单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-06-05	A resource for whole-body gene expression map of human tissues based on integration of single cell and bulk transcriptomics 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03616-4 PMID:40462185	research paper	该研究通过整合单细胞和批量转录组学数据，构建了人体组织的全基因表达图谱	结合单细胞和批量转录组学技术，首次在31种人体组织中鉴定出557个独特的细胞簇，并通过抗体图谱验证基因表达	研究仅关注蛋白质编码基因，未涵盖非编码RNA等其他转录本	构建人体组织的全基因表达图谱，探索基因和蛋白质在细胞中的空间分布	人体31种主要组织和器官	基因组学	NA	单细胞转录组分析、批量转录组学、抗体图谱	NA	转录组数据	31种人体组织
282	2025-06-05	Microbiome Single Cell Atlases Generated with a Commercial Instrument 2025-Jun-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409338 PMID:40462354	研究论文	本文介绍了EASi-seq方法，通过改造商业仪器Mission Bio Tapestri的单细胞工作流程，实现对单个微生物基因组的高效测序	开发了EASi-seq方法，使商业仪器能够用于微生物单细胞测序，并配套开发了生物信息学流程以提高基因组分析的准确性	NA	开发一种适用于微生物单细胞测序的商业化解决方案	微生物单细胞基因组	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	每次运行可测序数万个微生物
283	2025-06-05	The Application of Omics Technologies in Type II Diabetes Mellitus Research 2025-Jun-03, Current diabetes reviews IF:2.4Q3 DOI:10.2174/0115733998362669250424162654 PMID:40464182	综述	本文探讨了组学技术在2型糖尿病研究中的应用及其最新进展	介绍了单细胞测序和基于LC-MS的蛋白质组学与代谢组学在揭示2型糖尿病分子机制中的创新应用	多组学数据整合仍面临挑战	探索组学技术对2型糖尿病研究的推动作用	2型糖尿病及其分子机制	生物医学	2型糖尿病	单细胞测序、LC-MS、蛋白质组学、代谢组学	NA	组学数据	NA
284	2025-06-05	A Genetic Perspective to Reveal the Impact of Mitochondrial Dysfunction-related Genes on Diabetic Kidney Disease: A Multi-omics Study 2025-Jun-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673401081250523061057 PMID:40464186	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了线粒体功能障碍相关基因对糖尿病肾病的影响，并确定了与糖尿病肾病相关的基因，特别是那些具有显著遗传因果效应的基因	发现了7个与糖尿病肾病具有显著遗传因果效应的线粒体功能障碍相关基因，并深入研究了ACTN1作为治疗靶点的潜力	NA	探究线粒体功能障碍在糖尿病肾病进展中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	线粒体功能障碍相关基因及其在糖尿病肾病中的作用	多组学研究	糖尿病肾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、SMR和MR分析、共定位分析、分子动力学分析、免疫荧光	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
285	2025-06-05	TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279955.124 PMID:40210438	研究论文	本文介绍了一种名为TFcomb的计算方法，利用单细胞多组学数据识别重编程转录因子及其组合	TFcomb通过将重编程转录因子及其组合的识别建模为逆问题，并利用Tikhonov正则化保证解的泛化能力，同时设计图注意力网络增强基因调控网络	NA	开发一种计算方法，识别能够指导细胞状态转变的重编程转录因子及其组合	转录因子及其组合	计算生物学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	图注意力网络	单细胞多组学数据	人类胚胎干细胞数据和小鼠毛囊发育数据集
286	2025-06-05	Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279857.124 PMID:40262896	研究论文	本文提出了一种名为stMLnet的方法，用于从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及其信号反馈环路	stMLnet方法首次整合空间信息和多层信号调控机制，以识别空间转录组数据中的多层细胞间通讯信号反馈环路	NA	开发一种能够整合空间信息和复杂信号机制的工具，以推断功能性细胞间通讯	空间转录组数据中的多层细胞间通讯及其信号反馈环路	空间转录组学	COVID-19	seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq	扩散模型和质量作用模型	空间转录组数据	多种空间分辨率和基因覆盖率的ST数据，包括COVID-19感染的肺组织数据
287	2025-06-05	STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280031.124 PMID:40355284	研究论文	本文提出了一种名为STCC的新型共识聚类框架，用于整合不同空间转录组学工具的结果，以提高空间域检测的准确性和稳定性	开发了STCC框架，通过多种共识策略整合现有工具的结果，显著提高了空间域检测的准确性和稳定性	未明确提及具体局限性，但可能包括对不同数据类型的适应性有待进一步验证	提高空间转录组学数据中空间域检测的准确性和稳定性	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	共识聚类策略（Onehot-based, average-based, hypergraph-based, wNMF-based）	NA	空间转录组学数据	模拟数据和来自不同实验平台的真实数据
288	2025-06-05	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Jun-02, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文综述了显微分辨率空间转录组学（μST）的最新进展、面临的挑战及未来发展方向	介绍了显微分辨率空间转录组学（μST）这一新兴领域，并探讨了其在细胞和亚细胞尺度上的应用潜力	面临每个亚微米（或微米）大小空间单元的转录本发现稀疏以及跨平台数据碎片化等问题，阻碍了数据整合和分析	探讨显微分辨率空间转录组学（μST）的机遇与挑战，并展望其未来发展	空间转录组学技术及其在显微分辨率下的应用	空间转录组学	NA	测序和成像技术	AI驱动的空间分析	转录组数据	NA
289	2025-06-05	Exosomal PKM2: A Noninvasive Diagnostic Marker Linking Macrophage Metabolic Reprogramming to Gastric Cancer Pathogenesis 2025-Jun, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70056 PMID:40126044	研究论文	研究探讨了血浆外泌体PKM2作为胃癌诊断标志物的潜力及其在肿瘤微环境中通过调控巨噬细胞代谢重编程促进胃癌发展的机制	首次发现血浆外泌体PKM2可作为早期胃癌诊断标志物，并阐明其通过SCAP/SREBP1通路调控巨噬细胞脂质合成促进胃癌发展的新机制	样本量相对有限（216例），且机制研究主要基于体外实验	探索外泌体PKM2在胃癌诊断和发病机制中的作用	胃癌患者和健康供体的血浆样本及肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	血液样本数据、单细胞测序数据	216份血液样本（来自胃癌患者和健康供体）
290	2025-06-05	Targeting INF2 with DiosMetin 7-O-β-D-Glucuronide: a new stratagem for colorectal cancer therapy 2025-Jun-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14357-9 PMID:40452021	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，识别INF2作为结直肠癌的特异性生物标志物，并发现DiosMetin 7-O-β-D-Glucuronide作为INF2抑制剂具有潜在的治疗价值	首次将INF2识别为结直肠癌的特异性生物标志物，并发现天然化合物DiosMetin 7-O-β-D-Glucuronide作为其抑制剂	未提及样本量大小，且研究结果需进一步临床验证	开发针对结直肠癌的靶向治疗策略	结直肠癌组织和细胞	生物医学	结直肠癌	单细胞RNA测序、机器学习、免疫组织化学、细胞生物学实验、计算对接	NA	RNA测序数据、图像数据	NA
291	2025-06-05	Novel roles for CREG1 in hematopoiesis revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jun-01, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01407-9 PMID:40452027	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示CREG1在造血过程中的新作用	首次利用单细胞RNA测序技术研究CREG1在成年斑马鱼造血发育中的功能，揭示了CREG1在调节B细胞、T/NK细胞和红细胞发育中的关键作用	研究仅针对斑马鱼模型，人类造血系统中CREG1的作用仍需进一步验证	探究CREG1在造血过程中的功能及其分子机制	成年斑马鱼的肾脏骨髓细胞	生物医学	造血系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	斑马鱼模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用creg1缺陷型斑马鱼作为研究对象
292	2025-06-05	Spatial Transcriptomics Shows a Distinctive Tumour Microenvironment in the Invasive Versus Premalignant Portion of Early Cutaneous Squamous Cell Carcinoma 2025-Jun, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70125 PMID:40462294	研究论文	通过空间转录组学技术研究早期皮肤鳞状细胞癌（SCC）在侵袭性部分与癌前部分的肿瘤微环境差异	首次利用NanoString GeoMx DSP技术对早期皮肤SCC的侵袭性和癌前部分的肿瘤微环境进行空间转录组学分析，揭示了不同细胞类型中基因表达的差异	研究样本量较小（17例患者），且为回顾性研究	探究皮肤鳞状细胞癌从癌前病变（AK）向恶性转变过程中肿瘤微环境的基因表达变化	早期皮肤鳞状细胞癌组织样本中的肿瘤细胞、免疫细胞和成纤维细胞	数字病理	皮肤鳞状细胞癌	空间转录组学（NanoString GeoMx DSP）	NA	基因表达数据	17例患者的早期皮肤SCC组织样本
293	2025-06-05	MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT 2025-May-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60295-2 PMID:40450001	研究论文	介绍了一种名为MACanalyzeR的单细胞RNA测序工具，用于全面分析单核细胞/巨噬细胞的代谢特征，并揭示了PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织热生成扩展中的作用	开发了MACanalyzeR工具，首次识别出PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞亚群在棕色脂肪组织热生成中的关键作用	研究仅基于肥胖雄性小鼠模型，未涉及人类或其他性别样本	探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能调控中的作用机制	肥胖雄性小鼠(db/db和高脂饮食喂养小鼠)的棕色脂肪组织	免疫代谢	肥胖	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	肥胖雄性小鼠模型(db/db和HFD-fed小鼠)
294	2025-06-05	BPIFB1 is a prognostic biomarker and mediated collagen synthesis in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-May-30, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042671 PMID:40441200	研究论文	本研究探讨了BPIFB1在特发性肺纤维化(IPF)中的表达及其与预后的关系，揭示了BPIFB1在肺纤维化过程中的分子作用	首次发现BPIFB1在IPF中高表达，并与其不良预后相关，同时揭示了BPIFB1可能通过调节肺成纤维细胞分化和胶原合成参与IPF的发病机制	BPIFB1在血液中的表达水平在对照组和IPF患者中相似，限制了其作为血液生物标志物的应用	探究BPIFB1在特发性肺纤维化中的分子作用及其与预后的关系	特发性肺纤维化患者和对照组的基因表达数据	生物信息学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、转录组分析、生物信息学分析	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用了Gene Expression Omnibus数据库的数据
295	2025-06-05	Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60457-2 PMID:40442146	研究论文	该研究探讨了针对β-catenin的精准靶向治疗在肝细胞癌（HCC）中的肿瘤重编程和免疫调节作用	研究使用了一种新型的siRNA（LNP-CTNNB1）靶向CTNNB1，并在多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型中显示出显著的肿瘤反应，同时揭示了β-catenin抑制对免疫调节转录因子和免疫信号通路的激活作用	研究主要基于动物模型和有限的临床数据，尚未在广泛人群中验证其效果	探索β-catenin靶向治疗在肝细胞癌中的疗效及其与免疫检查点抑制剂（ICI）的联合应用潜力	β-catenin突变的肝细胞癌（HCC）模型和患者样本	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	siRNA技术、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、临床数据	多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型及IMbrave150 III期试验患者队列
296	2025-06-05	Bronchopulmonary dysplasia with pulmonary hypertension associates with semaphorin signaling loss and functionally decreased FOXF1 expression 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60371-7 PMID:40442177	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了早产儿肺部损伤导致的支气管肺发育不良（BPD）及伴随的肺动脉高压（PH）的细胞和分子机制	研究发现BPD+PH患者中存在独特的异常毛细血管细胞状态，并揭示了semaphorin信号通路在正常肺发育中的关键作用	研究样本可能有限，且机制研究主要在动物模型中进行验证	识别人类BPD的潜在细胞和分子驱动因素	早产儿肺部组织（BPD和BPD+PH患者）与足月婴儿的对比	分子生物学	支气管肺发育不良（BPD）和肺动脉高压（PH）	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	早产儿和足月婴儿的肺部组织样本（具体数量未提及）
297	2025-06-05	Construction and validation of a lipid metabolism-related genes prognostic signature for skin cutaneous melanoma 2025-May-29, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152115 PMID:40460484	研究论文	本研究构建并验证了一个与脂质代谢相关基因（LMGs）相关的预后特征，用于预测皮肤黑色素瘤（SKCM）患者的生存结果	首次构建了基于脂质代谢相关基因的预后特征，并验证其在SKCM中的独立预后价值，同时通过实验验证了关键基因CCNA2的功能	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在样本选择偏差，且实验验证仅针对一个关键基因	探讨脂质代谢相关基因在SKCM中的功能作用及预后意义	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	mRNA测序、单细胞RNA测序、NMF算法、WGCNA、LASSO回归、Cox回归分析	预后风险模型	基因表达数据、临床随访数据	来自TCGA和GEO数据库的SKCM患者数据，外部验证队列包括GSE65904和GSE54467
298	2025-06-05	[Progress in investigating astrocyte heterogeneity after spinal cord injury based on single-cell sequencing technology] 2025-May-25, Zhongguo gu shang = China journal of orthopaedics and traumatology DOI:10.12200/j.issn.1003-0034.20240352 PMID:40461119	综述	本文综述了单细胞测序技术在脊髓损伤后星形胶质细胞异质性研究中的进展	利用单细胞测序技术揭示了脊髓损伤后星形胶质细胞的异质性及其与神经再生修复的关联	目前所有发现仍需更多基础研究和充分的临床试验验证	探索单细胞测序技术在脊髓损伤后星形胶质细胞研究中的应用	脊髓损伤后的星形胶质细胞	生物信息学	脊髓损伤	单细胞测序技术	NA	转录组数据	NA
299	2025-06-05	ICOS+CD4+ T cells define a high susceptibility to anti-PD-1 therapy-induced lung pathogenesis 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186483 PMID:40198121	研究论文	研究探讨了抗PD-1治疗引起的肺毒性机制，特别是在老年小鼠模型中ICOS+CD4+ T细胞的作用	揭示了ICOS+CD4+ T细胞在老年环境中对抗PD-1治疗引起的肺毒性中的关键作用，并提出了ICOS-ICOSL相互作用的干预策略	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探索抗PD-(L)1治疗引起的免疫相关不良事件（irAEs）的细胞机制	老年小鼠模型和癌症患者的CD4+ T细胞	免疫治疗	肺癌	单细胞转录组学，过继性T细胞转移	小鼠模型	基因表达数据，临床数据	老年和年轻小鼠模型，部分癌症患者样本
300	2025-06-05	Characterization of a pathogenic nonmigratory fibroblast population in systemic sclerosis skin 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185618 PMID:40232859	research paper	该研究鉴定了系统性硬化症（SSc）皮肤中一种致病性的非迁移性成纤维细胞群体	发现了一种未被传统外植体培养方法分离的非迁移性成纤维细胞群体，并揭示了其在系统性硬化症不同阶段的致病作用	研究主要基于体外实验和基因表达分析，需要进一步体内实验验证	探究系统性硬化症皮肤中不同成纤维细胞群体的致病机制	系统性硬化症患者的皮肤成纤维细胞	digital pathology	systemic sclerosis	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, multichannel immunofluorescence	NA	gene expression data, immunofluorescence images	系统性硬化症患者的皮肤活检样本