单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2901	2025-04-09	Fasting-mimicking diet-enriched Bifidobacterium pseudolongum suppresses colorectal cancer by inducing memory CD8+ T cells 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333020 PMID:39870395	研究论文	本研究探讨了模拟禁食饮食(FMD)通过调节肠道微生物群抑制结直肠癌(CRC)的机制，并发现Bifidobacterium pseudolongum及其代谢产物L-精氨酸在增强CD8+ T细胞记忆功能中的关键作用	首次揭示了B. pseudolongum通过产生L-精氨酸促进CD8+ T细胞分化为记忆细胞，从而增强FMD抗肿瘤效应的分子机制	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床研究验证	探究FMD通过调节肠道微生物群保护免受CRC的机制	结直肠癌小鼠模型和CRC患者	肿瘤免疫学	结直肠癌	粪便宏基因组测序、单细胞RNA测序、多色流式细胞术、代谢组学分析	正交小鼠CRC模型	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	小鼠模型和有限数量的CRC患者样本
2902	2025-04-09	Exploring and validating the marmoset as a primate model for chromosomal instability in early development 2025-Apr-07, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf012 PMID:40193493	research paper	本研究探索并验证了狨猴作为灵长类动物模型在研究早期发育中染色体不稳定性（CIN）的适用性	首次将狨猴确立为研究非整倍体的合适模型，并建立了具有内在染色体不稳定性的naïve-like狨猴多能干细胞系（cjPSCs）	研究结果主要基于体外实验，体内验证仍需进一步研究	探索早期发育中染色体不稳定性的分子机制	狨猴胚胎细胞和naïve-like狨猴多能干细胞系（cjPSCs）	developmental biology	early miscarriage	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	狨猴胚胎细胞和cjPSCs
2903	2025-04-09	Microglia heterogeneity, modeling and cell-state annotation in development and neurodegeneration 2025-Apr-07, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01931-4 PMID:40195564	综述	本文综述了当前对小胶质细胞转录异质性的理解，并概述了小鼠和人类小胶质细胞在发育、神经退行性疾病、性别和中枢神经系统区域方面的多样性	提供了基于基因表达的小胶质细胞状态注释工具和建议，以及先进技术和模型系统的见解	NA	探讨小胶质细胞在健康和疾病中的转录异质性及其功能动态	小鼠和人类的小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2904	2025-04-09	Multi-omics analysis identifies DLX4 as a novel biomarker for diagnosis, prognosis, and immune infiltration: from pan-cancer to renal cancer 2025-Apr-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02258-z PMID:40186710	研究论文	通过多组学分析，探讨DLX4在泛癌及肾癌中的诊断、预后及免疫浸润作用	首次全面分析DLX4在泛癌中的分子机制，特别是在肾透明细胞癌中的作用，并验证其作为生物标志物的潜力	研究主要基于数据库分析，实验验证部分仅限于肾癌组织	探究DLX4在癌症中的分子机制及其作为生物标志物的潜力	泛癌及肾透明细胞癌（KIRC）	生物信息学	肾癌	多组学分析、Spatial Transcriptomics、RT-PCR、免疫组化	NA	基因表达数据、突变数据、甲基化数据、免疫浸润数据	26种癌症类型的数据及肾癌组织样本
2905	2025-04-09	Multi-omics insights into the roles of CCNB1, PLK1, and HPSE in breast cancer progression: implications for prognosis and immunotherapy 2025-Apr-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02282-z PMID:40186712	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌进展中的作用及其对预后和免疫治疗的潜在影响	首次整合转录组学、蛋白质组学、DNA甲基化分析、免疫浸润分析和单细胞RNA测序，全面解析CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌中的功能机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	阐明CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌进展中的分子机制及其临床意义	乳腺癌患者样本及体外培养的乳腺癌细胞	数字病理	乳腺癌	转录组学、蛋白质组学、DNA甲基化分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序、siRNA敲降	NA	基因表达数据、蛋白质数据、甲基化数据、单细胞测序数据	未明确说明样本数量，涉及乳腺癌患者肿瘤样本和体外细胞系
2906	2025-04-09	Large-scale bulk and single-cell RNA sequencing combined with machine learning reveals glioblastoma-associated neutrophil heterogeneity and establishes a VEGFA+ neutrophil prognostic model 2025-Apr-05, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00640-z PMID:40188324	研究论文	通过大规模单细胞RNA测序和机器学习揭示了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的异质性，并建立了一个VEGFA+中性粒细胞预后模型	首次详细分析了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的亚群，并开发了一个新的风险模型VNRS，其准确性高于现有模型	研究仅基于IDH野生型胶质母细胞瘤样本，可能不适用于其他类型	研究胶质母细胞瘤微环境中中性粒细胞的作用及其亚群特征	胶质母细胞瘤相关中性粒细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq, 机器学习	VNRS模型	RNA测序数据	127个IDH野生型胶质母细胞瘤样本，498,747个细胞，其中5,032个中性粒细胞
2907	2025-04-09	Single-cell sequencing exposes mast cell-derived CD52's anti-tumor action in breast cancer through the IL-6/JAK/STAT3 axis 2025-Apr-05, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142879 PMID:40194575	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了肥大细胞来源的CD52通过IL-6/JAK/STAT3轴在乳腺癌中的抗肿瘤作用	发现肥大细胞相关基因（特别是CD52）在三阴性乳腺癌预后中的关键作用，并证实CD52通过调控IL-6/JAK/STAT3信号通路发挥抗肿瘤效应	未明确说明样本量大小及实验设计的潜在局限性	探索三阴性乳腺癌（TNBC）患者对免疫疗法反应不佳的预后因素及潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）患者及乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2908	2025-04-09	Spatial transcriptomics of the aging mouse brain reveals origins of inflammation in the white matter 2025-Apr-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58466-2 PMID:40185750	研究论文	通过空间转录组学技术研究年轻、中年和老年小鼠大脑的分子变化，揭示了白质纤维束是炎症的焦点	首次在自然衰老的小鼠大脑中，利用空间转录组学技术对三个年龄组和两种性别进行了全面的转录组特征分析，并确定了白质纤维束是炎症的主要发生区域	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	系统理解年龄诱导的分子变化，特别是大脑衰老过程中的炎症反应	年轻、中年和老年小鼠的大脑	空间转录组学	老年疾病	空间转录组学、免疫荧光、定量MRI分析	NA	转录组数据、图像数据	三个年龄组和两种性别的小鼠大脑样本
2909	2025-04-09	Partially characterized topology guides reliable anchor-free scRNA-integration 2025-Apr-04, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07988-y PMID:40185996	研究论文	提出了一种名为scCRAFT的自编码器模型，用于可靠的多批次单细胞RNA测序数据整合	scCRAFT通过创新的双分辨率三元组损失来保留批次内的异质性，有效解决了领域适应损失在异质细胞分布中的过校正问题	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决单细胞RNA测序数据批次整合中的可靠性和异质性保留问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	自编码器	基因表达数据	NA
2910	2025-04-09	Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1070 PMID:39724973	研究论文	本研究通过实验性过敏小鼠模型探讨了食管上皮IKKβ/NF-κB信号在嗜酸性食管炎(EoE)发病机制中的作用	首次在食管上皮细胞条件性敲除Ikkβ的小鼠模型中揭示IKKβ信号缺失加剧EoE发病的机制	研究仅使用小鼠模型，需进一步验证人类EoE患者的类似机制	阐明食管上皮IKKβ/NF-κB信号通路在EoE发病中的作用	条件性敲除Ikkβ的食管上皮细胞小鼠模型	病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明数量的IkkβEEC-KO小鼠
2911	2025-04-09	Aspartame increases the risk of liver cancer through CASP1 protein: A comprehensive network analysis insights 2025-Apr-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118089 PMID:40139029	research paper	本研究通过综合网络毒理学、孟德尔随机化、分子动力学和单细胞RNA测序分析，系统探讨了阿斯巴甜对肝脏的潜在致癌风险及其机制	首次将网络毒理学、孟德尔随机化、分子动力学和单细胞RNA测序技术结合，系统研究阿斯巴甜的致癌机制，并发现CASP1蛋白是其关键作用靶点	研究结果需要后续实验验证，且样本来源和数量未明确说明	评估阿斯巴甜的潜在致癌风险并探索其分子机制	阿斯巴甜及其对肝脏的毒性作用	network toxicology	liver cancer	network toxicology, mendelian randomization, molecular dynamics, single-cell RNA sequencing	NA	molecular interaction data, genetic data, single-cell transcriptomics data	NA
2912	2025-04-09	In Situ Graphene-Seq: Spatial Transcriptomics and Chronic Electrophysiological Characterization of Tissue Microenvironments 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.25.645278 PMID:40196689	研究论文	本研究介绍了一种名为原位石墨烯测序（graphene-seq）的新型平台，该平台将慢性电生理学与基于成像的空间分辨3D转录组学无缝整合，以克服当前多模态方法的长期限制	开发了一种独特的平台，首次将慢性电生理学与空间分辨3D转录组学无缝整合，提供了对细胞微环境的全面多模态分析	NA	研究细胞功能与分子身份之间复杂的相互作用，以及组织微环境如何塑造细胞行为和分子状态	人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞和内皮细胞共培养物	生物医学工程	NA	原位石墨烯测序（graphene-seq），慢性电生理学，成像为基础的空间分辨3D转录组学	NA	电生理记录，光学成像，基因表达数据	NA
2913	2025-04-09	Lignature: A Comprehensive Database of Ligand Signatures to Predict Cell-Cell Communication 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.22.644770 PMID:40196598	研究论文	本文介绍了Lignature，一个包含362种人类配体的细胞内转录组特征的综合数据库，用于预测细胞间通讯	Lignature显著扩展了具有可用细胞内反应特征的配体库，并提供了基因和通路水平的特征	NA	开发一个全面的配体特征数据库，以预测配体-受体相互作用	人类配体的转录组特征	生物信息学	NA	转录组数据分析	NA	转录组数据	362种人类配体
2914	2025-04-09	Streptococcus lutetiensis inhibits CD8+ IL17A+ TRM cells and leads to gastric cancer progression and poor prognosis 2025-Feb-09, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00810-2 PMID:39924593	research paper	研究揭示了胃微生物群中Streptococcus lutetiensis通过抑制IL17信号和减少CD8IL17A组织驻留记忆T细胞的数量，促进胃癌进展的机制	首次发现Streptococcus lutetiensis在胃癌组织中的富集及其通过Nrf2介导的氧化应激反应抑制抗肿瘤免疫的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的临床验证仍需进一步研究	探究胃微生物群对胃癌进展及免疫调控的影响	胃癌患者的肿瘤组织和小鼠模型	肿瘤免疫学	胃癌	16s rRNA测序和单细胞RNA测序	小鼠模型	基因测序数据和流式细胞术数据	胃癌患者的肿瘤组织样本和小鼠模型
2915	2025-04-09	Leveraging programmed cell death patterns to predict prognosis and therapeutic sensitivity in OSCC 2025-Feb, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15139 PMID:39315471	研究论文	该研究整合了12种程序性细胞死亡（PCD）模式，构建了一个新的生物标志物——细胞死亡指数（CDI），用于口腔鳞状细胞癌（OSCC）的预后评估和治疗预测	首次整合多种PCD模式构建CDI，并验证其在OSCC预后和治疗预测中的有效性	研究结果需要在更大规模的临床队列中进行验证	开发新的生物标志物以预测OSCC的预后和治疗敏感性	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归分析	基因表达数据	多个独立患者队列
2916	2025-04-09	Applications of Nanotechnology for Spatial Omics: Biological Structures and Functions at Nanoscale Resolution 2025-01-14, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c11505 PMID:39704725	综述	本文综述了纳米技术在空间组学中的应用，特别是在纳米尺度分辨率下研究生物结构和功能	探讨了纳米技术如何克服传统空间组学方法的局限性，提高分辨率和通量	未具体提及研究的样本量或实验验证的详细数据	综述纳米技术在空间组学中的应用及其对提高分辨率和通量的贡献	生物分子（核酸、蛋白质、脂质和代谢物）在组织或细胞中的分布	空间组学	NA	超分辨率显微镜、质谱成像、微流控芯片、DNA条形码	NA	空间图像	NA
2917	2025-04-09	Transcriptomics in the Study of Antiviral Innate Immunity 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4108-8_10 PMID:39192121	研究论文	本章介绍了多种转录组学技术在抗病毒天然免疫中的应用、意义及实验流程	介绍了单细胞测序和空间转录组学等新兴技术在抗病毒天然免疫研究中的应用	NA	探讨转录组学技术在抗病毒天然免疫研究中的应用	抗病毒天然免疫	分子生物学	NA	微阵列、RNA测序、单细胞测序、空间转录组学	NA	RNA分子	NA
2918	2025-04-09	Tcf21 as a founder transcription factor in specifying Foxd1 cells to the juxtaglomerular cell lineage 2025-Jan-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00235.2024 PMID:39589156	research paper	该研究探讨了转录因子Tcf21在Foxd1祖细胞向肾小球旁细胞（JG细胞）分化过程中的关键作用	首次揭示了Tcf21在早期胚胎阶段对JG细胞谱系分化的调控作用，并整合了scRNA-seq和scATAC-seq技术进行时空动态分析	研究仅在小鼠模型中进行，未验证人类肾脏发育中的保守性	阐明Tcf21在肾脏发育过程中调控JG细胞分化的分子机制	Foxd1阳性基质祖细胞及其分化的肾小球旁细胞	developmental biology	肾脏发育异常	scRNA-seq, scATAC-seq, 免疫染色, 原位杂交	小鼠基因敲除模型	单细胞转录组数据, 表观基因组数据	2054个GFP阳性基质谱系细胞（来自E12、E18、P5、P30阶段小鼠肾脏）
2919	2025-04-09	Identification of Alzheimer's disease biomarkers and their immune function characterization 2025, Archives of medical science : AMS IF:3.0Q1 DOI:10.5114/aoms/188721 PMID:40190307	research paper	本研究通过多组学方法研究阿尔茨海默病的生物标志物及其免疫特征	利用机器学习和单细胞RNA测序技术筛选出五个新的生物标志物，并揭示了它们在AD免疫微环境中的作用	研究依赖于公开数据集，样本量可能有限，且未进行实验验证	探究阿尔茨海默病的生物标志物及其免疫机制	阿尔茨海默病患者和正常样本的RNA-seq和scRNA-seq数据	生物信息学	阿尔茨海默病	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	RNA-seq数据	来自公开数据集GSE122063、GSE97760、GSM4996463和GSM4996462的样本
2920	2025-04-09	Successful cryopreservation of marine invertebrates immune cells enables long-term studies of common octopus, Octopus vulgaris Cuvier 1797, hemocyte immune functions 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1543587 PMID:40191212	research paper	该研究成功实现了海洋无脊椎动物免疫细胞的冷冻保存，为长期研究普通章鱼（Octopus vulgaris）的血细胞免疫功能提供了工具	首次展示了冷冻保存的章鱼血细胞的功能性结果，包括高存活率和与新鲜细胞相似的吞噬细菌能力	研究仅针对普通章鱼，未涉及其他软体动物物种	研究章鱼免疫系统的防御机制，以理解其对环境侵害的响应并保障其健康	普通章鱼（Octopus vulgaris）的血细胞	细胞生物学	NA	冷冻保存技术	NA	细胞功能数据	未明确说明样本数量，但涉及冷冻保存15周后的细胞