单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2901	2025-03-03	Single-cell RNA sequencing reveals a key regulator ZmEREB14 affecting shoot apex development and yield formation in maize 2025-Mar, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.14537 PMID:39630144	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了影响玉米顶端分生组织发育和产量形成的关键调控因子ZmEREB14	首次在单细胞分辨率下揭示了玉米顶端分生组织的异质性，并鉴定了调控其发育的关键转录因子ZmEREB14	研究仅基于5天龄的玉米顶端分生组织，未涵盖其他发育阶段	探究玉米顶端分生组织发育的分子机制及其对产量形成的影响	玉米顶端分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	约12,700个细胞
2902	2025-03-03	Data-Driven Molecular Typing: A New Frontier in Esophageal Cancer Management 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70730 PMID:40018789	综述	本文系统回顾了基于大数据的食管鳞状细胞癌（ESCC）分子分型现状，总结了具有不同治疗反应和预后结果的独特亚型	通过多组学整合技术识别ESCC的分子亚型，为个性化治疗策略提供新的生物标志物和治疗靶点	未提及具体的研究局限性	探讨基于多组学的分子分型在食管鳞状细胞癌管理中的潜力	食管鳞状细胞癌（ESCC）	数字病理学	食管癌	多组学整合（包括体细胞基因组改变、遗传突变、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和单细胞测序）	NA	多组学数据	NA
2903	2025-03-03	Applications of Single-Cell Omics Technologies for Induced Pluripotent Stem Cell-Based Cardiovascular Research 2025-Feb-28, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc23183 PMID:39129179	review	本文综述了单细胞组学技术与诱导多能干细胞（iPSCs）在心血管研究中的应用，旨在深化对心脏生物学的理解	整合单细胞组学与iPSCs技术，探索其在心血管研究中的协同潜力，并展望单细胞/空间组学等新兴范式的前景	NA	通过单细胞组学技术揭示心脏健康和疾病的分子复杂性，推动心血管研究的发展	心脏细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序，单细胞/空间组学	NA	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
2904	2025-03-03	LOX+ iCAFs in HNSCC have the potential to predict prognosis and immunotherapy responses revealed by single cell RNA sequencing analysis 2025-Feb-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91036-6 PMID:40016474	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了LOX+ iCAFs在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的预后和免疫治疗反应预测潜力	首次通过单细胞RNA测序数据集识别并验证了LOX+ iCAF亚型在HNSCC中的预后和免疫治疗反应预测能力，并揭示了LOX基因作为治疗靶点的潜力	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证LOX基因在HNSCC治疗中的具体机制	探索CAFs在HNSCC中的功能角色及其对预后和免疫治疗反应的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	102名HNSCC患者
2905	2025-03-03	A novel telomere-associated genes signature for the prediction of prognosis and treatment responsiveness of hepatocellular carcinoma 2025-Feb-27, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00271-8 PMID:40016654	研究论文	本研究开发了一种基于18个端粒相关基因（TRGs）的肝细胞癌（HCC）预后风险模型，并通过多种实验验证了其预测准确性	首次通过孟德尔随机化（MR）分析确认了ASF1A与酒精性HCC之间的因果关系，为酒精性HCC的管理提供了新的理论基础	研究样本量相对较小，且主要依赖于TCGA数据库的数据，可能限制了模型的泛化能力	开发一种新的HCC预后模型，并探索端粒相关基因在HCC中的作用	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、Western blotting、Transwell迁移实验、伤口愈合实验、克隆形成实验	Cox回归模型、LASSO回归模型	基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据	374例HCC样本和50例正常肝组织样本
2906	2025-03-03	Bioinformatics analysis of shared biomarkers and immune pathways of preeclampsia and periodontitis 2025-Feb-27, BMC pregnancy and childbirth IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s12884-025-07277-w PMID:40016711	研究论文	本研究通过生物信息学分析，探讨了先兆子痫（PE）和牙周炎（PD）共有的生物标志物和免疫通路	首次系统地识别了PE和PD共有的关键交叉基因，并通过单细胞RNA测序验证了这些基因的生物学相关性	研究依赖于公开的转录组数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	揭示PE和PD共有的病理机制，为疾病的诊断和治疗提供新的策略	先兆子痫和牙周炎患者	生物信息学	先兆子痫和牙周炎	转录组分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、机器学习、单细胞RNA测序	XG-Boost算法	转录组数据	NA
2907	2025-03-03	Integration and functionality of human iPSC-derived microglia in a chimeric mouse retinal model 2025-Feb-27, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03393-8 PMID:40016767	研究论文	本文介绍了一种新型的体外嵌合模型，用于研究人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞在视网膜环境中的功能	通过移植人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞到小鼠视网膜外植体中，创建了一种包含异种移植小胶质细胞的体外嵌合模型	模型的长期稳定性和功能维持需要进一步验证	研究人类小胶质细胞在视网膜环境中的功能和整合情况	人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞和小鼠视网膜	数字病理学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	嵌合模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
2908	2025-03-03	A novel stemness-related lncRNA signature predicts prognosis, immune infiltration and drug sensitivity of clear cell renal cell carcinoma 2025-Feb-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06251-6 PMID:40016772	研究论文	本研究探讨了与干细胞特性相关的长链非编码RNA（SRlncRNAs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后、免疫浸润和药物敏感性预测中的作用	开发了一种新的SRlncRNA相关签名，并构建了一个用户友好的网络计算器，用于ccRCC患者的风险分层和个性化治疗策略指导	研究主要依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨SRlncRNAs在ccRCC中的预后、免疫浸润和药物敏感性预测中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	生物信息学	肾癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR	LASSO回归结合多变量Cox回归	基因表达数据和临床数据	TCGA-KIRC和GSE29609队列中的样本
2909	2025-03-03	Integrative single-cell RNA sequencing and mendelian randomization analysis reveal the potential role of synaptic vesicle cycling-related genes in Alzheimer's disease 2025-Feb-27, The journal of prevention of Alzheimer's disease DOI:10.1016/j.tjpad.2025.100097 PMID:40021385	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，揭示了突触小泡循环相关基因在阿尔茨海默病中的潜在作用	首次通过孟德尔随机化方法识别出四个突触小泡循环相关基因为阿尔茨海默病的保护因素，并揭示了这些基因在疾病相关细胞环境中的细胞类型特异性表达	研究数据完全来源于公共数据库，缺乏实验验证	探讨突触小泡循环相关基因在阿尔茨海默病中的潜在作用，以识别影响疾病进展和治疗反应的关键生物标志物	阿尔茨海默病患者和健康个体的基因表达数据	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 孟德尔随机化 (MR)	NA	基因表达数据	NA
2910	2025-03-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Extensive Heterogeneity and Unique Gene Trajectories in Non-Transformed and Transformed Human Lung Epithelial Cells: Insights into the Role of LncRNAs in Tumor Heterogeneity 2025-Feb-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041690 PMID:40004153	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非转化和转化的人类肺上皮细胞的转录组异质性，揭示了长链非编码RNA在肿瘤异质性中的作用	使用单细胞RNA测序技术揭示非转化和转化肺上皮细胞的转录组异质性，并特别关注长链非编码RNA的作用	研究仅限于两种肺上皮细胞系，未涉及更多类型的细胞或体内环境	探索肺上皮细胞在非转化和转化状态下的转录组异质性，特别是长链非编码RNA的作用	非转化（BEAS2B）和转化（H460）的人类肺上皮细胞系	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两种肺上皮细胞系（BEAS2B和H460）
2911	2025-03-03	Spatial transcriptomic analysis reveals significant differences in tumor microenvironment in HPV-dependent and HPV-independent vulvar squamous cell carcinoma 2025-Feb, Gynecologic oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.ygyno.2025.01.002 PMID:39787746	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了HPV依赖性和HPV非依赖性外阴鳞状细胞癌（VSCC）肿瘤微环境的基因表达差异	首次在VSCC中应用空间转录组学技术，揭示了HPV依赖性和HPV非依赖性VSCC在肿瘤微环境中的显著差异	样本量较小，仅包括四例早期VSCC病例	探索HPV依赖性和HPV非依赖性VSCC的肿瘤微环境差异	HPV依赖性和HPV非依赖性外阴鳞状细胞癌（VSCC）患者	数字病理学	外阴鳞状细胞癌	空间转录组学，10× Genomics Visium平台，CIBERSORTx	NA	基因表达数据	四例早期VSCC病例（两例HPV依赖性，两例HPV非依赖性）
2912	2025-03-03	Revealing the core suppression effects of various Di (2-ethylhexyl) phthalate exposure on early meiosis progression in postnatal male mice via single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117866 PMID:39923572	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了DEHP暴露对雄性小鼠早期减数分裂进程的核心抑制效应	首次提供了DEHP通过Trp53介导的p38-MAPK通路抑制雄性生殖细胞早期减数分裂进程的综合证据	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	探讨DEHP暴露对雄性生殖系统早期减数分裂进程的影响及其分子机制	雄性小鼠的睾丸细胞	生物信息学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	42,000个细胞
2913	2025-03-03	Analysis of toxicity and mechanisms of busulfan in non-obstructive azoospermia: A genomic and toxicological approach integrating molecular docking, single-cell sequencing, and experimentation in vivo 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117878 PMID:39933234	研究论文	本研究通过整合分子对接、单细胞RNA测序和体内实验，揭示了白消安在非梗阻性无精子症中的毒性机制和关键分子靶点	首次结合分子对接、单细胞RNA测序和体内实验，识别出POLE和LRAT作为白消安诱导非梗阻性无精子症的关键蛋白质，并揭示了免疫细胞浸润的显著变化	研究主要聚焦于白消安的毒性机制，未涉及其他化疗药物的影响，且样本来源和数量未明确说明	揭示白消安在非梗阻性无精子症中的毒性机制，并寻找潜在的治疗靶点	白消安对睾丸环境的影响，特别是对精原干细胞的影响	基因组学与毒理学	男性不育症	分子对接、单细胞RNA测序、体内实验	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	NA
2914	2025-03-03	YY1 knockout in pro-B cells impairs lineage commitment, enabling unusual hematopoietic lineage plasticity 2024-Oct-16, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351734.124 PMID:39362773	研究论文	本文研究了YY1在B细胞发育中的作用，特别是其在pro-B细胞阶段敲除后对B细胞谱系承诺的影响	发现YY1敲除的pro-B细胞在体外和体内均能生成T细胞谱系，并表现出异常的造血谱系可塑性	研究中未详细探讨YY1在其他细胞谱系中的具体调控机制	探讨YY1在B细胞发育中的功能及其对谱系承诺的影响	pro-B细胞	细胞生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, scATAC-seq	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
2915	2025-03-03	Study on the prediction model of liver cancer based on chronic liver disease and the related molecular mechanism 2024-Sep-13, Annals of hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.aohep.2024.101572 PMID:39278407	研究论文	本研究基于慢性肝病和相关分子机制，开发了一种新的预测模型，用于准确分类肝细胞癌（HCC），以提高患者的生存率	通过整合分析肝炎、肝硬化和肝细胞癌数据集，识别了10个与预后相关的肝病进展基因，并建立了预测HCC患者预后的模型	NA	开发一种新的预测模型，用于准确分类肝细胞癌（HCC），以提高患者的生存率	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞测序	多变量Cox回归模型	基因表达数据	从TCGA和GEO数据库中获取的HCV、肝硬化和HCC数据
2916	2025-03-03	Inferring super-resolution tissue architecture by integrating spatial transcriptomics with histology 2024-Sep, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02019-9 PMID:38168986	研究论文	本文介绍了一种名为iStar的方法，通过整合空间转录组学数据和高分辨率组织学图像，预测超分辨率的空间基因表达	iStar方法基于分层图像特征提取，能够将基因表达分辨率提升至接近单细胞水平，并能在仅有组织学图像的组织切片中预测基因表达	未明确提及具体限制	提升空间转录组学数据的基因表达分辨率，并扩展其在仅有组织学图像的组织切片中的应用	空间转录组学数据和高分辨率组织学图像	数字病理学	NA	空间转录组学	分层图像特征提取	图像和基因表达数据	未明确提及样本数量
2917	2025-03-03	Synovial Tissue Insights into Heterogeneity of Rheumatoid Arthritis 2024-03, Current rheumatology reports IF:5.7Q1 DOI:10.1007/s11926-023-01129-2 PMID:38157158	综述	本文综述了类风湿性关节炎（RA）在滑膜组织中的异质性研究进展，包括单细胞RNA测序技术的应用和最新研究成果	通过单细胞RNA测序技术揭示了RA滑膜组织中与疾病相关的细胞群体，如外周辅助T细胞、自身免疫相关B细胞（ABCs）和NOTCH3+亚层成纤维细胞	NA	探讨类风湿性关节炎在滑膜组织中的细胞和分子异质性，以优化患者护理和治疗效果	类风湿性关节炎患者的滑膜组织	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、空间转录组学、机器学习	NA	RNA测序数据	NA
2918	2025-03-03	Associating growth factor secretions and transcriptomes of single cells in nanovials using SEC-seq 2024-Mar, Nature nanotechnology IF:38.1Q1 DOI:10.1038/s41565-023-01560-7 PMID:38082117	研究论文	本文开发并应用了SEC-seq技术，通过纳米孔捕获单个细胞及其分泌物，同时测量了数千个间充质基质细胞的VEGF-A分泌和转录组	开发了SEC-seq技术，首次实现了在单细胞水平上同时测量分泌蛋白和转录组，揭示了VEGF-A分泌的异质性及其与转录水平的相关性	研究主要集中于间充质基质细胞，未涉及其他细胞类型，且样本量相对有限	研究单细胞分泌蛋白与转录组之间的关系，探索细胞分泌异质性的机制	间充质基质细胞	单细胞测序	NA	SEC-seq	NA	单细胞转录组数据、分泌蛋白数据	数千个间充质基质细胞
2919	2025-03-03	CFTR expression in human salivary gland acinar cells 2024-03-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00549.2023 PMID:38284125	研究论文	本研究评估了CFTR在人类颌下腺和腮腺中的表达，并首次提供了CFTR在人类唾液腺腺泡细胞中功能表达的文档证据	首次在人类唾液腺腺泡细胞中发现了CFTR的功能表达，挑战了CFTR仅存在于外分泌腺导管细胞的既定模型	研究主要基于免疫定位和单细胞RNA测序分析，需要进一步的功能研究来验证CFTR在腺泡细胞中的具体作用	探讨CFTR在人类唾液腺中的表达及其对唾液腺功能的影响	人类颌下腺和腮腺	NA	NA	免疫定位、单细胞RNA测序、胶原酶消化	NA	RNA测序数据、免疫定位数据	人类颌下腺和腮腺样本
2920	2025-03-03	Highlights of how single-cell analyses are illuminating differentiation and disease in the gastric corpus 2024-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00164.2023 PMID:38193187	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在胃体分化和疾病研究中的应用	通过scRNA-seq技术揭示了胃体器官发生、发育和成体中的新标记物，以及再生和肿瘤发生过程中的转录变化	NA	探讨scRNA-seq在胃体分化和疾病研究中的应用及其对个性化治疗的潜在影响	人类和鼠类系统中的胃体	生物信息学	胃部疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA