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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 2861 - 2880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2861 | 2025-08-03 |
Correction: Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA
2025-Aug-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11923-0
PMID:40750841
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2862 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Revealed the Immune Microenvironment Reprogramming by Dexmedetomidine Treatment in Ischemic Stroke
2025-Aug-01, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05237-1
PMID:40751033
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示右美托咪定通过HK2介导的小胶质细胞代谢重编程维持免疫微环境稳态，从而保护脑缺血再灌注损伤 | 首次结合单细胞RNA测序、转录组学和代谢组学多组学方法，发现右美托咪定通过HK2调控小胶质细胞代谢重编程的神经保护新机制 | 研究主要基于小鼠MCAO模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究右美托咪定在缺血性脑卒中中的神经保护作用机制 | 大脑中动脉闭塞模型小鼠和氧糖剥夺模型 | 单细胞组学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA-seq, RNA-seq, 代谢组学, 多组学整合分析 | NA | 单细胞转录组数据, 代谢组数据, 转录组数据 | MCAO模型小鼠实验组和PBS对照组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2863 | 2025-10-06 |
Dual-expression (primitive enterocyte phenotype and neuroendocrine differentiation) gastric adenocarcinoma: the unique high-aggressive subtype
2025-Aug-01, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-025-04191-6
PMID:40751090
|
研究论文 | 本研究识别并表征了胃腺癌中同时表达原始肠上皮细胞表型和神经内分泌分化的独特高侵袭性亚型 | 首次系统描述了胃腺癌中双重表达亚型的临床病理特征，发现其具有独特的侵袭行为和分子特征 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证 | 阐明双重表达胃腺癌亚型的临床病理特征和分子特性 | 胃腺癌患者组织样本和胃癌细胞系 | 数字病理学 | 胃癌 | 免疫组织化学，单细胞RNA测序，体外实验 | NA | 组织样本，细胞系，测序数据 | 186例GAPEP患者（77例DEGA，109例nDEGA） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2864 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals biomarker heterogeneity linked to CDK4/6 Inhibitor resistance in breast cancer cell lines
2025-Jul-31, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-025-00803-1
PMID:40738893
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示乳腺癌细胞系中CDK4/6抑制剂耐药性相关的生物标志物异质性 | 首次在单细胞水平揭示CDK4/6抑制剂耐药标志物存在显著的细胞系内和细胞系间异质性，并在临床试验中验证了这一发现 | 研究基于细胞系模型，需要在更多临床样本中进一步验证 | 探究CDK4/6抑制剂耐药机制及生物标志物异质性 | 七种luminal乳腺癌细胞系及其palbociclib耐药衍生物，FELINE临床试验样本 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 七种乳腺癌细胞系及其耐药衍生物，FELINE临床试验样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2865 | 2025-10-06 |
Isorhapontigenin alleviates pulmonary fibrosis by inhibiting oxidative stress-induced senescence via STAT3/PRDX2 signals in alveolar epithelial cells
2025-Jul-31, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115287
PMID:40749611
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研究论文 | 本研究揭示异丹叶大黄素通过STAT3/PRDX2信号通路抑制氧化应激诱导的肺泡上皮细胞衰老，从而缓解肺纤维化 | 首次发现异丹叶大黄素通过上调PRDX2表达抑制氧化应激诱导的细胞衰老，为肺纤维化治疗提供新靶点 | 研究主要基于动物模型和细胞系，尚未进行临床试验验证 | 探究异丹叶大黄素治疗特发性肺纤维化的分子机制 | 肺泡上皮细胞和肺纤维化组织 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 网络药理学,蛋白质组学,分子对接,DARTS检测,LC-MS/MS,单细胞测序 | NA | 蛋白质组数据,单细胞测序数据 | 博来霉素诱导的小鼠模型和TGF-β处理的BEAS-2B细胞 | NA | 单细胞测序,蛋白质组学 | NA | NA |
| 2866 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of cholesterol metabolism-related genes in prostate cancer: integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing
2025-Jul-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03294-5
PMID:40736630
|
研究论文 | 本研究构建并验证了基于胆固醇代谢基因的前列腺癌预后特征模型 | 整合单细胞和bulk RNA测序数据构建胆固醇代谢基因预后特征，并探索其与生物学通路、免疫景观和药物敏感性的关联 | 研究基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证 | 构建胆固醇代谢基因相关的预后特征以预测前列腺癌患者预后 | 前列腺腺癌患者 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | TCGA前列腺癌数据集和三个外部验证队列 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 2867 | 2025-10-06 |
Comprehensive insight on immune landscape in intracerebral hemorrhage patients with single-cell RNA sequencing: from blood to hematoma
2025-Jul-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03518-z
PMID:40739271
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术全面解析脑出血患者血肿和血液样本中的免疫细胞景观 | 首次从脑出血患者血肿样本中获取免疫细胞进行单细胞转录组分析，揭示了Toll样受体4在免疫炎症和代谢中的作用 | 样本量较小（4名患者和3名健康对照），需要更大规模研究验证发现 | 研究脑出血患者免疫细胞的转录特征和动态炎症过程 | 脑出血患者的血肿和血液样本，以及健康志愿者的血液样本 | 单细胞组学 | 脑出血 | 单细胞RNA测序 | 细胞轨迹推断，细胞间通讯分析 | 单细胞转录组数据 | 4名脑出血患者和3名健康志愿者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2868 | 2025-10-06 |
CanCellCap: robust cancer cell capture across tissue types on single-cell RNA-seq data by multi-domain learning
2025-Jul-30, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02337-1
PMID:40739511
|
研究论文 | 提出一种基于多领域学习的CanCellCap框架，用于在单细胞RNA测序数据中跨组织类型识别癌细胞 | 整合领域对抗学习和专家混合模型，能够同时提取不同组织中癌细胞和正常细胞的通用和特异性基因表达模式，并通过掩码重建策略适应不同测序平台 | NA | 开发一个能够在不同组织、癌症类型和测序平台上稳健识别癌细胞的通用框架 | 单细胞RNA测序数据中的癌细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 多领域学习框架，包含领域对抗学习和专家混合模型 | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | 在13种组织类型、23种癌症类型和7种测序平台的基准数据集上进行评估 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2869 | 2025-10-06 |
Nitidine chloride may mediate its antitumor effects by targeting kinesin family member 20A in colorectal cancer cells
2025-Jul-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v16.i7.108666
PMID:40741189
|
研究论文 | 本研究探讨氯化硝基苯胺通过靶向KIF20A抑制结直肠癌细胞的抗肿瘤机制 | 首次揭示氯化硝基苯胺与KIF20A的高亲和力结合及其在结直肠癌治疗中的潜在作用机制 | 需要进一步通过KIF20A敲除实验验证NC的结合特异性和机制作用 | 研究KIF20A在结直肠癌细胞中的表达特征及其作为NC潜在靶基因的作用 | 结直肠癌细胞系（HCT116等）和416例临床组织样本（208例癌组织+208例对照组织） | 癌症研究 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,mRNA表达谱分析,免疫组织化学染色,CRISPR基因编辑,分子对接,RNA测序 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,临床样本数据 | 416例临床组织样本（208对癌与癌旁组织）和多种结直肠癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,RNA测序 | NA | NA |
| 2870 | 2025-10-06 |
Integration of Untargeted Metabolomics, Network Pharmacology, Single-Cell RNA Sequencing, and Molecular Dynamics Simulation Reveals GOT1, CYP1A2, and CA2 as Potential Targets of Huang Qin Decoction Preventing Colorectal Cancer Liver Metastasis
2025-Jul-17, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18071052
PMID:40732339
|
研究论文 | 本研究通过整合非靶向代谢组学、网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟，揭示了黄芩汤预防结直肠癌肝转移的潜在作用靶点GOT1、CYP1A2和CA2 | 首次整合多种组学技术和计算方法系统阐明黄芩汤治疗结直肠癌肝转移的多靶点作用机制 | 研究主要基于计算预测和体外实验，需要进一步的体内实验验证 | 探究黄芩汤预防结直肠癌肝转移的活性成分、作用靶点和分子机制 | 结直肠癌肝转移小鼠模型和结直肠癌细胞 | 计算生物学 | 结直肠癌 | 非靶向代谢组学, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子动力学模拟, 原子力显微镜 | 分子对接, 分子动力学模拟 | 代谢组数据, 单细胞转录组数据, 分子结构数据 | 小鼠模型和细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2871 | 2025-10-06 |
A Novel Hypoxia-Immune Signature for Gastric Cancer Prognosis and Immunotherapy: Insights from Bulk and Single-Cell RNA-Seq
2025-Jul-16, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47070552
PMID:40729021
|
研究论文 | 开发了一个基于缺氧和免疫相关基因的胃癌预后特征，并探索其与免疫治疗反应的关系 | 首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据构建胃癌缺氧-免疫特征，识别了5个关键基因并在单细胞水平验证了其表达模式 | 研究基于公共数据库的回顾性数据，需要前瞻性临床研究进一步验证 | 开发胃癌预后评估和免疫治疗指导的基因特征 | 胃癌患者 | 生物信息学 | 胃癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Cox回归分析 | 转录组数据 | TCGA-STAD队列和独立验证队列GSE84437 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2872 | 2025-10-06 |
DGAT: A Dual-Graph Attention Network for Inferring Spatial Protein Landscapes from Transcriptomics
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.05.662121
PMID:40672156
|
研究论文 | 提出一种双图注意力网络DGAT，用于从空间转录组数据推断空间蛋白质表达景观 | 首次构建整合转录组、蛋白质组和空间信息的异质图，通过图注意力网络学习RNA-蛋白质关系 | 依赖空间CITE-seq数据集进行训练，在缺乏此类数据的组织中应用受限 | 从仅含转录组的空间数据推断蛋白质表达水平 | 扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤组织样本 | 计算生物学 | 多种癌症 | 深度学习，图注意力网络 | DGAT（双图注意力网络） | 空间转录组数据，蛋白质表达数据 | 公共和内部数据集，包含多种组织类型 | NA | 空间转录组，CITE-seq | NA | NA |
| 2873 | 2025-10-06 |
A New Tool to Decrease Interobserver Variability in Biomarker Annotation in Solid Tumor Tissue for Spatial Transcriptomic Analysis
2025-Jul-09, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47070531
PMID:40728999
|
研究论文 | 开发了一种基于MATLAB的新工具，用于减少空间转录组分析中生物标志物注释的观察者间变异性 | 开发了首个能够对多细胞斑点进行自动图像分析的工具，通过研究者定义的参数标准减少人工注释的变异性 | 研究仅针对γH2AX标志物在胶质母细胞瘤组织中的应用，未验证其他生物标志物或肿瘤类型 | 解决空间转录组与免疫荧光数据整合中的观察者间变异性问题 | 辐照处理的胶质母细胞瘤组织 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 免疫荧光, 空间转录组学, 图像分析 | 基于MATLAB的图像分析工具 | 图像, 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 空间转录组学, 免疫荧光 | NA | NA |
| 2874 | 2025-10-06 |
Spatia: Multimodal Model for Prediction and Generation of Spatial Cell Phenotypes
2025-Jul-07, ArXiv
PMID:40671942
|
研究论文 | 提出Spatia多尺度生成与预测模型，用于整合细胞形态、基因表达和空间背景的空间转录组学分析 | 首个能够融合细胞形态、基因表达和空间背景的多尺度生成模型，通过交叉注意力和transformer模块实现单细胞到组织水平的空间依赖建模 | 模型在49名捐赠者、17种组织类型和12种疾病状态的数据集上验证，但未提及外部验证或临床应用效果 | 学习统一的空间感知表征，整合细胞形态、基因表达和空间背景 | 空间转录组学数据中的细胞、生态位和组织 | 数字病理学 | 多种疾病 | 空间转录组学 | Transformer, 扩散模型, 交叉注意力 | 图像, 基因表达数据 | 1700万细胞-基因对、100万生态位-基因对、1万组织-基因对，来自49名捐赠者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2875 | 2025-10-06 |
Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice
2025-Jul, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364
PMID:40513949
|
研究论文 | 本研究探讨EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用 | 首次揭示EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的具体功能机制，包括对精原细胞分化和减数分裂进程的调控 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中验证 | 探究EXOSC10核糖核酸酶在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用机制 | 小鼠雄性生殖细胞 | 生殖生物学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序，条件性基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2876 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptome Analysis Reveals Diverse Human Burn Wound Microenvironment
2025 Jul-Aug, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society
IF:3.8Q1
DOI:10.1111/wrr.70061
PMID:40579885
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组技术分析人类烧伤创面微环境，揭示不同烧伤深度区域的基因表达差异 | 首次将空间转录组技术应用于烧伤组织分析，能够在保留空间位置信息的同时识别不同烧伤深度区域的独特基因表达模式 | 提供了该技术在烧伤组织应用中存在的局限性，为未来研究提供指导 | 探索人类烧伤创面微环境的分子特征和空间异质性 | 人类烧伤组织样本 | 空间转录组学 | 烧伤 | 空间转录组学，RNA测序 | NA | 空间基因表达数据，组织图像 | NA | NA | 空间转录组学，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2877 | 2025-10-06 |
Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA
2025-Jul-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11747-y
PMID:40597567
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研究论文 | 提出了一种基于共表达的跨组织基因表达相互作用分析方法crossWGCNA | 开发了无偏识别高相互作用基因的方法，可应用于多种转录组数据，克服现有方法基于强基线假设的局限性 | NA | 研究生物系统中细胞、组织或器官间的分子相互作用 | 乳腺癌中的基质-上皮细胞通讯 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 共表达分析 | WGCNA | bulk转录组、单细胞转录组、空间转录组 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2878 | 2025-10-06 |
cytoKernel: robust kernel embeddings for assessing differential expression of single-cell data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf399
PMID:40658464
|
研究论文 | 提出一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel，用于评估单细胞数据的差异表达 | 使用基于核的评分检验，利用单细胞数据的完整概率分布模式检测差异表达，能够识别传统方法忽略的多模态特征变化 | NA | 开发稳健的差异表达分析方法，检测单细胞数据中更细微的表达变化 | 单细胞RNA测序数据和高维流式或质谱流式细胞术数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | 基于核的评分检验 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 2879 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of gene regulatory networks in the mammary glands of P4HA1-knockout mice
2025-Jul, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011505
PMID:40694594
|
研究论文 | 通过单细胞分析研究P4HA1基因敲除小鼠乳腺中基底上皮细胞的基因调控网络 | 首次在P4HA1敲除小鼠乳腺中应用单细胞网络推断方法结合SCENIC流程构建基因调控网络 | 单细胞数据固有的技术挑战 | 研究P4HA1在小鼠乳腺中的作用及其与乳腺癌的关联 | 对照组和P4HA1敲除小鼠的乳腺基底上皮细胞 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | SCENIC | 单细胞转录组数据 | 两组小鼠（对照组5Ht和P4HA1敲除组6Ho） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2880 | 2025-10-06 |
Bridging the Gap in Breast Cancer Dormancy: Models, Mechanisms, and Translational Challenges
2025-Jun-26, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18070961
PMID:40732251
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综述 | 本文系统分析乳腺癌休眠研究现状，整合研究空白并提出转化医学优先方向 | 提出整合单细胞多组学、空间转录组学和人源化长期模型的研究框架，强调巨噬细胞靶向治疗和休眠特异性临床试验 | 现有研究数据存在矛盾，模型系统不完善，缺乏可靠生物标志物 | 解析乳腺癌休眠机制并推动临床转化研究 | 播散性肿瘤细胞（DTCs）和肿瘤微环境 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 单细胞多组学、空间转录组学、计算分析 | 人源化长期模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |