单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2941	2025-04-02	Combining Cre-LoxP and single-cell sequencing technologies: insights into the extracellular vesicle cargo transfer 2024, Extracellular vesicles and circulating nucleic acids DOI:10.20517/evcna.2024.58 PMID:39811732	research paper	该研究首次结合Cre-LoxP重组系统和单细胞测序技术，监测胰腺导管腺癌小鼠模型中肿瘤来源的细胞外囊泡（EV）的摄取及其在非恶性受体细胞中的功能	首次将Cre-LoxP重组系统与单细胞测序技术结合，用于监测EV的摄取和功能	NA	研究肿瘤来源的EV在非恶性受体细胞中的摄取和功能	胰腺导管腺癌小鼠模型中的EV、巨噬细胞、中性粒细胞和肥大细胞	单细胞测序	胰腺导管腺癌	Cre-LoxP重组系统、单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
2942	2025-04-02	Neurodegeneration: 2024 update 2024-Jan, Free neuropathology DOI:10.17879/freeneuropathology-2024-5848 PMID:39823116	review	本文回顾了过去一年中神经退行性神经病理学领域的高影响力研究	涵盖了从临床病理解剖相关研究到单细胞RNA测序、人工智能和患者来源的人类诱导多能干细胞模型等多种方法	所选研究可能受作者主观选择的影响，未能全面覆盖所有相关研究	总结神经退行性疾病领域的最新研究进展	人类组织样本及神经退行性疾病相关研究	神经病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、人工智能、人类诱导多能干细胞模型	NA	组织样本数据、临床数据	NA
2943	2025-04-02	A single-cell atlas reveals shared and distinct immune responses and metabolic profiles in SARS-CoV-2 and HIV-1 infections 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1105673 PMID:36992700	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了SARS-CoV-2和HIV-1感染中的免疫反应和代谢特征，揭示了两种病毒感染的共同和差异	提出了一种新颖的共识单细胞注释方法，整合了来自COVID-19和HIV-1患者的单细胞RNA测序数据，系统比较了两种病毒感染的免疫细胞表型特征和调控通路	样本量相对较小，仅包括7例COVID-19患者、10例HIV-1患者和3例健康对照	比较SARS-CoV-2和HIV-1感染中的免疫反应和代谢特征，以理解疾病进展和开发有效的疫苗和治疗方法	SARS-CoV-2和HIV-1感染患者的单细胞RNA测序数据	digital pathology	COVID-19, HIV-1	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	111,566个单PBMCs，来自7例COVID-19患者、10例HIV-1患者和3例健康对照
2944	2025-04-02	Neurodevelopmental disorders: 2021 update 2021-Jan, Free neuropathology DOI:10.17879/freeneuropathology-2021-3268 PMID:37284629	review	本文回顾了2021年神经发育障碍（NDDs）领域的最新进展，包括病因学、风险因素和遗传结构的研究	介绍了人类基因组学在揭示NDDs遗传结构方面的最新进展，包括独特的基因组DNA甲基化模式和多基因条件的研究，以及体细胞突变对神经发育疾病的贡献	从遗传发现到潜在神经病理机制的转化仍具挑战性，分子和遗传检测分辨率的提高带来了新的复杂性	探讨神经发育障碍的病因学、风险因素及其遗传结构	神经发育障碍（NDDs），包括自闭症谱系障碍（ASD）、发育迟缓、智力障碍（ID）和注意力缺陷/多动障碍（ADHD）	神经科学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	NA
2945	2025-04-02	Ketogenesis activates metabolically protective γδ T cells in visceral adipose tissue 2020-01, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-019-0160-6 PMID:32694683	research paper	该研究探讨了生酮饮食如何通过激活内脏脂肪组织中的代谢保护性γδ T细胞来控制炎症和能量稳态	首次揭示了生酮饮食通过扩张代谢保护性γδ T细胞来抑制炎症的机制	长期自由摄食生酮饮食会导致肥胖并损害代谢健康	研究生酮饮食对脂肪组织免疫细胞的影响及其在炎症控制和能量稳态中的作用	小鼠内脏脂肪组织中的免疫细胞	免疫代谢	代谢性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型
2946	2025-04-01	Expression of co-signaling molecules TIM-3/Galectin-9 at the maternal-fetal interface 2025-Apr, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.03.002 PMID:40068377	研究论文	研究母胎界面共信号分子TIM-3/Galectin-9的表达及其在维持免疫耐受微环境中的作用	首次系统研究了Galectin-9和TIM-3在母胎界面的分布和功能，揭示了其与妊娠维持的潜在关联	研究主要聚焦于表达分析，功能机制研究有待深入	探究母胎界面免疫耐受微环境的分子机制	母胎界面的免疫细胞和胎盘细胞	生殖免疫学	妊娠相关疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	永生化人子宫内膜基质细胞及母胎界面组织样本
2947	2025-04-01	Uncovering somatic genetic drivers in prostate cancer through comprehensive genome-wide analysis 2025-Mar-29, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01623-8 PMID:40156736	研究论文	通过全基因组范围分析揭示前列腺癌中的体细胞遗传驱动因素	识别了150个与前列腺癌有因果关联的基因，其中MSMB基因在所有四项评估中均表现出强一致性	仅44.67%的基因在TCGA数据集中的结果与孟德尔随机化分析一致	探索散发性前列腺癌的体细胞遗传驱动因素	前列腺癌相关基因	基因组学	前列腺癌	eQTL分析、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA-seq、共定位分析	NA	基因组数据、表达数据	UK Biobank（9131病例和173,493对照）、PRACTICAL研究（79,148病例和61,106对照）、FinnGen队列（13,216病例和119,948对照）
2948	2025-04-01	The transcription factor LHX2 mediates and enhances oncogenic BMP signaling in medulloblastoma 2025-Mar-28, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01488-6 PMID:40148468	研究论文	本研究探讨了转录因子LHX2在髓母细胞瘤中介导和增强致癌BMP信号通路的机制	揭示了LHX2通过转录诱导BMP I型受体(ACVR1)表达，进而增强BMP信号通路，促进髓母细胞瘤的干性和化疗耐药性	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化仍需进一步验证	探索BMP信号通路在髓母细胞瘤中的作用机制	髓母细胞瘤患者来源的肿瘤组织和细胞模型	肿瘤生物学	髓母细胞瘤	空间转录组学、转录组分析、免疫组织化学分析	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据	多组髓母细胞瘤亚型患者来源的肿瘤样本
2949	2025-04-01	Integrative analysis of bulk and single-cell sequencing reveals TNFSF9 as a potential regulator in microsatellite instability stomach adenocarcinoma 2025-Mar-28, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02471-0 PMID:40148957	研究论文	通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了TNFSF9作为微卫星不稳定胃腺癌中潜在的调控因子	首次在微卫星不稳定胃腺癌中识别TNFSF9作为关键基因，并揭示其在肿瘤微环境中的调控作用	样本量相对较小，尤其是单细胞RNA测序样本（MSI=7，Non-MSI=19）	阐明微卫星不稳定胃腺癌中肿瘤微环境的差异及其潜在机制	胃腺癌患者的肿瘤组织和细胞系（SNU-1和AGS）	数字病理	胃腺癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，免疫组化（IHC），定量PCR（qPCR），Western blot（WB）	NA	RNA测序数据，免疫组化图像，蛋白质印迹数据	单细胞RNA测序：MSI=7，Non-MSI=19；批量RNA测序：MSI=39，Non-MSI=198；免疫组化：MSI=13，Non-MSI=10
2950	2025-04-01	C-FOS promotes the formation of neutrophil extracellular traps and the recruitment of neutrophils in lung metastasis of triple-negative breast cancer 2025-Mar-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03370-2 PMID:40148973	研究论文	本研究探讨了c-FOS在三阴性乳腺癌（TNBC）肺转移中促进中性粒细胞胞外陷阱（NETs）形成和中性粒细胞募集的分子机制	揭示了ROS-p38-cFOS-PAD4轴在TNBC中增加NETs形成和促进炎症因子表达的机制，并提出了靶向该通路的新治疗策略	未明确提及研究的局限性	阐明NETs介导的三阴性乳腺癌肺转移的分子机制，并探索靶向治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者样本和实验模型	癌症研究	三阴性乳腺癌	单细胞测序生物信息学分析、体外和体内实验	NA	生物样本数据、测序数据	未明确提及具体样本数量
2951	2025-04-01	Deciphering the preeclampsia-specific immune microenvironment and the role of pro-inflammatory macrophages at the maternal-fetal interface 2025-Mar-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100002 PMID:40152904	研究论文	本研究通过分析先兆子痫（PE）胎盘中的免疫微环境，揭示了促炎性巨噬细胞（pro-inflam Macs）在PE发病机制中的关键作用	首次揭示了PE特异性免疫细胞网络，并发现促炎性巨噬细胞通过IGF1-IGF1R通路诱导记忆样Th17细胞的产生，从而促进PE的发展和复发	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究先兆子痫胎盘免疫微环境的特异性及其与妊娠糖尿病（GDM）的差异	先兆子痫（PE）和妊娠糖尿病（GDM）患者的胎盘组织	免疫学	先兆子痫	飞行时间细胞术（cytometry by time of flight）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据	未明确提及具体样本数量，但涉及PE、GDM及正常妊娠（NP）的胎盘组织
2952	2025-04-01	Synergistic potential of CDH3 in targeting CRC metastasis and enhancing immunotherapy 2025-Mar-28, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13845-2 PMID:40155851	研究论文	本研究探讨了CDH3在结直肠癌转移中的作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了CDH3在结直肠癌转移中的新机制，并提出了阿法替尼作为靶向CDH3的潜在药物	研究主要基于公共数据库分析，需要进一步的实验验证	探索CDH3在结直肠癌转移中的作用及其治疗潜力	结直肠癌组织和相关公共数据库数据	癌症研究	结直肠癌	免疫组织化学、单细胞测序、分子对接	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	多个公共数据库（TCGA、HCMDB、UALCAN等）的结直肠癌样本
2953	2025-04-01	Heterogeneity of T cells regulates tumor immunity mediated by Helicobacter pylori infection in gastric cancer 2025-Mar-28, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13957-9 PMID:40155861	research paper	本研究探讨了幽门螺杆菌（H. pylori）感染状态对胃癌患者生存的影响，并通过单细胞RNA测序分析了T细胞的异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了H. pylori感染状态对胃癌T细胞反应的调控机制，并识别了与预后相关的特定T细胞亚群	样本量相对较小（6个肿瘤样本），且仅分析了T细胞	探究H. pylori感染状态对胃癌患者生存和免疫反应的影响	488名胃癌患者和18,717个来自6个肿瘤样本的T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	488名胃癌患者（临床数据）和18,717个T细胞（来自6个肿瘤样本）
2954	2025-04-01	Benchmarking spatial transcriptomics technologies with the multi-sample SpatialBenchVisium dataset 2025-Mar-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03543-4 PMID:40156041	research paper	该研究通过创建SpatialBenchVisium数据集，评估了10x Genomics Visium平台在不同组织制备协议下的空间转录组学技术性能	提出了一个独特的多样本参考数据集，用于比较不同组织制备方法对数据质量的影响，并验证了CytAssist技术在提高数据质量方面的优势	研究仅使用了小鼠脾脏组织，可能无法完全代表其他组织类型的表现	评估和比较不同组织制备协议下Visium平台的空间转录组学技术性能	小鼠脾脏组织在疟疾感染反应中的基因表达	空间转录组学	疟疾	10x Genomics Visium平台，单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据	多个小鼠脾脏组织样本（包括新鲜冷冻和FFPE处理样本）
2955	2025-04-01	Cancer associated fibroblasts in cancer development and therapy 2025-Mar-28, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-025-01688-0 PMID:40156055	综述	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在癌症发展和治疗中的关键作用及其在肿瘤微环境（TME）中的多功能性	总结了CAFs的异质性和可塑性，以及通过scRNA-seq研究揭示的CAFs亚型及其功能特性	未提及具体实验数据或样本量，主要基于已有研究的综述	探讨CAFs在癌症发展和治疗中的作用及其作为治疗靶点的潜力	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其与肿瘤微环境（TME）的相互作用	肿瘤生物学	癌症	scRNA-seq	NA	NA	NA
2956	2025-04-01	Single-cell analysis reveals that GFAP+ dedifferentiated Schwann cells promote tumor progress in PNI-positive distal cholangiocarcinoma via lactate/HMGB1 axis 2025-Mar-27, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07543-x PMID:40148311	研究论文	通过单细胞分析揭示了GFAP+去分化雪旺细胞通过乳酸/HMGB1轴促进PNI阳性远端胆管癌的肿瘤进展	首次在PNI阳性远端胆管癌中鉴定了五种雪旺细胞亚群的组成和功能表型，并揭示了NEAT1恶性细胞和GFAP去分化雪旺细胞在PNI形成中的关键作用	样本量较小（仅两对肿瘤和邻近组织），需要在更大样本中验证结果	解析PNI阳性远端胆管癌中肿瘤细胞与神经细胞之间的复杂相互作用机制	远端胆管癌（dCCA）肿瘤组织和邻近组织中的细胞	单细胞测序	胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	24,715个细胞，来自两对PNI阳性dCCA肿瘤和邻近组织
2957	2025-04-01	CD248-targeted BBIR-T cell therapy against late-activated fibroblasts in cardiac repair after myocardial infarction 2025-Mar-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56703-2 PMID:40148319	研究论文	本文开发了一种针对CD248的靶向T细胞疗法，用于治疗心肌梗死后心脏修复中的晚期激活成纤维细胞	首次通过单细胞RNA测序鉴定出小鼠心脏间质细胞中的晚期激活成纤维细胞亚群F-Act及其特征抗原CD248，并开发了针对该抗原的T细胞疗法	研究中仅在动物模型中验证了治疗效果，尚未在人体临床试验中进行验证	开发针对心肌梗死后心脏纤维化的新型治疗方法	心肌梗死后晚期激活的成纤维细胞亚群F-Act	细胞治疗	心血管疾病	单细胞RNA测序	BBIR-T细胞疗法	基因表达数据	小鼠心脏间质细胞
2958	2025-04-01	Molecular mechanisms and therapeutic targets in glioblastoma multiforme: network and single-cell analyses 2025-Mar-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92867-z PMID:40148380	研究论文	本文通过整合网络和单细胞分析，探讨了多形性胶质母细胞瘤（GBM）的分子机制和治疗靶点	结合功能富集分析、加权基因共表达网络分析和单细胞RNA测序数据，揭示了GBM中细胞外基质和突触重塑的关键作用，并提出了新的治疗靶点	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索GBM肿瘤微环境的作用并识别潜在的治疗靶点	多形性胶质母细胞瘤（GBM）患者	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、微阵列分析	Cox回归、LASSO分析	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus（GEO）的胶质瘤相关微阵列和单细胞RNA测序数据集
2959	2025-04-01	scMalignantFinder distinguishes malignant cells in single-cell and spatial transcriptomics by leveraging cancer signatures 2025-Mar-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07942-y PMID:40148533	研究论文	本文提出了一种名为scMalignantFinder的机器学习工具，用于在单细胞和空间转录组学中区分恶性细胞	结合数据和知识驱动策略，利用九种泛癌基因特征校准恶性细胞注释，训练模型超过40万个单细胞转录组	未提及具体局限性	开发一种高效工具以检测肿瘤异质性中的恶性细胞群体	恶性细胞与正常细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	单细胞转录组数据	超过40万个单细胞转录组
2960	2025-04-01	SCITUNA: single-cell data integration tool using network alignment 2025-Mar-27, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06087-3 PMID:40148808	研究论文	介绍了一种名为SCITUNA的新型单细胞数据整合工具，用于校正批次效应	SCITUNA通过网络对齐方法有效整合单细胞数据，优于现有方法，且在保留原始数据生物信号方面表现优异	在肺数据集的多批次整合中表现略逊于现有方法，差异为0.004	开发一种高效的单细胞数据整合工具，以解决批次效应问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	网络对齐	单细胞基因组数据	来自四个真实数据集和一个模拟数据集的39个独立批次