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当前共找到 37403 篇文献，本页显示第 2921 - 2940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2921 | 2026-02-05 |
Advances and challenges in single-cell RNA sequencing data analysis: a comprehensive review
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf723
PMID:41619215
|
综述 | 本文全面回顾了单细胞RNA测序数据分析的进展与挑战，包括预处理、注释工具和多模态整合等计算策略 | 综述了新兴的计算策略，如SCTransform和Harmony用于预处理与批次整合，基于transformer的注释工具scGPT和CellTypist，以及多模态整合方法，并提出了促进临床应用的路线图 | 临床转化仍受数据稀疏性、批次效应和缺乏标准化基准等挑战限制，且存在罕见患者来源克隆再识别的伦理风险 | 回顾单细胞RNA测序数据分析的进展与挑战，并促进其临床转化 | 单细胞RNA测序数据及其分析计算策略 | 自然语言处理 | 胶质母细胞瘤, 严重COVID-19 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序 | transformer, scGPT, CellTypist, scANVI | 基因表达数据, 空间转录组数据, 表观遗传数据 | 超过100,000个细胞的队列, 预训练模型使用3,300万个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 2922 | 2026-02-05 |
Advancing single-cell omics and cell-based therapeutics with quantum computing
2026-Jan-02, Nature reviews. Molecular cell biology
DOI:10.1038/s41580-025-00918-0
PMID:41478876
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路线图文章 | 本文探讨了量子计算如何与单细胞组学技术结合，以克服计算瓶颈并推动细胞行为建模和细胞疗法的发展 | 提出了量子计算作为新型计算范式，用于解决单细胞分析中的计算挑战，并展示了其在细胞疗法中的潜在应用案例 | NA | 探索量子计算在单细胞组学和细胞疗法中的整合潜力，以生成变革性的细胞行为模型 | 单细胞和空间转录组学、多组学技术以及细胞群体 | 机器学习和计算生物学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学、多组学技术 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2923 | 2026-02-05 |
AugGCL: Multimodal graph learning for spatial transcriptomics analysis with enhanced gene and morphological data
2026-Jan, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013912
PMID:41576146
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研究论文 | 本文提出了一种名为AugGCL的增强图卷积学习框架，用于空间转录组学分析，通过增强基因和形态学数据来改善空间结构解码和基因表达重建 | AugGCL引入了邻域信息聚合机制，整合表达相似性和空间邻近性构建加权图和增强表达矩阵，同时采用双流加权图卷积网络联合建模基因特征和图像衍生形态信息，增强弱空间信号并锐化边界 | NA | 旨在解决空间转录组学中表达稀疏性、复杂组织结构和弱空间信号等挑战，以重建解剖学准确的空间域 | 人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠胚胎数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 图卷积网络（GCN） | 基因表达数据和图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2924 | 2026-02-05 |
Single-cell multi-omics sequencing reveals the immunological disturbance underlying Kawasaki disease
2026, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2026.1758948
PMID:41623592
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，揭示了川崎病中免疫细胞群的异质性及其潜在的免疫失调机制 | 首次在单细胞水平上整合多组学数据（scRNA-seq和scATAC-seq）系统描绘川崎病的免疫细胞异质性和染色质可及性变化，并识别出与静脉注射免疫球蛋白耐药相关的特定NK细胞亚群 | 样本量较小（仅2名川崎病患儿和2名健康对照），且为横断面研究，无法评估疾病进程中的动态变化 | 阐明川崎病的免疫失调细胞异质性和调控机制 | 川崎病患儿和健康对照儿童的外周血单个核细胞 | 单细胞多组学 | 川崎病 | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据，单细胞染色质可及性数据 | 4例样本（2名川崎病患儿，2名年龄匹配的健康对照儿童） | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，单细胞多组学 | NA | NA |
| 2925 | 2026-02-05 |
Hypoxia-Induced Osteopontin-Positive Glioma-Associated Macrophages Facilitate Glioma Mesenchymal Transition via NF-κB Pathway Activation
2026, Cancer communications (London, England)
DOI:10.34133/cancomm.0007
PMID:41625475
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧诱导的骨桥蛋白阳性胶质瘤相关巨噬细胞通过NF-κB通路促进胶质母细胞瘤间质转化的机制 | 首次发现缺氧通过H3K4me3-WDR5表观遗传轴诱导巨噬细胞表达骨桥蛋白，并阐明这些OPN阳性GAMs通过分泌OPN激活CD44/NF-κB/PD-L1通路促进胶质瘤间质转化 | 研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证相对有限，且未深入探讨其他缺氧相关因子在GAMs调控中的作用 | 阐明缺氧条件下胶质瘤相关巨噬细胞促进胶质母细胞瘤进展的分子机制 | 胶质母细胞瘤细胞、胶质瘤相关巨噬细胞、临床胶质瘤样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组分析、染色质免疫沉淀、实时定量PCR、Western印迹、免疫荧光 | NA | RNA测序数据、空间转录组数据、蛋白质印迹数据、免疫荧光图像 | 未明确说明具体样本数量，但包含临床样本和体内模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2926 | 2026-02-05 |
CXCL8/SDC1 axis mediates tumor stem cell interactions to drive remote transfer in thyroid cancer
2026-Jan, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2025.101354
PMID:41626563
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组测序，揭示了CXCL8/SDC1轴通过激活JAK-STAT信号通路驱动甲状腺癌干细胞自我更新和远处转移的分子机制 | 首次在甲状腺癌中利用单细胞和空间转录组测序技术，结合功能实验和动物模型，系统阐明了CXCL8/SDC1轴介导肿瘤干细胞与单细胞互作网络促进远处转移的新机制 | 研究主要基于体外细胞系和动物模型，临床样本验证的队列规模未明确说明，且缺乏对CXCL8/SDC1轴靶向治疗的深入药效学评估 | 探究甲状腺癌远处转移的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 甲状腺癌患者肿瘤样本、FTC-238细胞系、裸鼠模型 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组测序、肿瘤组织转录组分析、ELISA、Western blotting、球体形成实验、集落形成实验、CCK-8实验、Transwell实验 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据、临床数据 | 甲状腺癌患者肿瘤样本（具体数量未明确）、FTC-238细胞系、裸鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2927 | 2026-02-05 |
IER3 Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer Through the NF-κB Pathway
2026, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/8379666
PMID:41626627
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研究论文 | 本研究揭示了应激反应基因IER3通过激活NF-κB通路，驱动结直肠癌恶性进展并重塑免疫抑制性肿瘤免疫微环境 | 首次在单细胞分辨率上鉴定出与侵袭性疾病和不良预后相关的IER3表达恶性亚群，并阐明IER3通过FN1-CD44轴重塑免疫微环境的机制 | 未明确IER3表达调控的具体上游机制，临床样本量可能有限，动物模型验证需进一步扩展 | 探究IER3在结直肠癌发病机制和免疫调节中的功能作用 | 结直肠癌临床样本及体外/体内模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 临床样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2928 | 2026-02-05 |
Construction of a Mitochondria-Related Gene Diagnostic Model Based on Integrated Multiomics Data and Functional Validation of ANK2 as a Key Regulator in Colorectal Cancer
2026, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/9306920
PMID:41626625
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据，构建了一个基于线粒体相关基因的结直肠癌诊断模型，并验证了ANK2作为关键调控因子的功能 | 整合TCGA和多个GEO公共数据集的转录组数据与MitoCarta3.0数据库的线粒体相关基因数据，利用LASSO回归和SVM-RFE两种机器学习算法识别关键基因并构建诊断模型，并结合单细胞RNA测序数据和分子生物学实验进行功能验证 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要前瞻性临床队列进一步验证模型的诊断效能 | 开发一种基于线粒体相关基因的新型、高效的结直肠癌分子诊断方法 | 结直肠癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组测序，单细胞RNA测序，qRT-PCR，Western blotting，免疫组化 | LASSO回归，SVM-RFE | 基因表达数据，单细胞数据 | 1174个样本（来自TCGA和GEO数据集：GSE21510，GSE44076，GSE9348），以及单细胞数据集GSE245552 | NA | bulk RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2929 | 2026-02-05 |
Multi-Omics Evidence Based on Spatial Transcriptomics Data Reveals the Therapeutic Value of Copper Death Genes in Glioblastoma
2026, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/6453352
PMID:41626626
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研究论文 | 本研究基于空间转录组学数据，通过多组学分析揭示了铜死亡基因在胶质母细胞瘤中的治疗价值 | 首次构建了基于铜死亡相关microRNAs的预后特征模型，并验证其在低级别胶质瘤预后预测和免疫治疗评估中的新框架 | 研究主要依赖于TCGA和CGGA等公共数据库数据，需要进一步实验验证临床适用性 | 探索铜死亡相关基因在胶质瘤预后预测和免疫治疗评估中的价值 | 低级别胶质瘤患者和胶质母细胞瘤细胞 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 空间转录组学，多组学分析，单变量Cox回归，Lasso回归，多变量Cox回归，Kaplan-Meier生存分析，基因集富集分析，基因集变异分析 | 预后特征模型 | 转录组数据，临床数据，突变数据 | TCGA数据库和CGGA外部验证队列的低级别胶质瘤患者样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2930 | 2026-02-05 |
Targeting chemokine-driven metastasis in non-small cell lung cancer: Development and evaluation of chemokine nanosponges for therapy
2025-Dec, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102511
PMID:41625363
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研究论文 | 本研究开发了一种针对非小细胞肺癌转移的CCL20吸附纳米海绵，通过工程化巨噬细胞膜结合Toll样受体激动剂R848，实现精准治疗和肿瘤微环境重塑 | 首次利用单细胞RNA测序鉴定M2型肿瘤相关巨噬细胞中CCL20的关键作用，并设计出具有靶向和吸附双重功能的纳米海绵，结合免疫调节剂实现协同治疗 | 研究主要基于临床前模型，尚未进行人体临床试验；纳米海绵的长期生物安全性和大规模制备工艺仍需进一步验证 | 开发针对非小细胞肺癌转移的新型纳米治疗策略，通过调控肿瘤微环境中的趋化因子信号通路抑制肿瘤生长和转移 | 非小细胞肺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、CCL20趋化因子、工程化纳米海绵材料 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及体外和体内实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2931 | 2026-02-05 |
Macrophage-related immune responses to polyetherketoneketone bone implants: Single-cell transcriptome analysis
2025-Dec, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102257
PMID:41625371
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了钛基和聚醚酮酮（PEKK）基骨植入物引发的早期巨噬细胞免疫反应差异 | 首次在单细胞分辨率下揭示了不同骨植入材料（钛与PEKK）引发的巨噬细胞极化动态和细胞间相互作用的差异，并明确了这些差异如何影响骨整合和造血稳态 | 研究主要关注早期免疫反应，长期植入效果和临床转化潜力仍需进一步验证；体外或动物模型结果向人体应用的推广存在不确定性 | 探究PEKK作为钛替代骨植入材料时，其早期免疫反应（特别是巨噬细胞相关反应）如何影响骨整合效果 | 钛基和聚醚酮酮（PEKK）基骨植入物植入后的骨髓微环境中的巨噬细胞及其他免疫细胞 | 单细胞组学 | 骨科植入物相关 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2932 | 2026-02-05 |
FOXA1 Upregulates HILPDA to Enhance Lipid Droplet Accumulation and Anoikis Resistance in Lung Adenocarcinoma
2025-Nov-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502184RR
PMID:41246996
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研究论文 | 本研究揭示了FOXA1通过转录激活HILPDA，促进脂滴积累，从而增强肺腺癌细胞的失巢凋亡抵抗和转移潜能 | 首次阐明了FOXA1/HILPDA轴通过调控脂滴代谢介导肺腺癌失巢凋亡抵抗的具体分子机制 | 研究主要基于A549细胞系和小鼠模型，缺乏临床患者样本的直接验证 | 探究HILPDA在肺腺癌失巢凋亡抵抗中的作用及其上游调控机制 | 肺腺癌细胞系A549及其失巢凋亡抵抗变体A549-AR | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞测序、生物信息学分析、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因检测、Western blot、免疫荧光、油红O染色 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据 | 细胞系实验及小鼠异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2933 | 2026-02-05 |
Dissecting Shared Genetic Architecture of Thoracic Aortic Aneurysm and Aortic Related Traits and Identifying SplA/Ryanodine Receptor Domain and SOCS Box Containing 1 Involved in Smooth Muscle Phenotype Switching and Cell Senescence Through Alternative Splicing
2025-Nov-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502457R
PMID:41251448
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研究论文 | 本研究通过整合基因组关联研究数据，揭示了胸主动脉瘤与相关性状的共享遗传结构，并验证了SPSB1基因在平滑肌细胞表型转换和细胞衰老中的作用 | 首次通过多性状GWAS分析（MTAG和N-GWAMA）系统解析胸主动脉瘤与相关性状的共享遗传变异，并结合单细胞RNA测序验证SPSB1基因在平滑肌细胞表型转换中的关键调控作用 | 研究主要基于遗传关联分析和小鼠模型验证，在人类样本中的功能验证和临床转化仍需进一步探索 | 解析胸主动脉瘤与相关性状的共享遗传结构，并鉴定关键基因在疾病发生中的作用机制 | 胸主动脉瘤患者、小鼠模型以及平滑肌细胞 | 机器学习和基因组学 | 心血管疾病 | 全基因组关联研究（GWAS）、单细胞RNA测序、质谱分析、RNA测序 | 机器学习 | 图像、基因组数据、转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及TAA患者和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序、质谱分析、RNA测序 | NA | NA |
| 2934 | 2026-02-05 |
Unraveling the Role of PTGIR in Atrial Fibrillation: Insights From Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization
2025-Nov-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202501843RR
PMID:41292196
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，揭示了PTGIR等基因在心房颤动发病机制中的关键作用 | 首次整合单细胞测序与孟德尔随机化分析，系统鉴定心房颤动相关的成纤维细胞特异性基因及其因果关联 | 样本量相对有限，动物模型验证仍需进一步临床研究证实 | 探究心房颤动的分子机制，特别是成纤维细胞在其中的作用 | 心房颤动患者样本和对照样本，以及大鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 | NA | 单细胞转录组数据 | 47,565个细胞（来自AF和对照样本） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2935 | 2026-02-05 |
Systematic correlation analysis of human CD molecules reveals upregulated co-expression of CD58, CD63, and CD147 in patients with primary Sjögren's syndrome
2025-Oct-14, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-025-09703-9
PMID:41087625
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法系统分析了人类CD分子在免疫细胞中的表达相关性，并在原发性干燥综合征患者中验证了CD58、CD63和CD147在T细胞中的共表达上调 | 首次系统性地研究了386个蛋白编码CD分子在多种免疫细胞中的共表达和互斥表达模式，并验证了Pearson和Spearman相关性分析仅适用于共表达分析，而不适用于互斥表达分析 | 研究主要基于RNA测序数据，蛋白质水平的验证仅限于少数CD分子；样本量未在摘要中明确说明 | 揭示免疫细胞表型库的共表型和丢失表型，探索CD分子共表达与原发性干燥综合征的关联 | 人类CD4 T细胞、CD8 T细胞、B细胞、NK细胞和单核细胞 | 生物信息学 | 原发性干燥综合征 | 生物信息学分析、流式细胞术 | 相关性分析网络 | RNA测序数据、流式细胞术数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2936 | 2026-02-05 |
Drought recovery in plants triggers a cell-state-specific immune activation
2025-Aug-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63467-2
PMID:40883303
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研究论文 | 本研究通过RNA测序、单核转录组分析和空间转录组技术，揭示了植物在干旱恢复过程中细胞类型特异性免疫激活的机制 | 首次在植物干旱恢复中识别出细胞类型特异性转录状态，并发现恢复诱导的自主免疫系统激活，增强了多种植物的病原体抗性 | 研究主要基于模式植物拟南芥和番茄，可能未涵盖所有植物物种的干旱恢复机制 | 探究植物从干旱中恢复的分子机制，特别是细胞类型特异性响应和免疫激活 | 拟南芥、野生番茄和驯化番茄的叶片细胞 | 植物生物学 | NA | RNA测序、单核转录组分析、空间转录组学、MERFISH | NA | 转录组数据、空间基因表达数据 | 未明确指定样本数量，但涉及多种植物叶片细胞类型 | NA | 单核转录组分析、空间转录组学 | NA | NA |
| 2937 | 2026-02-05 |
Dissecting the heterogeneity and tumor-associated dynamics of human liver group I ILC via scRNA sequencing data
2025-Aug-23, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-025-09665-y
PMID:40848166
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研究论文 | 本研究通过整合分析小鼠和人类肝脏免疫细胞的单细胞转录组数据，鉴定了人类肝脏ILC1s，并揭示了其在肝癌微环境中的动态变化和功能异质性 | 首次在单细胞水平上系统鉴定了人类肝脏ILC1s，发现了一个兼具NK细胞和ILC1s特征的中间固有淋巴细胞亚群，并揭示了EOMES转录因子在人类与小鼠模型中的表达差异及其调控意义的变化 | 研究主要基于单细胞转录组数据，缺乏功能实验的直接验证；样本来源和数量可能限制了结论的普适性 | 探究人类肝脏I型固有淋巴细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的动态变化 | 人类和小鼠的肝脏免疫细胞，特别是I型固有淋巴细胞及其在肝细胞癌中的亚群 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及小鼠和人类肝脏免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2938 | 2026-02-05 |
SPP1 + macrophages facilitate pancreatic cancer progression via ITGB6-mediated interactions: evidence from integrated multi-omics analysis and experimental validation
2025-Jul-28, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-025-09666-x
PMID:40719841
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和实验验证，揭示了SPP1+巨噬细胞通过ITGB6介导的相互作用促进胰腺癌进展的机制 | 建立了基于基底膜相关基因的新型胰腺癌亚型分类和预后标志物，并首次在单细胞水平上描绘了肿瘤相关巨噬细胞的图谱，阐明了SPP1+巨噬细胞通过ITGB6介导的相互作用驱动肿瘤进展的新机制 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证可能受样本量限制，且机制研究集中在ITGB6，其他潜在分子通路有待进一步探索 | 探究基底膜和肿瘤相关巨噬细胞在胰腺癌进展中的作用机制，并开发预后预测模型 | 胰腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，多组学分析，机器学习算法 | LASSO，生存SVM | RNA-seq数据，单细胞RNA-seq数据 | 来自公共数据库的胰腺癌队列数据，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2939 | 2026-02-05 |
The impact of neddylation on prognosis in the immune microenvironment of neuroblastoma: a single-cell transcriptomic analysis
2025-Jul-17, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-025-09662-1
PMID:40676385
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了neddylation在神经母细胞瘤免疫微环境中的预后影响，并建立了一个neddylation相关的预后特征 | 首次在神经母细胞瘤中结合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析，构建neddylation相关预后特征，并揭示其与免疫微环境及治疗响应的关联 | 研究基于回顾性数据，需要前瞻性临床验证来确认预后特征的普遍适用性 | 评估neddylation在神经母细胞瘤预后中的作用，并开发一个相关的预后特征以指导个性化治疗 | 神经母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 单样本基因集富集分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 171,992个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2940 | 2026-02-05 |
ShinySC: An R/Shiny-based desktop application for seamless analysis of scRNA-Seq data
2025-Jul-01, Biomedical journal
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.bj.2025.100885
PMID:40609640
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研究论文 | 本文介绍了一款基于R/Shiny的桌面应用程序ShinySC，旨在通过直观的图形界面简化单细胞RNA测序数据的全面分析 | ShinySC整合了多种自动细胞类型注释方法（包括基于参考的SingleR、基于标记的ScType和scCATCH，以及基于GPT的GPTCelltype），并支持并排比较和手动标签优化，为无编程经验的用户提供了一个统一、可扩展的平台 | 分析性能受限于标准桌面系统的硬件配置（如64 GB RAM），且分析时长依赖于具体任务和注释方法，可能不适用于超大规模数据集 | 开发一个用户友好的工具，以降低单细胞RNA测序数据分析的门槛，提高可访问性和可重复性 | 单细胞RNA测序数据，包括来自PBMC和干扰素刺激数据集的示例 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 基准测试表明可处理多达200,000个细胞的数据集 | 10x Genomics, BD Biosciences | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium, BD Rhapsody | 支持多种输入格式，包括10x Genomics、BD Rhapsody、Seurat、Scanpy和CellView |