单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2861	2025-04-02	DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.26.620414 PMID:39553977	research paper	该研究探讨了胰腺腺泡-导管化生（ADM）过渡状态在无Kras突变情况下的DNA甲基化记忆及其对Kras下游PI3K和Rho GTPase信号通路的影响	揭示了在无致癌基因突变情况下，ADM过渡状态的表观遗传记忆及其在肿瘤细胞可塑性中的作用	研究未涉及致癌基因突变背景下的ADM表观遗传变化	探究ADM过渡状态的表观遗传记忆及其在胰腺导管腺癌（PDAC）发生中的作用	胰腺腺泡细胞及其ADM过渡状态	表观遗传学	胰腺导管腺癌	DNA甲基化分析、单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据、甲基化数据	人类胰腺上皮内瘤变（PanIN）样本及实验诱导的ADM细胞
2862	2025-04-02	Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics 2024-Aug-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn0597 PMID:39141739	research paper	该研究通过基因组学、蛋白质组学、单细胞和空间转录组学揭示了蜘蛛主要壶腹丝纤维的起源、结构和组成	鉴定了18种构成蜘蛛最强丝纤维的蛋白质，并揭示了腺体分泌上皮中的六种细胞类型及其在三个不同腺体区域中的分布	NA	理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成	蜘蛛主要壶腹丝纤维	生物材料学	NA	基因组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据、图像数据	NA
2863	2025-04-02	Epigenetic Alteration of Smooth Muscle Cells Regulates Endothelin-Dependent Blood Pressure and Hypertensive Arterial Remodeling 2024-Jul-10, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.09.24310178 PMID:39040193	research paper	该研究探讨了平滑肌细胞（SMC）表观遗传变化如何调节内皮素依赖性血压和高血压动脉重塑	通过GWAS和孟德尔随机化研究筛选出与高血压相关的SNP，并发现JMJD3在SMC表型调控中的新机制	研究主要基于小鼠模型和人类动脉的scRNA-seq数据，临床转化仍需进一步验证	揭示高血压动脉重塑的分子机制并寻找潜在治疗靶点	平滑肌细胞（SMC）和高血压相关基因变异	心血管疾病研究	心血管疾病	GWAS, 孟德尔随机化, scRNA-seq	SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型	基因组数据, 转录组数据	三个独立的人类GWAS研究数据和小鼠模型
2864	2025-04-02	Integrated Single-cell Multiomic Analysis of HIV Latency Reversal Reveals Novel Regulators of Viral Reactivation 2024-05-09, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae003 PMID:38902848	研究论文	通过整合单细胞多组学分析，研究HIV潜伏逆转的新调控因子	首次采用整合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序方法，同时分析转录组和表观基因组特征，揭示了HIV潜伏逆转的新调控因子	样本仅限于CD4+ T细胞，未涵盖其他可能影响HIV潜伏的细胞类型	理解HIV潜伏机制并识别新的病毒再激活调控因子	约125,000个潜伏感染的CD4+ T细胞	生物信息学	HIV感染	scRNA-seq, scATAC-seq	机器学习模型	单细胞转录组和表观基因组数据	约125,000个CD4+ T细胞
2865	2025-04-02	Single-cell multi-ome regression models identify functional and disease-associated enhancers and enable chromatin potential analysis 2024-Apr, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01689-8 PMID:38514783	研究论文	提出了一种基因级调控模型SCARlink，用于预测单细胞基因表达并通过多组学测序数据将增强子与目标基因关联	使用正则化泊松回归在瓦片水平可及性数据上联合建模基因位点的所有调控效应，避免了基因-峰相关性的成对分析和依赖峰调用的限制	NA	开发一种新的基因级调控模型，以预测单细胞基因表达并识别功能性和疾病相关增强子	单细胞基因表达和增强子	生物信息学	NA	scRNA-seq和scATAC-seq共测序	正则化泊松回归	多组学测序数据	NA
2866	2025-04-02	EBF1 Limits the Numbers of Cochlear Hair and Supporting Cells and Forms the Scala Tympani and Spiral Limbus during Inner Ear Development 2024-02-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1060-23.2023 PMID:38176908	研究论文	本研究探讨了早期B细胞因子1（EBF1）在小鼠内耳发育中的作用及其对听觉功能的影响	揭示了EBF1在内耳感觉上皮细胞中的表达及其对螺旋缘和鼓阶形成、柯蒂氏器和柯氏器官细胞数量的调控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中进行验证	探究EBF1在小鼠内耳发育过程中的功能及其对听觉系统的影响	小鼠内耳发育过程中的细胞和组织	发育生物学	听力障碍	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠进行研究
2867	2025-04-02	Origin and adult renewal of the gut lacteal musculature from villus myofibroblasts 2024-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.19.523242 PMID:36712064	research paper	本研究揭示了小鼠肠道绒毛平滑肌细胞的起源和成人期更新的机制	发现了绒毛平滑肌细胞通过中间收缩性肌成纤维细胞样表型从亚上皮成纤维祖细胞分化的局部层次结构，并揭示了NOTCH3-DLL4信号轴在绒毛平滑肌与邻近乳糜管组装中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究肠道绒毛平滑肌细胞的起源、分化及成人期更新机制	小鼠肠道绒毛平滑肌细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、定量谱系追踪	NA	基因表达数据	NA
2868	2025-04-02	Combining Cre-LoxP and single-cell sequencing technologies: insights into the extracellular vesicle cargo transfer 2024, Extracellular vesicles and circulating nucleic acids DOI:10.20517/evcna.2024.58 PMID:39811732	research paper	该研究首次结合Cre-LoxP重组系统和单细胞测序技术，监测胰腺导管腺癌小鼠模型中肿瘤来源的细胞外囊泡（EV）的摄取及其在非恶性受体细胞中的功能	首次将Cre-LoxP重组系统与单细胞测序技术结合，用于监测EV的摄取和功能	NA	研究肿瘤来源的EV在非恶性受体细胞中的摄取和功能	胰腺导管腺癌小鼠模型中的EV、巨噬细胞、中性粒细胞和肥大细胞	单细胞测序	胰腺导管腺癌	Cre-LoxP重组系统、单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
2869	2025-04-02	Neurodegeneration: 2024 update 2024-Jan, Free neuropathology DOI:10.17879/freeneuropathology-2024-5848 PMID:39823116	review	本文回顾了过去一年中神经退行性神经病理学领域的高影响力研究	涵盖了从临床病理解剖相关研究到单细胞RNA测序、人工智能和患者来源的人类诱导多能干细胞模型等多种方法	所选研究可能受作者主观选择的影响，未能全面覆盖所有相关研究	总结神经退行性疾病领域的最新研究进展	人类组织样本及神经退行性疾病相关研究	神经病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、人工智能、人类诱导多能干细胞模型	NA	组织样本数据、临床数据	NA
2870	2025-04-02	A single-cell atlas reveals shared and distinct immune responses and metabolic profiles in SARS-CoV-2 and HIV-1 infections 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1105673 PMID:36992700	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了SARS-CoV-2和HIV-1感染中的免疫反应和代谢特征，揭示了两种病毒感染的共同和差异	提出了一种新颖的共识单细胞注释方法，整合了来自COVID-19和HIV-1患者的单细胞RNA测序数据，系统比较了两种病毒感染的免疫细胞表型特征和调控通路	样本量相对较小，仅包括7例COVID-19患者、10例HIV-1患者和3例健康对照	比较SARS-CoV-2和HIV-1感染中的免疫反应和代谢特征，以理解疾病进展和开发有效的疫苗和治疗方法	SARS-CoV-2和HIV-1感染患者的单细胞RNA测序数据	digital pathology	COVID-19, HIV-1	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	111,566个单PBMCs，来自7例COVID-19患者、10例HIV-1患者和3例健康对照
2871	2025-04-02	Neurodevelopmental disorders: 2021 update 2021-Jan, Free neuropathology DOI:10.17879/freeneuropathology-2021-3268 PMID:37284629	review	本文回顾了2021年神经发育障碍（NDDs）领域的最新进展，包括病因学、风险因素和遗传结构的研究	介绍了人类基因组学在揭示NDDs遗传结构方面的最新进展，包括独特的基因组DNA甲基化模式和多基因条件的研究，以及体细胞突变对神经发育疾病的贡献	从遗传发现到潜在神经病理机制的转化仍具挑战性，分子和遗传检测分辨率的提高带来了新的复杂性	探讨神经发育障碍的病因学、风险因素及其遗传结构	神经发育障碍（NDDs），包括自闭症谱系障碍（ASD）、发育迟缓、智力障碍（ID）和注意力缺陷/多动障碍（ADHD）	神经科学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	NA
2872	2025-04-02	Ketogenesis activates metabolically protective γδ T cells in visceral adipose tissue 2020-01, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-019-0160-6 PMID:32694683	research paper	该研究探讨了生酮饮食如何通过激活内脏脂肪组织中的代谢保护性γδ T细胞来控制炎症和能量稳态	首次揭示了生酮饮食通过扩张代谢保护性γδ T细胞来抑制炎症的机制	长期自由摄食生酮饮食会导致肥胖并损害代谢健康	研究生酮饮食对脂肪组织免疫细胞的影响及其在炎症控制和能量稳态中的作用	小鼠内脏脂肪组织中的免疫细胞	免疫代谢	代谢性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型
2873	2025-04-01	Expression of co-signaling molecules TIM-3/Galectin-9 at the maternal-fetal interface 2025-Apr, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.03.002 PMID:40068377	研究论文	研究母胎界面共信号分子TIM-3/Galectin-9的表达及其在维持免疫耐受微环境中的作用	首次系统研究了Galectin-9和TIM-3在母胎界面的分布和功能，揭示了其与妊娠维持的潜在关联	研究主要聚焦于表达分析，功能机制研究有待深入	探究母胎界面免疫耐受微环境的分子机制	母胎界面的免疫细胞和胎盘细胞	生殖免疫学	妊娠相关疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	永生化人子宫内膜基质细胞及母胎界面组织样本
2874	2025-04-01	Uncovering somatic genetic drivers in prostate cancer through comprehensive genome-wide analysis 2025-Mar-29, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01623-8 PMID:40156736	研究论文	通过全基因组范围分析揭示前列腺癌中的体细胞遗传驱动因素	识别了150个与前列腺癌有因果关联的基因，其中MSMB基因在所有四项评估中均表现出强一致性	仅44.67%的基因在TCGA数据集中的结果与孟德尔随机化分析一致	探索散发性前列腺癌的体细胞遗传驱动因素	前列腺癌相关基因	基因组学	前列腺癌	eQTL分析、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA-seq、共定位分析	NA	基因组数据、表达数据	UK Biobank（9131病例和173,493对照）、PRACTICAL研究（79,148病例和61,106对照）、FinnGen队列（13,216病例和119,948对照）
2875	2025-04-01	The transcription factor LHX2 mediates and enhances oncogenic BMP signaling in medulloblastoma 2025-Mar-28, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01488-6 PMID:40148468	研究论文	本研究探讨了转录因子LHX2在髓母细胞瘤中介导和增强致癌BMP信号通路的机制	揭示了LHX2通过转录诱导BMP I型受体(ACVR1)表达，进而增强BMP信号通路，促进髓母细胞瘤的干性和化疗耐药性	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化仍需进一步验证	探索BMP信号通路在髓母细胞瘤中的作用机制	髓母细胞瘤患者来源的肿瘤组织和细胞模型	肿瘤生物学	髓母细胞瘤	空间转录组学、转录组分析、免疫组织化学分析	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据	多组髓母细胞瘤亚型患者来源的肿瘤样本
2876	2025-04-01	Integrative analysis of bulk and single-cell sequencing reveals TNFSF9 as a potential regulator in microsatellite instability stomach adenocarcinoma 2025-Mar-28, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02471-0 PMID:40148957	研究论文	通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了TNFSF9作为微卫星不稳定胃腺癌中潜在的调控因子	首次在微卫星不稳定胃腺癌中识别TNFSF9作为关键基因，并揭示其在肿瘤微环境中的调控作用	样本量相对较小，尤其是单细胞RNA测序样本（MSI=7，Non-MSI=19）	阐明微卫星不稳定胃腺癌中肿瘤微环境的差异及其潜在机制	胃腺癌患者的肿瘤组织和细胞系（SNU-1和AGS）	数字病理	胃腺癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，免疫组化（IHC），定量PCR（qPCR），Western blot（WB）	NA	RNA测序数据，免疫组化图像，蛋白质印迹数据	单细胞RNA测序：MSI=7，Non-MSI=19；批量RNA测序：MSI=39，Non-MSI=198；免疫组化：MSI=13，Non-MSI=10
2877	2025-04-01	C-FOS promotes the formation of neutrophil extracellular traps and the recruitment of neutrophils in lung metastasis of triple-negative breast cancer 2025-Mar-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03370-2 PMID:40148973	研究论文	本研究探讨了c-FOS在三阴性乳腺癌（TNBC）肺转移中促进中性粒细胞胞外陷阱（NETs）形成和中性粒细胞募集的分子机制	揭示了ROS-p38-cFOS-PAD4轴在TNBC中增加NETs形成和促进炎症因子表达的机制，并提出了靶向该通路的新治疗策略	未明确提及研究的局限性	阐明NETs介导的三阴性乳腺癌肺转移的分子机制，并探索靶向治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者样本和实验模型	癌症研究	三阴性乳腺癌	单细胞测序生物信息学分析、体外和体内实验	NA	生物样本数据、测序数据	未明确提及具体样本数量
2878	2025-04-01	Deciphering the preeclampsia-specific immune microenvironment and the role of pro-inflammatory macrophages at the maternal-fetal interface 2025-Mar-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100002 PMID:40152904	研究论文	本研究通过分析先兆子痫（PE）胎盘中的免疫微环境，揭示了促炎性巨噬细胞（pro-inflam Macs）在PE发病机制中的关键作用	首次揭示了PE特异性免疫细胞网络，并发现促炎性巨噬细胞通过IGF1-IGF1R通路诱导记忆样Th17细胞的产生，从而促进PE的发展和复发	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究先兆子痫胎盘免疫微环境的特异性及其与妊娠糖尿病（GDM）的差异	先兆子痫（PE）和妊娠糖尿病（GDM）患者的胎盘组织	免疫学	先兆子痫	飞行时间细胞术（cytometry by time of flight）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据	未明确提及具体样本数量，但涉及PE、GDM及正常妊娠（NP）的胎盘组织
2879	2025-04-01	Synergistic potential of CDH3 in targeting CRC metastasis and enhancing immunotherapy 2025-Mar-28, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13845-2 PMID:40155851	研究论文	本研究探讨了CDH3在结直肠癌转移中的作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了CDH3在结直肠癌转移中的新机制，并提出了阿法替尼作为靶向CDH3的潜在药物	研究主要基于公共数据库分析，需要进一步的实验验证	探索CDH3在结直肠癌转移中的作用及其治疗潜力	结直肠癌组织和相关公共数据库数据	癌症研究	结直肠癌	免疫组织化学、单细胞测序、分子对接	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	多个公共数据库（TCGA、HCMDB、UALCAN等）的结直肠癌样本
2880	2025-04-01	Heterogeneity of T cells regulates tumor immunity mediated by Helicobacter pylori infection in gastric cancer 2025-Mar-28, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13957-9 PMID:40155861	research paper	本研究探讨了幽门螺杆菌（H. pylori）感染状态对胃癌患者生存的影响，并通过单细胞RNA测序分析了T细胞的异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了H. pylori感染状态对胃癌T细胞反应的调控机制，并识别了与预后相关的特定T细胞亚群	样本量相对较小（6个肿瘤样本），且仅分析了T细胞	探究H. pylori感染状态对胃癌患者生存和免疫反应的影响	488名胃癌患者和18,717个来自6个肿瘤样本的T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	488名胃癌患者（临床数据）和18,717个T细胞（来自6个肿瘤样本）