单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2901	2025-04-01	Integrated Spheroid-to-Population Framework for Evaluating PFHpA-Associated Metabolic Dysfunction and Steatotic Liver Disease 2025-Mar-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5960979/v1 PMID:40092438	研究论文	本研究旨在通过整合人类流行病学数据和体外实验结果，探讨短链全氟烷基物质PFHpA对代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)发展的影响	首次建立从3D肝球体到人群研究的整合框架来评估PFHpA的肝毒性机制，并应用LUCID模型分析暴露-组学特征-疾病风险的关联	研究主要基于肥胖青少年队列，结果可能不适用于普通人群	阐明PFHpA在MASLD发病中的作用机制	接受减重手术的肥胖青少年队列和3D人肝球体模型	NA	脂肪性肝病	单细胞转录组学、多组学整合分析、LUCID模型	LUCID	血浆样本、肝脏活检组织、单细胞转录组数据、蛋白质组和代谢组数据	Teen-LABS队列中的肥胖青少年(具体人数未明确说明)和3D人肝球体模型
2902	2025-04-01	The Spatial Transcriptomic Atlas of Human Limbus and Vital Niche Microenvironment Regulating the Fate of Limbal Epithelial Stem Cells 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.52 PMID:40131296	研究论文	本研究利用空间转录组技术生成人类角膜缘的空间图谱，揭示角膜缘上皮干细胞（LESCs）与微环境之间的深层相互作用	首次绘制人类角膜缘的空间转录组图谱，发现GPHB5可能是LESCs的新潜在生物标志物，并揭示了COL6A2/CD44信号在细胞间双向通讯中的关键作用	样本量相对较小，仅分析了有限数量的样本	揭示角膜缘微环境对LESCs命运的调控机制	人类角膜缘组织及角膜缘上皮干细胞（LESCs）	空间转录组学	角膜疾病	空间转录组技术、单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	每个样本分析超过400个位点
2903	2025-04-01	A functional single-cell metabolic survey identifies Elovl1 as a target to enhance CD8+ T cell fitness in solid tumours 2025-Mar, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-025-01233-w PMID:40065102	研究论文	通过CRISPR/Cas9代谢调查和单细胞RNA测序，研究发现Elovl1是增强CD8+ T细胞在实体瘤中适应性的代谢靶点	首次通过单细胞代谢调查识别Elovl1作为增强CD8+ T细胞效应的代谢靶点，并揭示其与抗PD-1治疗的协同作用	研究主要聚焦于胰腺癌和黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚待验证	探索通过代谢重编程增强CD8+ T细胞在实体瘤中的适应性和治疗效果	CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌, 黑色素瘤	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
2904	2025-04-01	Comprehensive Analysis of Uric Acid and Myasthenia Gravis: IGF1R as a Protective Factor and Potential Therapeutic Target 2025-Mar, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70361 PMID:40152081	research paper	该研究通过荟萃分析、孟德尔随机化和生物信息学方法，探讨了尿酸与重症肌无力（MG）的关系，并确定了IGF1R作为潜在的治疗靶点	首次揭示了低尿酸水平与MG的关联，并发现IGF1R在MG中的保护作用及其作为治疗靶点的潜力	研究依赖于公共数据集和临床中心的患者数据，可能存在样本选择偏差	探讨尿酸与MG的关系及其潜在机制，寻找MG的治疗靶点	重症肌无力（MG）患者	生物信息学	重症肌无力	荟萃分析、孟德尔随机化、生物信息学分析、虚拟筛选、分子对接	NA	基因表达数据、临床数据	公共数据集（TCGA、GEO）和临床中心的MG患者数据
2905	2025-04-01	CellGAT: A GAT-Based Method for Constructing a Cell Communication Network Integrating Multiomics Information 2025-Feb-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030342 PMID:40149878	研究论文	提出了一种基于GAT的方法CellGAT，用于构建整合多组学信息的细胞通讯网络	整合了配体-受体对基因表达数据、蛋白质相互作用信息、蛋白质复合物数据和实验验证的通路信息，使用图注意力网络构建细胞通讯网络	未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制	提高细胞间通讯预测的准确性	细胞间通讯网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	GAT	基因表达数据	NA
2906	2025-02-28	Publisher Correction: Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90745-2 PMID:40011623	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2907	2025-04-01	VPS25 Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Feb-22, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030323 PMID:40149859	研究论文	本文研究了VPS25在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中促进免疫抑制微环境的作用及其临床意义	揭示了VPS25通过上调PVR表达激活PVR-TIGIT信号轴促进免疫逃逸的新机制，并首次提出VPS25作为免疫治疗反应的预测生物标志物	研究主要基于TCGA数据集和体外实验，需要更多临床样本验证	探究ESCRT机器成员VPS25在HNSCC肿瘤进展和免疫微环境调控中的作用	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)组织和CAL27细胞系	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	RNA-seq、单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学	NA	基因表达数据、组织微阵列、单细胞数据	TCGA数据集和HNSCC组织微阵列(具体数量未明确说明)
2908	2025-04-01	A Complete Spatial Map of Mouse Retinal Ganglion Cells Reveals Density and Gene Expression Specializations 2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637538 PMID:39990332	research paper	研究通过空间转录组学和机器学习技术，全面绘制了小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）亚型的空间分布图	首次全面揭示了小鼠视网膜神经节细胞亚型的空间分布及其基因表达的空间变异，特别是与天空视觉和ART区域相关的特异性分布	研究结果与灵长类动物黄斑区的基因表达相关性有限，提示小鼠与灵长类中央视觉的特化可能存在差异	探索小鼠视网膜神经节细胞亚型的空间分布及其基因表达的空间变异	小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）	空间转录组学	NA	en-face cryosectioning, 空间转录组学, 机器学习	NA	基因表达数据	NA
2909	2025-04-01	UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing 2025-Jan-20, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02586-y PMID:39833568	research paper	介绍了一种名为UDA-seq的通用工作流程，用于大规模多模态单细胞测序	UDA-seq通过整合后索引步骤提高了通量，并系统性地适应了现有的基于液滴的单细胞多模态方法	需要进一步验证其在更广泛的组织和细胞类型中的适用性	开发一种通用的单细胞多模态测序方法，以提高通量和自动化潜力	各种组织和细胞类型，包括临床活检标本	digital pathology	cancer	droplet microfluidics, single-cell combinatorial indexing sequencing	NA	single-cell multimodal data	超过100,000个高质量单细胞数据集，来自36个冷冻临床活检标本
2910	2025-04-01	Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes 2025-01-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85169-x PMID:39762337	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小耳症软骨细胞中的线粒体功能障碍	首次在小耳症软骨细胞中发现线粒体功能障碍，并识别出与线粒体功能相关的关键基因	研究样本仅限于单侧非综合征性小耳症患者，结果可能不适用于其他类型的小耳症	探究小耳症软骨细胞中线粒体功能障碍的机制	小耳症患者和健康对照者的软骨细胞	数字病理学	小耳症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	小耳症患者和健康对照者的软骨样本
2911	2025-04-01	Spatial transcriptomics unveils estrogen-modulated immune responses and structural alterations in the ectocervical mucosa of depot medroxyprogesterone acetate users 2025-01-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83775-9 PMID:39762272	研究论文	本研究利用高分辨率空间转录组学技术，揭示了使用长效醋酸甲羟孕酮（DMPA）避孕药后，宫颈黏膜中雌激素调节的免疫反应和结构变化	首次应用空间转录组学技术揭示DMPA使用者的宫颈黏膜分子标记的空间定位及其与雌激素调控的关联	研究样本来自肯尼亚性工作者，可能限制了结果的普遍性	探究DMPA对宫颈黏膜屏障功能的影响及其分子机制	使用DMPA或非激素避孕药的肯尼亚性工作者的宫颈组织样本	数字病理学	妇科疾病	空间转录组学、基因集富集分析、免疫组化	无监督聚类	基因表达数据、免疫组化图像	来自肯尼亚性工作者的宫颈组织样本（具体数量未明确提及）
2912	2025-04-01	Integrated analysis and single-cell sequencing of mitochondrial metabolism related gene molecular subtype and diagnostic model in ulcerative colitis 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0320010 PMID:40153427	研究论文	通过公共数据库数据和单细胞测序技术，研究线粒体代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的分子亚型和诊断模型	首次结合机器学习和单细胞测序技术，系统分析线粒体代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的作用及其分子亚型	研究依赖于公共数据库数据，可能受限于数据的质量和样本量	探索溃疡性结肠炎的发病机制和潜在生物标志物	溃疡性结肠炎患者	生物信息学	溃疡性结肠炎	单细胞测序、qRT-PCR、western blot	机器学习模型	基因表达数据	NA
2913	2025-04-01	Single-cell transcriptomes and chromatin accessibility of endothelial cells unravel transcription factors associated with dysregulated angiogenesis in systemic sclerosis 2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-225415 PMID:38754983	research paper	通过单细胞转录组和染色质可及性分析，研究系统性硬化症中内皮细胞的转录因子与血管生成失调的关系	揭示了系统性硬化症内皮细胞的转录和染色质变化，提出ELK4、ERF和ETS1作为治疗血管并发症的新靶点	研究主要基于单细胞测序数据，需要进一步的体内实验验证	探究系统性硬化症中内皮细胞转录组和表观基因组的变化及其在血管病变中的作用	系统性硬化症患者和对照的内皮细胞	digital pathology	systemic sclerosis	single-cell RNA sequencing, single-nucleus transposase-accessible chromatin sequencing, immunofluorescent staining, proteomics assay	NA	transcriptomic data, chromatin accessibility data	未明确提及样本数量，但包括对照组和系统性硬化症患者的内皮细胞
2914	2025-04-01	Multimodal contrastive learning for spatial gene expression prediction using histology images 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae551 PMID:39471412	研究论文	提出了一种名为mclSTExp的多模态对比学习方法，用于利用组织学图像预测空间基因表达	结合Transformer和Densenet-121编码器，通过自注意力机制整合基因表达的空间上下文信息，并利用对比学习融合图像特征，提升了预测性能	未提及具体的技术局限性	开发一种成本效益高的方法，利用H&E染色图像预测空间基因表达，以克服空间转录组技术的高成本问题	乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集中的高度可变基因	数字病理学	乳腺癌, 皮肤鳞状细胞癌	空间转录组学(ST), 对比学习	Transformer, Densenet-121	图像, 基因表达数据	两个乳腺癌数据集和一个皮肤鳞状细胞癌数据集
2915	2025-04-01	Preexisting Skin-Resident CD8 and γδ T-cell Circuits Mediate Immune Response in Merkel Cell Carcinoma and Predict Immunotherapy Efficacy 2024-Sep-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0798 PMID:39058036	研究论文	该研究通过整合大量和单细胞RNA测序以及空间转录组学数据，揭示了默克尔细胞癌（MCC）中预先存在的皮肤驻留CD8和γδ T细胞回路对免疫检查点阻断（ICB）治疗反应的预测作用	发现了CD8 Trm和Vδ1 T细胞作为ICB反应的可临床操作的生物标志物，并揭示了它们在MCC中的功能趋同和克隆扩增	样本量虽然较大（n=116），但仍需更多独立队列验证这些发现	识别预测MCC对ICB治疗反应的生物标志物和治疗靶点	默克尔细胞癌（MCC）患者	肿瘤免疫学	默克尔细胞癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	116名患者的186个样本，包括14对ICB治疗前后的匹配样本
2916	2025-04-01	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1 PMID:38978567	研究论文	开发了一种名为TACIT的无监督算法，用于空间生物学中的细胞类型和状态注释	TACIT是一种无需训练数据的无监督算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学检测中的模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态注释的耗时和易出错问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学检测、空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	多组学数据	五个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）来自三个生态位（脑、肠、腺体）
2917	2025-04-01	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596861 PMID:38895230	研究论文	本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据即可识别细胞类型和状态	开发了TACIT算法，无需训练数据即可进行细胞注释，并通过多组学分析识别模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和错误率问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学分析	无监督算法	空间转录组学和蛋白质组学数据	5个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）
2918	2025-04-01	Gsα Regulates Macrophage Foam Cell Formation During Atherosclerosis 2024-Mar-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323156 PMID:38375634	研究论文	本研究探讨了Gsα在动脉粥样硬化过程中对巨噬细胞泡沫细胞形成的调控作用	揭示了Gsα通过激活cAMP反应元件结合蛋白的转录活性，增加CD36和SR-A1的表达，从而促进脂质摄取和泡沫细胞形成的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证	阐明Gsα在动脉粥样硬化发展中的具体作用机制	巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞测序、批量测序、免疫荧光、cAMP测量、骨髓移植、染色质免疫沉淀、荧光素酶报告基因检测	巨噬细胞特异性Gsα敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质活性数据、影像数据	小鼠模型和人类斑块巨噬细胞样本
2919	2025-04-01	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2024-Jan-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44210-1 PMID:38191471	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺癌进展中肿瘤微环境内间充质细胞的分子变化及其作用	识别了八个具有跨物种一致性的间质细胞亚群，并发现晚期小鼠疾病中的间质特征与人类骨转移相似，揭示了periostin在侵袭和分化中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明前列腺癌进展中肿瘤微环境间充质细胞的具体作用	前列腺癌肿瘤微环境中的间充质细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	遗传工程小鼠模型(GEMMs)	RNA-seq数据	四个遗传工程小鼠模型及对应人类肿瘤样本
2920	2025-04-01	Cell-type-specific aging clocks to quantify aging and rejuvenation in neurogenic regions of the brain 2023-01, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-022-00335-4 PMID:37118510	研究论文	本研究开发了基于单细胞转录组学的细胞类型特异性衰老时钟，用于量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化	首次从单细胞转录组数据开发高分辨率衰老时钟，并应用于量化转录组年轻化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证	量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化过程	小鼠大脑室下区神经发生区域的细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	基于单细胞的回归模型	单细胞转录组数据	28只不同年龄的小鼠