单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2961	2025-04-01	Single-cell network biology enabling cell-type-resolved disease genetics 2025-Mar-27, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00042-7 PMID:40148916	review	本文综述了基于单细胞RNA测序技术的细胞类型特异性基因网络模型及其在疾病遗传学中的应用	提出了基于单细胞RNA测序数据的细胞类型特异性基因网络模型，为疾病遗传学提供了细胞层面的解析	未提及具体的技术实施难点或数据局限性	探索细胞类型特异性基因网络在疾病遗传学中的作用	单细胞RNA测序数据和基因网络模型	生物信息学	NA	scRNA-seq	基因网络模型	单细胞RNA测序数据	NA
2962	2025-04-01	Integrated single-cell and bulk transcriptomic analysis identifies a novel macrophage subtype associated with poor prognosis in breast cancer 2025-Mar-27, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03750-w PMID:40148933	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组分析，识别出一种与乳腺癌不良预后相关的新型巨噬细胞亚型	发现了一种新型巨噬细胞亚型M_Macrophage-SPP1-C1Q，并开发了基于随机森林的预测模型Macro.RF	未提及具体样本量限制或数据来源的局限性	研究乳腺癌肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的异质性及其临床意义	乳腺癌患者的单细胞RNA测序和批量RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）	随机森林（RF）	RNA测序数据	NA
2963	2025-04-01	Loss of OBSCN expression promotes bladder cancer progression but enhances the efficacy of PD-L1 inhibitors 2025-Mar-27, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01379-w PMID:40149008	研究论文	本研究探讨了OBSCN基因表达缺失在膀胱癌进展中的作用及其对PD-L1抑制剂疗效的影响	首次报道了OBSCN在膀胱癌中的作用，发现OBSCN低表达患者预后较差但对PD-L1抑制剂反应更好	研究主要基于公共数据库和有限样本量的组织芯片，需要更多独立队列验证	探索膀胱癌免疫逃逸的内在机制，寻找预测性生物标志物和干预新靶点	膀胱癌患者和癌细胞系	肿瘤免疫学	膀胱癌	RNA测序、免疫组化(IHC)、Western blot、单细胞测序分析	COX回归模型、Kaplan-Meier生存分析	基因表达数据、临床数据、组织样本	80例膀胱癌患者组织样本(来自曙光医院)和TCGA等公共数据库数据
2964	2025-04-01	Combined targeting of glioblastoma stem cells of different cellular states disrupts malignant progression 2025-Mar-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58366-5 PMID:40140646	研究论文	本研究通过靶向胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的不同细胞状态，揭示了其恶性进展的分子机制并提出联合靶向治疗策略	发现MEOX2-NOTCH和SRGN-NFκB轴在CL和MES GSCs中的关键作用，并鉴定出FDA批准的靶向药物	未明确说明实验样本的具体数量及临床前模型的局限性	探索胶质母细胞瘤干细胞异质性机制并开发联合靶向治疗方案	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的经典（CL）和间充质（MES）亚群	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
2965	2025-04-01	IGF1 Signaling Regulates Neuropeptide Expression in Hypothalamic Neurons Under Physiological and Pathological Conditions 2025-Mar-24, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf051 PMID:40105689	研究论文	本研究探讨了胰岛素样生长因子1（IGF1）在下丘脑神经元中的作用及其调控机制	揭示了IGF1信号在生理和病理条件下对下丘脑神经元神经肽表达的调控作用，并发现高胰岛素血症是驱动细胞IGF1抵抗的新机制	研究主要基于小鼠和人类模型，可能无法完全反映人体内的复杂调控网络	探究IGF1在下丘脑神经元中的作用及其调控机制	下丘脑神经元，特别是NPY/AgRP和POMC神经元	神经科学	代谢性疾病	RT-qPCR, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类模型
2966	2025-04-01	Protocol for single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics of bladder Ewing sarcoma 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103687 PMID:40067823	研究论文	本文介绍了一种从膀胱尤文肉瘤组织中分离单细胞并获取高质量空间转录组数据的实验方案	提出了一种结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术研究膀胱尤文肉瘤的新实验方案	未提及该方案在临床应用中的具体效果验证	开发用于膀胱尤文肉瘤研究的单细胞和空间转录组学实验方案	膀胱尤文肉瘤组织	数字病理学	膀胱尤文肉瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确说明样本数量
2967	2025-04-01	Protocol for isolating the single bacteriocyte from whiteflies for single-cell RNA-seq analysis 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103691 PMID:40073021	研究论文	本文提出了一种从粉虱中分离单个含菌细胞的方案，用于单细胞RNA测序分析	提供了一种便捷高效的单个含菌细胞分离和单细胞测序方案，并具有应用于其他昆虫细胞的潜力	未提及方案的具体性能指标或验证结果	开发一种用于单细胞RNA测序的含菌细胞分离方案	粉虱中的含菌细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
2968	2025-04-01	Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs driving type 1 diabetes progression 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.13.637721 PMID:40027657	研究论文	通过单细胞多组学和空间转录组学揭示了胰腺细胞类型特异性基因调控程序在1型糖尿病进展中的作用	首次在多达32名非糖尿病、自身抗体阳性和1型糖尿病胰腺供体中进行了单核多组学和空间转录组学分析，揭示了1型糖尿病进展中的细胞类型特异性调控程序	样本量相对有限（32名供体），且仅针对胰腺组织进行研究	揭示1型糖尿病在胰腺中的进展机制	非糖尿病、自身抗体阳性和1型糖尿病胰腺供体的853,005个细胞	生物医学	1型糖尿病	单核多组学、空间转录组学	NA	单细胞基因组数据、空间转录组数据	32名胰腺供体的853,005个细胞
2969	2025-04-01	An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution 2025-Mar-17, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043 PMID:40157887	研究论文	该研究构建了一个包含1,348,268个T细胞的人类T细胞参考数据库，并开发了一个名为STCAT的自动注释工具，用于从单细胞RNA测序数据中自动注释T细胞亚型和状态	构建了最大的人类T细胞参考数据库，开发了STCAT自动注释工具，其准确率比现有工具高28%	NA	为T细胞亚型和状态提供参考列表和自动注释工具，以促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究	人类T细胞	生物信息学	肺癌、COVID-19、卵巢癌	scRNA-seq	分层模型和标记校正	单细胞RNA测序数据	1,348,268个T细胞，来自35种条件和16种组织
2970	2025-04-01	Current Applications of Single-Cell RNA Sequencing in Glioblastoma: A Scoping Review 2025-Mar-14, Brain sciences IF:2.7Q3 DOI:10.3390/brainsci15030309 PMID:40149830	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在胶质母细胞瘤（GBM）中的应用，重点关注其在解决肿瘤复杂性和治疗耐药性以及改善患者预后方面的潜力	通过scRNA-seq技术揭示GBM的复杂细胞和免疫景观，为改进诊断和个性化治疗铺平道路	仅纳入2009年至2024年间发表的英文或西班牙语研究，可能遗漏其他语言的重要研究	探索scRNA-seq在GBM诊断、预后、治疗及癌症生物学理解中的临床应用	胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤微环境和细胞亚群	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	24项研究，其中11项关注GBM样本的肿瘤微环境和细胞亚群，5项研究GBM癌症生物学，3项研究疾病预后，3项应用转化研究，2项解决治疗相关问题
2971	2025-04-01	Extraction of a stromal metastatic gene signature in breast cancer via spatial profiling 2025-Mar-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03353-3 PMID:40065328	研究论文	通过空间转录组学分析，识别乳腺癌转移灶的基质特征基因签名	利用空间转录组学技术，首次系统性地分析了乳腺癌原发灶和转移灶的基质转录特征，并验证了其作为预后工具的潜力	研究样本量有限，且主要在人类乳腺癌数据集和小鼠模型中进行验证	探索乳腺癌转移的分子特征，特别是肿瘤外基质的作用	乳腺癌原发灶和转移灶的微区域	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	代表性微区域集合（具体数量未说明）
2972	2025-04-01	Multi-Omics Analysis of the Anoikis Gene CASP8 in Prostate Cancer and Biochemical Recurrence (BCR) 2025-Mar-07, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13030661 PMID:40149637	研究论文	通过多组学分析探讨前列腺癌中Anoikis基因CASP8的作用及其与生化复发（BCR）的关系	首次通过单细胞和空间转录组学分析探索Anoikis基因集在前列腺癌细胞中的表达模式，并构建了一个能更好预测前列腺癌BCR的预测模型	未提及具体样本量，可能影响结果的普遍性	探讨Anoikis基因CASP8在前列腺癌和生化复发中的作用及机制	前列腺癌细胞和生化复发（BCR）患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、基于汇总数据的孟德尔随机化（SMR）	四基因预后模型	转录组数据	NA
2973	2025-04-01	Editorial for Brain Sciences Special Issue "Advances in Restorative Neurotherapeutic Technologies" 2025-Mar-05, Brain sciences IF:2.7Q3 DOI:10.3390/brainsci15030273 PMID:40149794	评论	这篇社论介绍了《脑科学》特刊《恢复性神经治疗技术的进展》的主要内容	强调了从组织学技术到单细胞RNA测序等技术创新对神经科学进步的推动作用	NA	介绍恢复性神经治疗技术的最新进展	神经科学领域的技术创新	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
2974	2025-04-01	Integrated Spheroid-to-Population Framework for Evaluating PFHpA-Associated Metabolic Dysfunction and Steatotic Liver Disease 2025-Mar-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5960979/v1 PMID:40092438	研究论文	本研究旨在通过整合人类流行病学数据和体外实验结果，探讨短链全氟烷基物质PFHpA对代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)发展的影响	首次建立从3D肝球体到人群研究的整合框架来评估PFHpA的肝毒性机制，并应用LUCID模型分析暴露-组学特征-疾病风险的关联	研究主要基于肥胖青少年队列，结果可能不适用于普通人群	阐明PFHpA在MASLD发病中的作用机制	接受减重手术的肥胖青少年队列和3D人肝球体模型	NA	脂肪性肝病	单细胞转录组学、多组学整合分析、LUCID模型	LUCID	血浆样本、肝脏活检组织、单细胞转录组数据、蛋白质组和代谢组数据	Teen-LABS队列中的肥胖青少年(具体人数未明确说明)和3D人肝球体模型
2975	2025-04-01	The Spatial Transcriptomic Atlas of Human Limbus and Vital Niche Microenvironment Regulating the Fate of Limbal Epithelial Stem Cells 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.52 PMID:40131296	研究论文	本研究利用空间转录组技术生成人类角膜缘的空间图谱，揭示角膜缘上皮干细胞（LESCs）与微环境之间的深层相互作用	首次绘制人类角膜缘的空间转录组图谱，发现GPHB5可能是LESCs的新潜在生物标志物，并揭示了COL6A2/CD44信号在细胞间双向通讯中的关键作用	样本量相对较小，仅分析了有限数量的样本	揭示角膜缘微环境对LESCs命运的调控机制	人类角膜缘组织及角膜缘上皮干细胞（LESCs）	空间转录组学	角膜疾病	空间转录组技术、单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	每个样本分析超过400个位点
2976	2025-04-01	A functional single-cell metabolic survey identifies Elovl1 as a target to enhance CD8+ T cell fitness in solid tumours 2025-Mar, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-025-01233-w PMID:40065102	研究论文	通过CRISPR/Cas9代谢调查和单细胞RNA测序，研究发现Elovl1是增强CD8+ T细胞在实体瘤中适应性的代谢靶点	首次通过单细胞代谢调查识别Elovl1作为增强CD8+ T细胞效应的代谢靶点，并揭示其与抗PD-1治疗的协同作用	研究主要聚焦于胰腺癌和黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚待验证	探索通过代谢重编程增强CD8+ T细胞在实体瘤中的适应性和治疗效果	CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌, 黑色素瘤	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
2977	2025-04-01	Comprehensive Analysis of Uric Acid and Myasthenia Gravis: IGF1R as a Protective Factor and Potential Therapeutic Target 2025-Mar, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70361 PMID:40152081	research paper	该研究通过荟萃分析、孟德尔随机化和生物信息学方法，探讨了尿酸与重症肌无力（MG）的关系，并确定了IGF1R作为潜在的治疗靶点	首次揭示了低尿酸水平与MG的关联，并发现IGF1R在MG中的保护作用及其作为治疗靶点的潜力	研究依赖于公共数据集和临床中心的患者数据，可能存在样本选择偏差	探讨尿酸与MG的关系及其潜在机制，寻找MG的治疗靶点	重症肌无力（MG）患者	生物信息学	重症肌无力	荟萃分析、孟德尔随机化、生物信息学分析、虚拟筛选、分子对接	NA	基因表达数据、临床数据	公共数据集（TCGA、GEO）和临床中心的MG患者数据
2978	2025-04-01	CellGAT: A GAT-Based Method for Constructing a Cell Communication Network Integrating Multiomics Information 2025-Feb-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030342 PMID:40149878	研究论文	提出了一种基于GAT的方法CellGAT，用于构建整合多组学信息的细胞通讯网络	整合了配体-受体对基因表达数据、蛋白质相互作用信息、蛋白质复合物数据和实验验证的通路信息，使用图注意力网络构建细胞通讯网络	未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制	提高细胞间通讯预测的准确性	细胞间通讯网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	GAT	基因表达数据	NA
2979	2025-02-28	Publisher Correction: Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90745-2 PMID:40011623	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2980	2025-04-01	VPS25 Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Feb-22, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030323 PMID:40149859	研究论文	本文研究了VPS25在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中促进免疫抑制微环境的作用及其临床意义	揭示了VPS25通过上调PVR表达激活PVR-TIGIT信号轴促进免疫逃逸的新机制，并首次提出VPS25作为免疫治疗反应的预测生物标志物	研究主要基于TCGA数据集和体外实验，需要更多临床样本验证	探究ESCRT机器成员VPS25在HNSCC肿瘤进展和免疫微环境调控中的作用	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)组织和CAL27细胞系	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	RNA-seq、单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学	NA	基因表达数据、组织微阵列、单细胞数据	TCGA数据集和HNSCC组织微阵列(具体数量未明确说明)