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当前共找到 39702 篇文献，本页显示第 2881 - 2900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2881 | 2026-04-24 |
eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis
2025-Oct, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC
PMID:40126452
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研究论文 | 本研究探究eNAMPT作为人类和小鼠肺纤维化中的新型DAMP及治疗靶点的作用 | 首次证明eNAMPT是特发性肺纤维化的可药物靶点，并验证了ALT-100单克隆抗体的中和治疗效果 | 研究主要基于动物模型和体外实验，缺乏大规模的临床验证 | 评估eNAMPT作为肺纤维化治疗靶点的可行性及其抗体的疗效 | 特发性肺纤维化患者和小鼠模型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 生化数据, 组织学图像 | 人类样本：血浆、外周血单个核细胞和肺组织；小鼠样本：博来霉素诱导的肺纤维化模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2882 | 2026-04-24 |
Single-cell atlas of human liver and blood immune cells across fatty liver disease stages reveals distinct signatures linked to liver dysfunction and fibrogenesis
2025-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02255-y
PMID:40883571
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建人类肝脏和血液免疫细胞在脂肪肝病不同阶段的图谱，揭示与肝功能障碍和纤维化相关的独特免疫特征 | 首次提供涵盖MASLD/MASH全谱系的配对外周血和肝脏细针穿刺样本的单细胞RNA测序图谱，揭示了疾病进展中免疫调节程序的变化 | 研究未提及具体限制 | 揭示代谢功能障碍相关脂肪肝病和脂肪性肝炎（MASLD/MASH）各阶段的免疫细胞特征，寻找阶段特异性免疫靶点 | 人类外周血和肝脏免疫细胞 | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涵盖MASLD/MASH全谱系的人类队列 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 2883 | 2026-04-24 |
The kinase ERK plays a conserved dominant role in the heterogeneity of epithelial-mesenchymal transition in pancreatic cancer cells
2025-Aug-12, Science signaling
IF:6.7Q1
DOI:10.1126/scisignal.ads7002
PMID:40794842
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研究论文 | 本研究结合迭代间接免疫荧光成像和互信息分析，揭示了ERK激酶在胰腺癌细胞上皮-间充质转化异质性中的主导作用 | 通过单细胞水平的信号蛋白测量，发现ERK活性变异驱动EMT异质性，且MEK抑制时JNK可代偿，群体水平模型无法捕捉这些关系 | 未提及具体局限性 | 在信号蛋白水平理解胰腺癌细胞EMT异质性的分子机制 | 胰腺癌细胞及肿瘤 | 计算机视觉 | 胰腺癌 | 迭代间接免疫荧光成像 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2884 | 2026-04-24 |
Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification
2025-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09010-1
PMID:40369074
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研究论文 | 使用MERFISH技术与深度学习核分割方法，对人类胎儿皮层的单细胞空间发育进行详细解析，涵盖18百万个单细胞和8个皮层区域在7个发育时间点的数据 | 首次揭示了人类胎儿皮层六层结构在细胞构筑层出现前3个月就已通过兴奋性神经元亚型分层确立，并发现视觉皮层V1与V2区域间存在明显的二元边界，挑战了中期妊娠皮层区域化仅具有梯度过渡的传统观点 | 未明确提及，但可能受限于样本来源（胎儿组织）和MERFISH技术的检测通量，以及深度学习方法对细胞核分割的依赖 | 通过空间转录组学解析人类皮层发育过程中层和区域分子特化的机制 | 人类胎儿皮层组织 | 数字病理学 | NA | MERFISH, 单细胞RNA测序 | 深度学习（用于核分割） | 图像, 转录组数据 | 超过1800万个单细胞，涵盖8个皮层区域，7个发育时间点（未注明具体胎儿样本数） | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | MERFISH | 多重错误容忍荧光原位杂交技术结合深度学习核分割 |
| 2885 | 2026-04-24 |
Single-cell transcriptomics of ventral forebrain progenitors identifies Evf2 enhancer lncRNA-enhancer gene guidance through direct RNA binding and RNP recruitment domains
2025-Jul-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62205-y
PMID:40715144
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学研究Evf2增强子lncRNA在小鼠胚胎腹侧前脑祖细胞中通过直接RNA结合和RNP招募域引导增强子与基因互作的机制 | 首次利用单细胞转录组学揭示Evf2-Dlx5/6UCE与基因引导和转录调控之间比先前报道更显著的一致性，并发现Evf2将染色体6划分为短程激活基因和长程/超长程抑制基因，以及RNP招募的组合调控机制 | 未明确提及 | 阐明Evf2超保守增强子lncRNA在脑发育过程中通过直接RNA结合和RNP招募域引导增强子与基因互作的分子机制 | 小鼠胚胎腹侧前脑祖细胞中的Evf2 lncRNA、Dlx5/6UCE及其调控的基因 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠胚胎腹侧前脑的单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2886 | 2026-04-24 |
Artifacts in spatial transcriptomics data: their detection, importance, prevalence, and prevention
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf306
PMID:40748322
|
研究论文 | 开发了一种名为BLADE的自动化跨平台统计方法，用于检测和去除空间转录组学数据中的三种人工制品 | 首次提出了一套跨平台的自动化统计方法，专门检测和纠正空间转录组数据中的边界、组织边缘和位置批次故障三类人工制品 | 人工制品检测方法对于空间转录组学质量控制至关重要，但未具体说明局限性 | 检测和去除空间转录组数据中的人工制品，提高数据分析准确性 | 人类和小鼠的肝脏及脂肪组织样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 37个10x Visium样本（来自人类和小鼠的肝脏及脂肪组织） | 10x Genomics, Nanostring | 空间转录组学, 空间转录组学 | 10x Visium, CosMx | 10x Visium空间转录组平台, CosMx空间分子成像平台 |
| 2887 | 2026-04-24 |
Technologies for Decoding Cancer Metabolism with Spatial Resolution
2025-Jul-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine
IF:7.8Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a041553
PMID:39284668
|
综述 | 本文讨论了三种新兴的代谢组学技术：空间代谢组学、单细胞代谢组学和细胞器代谢组学，及其在解码癌症代谢空间分辨率中的应用 | 系统性地阐述了空间代谢组学、单细胞代谢组学和细胞器代谢组学这三种新兴技术，并探讨了它们与单细胞转录组学和蛋白质组学等传统方法结合使用将如何推动癌症研究的新发现和新问题 | 未具体说明各技术的局限性，仅作为概述性综述 | 讨论新兴代谢组学技术在解码癌症代谢空间分辨率方面的进展和应用前景 | 癌症细胞代谢途径、代谢物谱、空间代谢组学、单细胞代谢组学、细胞器代谢组学 | 数字病理学 | 癌症 | 质谱法 | NA | 代谢物数据 | NA | NA | 空间代谢组学, 单细胞代谢组学, 单细胞转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 2888 | 2026-04-24 |
Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome
2025-Jun, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-03623-9
PMID:40195449
|
研究论文 | 本研究通过免疫表型分析和单细胞转录组学，揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并开发了人类化疾病模型 | 首次揭示UBA1突变造血干细胞的衰老样程序在炎症微环境中获得优势的克隆竞争机制，并利用碱基编辑技术构建了首个VEXAS综合征人类化模型 | 样本量有限（仅9名男性患者），且模型仅模拟单一突变的效应 | 阐明VEXAS综合征中驱动突变造血克隆优势的致病机制 | VEXAS综合征患者和基因编辑造血干细胞移植小鼠模型 | 数字病理学 | 自身炎症性疾病（VEXAS综合征） | 单细胞RNA测序、碱基编辑 | 人类化小鼠模型 | 单细胞转录组数据、免疫表型数据 | 9名VEXAS综合征男性患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2889 | 2026-04-24 |
Broad rim lesions are a new pathological and imaging biomarker for rapid disease progression in multiple sclerosis
2025-Jun, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-03625-7
PMID:40301560
|
研究论文 | 本研究分析了多发性硬化症尸检队列，发现了一种新的病变类型，其特征为广泛的髓样细胞边缘，并与快速疾病进展相关，同时利用PET成像验证了其作为生物标记物的潜力 | 首次发现并定义了一种新的多发性硬化症病变类型——宽边缘病变，并利用空间转录组学和PET成像证实其与快速疾病进展的关联 | 尸检队列样本量有限，且仅基于荷兰脑库的数据；PET验证研究为独立队列，但缺乏纵向动态观察 | 探索多发性硬化症快速进展的病理机制并寻找新的影像学生物标记物 | 多发性硬化症患者的脑组织尸检样本（186例）和PET影像（114例） | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 空间转录组学 | NA | 组织切片和PET影像 | 尸检队列186例，PET队列114例 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2890 | 2026-04-24 |
Endothelial-to-mesenchymal transition gene signature derived from single-cell transcriptomics of human atherosclerotic tissue associates with stable plaque histological characteristics
2025-06, Vascular pharmacology
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.vph.2025.107498
PMID:40318741
|
research paper | 利用单细胞转录组数据从人动脉粥样硬化组织中提取内皮-间质转化基因特征，并发现该特征与稳定斑块的组织学特征相关 | 通过计算机模拟谱系追踪从人斑块组织的单细胞转录组数据中识别内皮-间质转化过程中的上调基因，而非仅关注终末分化状态 | 未明确提及局限性，但可能包括依赖公开数据集、样本量有限、动物模型的外推性等 | 揭示人动脉粥样硬化中内皮-间质转化的分子机制，并定义其核心基因表达特征 | 人动脉粥样硬化斑块组织中的内皮细胞和血管平滑肌细胞亚群 | 计算机视觉 | 动脉粥样硬化 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 46个来自人颈动脉的单细胞转录组样本，632个来自人颈动脉的批量RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2891 | 2026-04-24 |
Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics
2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029
PMID:39919554
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研究论文 | 利用单细胞转录组学解析小鼠肝脏中药物代谢酶、转运蛋白及转录因子的细胞类型特异性和区域分布 | 首次系统表征小鼠肝脏中药物加工基因在不同细胞类型和肝小叶区域的基线mRNA富集情况，结合单细胞和空间转录组数据实现分区解析 | NA | 表征小鼠肝脏中药物加工基因的细胞类型特异性和区域分布 | 小鼠肝脏细胞类型包括肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、库普弗细胞、星状细胞、肌成纤维细胞及免疫细胞 | 机器学习 | 药物性肝损伤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 来自已发表数据集的单细胞和单核转录组样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | Seurat V5（分析软件） | 使用Seurat V5在R中进行过滤、标准化、聚类和差异表达分析，并基于已知区域标记物及空间转录组数据验证肝细胞分区 |
| 2892 | 2026-04-24 |
Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications
2025-01, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2561-0
PMID:39060615
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综述 | 全面总结单细胞组学实验流程、数据分析方法及应用 | 系统梳理单细胞组学技术从基因组到代谢组的多层次扩展，以及空间转录组和CRISPR筛选等整合进展 | 未详细说明具体技术对比和性能评估 | 提供单细胞测序及相关数据分析的方法学选择指导 | 单细胞组学技术及其应用 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞基因组学, 单细胞表观基因组学, 单细胞蛋白质组学, 单细胞代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2893 | 2026-04-24 |
Perspective on recent developments and challenges in regulatory and systems genomics
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf106
PMID:40626041
|
综述文章 | 讨论调控和系统基因组学的最新发展、技术局限与未来方向 | 系统评述了顺式调控密码的解读进展、序列-功能神经网络方法及新兴空间转录组学技术 | 指出当前计算方法的基准测试挑战、技术局限及知识空白 | 旨在推动更通用的顺式调控代码模型的构建 | 非编码区的顺式调控元件及基因调控网络 | 机器学习 | NA | 空间转录组学、三维染色质组织分析、基因组学检测 | 序列-功能神经网络 | 基因表达数据、染色质构象数据、基因组序列数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2894 | 2026-04-24 |
Molecular and spatial analysis of ganglion cells on retinal flatmounts: diversity, topography, and perivascularity
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.15.628587
PMID:39763751
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研究论文 | 通过结合成像空间转录组学（MERFISH）和免疫组化共染技术优化工作流程，系统分析了小鼠视网膜平铺片上神经节细胞的空间分布、多样性和血管周围性 | 首次在分子水平上全面描绘了视网膜神经节细胞（RGC）类型在二维视网膜表面的空间拓扑结构，鉴定了血管周围RGC类型并验证了其进化保守性和神经保护作用 | 主要基于小鼠模型，人类数据仅来自有限的组织样本；且工作流程需要薄切片可能丢失完整细胞形态信息 | 揭示视网膜神经节细胞类型在视网膜表面的空间组织规律及其与血管微环境的关系 | 小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）及人类视网膜同源细胞类型 | 数字病理学 | 视神经疾病 | MERFISH，免疫组织化学染色，视神经压迫模型 | 计算配准方法 | 图像 | 小鼠视网膜平铺片（数量未具体说明），人类视网膜组织样本 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | 成像空间转录组学（MERFISH）结合免疫组化共染技术 |
| 2895 | 2026-04-24 |
Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration
2024-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01915-9
PMID:39112630
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组、空间转录组、谱系追踪和先进成像技术，揭示了与年龄相关的胸腺上皮细胞缺陷限制了胸腺功能和再生能力 | 首次发现两种非典型的与年龄相关的胸腺上皮细胞（aaTECs）状态的产生，这些细胞形成高密度髓周上皮簇，缺乏胸腺细胞，并与FOXN1下调相关，为胸腺衰老和免疫衰老提供了新机制 | 未明确提及 | 探索胸腺衰老过程中非造血基质细胞的年龄相关变化及其对胸腺功能和再生的影响 | 胸腺中的非造血基质细胞，特别是胸腺上皮细胞（TECs） | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、成像数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序、10x Visium空间转录组学 |
| 2896 | 2026-04-24 |
CD4+ T cells exhibit distinct transcriptional phenotypes in the lymph nodes and blood following mRNA vaccination in humans
2024-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01888-9
PMID:39164479
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研究论文 | 通过单细胞转录组学评估mRNA疫苗接种后人类血液和淋巴结中CD4+ T细胞的转录表型 | 利用深度学习反向表位映射方法Trex预测抗原特异性，结合单细胞转录组学揭示了淋巴结和血液中刺突蛋白特异性CD4+ T细胞的异质性表型，并比较了疫苗接种与感染后的差异 | 未在论文标题和摘要中明确提及局限性 | 探究mRNA疫苗接种后人类血液和引流淋巴结中CD4+ T细胞的转录表型特征 | BNT162b2 mRNA疫苗接种者和SARS-CoV-2感染者的刺突蛋白特异性CD4+ T细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | 深度学习模型Trex | 单细胞转录组数据 | 1277个刺突特异性CD4+ T细胞（其中238个通过Trex方法预测） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2897 | 2026-04-24 |
Comprehensive single cell transcriptomics analysis of murine osteosarcoma uncovers Skp2 function in metastasis, genomic instability and immune activation and reveals additional target pathways
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.04.597347
PMID:38895216
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研究论文 | 对小鼠骨肉瘤进行单细胞转录组学分析，揭示Skp2在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用及额外靶向通路 | 首次通过单细胞RNA测序在免疫活性转基因小鼠模型中全面分析Skp2敲除对骨肉瘤肿瘤异质性、微环境复杂性、转移和免疫激活的影响，并发现潜在逃逸机制 | NA | 探索Skp2在骨肉瘤中的功能及其作为治疗靶点的潜力，并揭示相关分子机制 | 小鼠骨肉瘤肿瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 骨肉瘤小鼠模型的原发肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2898 | 2026-04-24 |
Neutrophil extracellular traps induced by IL-1β promote endothelial dysfunction and aggravate limb ischemia
2024-06, Hypertension research : official journal of the Japanese Society of Hypertension
IF:4.3Q1
DOI:10.1038/s41440-024-01661-3
PMID:38605142
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研究论文 | 本研究探讨了IL-1β诱导的中性粒细胞胞外陷阱在肢体缺血中促进内皮功能障碍和加重缺血的机制 | 首次揭示IL-1β通过诱导NETs形成，并激活STAT1信号通路，导致内皮细胞激活和炎症，从而加重下肢缺血 | 文章未提及具体实验样本量及模型局限性 | 探究NETs在肢体缺血相关血管炎症和重塑中的功能意义 | 人类肢体缺血组织及小鼠缺血模型中的中性粒细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 下肢缺血，血管疾病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，免疫荧光，蛋白质印迹 | NA | 基因表达数据，图像，蛋白质表达数据 | 人类肢体缺血样本和小鼠缺血模型样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2899 | 2026-04-24 |
Immune microniches shape intestinal Treg function
2024-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07251-0
PMID:38570678
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研究论文 | 通过活体成像、光激活引导的单细胞RNA测序和空间转录组学，研究了肠道中免疫微环境如何塑造调节性T细胞的功能 | 首次揭示了固有层而非淋巴聚集区是支持效应调节性T细胞功能的关键微环境，并识别了CD206巨噬细胞与效应T细胞之间的耐受性相互作用 | 未说明 | 理解肠道免疫系统中调节性T细胞的空间组织和功能维持机制 | 小鼠肠道组织中对肝螺杆菌有反应的调节性T细胞 | 生物信息学 | 炎症性肠病 | 活体成像、光激活引导单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 图像、基因表达数据 | 小鼠肠道样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2900 | 2026-04-24 |
Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology
2024-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07187-5
PMID:38509377
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研究论文 | 研究鉴定出一个由表观遗传控制的记忆星形胶质细胞亚群，该亚群在再刺激时表现出加剧的促炎反应，并促进中枢神经系统病理 | 首次发现星形胶质细胞存在表观遗传记忆，并阐明ACLY-p300轴通过调控染色质可及性控制该记忆的形成 | 未明确记忆星形胶质细胞在人类多发性硬化症中的长期稳定性及与其他神经退行性疾病的关联 | 探究疾病相关星形胶质细胞亚群的稳定性及其整合过去刺激事件的能力 | 星形胶质细胞和实验性自身免疫性脑脊髓炎与多发性硬化症模型 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、染色质免疫沉淀测序、核酸靶向检测测序、CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 测序数据和图像数据 | 急性与慢性EAE小鼠模型及人类慢性多发性硬化症尸检样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC-seq、ChIP-seq | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞RNA测序用于单细胞转录组分析；Illumina NovaSeq用于测序文库测序 |