单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2921	2025-04-24	Integration of Clinical Trial Spatial Multiomics Analysis and Virtual Clinical Trials Enables Immunotherapy Response Prediction and Biomarker Discovery 2024-Aug-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0943 PMID:38861365	研究论文	通过整合临床试验空间多组学分析和虚拟临床试验，开发了一种新的计算方法来预测免疫治疗反应和发现生物标志物	开发了一种新的计算模型，用于在器官尺度上跟踪肿瘤进展，同时捕捉肝细胞癌（HCC）肿瘤的空间异质性，并结合数学建模和计算机模拟与高通量空间多组学数据	模型参数值来源于文献，并针对HCC的具体情况进行了拟合，可能存在一定的局限性	促进免疫治疗剂量方案的设计和潜在生物标志物的识别	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间多组学分析、成像质谱细胞术、Visium空间转录组学分析	空间定量系统药理学模型	空间多组学数据、空间蛋白质组学数据、空间转录组学数据	来自新辅助HCC临床试验和另一项独立抗PD1单药治疗研究的样本
2922	2025-04-24	Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria 2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601034 PMID:38979245	research paper	开发了一种名为bacterial-MERFISH的高通量空间转录组学方法，用于研究细菌中的单细胞异质性	结合1000倍体积膨胀与MERFISH技术，创建了bacterial-MERFISH方法，实现了对单个细菌内数千个操纵子的高分辨率空间分析	未提及具体的技术限制或样本量不足等问题	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌的mRNA和操纵子	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差稳健荧光杂交）	NA	图像	未明确提及具体样本数量
2923	2025-04-24	Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood 2024-Jun-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfae047 PMID:38648751	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了早期生命暴露于BDE-99会重编程肠-肝轴，促进雄性小鼠在成年后期的促炎性代谢特征	首次揭示了新生儿期BDE-99暴露对肝脏细胞类型特异性基因表达和细胞间通讯的长期影响，并阐明了肠道微生物组在维持肝脏免疫耐受中的必要性	研究仅针对雄性小鼠，未考虑性别差异；且仅关注了BDE-99这一种PBDE同系物的影响	探究新生儿期BDE-99暴露对肠-肝轴的长期影响及其机制	雄性C57BL/6小鼠	毒理学	代谢性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微生物组移植	NA	基因表达数据、微生物组数据	雄性C57BL/6小鼠幼崽（实验组和对照组）
2924	2025-04-24	Genetic lineage tracing identifies adaptive mechanisms of pancreatic islet β cells in various mouse models of diabetes with distinct age of initiation 2024-03, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2372-y PMID:37930473	research paper	该研究通过遗传谱系追踪技术，探索了不同年龄启动的糖尿病小鼠模型中胰岛β细胞的适应性机制	首次在不同年龄启动的T1D和T2D小鼠模型中系统比较了β细胞的命运转变机制，并揭示了线粒体功能、染色质修饰等关键通路在β细胞动态转变中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明糖尿病发病过程中胰岛β细胞的适应性机制	糖尿病小鼠模型的胰岛β细胞	分子生物学	糖尿病	遗传谱系追踪技术、scRNA-seq	Cre-LoxP系统	基因表达数据	多种糖尿病小鼠模型（HFD和STZ处理）
2925	2025-04-24	Identification and validation of key biomarkers and potential therapeutic targets for primary open-angle glaucoma 2023-12, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2344-5 PMID:37610681	研究论文	本研究旨在识别原发性开角型青光眼(POAG)的新型生物标志物和潜在治疗靶点	通过整合多种组学数据和单细胞RNA测序技术，筛选并验证了POAG相关的关键基因FN1、GPX3和VAV3	需要进一步研究揭示这些基因在POAG中表达变化的机制	探索POAG的发病机制并寻找潜在治疗靶点	原发性开角型青光眼(POAG)相关基因	生物信息学	青光眼	mRNA表达微阵列、scRNA-seq、PPI分析、WGCNA、qPCR	NA	基因表达数据	三个数据集(GSE27276、GSE138125、GSE148371)
2926	2025-04-24	Spatial heterogeneity of bone marrow endothelial cells unveils a distinct subtype in the epiphysis 2023-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-023-01240-7 PMID:37798545	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了骨髓内皮细胞的空间异质性，并鉴定了一种仅存在于骨骺的毛细血管亚型——S型（次级骨化）内皮细胞	首次定义了骨髓内皮细胞的空间异质性，发现并表征了骨骺特异性S型内皮细胞亚型，揭示了其通过分泌I型胶原蛋白促进骨强度获取的非典型功能	未探讨S型内皮细胞与其他骨髓微环境组分的相互作用机制	解析骨髓内皮细胞的异质性及其在骨骼和造血发育中的作用	骨髓内皮细胞（BMECs）	单细胞生物学	骨骼疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（骨髓内皮细胞）
2927	2025-04-23	scCorrect: Cross-modality label transfer from scRNA-seq to scATAC-seq using domain adaptation 2025-Jul, Analytical biochemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.ab.2025.115847 PMID:40154828	研究论文	提出了一种名为scCorrect的新型神经网络框架，用于从scRNA-seq到scATAC-seq的跨模态标签转移，以提高细胞类型注释的准确性	scCorrect通过两个阶段的操作解决了scRNA-seq和scATAC-seq数据之间的模态差异问题，包括数据对齐阶段和纠正网络训练阶段	未明确提及具体局限性，但可能包括对数据质量和规模的依赖	提高单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq)中的细胞类型注释准确性	scRNA-seq和scATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	神经网络	单细胞测序数据	多个数据集（未明确提及具体数量）
2928	2025-04-23	Ifosfamide alleviates autoimmune toxicity and enhances antitumor efficacy in melanoma immunotherapy 2025-Jun, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2025.116851 PMID:40081767	研究论文	研究探讨了异环磷酰胺（IFO）在减轻自身免疫毒性及增强黑色素瘤免疫治疗效果中的作用	首次揭示了IFO在自身免疫条件下的广泛抑制作用及对Th17/Treg平衡的恢复作用，同时发现IFO能增强CD8 T细胞的活化和细胞毒性免疫反应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	开发管理免疫相关不良事件（irAEs）的新策略，并增强免疫检查点抑制剂（ICI）的疗效	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型及荷瘤小鼠	免疫治疗	黑色素瘤	单细胞RNA测序	EAU小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
2929	2025-04-23	Multi-omics integration and machine learning identify and validate neutrophil extracellular trap-associated gene signatures in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110473 PMID:40089249	研究论文	本研究旨在探索慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中中性粒细胞胞外陷阱（NETs）的分子特征，并鉴定相关基因标志物	通过多组学整合和机器学习方法鉴定了三个与NETs相关的核心基因（CXCR4、CYBB和PTAFR），并验证了它们在CRSwNP中的诊断价值和临床相关性	NA	探索CRSwNP中NETs的分子特征，寻找新的生物标志物和治疗靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者	机器学习	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	多中心数据验证
2930	2025-04-23	Convergent musk biosynthesis across host and microbiota in musk deer and muskrat 2025-May-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.094 PMID:40259731	研究论文	本研究通过整合多组学方法，揭示了森林麝鼠和麝鼠在麝香生物合成中的多层次趋同现象	发现了环十五酮作为两种动物麝香中的共享关键代谢前体，揭示了从分子途径到微生物群落的趋同特征	未探讨其他可能参与麝香生物合成的潜在代谢途径	探究哺乳动物化学通讯中麝香生物合成的趋同机制	森林麝鼠和麝鼠的麝香分泌腺体	生物化学	NA	多组学方法、单细胞RNA测序、宏基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	两种动物的麝香腺体组织样本
2931	2025-04-23	Deciphering aging-associated prognosis and heterogeneity in gastric cancer through a machine learning-driven approach 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112316 PMID:40256325	research paper	该研究通过机器学习方法建立了一个与衰老相关的指数（AAI），用于分层胃癌患者，并揭示了AAI与预后、化疗和免疫治疗反应的关系	使用机器学习构建衰老相关指数（AAI）来分层胃癌患者，并识别了两种不同的分子亚型及其潜在治疗靶点	研究未涉及AAI在其他癌症类型中的适用性，且样本来源和数量未明确说明	探索衰老在胃癌预后和异质性中的作用，并开发相关预测工具	胃癌患者及其肿瘤微环境	machine learning	gastric cancer	单细胞转录组分析	机器学习模型（未具体说明）	基因表达数据	NA
2932	2025-04-23	Classic Hodgkin lymphoma: Pathobiological features that impact emerging therapies 2025-May, Blood reviews IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.blre.2025.101271 PMID:39904647	综述	本文综述了经典霍奇金淋巴瘤（cHL）的病理生物学特征及其对新兴疗法的影响	探讨了HRS细胞的分子机制及其对免疫检查点抑制剂和抗体-药物偶联物等新兴疗法的影响	cHL的异质性以及HRS细胞及其周围肿瘤微环境的复杂生物学特性带来的挑战	探讨经典霍奇金淋巴瘤的病理生物学特征及其对治疗策略的影响	经典霍奇金淋巴瘤中的Hodgkin Reed-Sternberg（HRS）细胞	NA	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序和循环肿瘤DNA分析	NA	NA	NA
2933	2025-04-23	Integrating Mendelian Randomization With Single-Cell Sequencing Data Reveals the Causal Effect and Related Mechanisms of Smoking on Parkinson's Disease 2025-Apr-22, Nicotine & tobacco research : official journal of the Society for Research on Nicotine and Tobacco IF:3.0Q2 DOI:10.1093/ntr/ntae180 PMID:39030896	research paper	本研究通过整合孟德尔随机化和单细胞测序数据，探讨吸烟对帕金森病的因果效应及其相关机制	结合孟德尔随机化和单细胞测序技术，首次从遗传学角度验证吸烟与帕金森病的因果关系，并识别相关基因和信号通路	样本来源仅限于公开数据库，未进行实验验证	探究吸烟对帕金森病的因果效应及其分子机制	帕金森病患者与对照组的基因组数据和单细胞测序数据	生物信息学	帕金森病	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、单细胞测序数据	来自OpenGWAS数据库的吸烟(ukb-b-6244)和帕金森病(ieu-b-7)全基因组关联研究汇总数据，以及GSE7621和GSE184950数据集
2934	2025-04-23	Coordinated regulation of self-renewal and cell cycle during human lympho-myeloid lineage restriction 2025-Apr-21, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026936 PMID:40258184	研究论文	本文描述了支持早期B淋巴细胞分化的大量和克隆培养系统的开发，并用于阐明从具有淋巴-髓系有限潜能的CD34+人类脐带血细胞亚群初始限制过程中伴随的生物学和分子变化	开发了一种新型培养系统，支持早期人类淋巴样分化，揭示了增殖控制的共享机制以及B和NM谱系限制过程中持续的生物学和转录异质性	NA	阐明人类淋巴-髓系限制过程中自我更新和细胞周期的协调调控机制	CD34+人类脐带血细胞亚群	细胞生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	CD34+人类脐带血细胞亚群
2935	2025-04-23	Spatial transcriptomics study of Castleman disease 2025-Apr-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06456-9 PMID:40253346	research paper	利用空间转录组学技术研究Castleman病的发病机制	首次应用空间转录组学技术探索Castleman病的细胞异质性和细胞间通讯	样本量较小（仅3例CD患者和1例正常淋巴结）	探索Castleman病的潜在发病机制	Castleman病患者的淋巴结组织	digital pathology	Castleman disease	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	3例CD患者和1例正常淋巴结的FFPE样本
2936	2025-04-23	Endoplasmic reticulum stress related super-enhancers suppress cuproptosis via glycolysis reprogramming in lung adenocarcinoma 2025-Apr-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07613-0 PMID:40253387	研究论文	本研究探讨了内质网应激相关的超级增强子通过糖酵解重编程抑制铜死亡在肺腺癌中的作用	揭示了XBP1s通过形成超级增强子影响铜死亡的新机制，并提出了铜离子载体和XBP1s作为治疗响应的潜在生物标志物的临床价值	研究主要基于小鼠异种移植模型，尚未在人体临床试验中验证	探究肺腺癌中铜死亡的分子机制及其调控途径	肺腺癌细胞和小鼠异种移植模型	分子生物学	肺腺癌	单细胞RNA测序、CUT&Tag-seq、染色体构象捕获(3C)实验	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	未明确说明样本数量，但涉及肺腺癌细胞和小鼠模型
2937	2025-04-23	An organ-wide spatiotemporal transcriptomic and cellular atlas of the regenerating zebrafish heart 2025-Apr-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59070-0 PMID:40253397	research paper	该研究通过整合空间转录组学（Stereo-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了斑马鱼心脏再生过程中的时空分子和细胞图谱	首次生成了斑马鱼心脏再生过程的时空分子和细胞图谱，揭示了心肌细胞状态级联变化及tpm4a在心肌细胞再分化中的潜在作用，并发现了再生心脏特有的ifrd1和atp6ap2基因激活特征	研究主要针对斑马鱼模型，其发现对人类心脏再生的直接应用可能存在限制	理解脊椎动物心脏再生的分子和细胞机制	斑马鱼再生心脏	digital pathology	cardiovascular disease	Stereo-seq, scRNA-seq	NA	spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data	569,896个细胞/位点（来自36个scRNA-seq文库和224个Stereo-seq切片）
2938	2025-04-23	Single-cell RNA sequencing reveals key signaling pathways and biological functions in giant cell tumors of bone 2025-Apr-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02353-1 PMID:40253574	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨巨细胞瘤的关键信号通路和生物学功能	首次应用单细胞RNA测序技术解析骨巨细胞瘤的分子机制，并发现SPP1信号通路在肿瘤微环境中的重要作用	研究结果可能受限于样本数量和肿瘤异质性，且功能验证实验不足	探究骨巨细胞瘤的分子机制以改进治疗方案	骨巨细胞瘤（GCTB）及其微环境中的多种细胞类型	digital pathology	骨巨细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
2939	2025-04-23	Single cell transcriptome profiling of immune tissues from germ-free and specific pathogen-free piglet 2025-Apr-18, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04957-2 PMID:40251240	research paper	利用单细胞RNA测序技术分析无菌和特定病原体自由猪仔免疫组织的转录组图谱	首次提供了无菌和特定病原体自由猪仔免疫组织的单细胞转录组数据集，为微生物-宿主免疫调控研究提供了宝贵资源	研究仅针对猪仔模型，结果可能不完全适用于人类	探究共生微生物对宿主免疫系统发育和功能的影响	无菌(GF)和特定病原体自由(SPF)猪仔的免疫组织细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	57,720个细胞(来自派尔集合淋巴结、肠系膜淋巴结和脾脏)
2940	2025-04-23	Single cell RNA sequencing after moderate traumatic brain injury: effects of therapeutic hypothermia 2025-Apr-18, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03430-6 PMID:40251570	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了中度创伤性脑损伤后治疗性低温对多种细胞类型特异性转录反应的影响	首次在创伤性脑损伤模型中应用单细胞RNA测序技术，揭示了治疗性低温对神经胶质细胞和血管细胞亚型的特异性调控作用	研究仅观察了损伤后24小时内的早期反应，未评估长期治疗效果	探究治疗性低温对创伤性脑损伤后细胞特异性转录反应的影响	C57BL/6小鼠的脑皮质组织	数字病理学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	实验组和对照组的C57BL/6小鼠脑组织样本