单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2941	2025-04-19	Comprehensive analysis of autophagy status and its relationship with immunity and inflammation in ischemic stroke through integrated transcriptomic and single-cell sequencing 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00320-y PMID:39827328	研究论文	通过整合转录组和单细胞测序技术，全面分析缺血性卒中中自噬状态及其与免疫和炎症的关系	构建了一个具有良好临床效能的卒中诊断模型（AUC=0.87），并鉴定了两种具有不同基因表达模式和免疫细胞浸润的IS亚型	研究中使用的数据集来自公共数据库，可能存在样本选择和偏倚问题	探讨自噬及自噬相关基因在缺血性卒中中的作用	缺血性卒中患者和小鼠模型	生物信息学	缺血性卒中	转录组测序、单细胞测序（scRNA-seq）、WGCNA	机器学习算法	基因表达数据、单细胞数据	来自GEO数据库的IS数据集、外部队列和IS小鼠模型
2942	2025-04-19	Integrative analysis of genetic variability and functional traits in lung adenocarcinoma epithelial cells via single-cell RNA sequencing, GWAS, bayesian deconvolution, and machine learning 2025-Apr, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01621-2 PMID:39992528	研究论文	通过单细胞RNA测序、GWAS、贝叶斯反卷积和机器学习技术，综合分析肺腺癌上皮细胞的遗传变异和功能特征	整合多种高通量技术揭示肺腺癌上皮细胞的遗传和功能复杂性，特别关注免疫检查点标志物如PD-L1和CTLA-4	研究主要关注上皮细胞，可能未完全涵盖肿瘤微环境中其他细胞类型的作用	解析肺腺癌的遗传和功能复杂性，为个性化治疗策略提供依据	肺腺癌上皮细胞	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, GWAS, 贝叶斯反卷积, 机器学习	机器学习模型	单细胞RNA测序数据, GWAS数据	NA
2943	2025-04-19	Single-cell and spatial genomic landscape of non-small cell lung cancer brain metastases 2025-Apr, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03530-z PMID:40016452	研究论文	本研究通过多模态单核RNA测序、T细胞受体测序、单细胞空间转录组和全基因组测序，探讨了非小细胞肺癌脑转移的基因组和肿瘤微环境特征	揭示了脑转移瘤中染色体不稳定性（CIN）的基因组特征，并发现了一个在脑转移瘤中显著富集的神经样转录程序	研究主要基于治疗初期的患者样本，未涉及治疗后复发的脑转移瘤	探索非小细胞肺癌脑转移的分子生物学机制	非小细胞肺癌患者的脑转移瘤和原发肿瘤	基因组学	非小细胞肺癌	单核RNA测序、T细胞受体测序、单细胞空间转录组、全基因组测序、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	4,869名独立患者和12,275名非小细胞肺癌患者的新队列
2944	2025-04-19	Annexin A1 regulates inflammatory-immune response and reduces pancreatic and extra- pancreatic injury during severe acute pancreatitis 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00321-x PMID:40025269	研究论文	本研究探讨了Annexin A1（Anxa1）在急性胰腺炎中调节炎症反应的作用	揭示了Anxa1在髓系细胞中的动态表达调控及其对胰腺和胰腺外器官损伤的保护作用，并验证了合成肽Ac2-26的治疗潜力	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床中进行验证	探究Anxa1在急性胰腺炎炎症反应调控中的作用及其治疗潜力	髓系细胞、胰腺及胰腺外器官（肺、肝、肾）	免疫学	急性胰腺炎	流式细胞术、单细胞RNA测序、基因表达分析	动物模型	基因表达数据、细胞表型数据	多种动物模型（具体数量未明确说明）
2945	2025-04-19	HISSTA: a human in situ single-cell transcriptome atlas 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf142 PMID:40163697	research paper	介绍了一个名为HISSTA的数据库，用于存储和分析人类组织中的单细胞分辨率原位转录组数据	HISSTA数据库首次整合了多种高分辨率原位成像技术生成的数据，并提供了交互式可视化工具	NA	构建一个全面的单细胞分辨率原位转录组数据库，以促进生物学和医学研究	人类组织中的单细胞转录组数据	digital pathology	NA	MERFISH, CosMx SMI, Xenium	NA	spatial transcriptome data	112个样本，2800万个细胞，覆盖16种组织类型，来自63项研究
2946	2025-04-19	uHAF: a unified hierarchical annotation framework for cell type standardization and harmonization 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf149 PMID:40172934	研究论文	开发了一个统一的层次注释框架uHAF，用于标准化和协调单细胞转录组学中的细胞类型注释	提出了一个包含器官特异性层次细胞类型树和基于大型语言模型的映射工具的统一框架，以解决单细胞转录组学中细胞类型注释不一致的问题	NA	解决单细胞转录组学中细胞类型注释不一致的问题，促进数据整合和机器学习应用	单细胞转录组学中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞转录组学，大型语言模型	GPT-4	单细胞转录组数据	涵盖38个器官的标准化层次参考
2947	2025-04-19	Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 contributes to liver fibrosis by enabling IL-7 signaling in HSC 2025-Mar-13, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001302 PMID:40080840	研究论文	本研究探讨了Pre-B-cell白血病转录因子1（PBX1）在肝纤维化中的作用及其通过IL-7信号通路激活肝星状细胞（HSC）的机制	揭示了PBX1在HSC激活中的新作用，并提出了靶向IL-7信号通路干预肝纤维化的概念验证	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本相关性研究较少	探究PBX1在肝纤维化中的作用及其分子机制	肝星状细胞（HSC）和小鼠模型	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA-seq、Ingenuity通路分析、报告基因检测、染色质免疫沉淀检测	NA	基因表达数据	小鼠模型和肝硬化患者样本
2948	2025-04-19	Microglial mechanisms drive amyloid-β clearance in immunized patients with Alzheimer's disease 2025-Mar-06, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03574-1 PMID:40050704	研究论文	本文利用空间转录组学探讨了阿尔茨海默病（AD）患者中主动和被动Aβ免疫对大脑的影响，揭示了与Aβ清除相关的特定小胶质细胞状态	发现了空间上不同的小胶质细胞反应，揭示了TREM2和APOE在小胶质细胞中的上调与抗体反应和Aβ清除的正相关性，以及补体信号在Aβ清除中的作用	研究样本量有限，且仅针对特定免疫疗法（如lecanemab治疗）的效果进行了分析	探索Aβ免疫疗法在AD患者中清除Aβ的分子机制	AD患者（包括免疫和非免疫）及神经健康对照者	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	免疫和非免疫AD患者及健康对照者（具体数量未明确说明）
2949	2025-04-19	Selective Depletion of CCR8+Treg Cells Enhances the Antitumor Immunity of Cytotoxic T Cells in Lung Cancer by Dendritic Cells 2025-Mar-06, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2025.02.029 PMID:40056978	研究论文	该研究探讨了通过选择性耗竭CCR8+Treg细胞增强细胞毒性T细胞在肺癌中的抗肿瘤免疫效果	研究发现抗CCR8疗法与PD1抑制剂联合使用能显著减少肿瘤生长，并通过重塑肿瘤微环境增强CD8+ T细胞的细胞毒性活性	研究主要基于小鼠模型，临床患者数据有限	评估抗CCR8单药及其与PD1抑制剂联合治疗在非小细胞肺癌(NSCLC)中的疗效和安全性	NSCLC小鼠模型及临床晚期NSCLC患者	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序分析、流式细胞术、多色免疫荧光、Luminex检测	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	四个NSCLC小鼠模型及临床患者数据
2950	2025-04-19	Integration of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Identifies Circadian Rhythm Disruption-Related Genes Associated with Prognosis and Drug Resistance in Colorectal Cancer Patients 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S499806 PMID:40241740	研究论文	本研究通过整合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq数据，揭示了结直肠癌中昼夜节律紊乱相关基因与预后及药物耐药性的关联	首次系统揭示了CRDGs在结直肠癌中的表达特征及其与肿瘤进展和免疫治疗反应的关系	研究结果需要更多数据集进行验证	探索昼夜节律相关基因在结直肠癌中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	scRNA-Seq, Bulk RNA-Seq, WGCNA, GSEA	预后模型	RNA测序数据	GSE178318数据集中的样本
2951	2025-04-19	An Integrative Analysis of Transcriptome Combined with Machine Learning and Single-Cell RNA-Seq for the Common Biomarkers in Crohn's Disease and Kidney Stone Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S502513 PMID:40242727	research paper	该研究通过整合转录组分析、机器学习和单细胞RNA测序技术，寻找克罗恩病和肾结石病的共同生物标志物	结合机器学习算法和单细胞RNA测序技术识别克罗恩病与肾结石病的共同生物标志物，并构建诊断模型	研究样本量有限，仅使用了GEO数据库中的三个克罗恩病和一个肾结石病数据集	寻找能够预测克罗恩病伴随肾结石病的生物标志物	克罗恩病(CD)和肾结石病(KSD)患者	生物信息学	克罗恩病, 肾结石病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 机器学习	机器学习算法(未指定具体模型), 列线图(nomogram)	基因表达数据	四个GEO数据集(三个CD数据集和一个KSD数据集)
2952	2025-04-19	Cross one single body 49 tissues single-cell transcriptome reveals detailed macrophage heterogeneity during pig pregnancy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1574120 PMID:40242774	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究了健康怀孕猪49个组织中巨噬细胞的异质性	首次在单个健康怀孕猪的49个组织中构建了巨噬细胞的单细胞转录组图谱，揭示了巨噬细胞在组织和物种间的分子差异和共性	研究仅基于单个怀孕猪的样本，可能限制了结果的普遍性	理解怀孕期间巨噬细胞的多样性和组织特异性适应	健康怀孕猪的49个组织中的巨噬细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据	114,881个巨噬细胞来自49个组织/器官的一个健康怀孕猪
2953	2025-04-19	PPARγ-dependent remodeling of translational machinery in adipose progenitors is impaired in obesity 2024-Dec-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114945 PMID:39579770	研究论文	研究肥胖小鼠中PPARγ激动剂治疗对脂肪组织前体细胞翻译机制的影响	揭示了PPARγ激动剂通过调控核糖体因子表达和翻译选择性促进脂肪组织可塑性的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究PPARγ激动剂如何改善肥胖状态下脂肪组织的适应性	肥胖小鼠的脂肪组织基质血管部分(SVF)细胞	代谢研究	肥胖症	单细胞RNA测序，多核糖体分析	小鼠模型	RNA测序数据	肥胖小鼠的腹股沟和附睾脂肪组织SVF
2954	2025-04-19	PIEZO-dependent mechanosensing is essential for intestinal stem cell fate decision and maintenance 2024-11-29, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj7615 PMID:39607940	research paper	本研究探讨了PIEZO机械敏感通道在肠道干细胞（ISC）微环境中的作用及其对干细胞命运决定和维持的影响	揭示了PIEZO通道如何感知细胞外机械刺激以调节ISC功能，阐明了PIEZO激活协调ISC命运决定和维持的机制级联	研究主要基于小鼠模型和体外器官培养系统，可能不完全反映人类ISC的机械传感机制	探究PIEZO机械敏感通道在肠道干细胞微环境中的作用机制	肠道干细胞（ISC）及其微环境	细胞生物学	NA	小鼠遗传学、单细胞RNA测序分析、3D和2D器官培养系统、生物工程基质和拉伸装置	NA	基因表达数据、机械性能测量数据	NA
2955	2025-04-19	Epigenetic dysregulation in Alzheimer's disease peripheral immunity 2024-Apr-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.013 PMID:38340719	研究论文	本研究利用单细胞测序技术探索阿尔茨海默病（AD）外周免疫系统的表观遗传和转录变化	揭示了AD外周免疫细胞中开放染色质的显著数量，发现了CD8 T细胞中的顺式调控DNA元件和单核细胞中AD特异性的RELA转录因子结合位点，以及载脂蛋白E基因型依赖的表观遗传变化	研究仅关注外周免疫系统，未涉及中枢神经系统	探究阿尔茨海默病外周免疫系统的表观遗传和转录变化	阿尔茨海默病患者的外周免疫细胞	表观遗传学	阿尔茨海默病	单细胞测序，转座酶可及染色质测定（ATAC-seq），RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	未明确提及样本数量
2956	2025-04-19	Mechanisms of sex differences in Alzheimer's disease 2024-Apr-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.024 PMID:38402606	review	探讨阿尔茨海默病（AD）性别差异的潜在生物学机制	综述了性别激素和性染色体如何与衰老过程中的多种疾病机制相互作用，导致男女在疾病进展中的独特特征	NA	理解阿尔茨海默病性别差异的生物学机制	阿尔茨海默病（AD）	NA	geriatric disease	single-cell RNA sequencing, metabolomics, multi-omics analyses	NA	NA	NA
2957	2025-04-18	Mutation S139N on Zika virus prM protein shifts immune response from Asian to contemporary strain 2025-May, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.02.012 PMID:39986659	研究论文	研究Zika病毒prM蛋白上的S139N突变如何将免疫反应从亚洲株转变为当代株	首次使用单细胞测序技术系统评估三种ZIKV株（亚洲祖先株FSS13025/2010、S139N突变株FSS13025-S139N和当代株GZ01/2016）诱导的免疫反应，并发现S139N突变株的免疫谱与当代株相似	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究Zika病毒prM蛋白S139N突变对免疫反应模式的影响及其与神经损伤的关系	Zika病毒株（FSS13025/2010、FSS13025-S139N、GZ01/2016）和1日龄小鼠	病毒学	神经系统疾病	单细胞测序技术	小鼠模型	基因表达数据	三种ZIKV株感染的1日龄小鼠
2958	2025-04-18	CD44+ cells enhance pro-tumor stroma in the spatial landscape of colorectal cancer leading edge 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02968-9 PMID:40069574	研究论文	本研究通过空间转录组和单细胞RNA测序技术，揭示了CD44+肿瘤细胞在结直肠癌前沿通过PTN信号重塑肿瘤微环境的机制	首次发现CD44+肿瘤细胞在结直肠癌前沿形成独特的环状结构，并通过PTN信号诱导CAFs表型转变	研究主要基于小鼠模型和有限临床样本，人类结直肠癌的普适性需要进一步验证	探究肿瘤异质性如何影响结直肠癌的空间结构并促进疾病进展	AOM/DSS诱导的结直肠癌小鼠模型和临床样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组分析(ST)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	AOM/DSS诱导的小鼠结直肠癌模型和未明确数量的临床样本
2959	2025-04-18	Single-cell profiling reveals monocyte heterogeneity and association with liver fibrosis in patients with chronic HBV 2025-May-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000672 PMID:40227083	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了慢性乙型肝炎患者中单核细胞的异质性及其与肝纤维化的关联	首次在慢性乙型肝炎患者中发现单核细胞中LMO2的高表达可能与单核细胞扩增有关，并识别了一个新的单核细胞-血小板聚集体(MPA)亚群，该亚群在肝纤维化早期可能发挥重要作用	研究样本量有限，且未探讨MPA在肝纤维化后期的潜在作用	探究慢性乙型肝炎患者中单核细胞异质性及其在肝纤维化中的作用机制	慢性乙型肝炎患者和健康对照者的循环单核细胞	单细胞组学	慢性乙型肝炎和肝纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	慢性乙型肝炎患者组和健康对照组(具体数量未明确)
2960	2025-04-18	Identification of Novel Protein Biomarkers for Intrahepatic Cholangiocarcinoma by Integrating Human Plasma Proteome with Genome 2025-Apr-17, Journal of gastrointestinal cancer IF:1.6Q4 DOI:10.1007/s12029-025-01226-8 PMID:40240670	研究论文	本研究通过整合人类血浆蛋白质组与基因组数据，识别出与肝内胆管癌(ICC)潜在相关的蛋白质生物标志物	首次对ICC进行蛋白质组-MR分析，揭示了其复杂的遗传结构，并鉴定出5种与疾病有潜在因果关联的新型血液蛋白	研究主要基于欧洲人群数据，可能在其他人群中的普适性有待验证	发现ICC的潜在治疗和诊断靶点	肝内胆管癌(ICC)相关蛋白质生物标志物	生物信息学	肝内胆管癌	蛋白质组范围孟德尔随机化(MR)、ELISA、scRNA-seq	孟德尔随机化模型	基因组数据、蛋白质组数据、RNA-seq数据	来自deCODE血浆蛋白质组GWAS和欧洲meta分析的遗传数据，TCGA和GTEx数据库样本