单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2921	2025-04-20	Heterogeneity of human prostate carcinoma-associated fibroblasts implicates a role for subpopulations in myeloid cell recruitment 2020-02, The Prostate DOI:10.1002/pros.23929 PMID:31763714	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术鉴定了人类前列腺癌相关成纤维细胞（CAF）的异质性亚群，并探讨了这些亚群在肿瘤微环境中对髓系细胞招募的作用	首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序技术揭示了CAF的异质性亚群，并发现特定亚群通过分泌趋化因子CCL2和CXCL12促进髓系细胞招募	研究主要基于体外实验和小鼠模型，需要进一步在人体组织中验证这些发现	探索前列腺癌相关成纤维细胞亚群的特征及其在肿瘤微环境中的功能	人类前列腺癌相关成纤维细胞（CAF）及其亚群	肿瘤微环境研究	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），贝叶斯分析，体外迁移实验	无特定模型（主要使用聚类分析）	基因表达数据	3321个CAF细胞
2922	2025-04-19	OmniClust: A versatile clustering toolkit for single-cell and spatial transcriptomics data 2025-Jun, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2025.03.007 PMID:40057293	research paper	介绍了一个名为OmniClust的工具包，用于单细胞和空间转录组学数据的聚类分析	开发了一个整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据的算法工具包，采用深度学习和机器学习算法进行特征学习和聚类	未提及具体局限性	开发一个适用于单细胞和空间转录组学数据的聚类工具	单细胞RNA测序和空间转录组学数据	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学	深度学习, 机器学习	RNA测序数据	12个空间转录组学基准数据集和4个scRNA-seq基准数据集
2923	2025-04-19	Spatial proteomic landscape of primary and relapsed hepatocellular carcinoma reveals immune escape characteristics in early relapse 2025-May-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000979 PMID:38900411	研究论文	通过空间蛋白质组学分析，揭示了原发性与复发性肝细胞癌的免疫逃逸特征	首次描绘了原发性与复发性HCC单细胞动态空间景观及多细胞结构，发现了一种与术后早期复发相关的新型树突状细胞亚群（PDL1+CD103+DCs）	样本量相对有限（46例患者），外部验证队列规模未明确说明	探究肝细胞癌术后复发的空间分子结构变化机制	46例HCC患者的92份手术标本（原发与复发肿瘤）	数字病理学	肝细胞癌	成像质谱流式细胞技术（IMC）、单细胞RNA测序	NA	蛋白质表达数据、单细胞转录组数据	358,729个单细胞（来自46例患者的92份标本）
2924	2025-04-19	Senescent Syncytiotrophoblast Secretion During Early Onset Preeclampsia 2025-May, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.23362 PMID:39440423	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了早发型子痫前期中胎盘合体滋养层细胞的衰老相关分泌表型及其在母血中的早期预测价值	首次发现早发型子痫前期胎盘合体滋养层细胞存在衰老相关分泌表型，并鉴定出PAI-1和activin A等可在妊娠早期预测疾病的生物标志物	研究样本量有限，且需要进一步验证这些标志物在更大规模人群中的预测效能	探索早发型子痫前期的发病机制并寻找早期预测标志物	人类母胎界面单位（胎儿绒毛和母体蜕膜）	生殖医学	子痫前期	单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	早发型子痫前期患者和健康对照的胎盘组织样本（具体数量未明确说明），来自多中心临床队列
2925	2025-02-23	Decoding cell-cell communication using spatial transcriptomics 2025-May, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00824-3 PMID:39984677	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2926	2025-04-19	Identification of the crucial roles of BAXhigh NK cells in human derived mesenchymal stem cell therapy for chronic heart failure patients 2025-May, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.155924 PMID:40174277	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，探讨了间充质干细胞治疗慢性心力衰竭患者中BAX高表达NK细胞的关键作用	首次发现BAX高表达NK细胞在心力衰竭发病机制中的作用，并揭示间充质干细胞通过抑制BAX表达改善NK细胞功能的机制	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步实验验证	探究间充质干细胞治疗心力衰竭的分子机制	慢性心力衰竭患者的外周血单个核细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR)分析	NA	单细胞转录组数据	NA
2927	2025-04-19	Identification of a cancer stem cell-like subpopulation that promotes HCC metastasis 2025-May, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101302 PMID:40242316	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，鉴定并表征了肝细胞癌（HCC）中促进转移的癌症干细胞样亚群	首次在HCC中发现并表征了一个促进转移的癌症干细胞样亚群，揭示了其通过ICAM1信号通路抑制抗肿瘤免疫的新机制	样本量相对较小（19例单细胞RNA测序和12例空间转录组学样本），需要更大规模研究验证	探索癌症干细胞在HCC转移中的作用机制	肝细胞癌（HCC）中的癌症干细胞样细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学测序、生物信息学分析	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	19例HCC患者的单细胞RNA测序数据和12例HCC患者的空间转录组数据
2928	2025-04-19	CRISPR/Cas9-mediated SHP-1-knockout T cells combined with simvastatin enhances anti-tumor activity in humanized-PDX HCC model 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112266 PMID:40241752	研究论文	本研究利用CRISPR/Cas9技术敲除SHP-1基因的CD8 T细胞，并结合辛伐他汀增强抗肿瘤活性，在人源化PDX肝癌模型中验证其效果	首次提出结合SHP-1靶向细胞疗法和代谢调节的双重策略来克服肝癌免疫治疗的耐药性	研究仅在人源化PDX模型中进行验证，尚未进行临床试验	增强肝癌免疫治疗的抗肿瘤活性	肝癌（HCC）和CD8 T细胞	癌症免疫治疗	肝癌	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序	人源化PDX模型	基因表达数据、细胞功能数据	肝癌患者的T细胞样本和人源化PDX模型
2929	2025-04-19	CXCR4+ PD-L1+ neutrophils are increased in non-survived septic mice 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112083 PMID:40241761	研究论文	通过单细胞RNA测序分析存活与未存活CLP脓毒症小鼠的免疫细胞，揭示未存活小鼠血液中未成熟CXCR4+ PD-L1+中性粒细胞频率增加及其在肺部的积累	发现未存活脓毒症小鼠中CXCR4+ PD-L1+中性粒细胞的增加及其与炎症和器官损伤的关联，并指出IFN-gamma在其中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床样本中验证	探讨中性粒细胞在脓毒症高炎症表型中的免疫学机制	CLP脓毒症小鼠的免疫细胞	免疫学	脓毒症	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	存活与未存活的CLP脓毒症小鼠
2930	2025-04-19	Identifying causal brain structures, genes and proteins for osteoarthritis: A large-scale genetic correlation study based on brain imaging-derived phenotypes, transcriptomes, and proteomes 2025-Apr-18, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences DOI:10.1093/gerona/glaf083 PMID:40247738	research paper	该研究通过整合脑成像衍生表型、转录组和蛋白质组数据，验证了脑结构与骨关节炎（OA）风险之间的相关性，并识别了关键因果基因	首次大规模整合脑结构、转录组和蛋白质组数据，揭示脑-关节轴在OA遗传学中的作用，并识别出与OA相关的特定脑区、基因和蛋白质	研究主要基于欧洲人群数据，可能限制结果在其他人群中的普适性	验证脑结构与OA风险的遗传相关性，并识别关键因果基因和蛋白质	826,690名参与者的OA汇总统计数据，5,138个脑转录组和152个人脑蛋白质组	遗传学	骨关节炎	LDSC、孟德尔随机化(MR)、TWAS、PWAS、单细胞RNA-Seq eQTL分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	826,690名参与者
2931	2025-04-19	CeiTEA: Adaptive Hierarchy of Single Cells with Topological Entropy 2025-Apr-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503539 PMID:40245302	研究论文	介绍了一种基于拓扑熵的自适应层次聚类算法CeiTEA，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	结合了自底向上和自顶向下的策略，通过最小化拓扑熵构建多叉分割树，优化细胞类型间关系和多样性的表示	未提及算法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性	解决现有聚类方法难以捕捉细胞类型和亚型复杂层次结构的问题	单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	生物信息学	肿瘤异质性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	自适应层次聚类算法	基因表达数据	模拟和真实世界的scRNA-seq数据集
2932	2025-04-19	Peripheral blood neutrophils contribute to Claudin18.2-specific CAR-T cell treatment resistance in advanced gastric cancer 2025-Apr-17, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03015-3 PMID:40246985	research paper	本研究探讨了中性粒细胞与淋巴细胞比率（NLR）在Claudin18.2特异性CAR-T细胞治疗晚期胃癌中的预后价值，并阐明了治疗抵抗的分子机制	首次发现循环中性粒细胞亚群（NE-3）与疾病进展相关，并揭示了其通过表达促肿瘤因子（如MMP-9）和IL-17信号通路富集介导治疗抵抗的机制	需要进一步验证并探索减轻中性粒细胞诱导的免疫抑制的策略	评估NLR在CAR-T细胞治疗中的预后价值并阐明治疗抵抗的分子机制	接受CLDN18.2特异性CAR-T细胞治疗的晚期胃癌患者	digital pathology	gastric cancer	single-cell RNA sequencing	NA	clinical data, RNA sequencing data	未明确提及具体样本数量，但涉及接受CAR-T细胞治疗的胃癌患者
2933	2025-04-19	Progranulin deficiency in the brain: the interplay between neuronal and non-neuronal cells 2025-Apr-16, Translational neurodegeneration IF:10.8Q1 DOI:10.1186/s40035-025-00475-8 PMID:40234992	综述	本文综述了脑内颗粒蛋白前体（PGRN）缺乏的临床表型及其在额颞叶痴呆（FTD）中的作用，探讨了神经元与非神经元细胞之间的相互作用	强调了PGRN缺乏在多种细胞类型中的特异性表现及其对神经退行性变的影响，特别是脂滴积累的小胶质细胞和髓鞘脂质含量的改变	综述性文章，未提出新的实验数据，主要基于现有研究的总结和分析	探讨PGRN缺乏如何通过神经元与非神经元细胞的相互作用导致神经退行性变和神经炎症	神经元、小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞、内皮细胞和周细胞	神经科学	额颞叶痴呆	单细胞转录组学、诱导多能干细胞技术	NA	患者脑组织、生物流体数据	NA
2934	2025-04-19	Senescence-induced p21high macrophages contributed to CD8+ T cells-related immune hyporesponsiveness in kidney transplantation via Zfp36/IL-27 axis 2025-Apr-15, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-025-00784-2 PMID:40234384	research paper	该研究探讨了衰老诱导的p21high巨噬细胞通过Zfp36/IL-27轴对肾移植中CD8+ T细胞相关免疫低反应性的影响	揭示了衰老巨噬细胞通过Zfp36/IL-27依赖机制保护肾移植排斥的新机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究衰老免疫系统对肾移植排斥反应的影响机制	肾移植受者和小鼠模型	免疫学	肾移植排斥	单细胞转录组分析、siRNA沉默、中和抗体抑制	Zfp36条件性敲除小鼠模型	临床数据、转录组数据	来自中国和德国两大中心的临床数据及小鼠实验样本
2935	2025-04-19	Redefining the high variable genes by optimized LOESS regression with positive ratio 2025-Apr-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06112-5 PMID:40234751	研究论文	开发了一种基于优化LOESS回归的稳健特征选择算法，用于单细胞RNA测序数据的高可变基因筛选	利用优化的LOESS回归精确捕捉基因平均表达水平与阳性率之间的关系，同时最小化过拟合	NA	提高单细胞RNA测序数据的特征选择效果，以增强下游分析的准确性和有效性	单细胞RNA测序数据中的高可变基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	LOESS回归	基因表达数据	NA
2936	2025-04-19	Single-cell transcriptomic dynamics of scallop heart reveals the heterogeneous response to heat stress 2025-Apr-15, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02210-1 PMID:40234911	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示了扇贝心脏在热应激下的异质性反应	首次在开放循环系统动物中揭示了心脏细胞对高温的异质性反应，并识别了一个关键基因AiPLRP2-like在心脏耐热性中的潜在作用	研究仅针对一种软体动物模型（Argopecten irradians），结果可能不适用于其他开放循环系统动物	探究开放循环系统动物心脏在高温应激下的细胞异质性反应	扇贝（Argopecten irradians）的心脏组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	NA
2937	2025-04-19	Patterns of hemolysis, erythropoiesis, and iron distribution define unique disease trajectories in three mouse models of genetic anemia 2025-Apr-15, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104787 PMID:40245977	research paper	该研究系统比较了三种遗传性贫血小鼠模型（镰状细胞病、β-地中海贫血和遗传性球形红细胞增多症）的溶血模式、红细胞生成和铁分布特征	揭示了三种遗传性贫血模型在溶血严重程度、铁代谢调控和长期铁分布模式上的独特差异，并建立了首个系统性比较框架	研究仅限于三种小鼠模型，人类疾病的复杂性可能未被完全模拟	为人类溶血性疾病的病理生理研究和药物治疗选择合适的动物模型	镰状细胞病(SCD)、β-地中海贫血(THAL)和遗传性球形红细胞增多症(SPH)小鼠模型	血液病学研究	遗传性贫血	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、铁同位素示踪实验	小鼠疾病模型	基因表达数据、铁代谢数据	三种遗传性贫血小鼠模型（具体数量未明确说明）
2938	2025-04-19	scAMZI: attention-based deep autoencoder with zero-inflated layer for clustering scRNA-seq data 2025-Apr-07, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11511-2 PMID:40197174	研究论文	提出了一种基于注意力自编码器和零膨胀层的深度学习模型scAMZI，用于单细胞RNA测序数据的聚类	结合了SimAM注意力模块、自编码器、ZINB模型和零膨胀层，能够更好地利用细胞特征和处理数据中的零值	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据的聚类方法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器(SimAM, ZINB)	基因表达数据	14个基准scRNA-seq数据集(从数百到数万个细胞)
2939	2025-04-19	Decoding B Cells in Autoimmune Diseases Through ScRNA + BCR-Seq: Current Knowledge and Future Directions 2025-04-03, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14070539 PMID:40214492	综述	本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞B细胞受体测序(scBCR-seq)在自身免疫性疾病中B细胞免疫病理机制研究中的应用	揭示了B细胞亚群转录组与B细胞受体(BCR)克隆之间的动态关联，并探讨了双BCR B细胞和B/T双表型细胞在自身免疫中的潜在作用	NA	推动自身免疫性疾病多组学研究和精准治疗范式的创新	B细胞在自身免疫性疾病中的作用	免疫学	自身免疫性疾病	scRNA-seq, scBCR-seq	NA	单细胞转录组数据, B细胞受体序列数据	NA
2940	2025-04-19	Lipid metabolism-related genes are involved in the formation of macrophage extracellular traps in allergic airway inflammation 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00319-5 PMID:39789299	研究论文	本研究探讨了脂质代谢相关基因在过敏性气道炎症中巨噬细胞胞外陷阱（METs）形成中的作用	首次揭示了脂质代谢基因ABCA1、SLC44A2和C3在METs形成中的关键作用，并发现ABCA1在急性和慢性哮喘中表达趋势相反	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏更深入的机制研究	探究脂质代谢是否参与巨噬细胞胞外陷阱的形成及其在哮喘中的作用	巨噬细胞胞外陷阱（METs）和哮喘患者样本	生物信息学与免疫学	哮喘	WGCNA、LASSO回归、Xcell和CIBERSORT算法、单细胞转录组分析、免疫荧光、SYTOX Green染色、Western blot	NA	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE40885、GSE42606、GSE27066、GSE137268、GSE256534）和Tabula Muris数据库数据