺癌中的表达、功能及作用机制 | 甲状腺癌细胞系及乳头状甲状腺癌组织样本 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序、转录组测序、质谱分析、免疫组化、Western blotting、RT-PCR | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、组织图像 | 包含甲状腺癌组织和细胞系样本,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | 未提供具体平台配置细节 |
| 287 | 2026-06-10 |
Multi-species integration, alignment and annotation of single-cell RNA-seq data with CAMEX
2026-Feb-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69696-3
PMID:41723123
|
research paper | 介绍CAMEX,一种利用异构图神经网络进行多物种单细胞RNA-seq数据整合、比对和注释的工具 | 利用多对多同源关系进行跨物种整合,并在多种跨物种基准数据集上表现优于现有方法 | 未在标题和摘要中明确提及,可能包括对极远缘物种的适用性验证不足 | 解决跨物种单细胞RNA-seq数据整合和注释的挑战,揭示细胞起源与进化机制 | 来自一个到十一个物种的单细胞RNA-seq数据 | machine learning | NA | scRNA-seq | 异构图神经网络 (GNN) | 单细胞RNA-seq数据 | 多个跨物种基准数据集,物种数量从1到11种 | NA | scRNA-seq | NA | NA |
| 288 | 2026-06-10 |
Spatial multiomics reveals irreversible electroporation-induced immuno-metabolic characteristics of the inflammatory margin in liver cancer
2026-Feb-20, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09742-4
PMID:41714782
|
研究论文 | 结合空间转录组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序和CyTOF技术,揭示不可逆电穿孔(IRE)诱导的肝癌炎症边缘中的免疫代谢特征 | 首次通过多组学方法精确定位IRE诱导的炎症边缘,并发现Ly6CPD-L1+脂质相关巨噬细胞(LAMs)的显著浸润及其免疫抑制表型与脂质代谢重编程的关联 | 研究仅在雄性C57BL/6小鼠原位肝癌模型中进行,尚未在人类样本中验证 | 阐明IRE消融后肝癌炎症边缘的免疫和代谢变化,为联合治疗提供潜在代谢靶点 | 雄性C57BL/6小鼠的原位肝癌模型 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组学, 空间代谢组学, 单细胞RNA测序, CyTOF | NA | 空间转录组数据, 空间代谢组数据, 单细胞RNA测序数据, CyTOF数据 | 未指定具体样本数量 | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学, 单细胞RNA测序, CyTOF | NA | NA |
| 289 | 2026-06-10 |
Single-cell transcriptomic analysis and machine learning identify ATAD3A as a key gene that stabilizes mitochondrial-endoplasmic reticulum membranes, promoting bladder cancer progression
2026-Feb-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07857-0
PMID:41715136
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析和机器学习识别ATAD3A作为稳定线粒体内质网膜的关键基因,促进膀胱癌进展 | 首次将线粒体相关内质网膜(MAM)与膀胱癌化疗耐药联系起来,通过机器学习和多组学分析鉴定ATAD3A为预测耐药的关键基因 | 未提及具体局限性 | 探究线粒体内质网膜在膀胱癌进展和化疗耐药中的作用机制 | 膀胱癌患者样本、细胞模型和动物模型 | 机器学习 | 膀胱癌 | RNA测序、单细胞转录组分析、空间转录组学 | 随机森林模型、LASSO-Cox回归 | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 290 | 2026-06-10 |
Single-cell RNA sequencing identifies M2-like macrophage polarization associated with mesenchymal stem cell treatment in a murine sepsis model
2026-Feb-20, Biomolecules & biomedicine
DOI:10.17305/bb.2026.13517
PMID:41718721
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示间充质干细胞治疗脓毒症小鼠模型诱导M2样巨噬细胞极化的机制 | 首次通过单细胞RNA测序在脓毒症模型中揭示MSCs治疗促进巨噬细胞向M2样转录状态转换的细胞机制 | 未探讨MSCs与其他免疫细胞类型的直接相互作用,且研究局限于小鼠模型 | 阐明间充质干细胞在脓毒症病理过程中与免疫细胞互作的具体机制 | 脂肪来源的间充质干细胞及小鼠脓毒症模型中的CD45阳性免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 脓毒症 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 脓毒症小鼠模型(具体数量未明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics Single Cell 3' 试剂盒 |
| 291 | 2026-06-10 |
Intratumoral Parvimonas micra promotes esophageal squamous cell carcinoma via p-cresol-induced Treg differentiation
2026-Feb-20, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady1644
PMID:41719397
|
研究论文 | 本研究通过宏基因组测序和单细胞RNA测序,发现肿瘤内微小单胞菌通过分泌p-甲酚诱导调节性T细胞分化,从而促进食管鳞状细胞癌的进展 | 首次揭示了肿瘤内微生物(微小单胞菌)与食管鳞状细胞癌免疫微环境之间的直接机制联系,阐明了其通过代谢物p-甲酚诱导Treg分化的具体途径 | 未提及研究的具体局限性 | 探究肿瘤内微生物群在食管鳞状细胞癌发生与发展中的组成和功能影响 | 食管鳞状细胞癌患者的肿瘤与配对正常组织,以及调节性T细胞 | 机器学习 | 食管癌 | 宏基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 119对肿瘤-正常组织样本,45个单细胞RNA测序样本 | Illumina | 宏基因组测序, 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 292 | 2026-06-10 |
Calibrating tissue level PDE models of ligand dynamics using single cell and spatial transcriptomics data
2026-Feb-19, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00657-8
PMID:41714655
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据校准组织水平的配体动力学偏微分方程模型 | 提出了一个计算流程,将有限体积求解器、生物信息学预处理、近似贝叶斯计算和基于梯度的优化相结合,利用单细胞和空间转录组数据校准组织尺度上的反应扩散模型参数 | 该方法依赖于高质量的空间转录组和单细胞数据,公开数据集的可用性和质量可能限制其广泛应用;此外,校准过程计算成本较高 | 开发一种灵活且严谨的方法,利用现代转录组学数据校准组织层次的机械模型参数 | 转化生长因子β的亚型,这是组织修复和纤维化的关键调节因子 | 机器学习, 数字病理学 | 纤维化 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 反应扩散偏微分方程, 近似贝叶斯计算, 梯度优化 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 两个公开的人类皮肤数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 293 | 2026-06-10 |
SCMO: a deep learning model integrating the single-cell resolution TME ecosystem and multi-omics for survival prediction in CRC patients
2026-Feb-19, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07417-y
PMID:41715092
|
研究论文 | 构建了一个整合单细胞分辨率肿瘤微环境(TME)生态系统与多组学数据的深度学习模型SCMO,用于结直肠癌患者的生存预测 | 首次将单细胞RNA测序解析的TME特征与多组学数据通过自归一化神经网络融合,显著提高生存预测准确性,并利用空间转录组数据和积分梯度算法增强模型可解释性 | 研究未提及外部验证队列的独立验证;模型依赖EcoTyper算法解卷积bulk RNA-seq数据可能引入参考图谱偏差 | 开发一种结合单细胞分辨率TME和多组学数据的深度学习模型,提高结直肠癌患者生存预测的准确性 | 213例结直肠癌单细胞RNA测序样本及TCGA-CRC队列的bulk RNA-seq数据 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 自归一化神经网络 | 基因表达数据 | 213例结直肠癌样本,339,060个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 294 | 2026-06-10 |
Poly-l-lactic acid electrospun membrane with specific morphology promotes bone regeneration through macrophage reprogramming
2026-Feb-19, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04182-y
PMID:41715106
|
研究论文 | 通过巨噬细胞重编程促进骨再生的特定形态聚左旋乳酸电纺膜研究 | 首次揭示不同形貌(取向与随机)和尺寸(纳米与微米)的聚左旋乳酸电纺膜通过调控巨噬细胞亚型转化促进骨再生的分子机制,特别是发现取向600nm组具有最佳骨修复效果 | 仅在大鼠颅骨缺损模型中验证,缺乏临床人体样本研究;单细胞RNA测序分析主要聚焦免疫微环境,其他细胞类型的作用未充分探讨 | 探究聚左旋乳酸电纺膜的物理形貌对骨免疫微环境的影响及其促进骨再生的分子机制 | 大鼠颅骨缺损模型中的骨组织及巨噬细胞与骨髓间充质干细胞共培养体系 | 数字病理学, 机器学习 | 骨缺损 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 大鼠骨组织样本(各组数量未明确提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 295 | 2026-06-10 |
In situ electrospinning at the operating table to immobilise mesenchymal stem cells on the bony wall for the regeneration of osteoporotic bone defects
2026-Feb-19, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04165-z
PMID:41715169
|
研究论文 | 利用手持静电纺丝装置在手术中将间充质干细胞直接固定于骨缺损部位,促进骨质疏松性骨缺损再生 | 提出一种新型干细胞递送策略,通过手持静电纺丝装置在体内骨缺损部位原位固定间充质干细胞,解决了现有方法依赖支架等载体、细胞难以直接粘附于复杂骨壁表面的问题 | 未提及具体限制,可能与样本量较小或动物模型局限性有关 | 开发一种改进的间充质干细胞递送策略,以增强骨质疏松性骨缺损的骨修复 | 骨质疏松大鼠的颅骨缺损模型及间充质干细胞 | 机器学学 | 骨质疏松性骨缺损 | 单细胞测序、组织mRNA测序、流式细胞术 | NA | 测序数据 | 骨质疏松大鼠(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | NA | NA |
| 296 | 2026-06-10 |
From modality-specific to compositional foundation models for cell biology
2026-Feb-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2026.101534
PMID:41713397
|
评论 | 探讨了组合式AI作为模块化设计方法,用于构建多模态基础模型,统一生物模态(如染色质可及性、蛋白质丰度、空间转录组学、显微镜成像和文本注释)成为细胞行为的统一表示 | 提出了组合式AI作为模块化设计方法构建多模态基础模型,并介绍了基于Transformer的注意力策略来实现这些模型 | 面临数据可用性有限和模态表示之间的结构差异等挑战 | 利用多模态AI解码细胞系统的复杂性,并展望代理虚拟细胞模型的发展 | 细胞生物学中的多模态数据 | 数字病理学 | 不适用 | NGS | Transformer | 图像、文本 | 不适用 | 不适用 | 空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 297 | 2026-06-10 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Cellular and Molecular Differences Between Myxofibrosarcoma and Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma
2026-Feb-10, Medical sciences (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/medsci14010077
PMID:41718124
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示黏液纤维肉瘤和未分化多形性肉瘤之间的细胞和分子差异 | 首次通过单细胞RNA测序比较这两种亚型的肿瘤细胞簇、细胞组成及配体-受体相互作用,揭示了淋巴样细胞组成和细胞间相互作用的差异 | 需进一步验证发现的差异 | 阐明黏液纤维肉瘤和未分化多形性肉瘤的细胞和转录组差异,以改善鉴别诊断 | 黏液纤维肉瘤和未分化多形性肉瘤的肿瘤样本 | 数字病理学 | 其他癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 每种亚型5个肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 298 | 2026-06-10 |
Tissue-Specific High-Quality Protoplast Isolation for Single-Cell Analyses in Arabidopsis
2026-Feb-06, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69330
PMID:41729799
|
研究论文 | 提出一种从拟南芥多种组织中分离高质量原生质体的稳健且可重复的方案,用于单细胞分析 | 针对不同组织类型优化酶解条件和纯化步骤,确保高产量和广泛细胞类型代表性,支持多种单细胞应用 | NA | 开发高效、可重复的原生质体分离方法,以应用于植物单细胞RNA测序等分析 | 拟南芥地上组织(叶片、茎、花)和根组织 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术,瞬时基因表达分析 | NA | 单细胞 | 拟南芥多种组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 299 | 2026-06-10 |
Metformin inhibits proliferation of residing fibroadipogenic progenitor cells from failing human hearts
2026-Feb-03, ESC heart failure
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/eschf/xvag001
PMID:41711740
|
研究论文 | 二甲双胍抑制衰竭人类心脏中驻留的纤维脂肪祖细胞增殖 | 首次在HFrEF患者体内研究了心肌二甲双胍分布,并通过单细胞RNA测序识别出心脏纤维脂肪祖细胞(FAPs) | 样本量较小(7例患者和4例对照),可能影响结果的普遍性 | 探究二甲双胍在射血分数降低的心力衰竭(HFrEF)中的心肌分布及其对心脏纤维生成祖细胞的作用 | 7名HFrEF患者和4个对照人类心脏组织的纤维脂肪祖细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 正电子发射断层扫描, 荧光激活细胞分选 | NA | 图像, 文本 | 7名HFrEF患者进行PET成像, 4个HFrEF和4个对照心脏用于单细胞RNA测序 | Illumina | 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 300 | 2026-06-10 |
Tensor-cell2cell v2 unravels coordinated dynamics of protein- and metabolite-mediated cell-cell communication
2026-Feb-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf667
PMID:41719185
|
研究论文 | Tensor-cell2cell v2是一种计算工具,通过耦合张量成分分析联合分析蛋白质和代谢物介导的细胞间通讯,揭示其在脑类器官发育中的动态协调程序 | 首次将蛋白质和代谢物介导的通讯信号联合分析,利用耦合张量成分分析同时保留各模态独立性和数据结构分布 | NA | 开发能动态解析蛋白质和代谢物介导的细胞间通讯协调活动的计算方法 | 脑类器官发育中的细胞间通讯动态变化 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | 张量成分分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |