单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2841	2025-05-06	SLC27A2 marks lipid peroxidation in nasal epithelial cells driven by type 2 inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Apr, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01440-1 PMID:40195539	研究论文	本文揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)中鼻息肉上皮细胞脂质代谢失调和脂质过氧化增加在疾病发病机制中的作用	首次发现SLC27A2/FATP2在鼻息肉上皮细胞中的上调与脂质过氧化增加相关，并证实FATP2介导的脂质过氧化是CRSwNP上皮功能障碍和炎症的关键驱动因素	研究主要基于体外实验和测序数据分析，缺乏动物模型验证	阐明慢性鼻窦炎伴鼻息肉的发病机制并寻找潜在治疗靶点	鼻息肉上皮细胞	NA	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2842	2025-05-06	Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data identifies BHLHE40 as a key gene in pancreatic cancer progression and gemcitabine resistance 2025-Apr, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152338 PMID:40250076	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别BHLHE40作为胰腺癌进展和吉西他滨耐药的关键基因	首次发现BHLHE40通过调控SAT1和免疫逃逸机制与胰腺癌的恶性和化疗耐药性显著相关	研究主要基于公共数据集，缺乏实验验证	研究胰腺导管腺癌（PDAC）进展和化疗耐药的分子机制，寻找新的治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ChIP-seq	NA	基因表达数据	公共数据集（TCGA和GEO）
2843	2025-05-06	Development of a hypoxia-responsive macrophage prognostic model using single-cell and bulk RNA sequencing in pancreatic cancer 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322618 PMID:40315225	research paper	开发了一种基于单细胞和批量RNA测序的低氧响应性巨噬细胞预后模型，用于胰腺癌	整合了单细胞RNA测序数据和TCGA-PAAD数据库，构建了一个包含13个关键基因的低氧相关预后模型，该模型在预测化疗反应和不良预后方面优于传统临床病理特征	未明确说明样本量的具体数量，且模型的泛化能力需进一步验证	研究胰腺导管腺癌（PDAC）中低氧肿瘤微环境的复杂动态，构建低氧相关预后模型	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	digital pathology	pancreatic cancer	scRNA-seq, bulk RNA sequencing	Cox regression, Lasso regression	RNA sequencing data	NA
2844	2025-05-06	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing identifies and validates T cell-related prognostic model in hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322706 PMID:40315269	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建并验证了一个与T细胞相关的肝细胞癌预后模型	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别T细胞相关基因并构建预后模型，模型包含PTTG1、LMNB1、SLC38A1和BATF等基因	样本量相对较小，单细胞数据仅来自10名患者，外部验证数据集有限	开发肝细胞癌患者的预后风险模型，以改善个性化治疗策略	肝细胞癌患者及其T细胞相关基因	数字病理学	肝细胞癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, IHC	LASSO回归	RNA测序数据	10名患者的scRNA-seq数据，TCGA数据库的批量RNA-seq数据，25名患者的IHC验证数据
2845	2025-05-04	Integrating RNA-seq and scRNA-seq to explore the prognostic features and immune landscape of exosome-related genes in breast cancer metastasis 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2447917 PMID:39847423	research paper	通过整合RNA-seq和scRNA-seq数据，探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的预后特征和免疫景观	开发了一个基于外泌体相关基因的新型风险评分模型，并通过RNA-seq和scRNA-seq数据的综合分析验证了其预测准确性	模型的预测性能AUC值在0.602至0.654之间，仍有提升空间	探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的作用，并开发可靠的预后模型	乳腺癌（BRCA）样本	digital pathology	breast cancer	RNA-seq, scRNA-seq	Lasso-Cox regression	RNA-seq数据, scRNA-seq数据	TCGA数据库中的BRCA队列样本
2846	2025-05-04	Revealing the role of natural killer cells in ankylosing spondylitis: identifying diagnostic biomarkers and therapeutic targets 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2457523 PMID:39853176	研究论文	本研究通过生物信息学方法和实验验证探讨了自然杀伤细胞（NK细胞）在强直性脊柱炎（AS）中的作用	揭示了NK细胞在AS发病机制中的潜在作用，并鉴定出与NK细胞相关的关键基因作为AS的诊断生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公共数据集，样本量可能有限，且实验验证部分仅进行了RT-PCR验证	探索NK细胞在AS发病机制中的作用，并寻找诊断生物标志物和治疗靶点	强直性脊柱炎（AS）患者和对照组的NK细胞	生物信息学	强直性脊柱炎	微阵列数据分析、scRNA-seq、WGCNA、RT-PCR	NA	基因表达数据	来自公共数据集GSE25101、GSE73754、GSE194315和Liu的研究的样本
2847	2025-05-04	Unraveling diabetic kidney disease: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun, International urology and nephrology IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s11255-025-04362-z PMID:39799255	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究糖尿病肾病的发病机制和诊断方法	采用单细胞RNA测序技术分析糖尿病肾病患者的肾组织、血液和尿液中的基因表达，揭示组织功能、细胞相互作用和疾病进展	未提及具体样本量或实验设计的局限性	提高对糖尿病肾病（DKD）的理解，改善早期筛查和个性化管理	糖尿病肾病患者的肾组织、血液和尿液	digital pathology	diabetic kidney disease	scRNA-seq	NA	gene expression data	NA
2848	2025-05-04	A Bifunctional Antibody Targeting PD-1 and TGF-β Signaling Has Antitumor Activity in Combination with Radiotherapy and Attenuates Radiation-Induced Lung Injury 2025-May-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0903 PMID:39878763	研究论文	研究双功能抗体JS-201联合放疗的抗肿瘤效果及其对放射性肺损伤的缓解作用	首次研究双功能抗体JS-201（靶向PD-1和TGF-β信号）联合放疗的抗肿瘤效果及其对放射性肺损伤的缓解作用	研究仅限于动物模型，尚未进行临床试验	探索JS-201联合放疗在抗肿瘤和减轻放射性肺损伤方面的效果	肿瘤模型和放射性肺损伤模型	肿瘤免疫治疗	肺癌	转录组测序和单细胞测序	Lewis肺癌荧光素酶阳性模型	测序数据	多种肿瘤模型和放射性肺损伤模型
2849	2025-05-04	Mosaic loss of Y chromosome and mortality after coronary angiography 2025-May-02, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf035 PMID:39935193	研究论文	研究Y染色体嵌合缺失（LOY）与接受冠状动脉造影男性患者心血管死亡率之间的关联	首次在人类研究中证实LOY与心血管死亡率显著相关，并揭示了LOY通过促纤维化和促炎症机制影响心血管健康的分子途径	研究仅针对接受冠状动脉造影的男性患者，结果可能不适用于其他人群	探究LOY与心血管疾病预后的关系	1698名接受冠状动脉造影的男性患者	心血管疾病研究	心血管疾病	全基因组甲基化分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、蛋白质表达数据	1698名男性患者
2850	2025-05-04	Inhibition of DKK-1 by WAY262611 Inhibits Osteosarcoma Metastasis 2025-May-02, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0744 PMID:39781890	research paper	该研究探讨了通过抑制DKK-1来阻止骨肉瘤转移的效果	首次展示了小分子抑制剂WAY262611在体外和体内对DKK-1的抑制作用及其对骨肉瘤转移的预防效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	探索DKK-1作为骨肉瘤治疗靶点的潜力	骨肉瘤细胞系和小鼠模型	癌症研究	骨肉瘤	单细胞RNA测序	小鼠原位植入/截肢模型	体外和体内实验数据	骨肉瘤细胞系和患者来源的异种移植模型
2851	2025-05-04	GRACE: Unveiling Gene Regulatory Networks With Causal Mechanistic Graph Neural Networks in Single-Cell RNA-Sequencing Data 2025-May, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2024.3412753 PMID:38896510	研究论文	本文介绍了一种名为GRACE的新型图因果自编码器框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行基因因果推理	结合结构因果模型和图神经网络，明确建模基因间的因果关系，提高了基因调控网络和基因因果推理的准确性	NA	从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行基因因果推理	基因调控网络和基因因果关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图神经网络(GNN)和因果自编码器	基因表达数据	七个基准数据集和人类外周血单个核细胞(PBMC)样本
2852	2025-05-04	Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Squamous Cell Carcinoma Arising From Ovarian Mature Teratoma 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70022 PMID:39948701	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，分析了卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）的分子病理学特征，并探索了潜在的治疗靶点	首次应用单核RNA测序和空间转录组学技术全面解析SCC-MT的分子特征，并发现KLF5基因在肿瘤发展中的关键作用	研究样本量有限，且功能验证仅在一个细胞系中进行	阐明SCC-MT的分子病理学特征并探索新的治疗靶点	卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）	数字病理学	卵巢癌	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	临床SCC-MT样本和一个细胞系（NOSCC-1）
2853	2025-05-04	Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Reveals Divergent Indolent and Malignant States 2025-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1529 PMID:39969959	研究论文	通过空间转录组学研究导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN），揭示了惰性和恶性状态的分化	利用数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，首次在IPMN中定义了三种不同的上皮转录组状态，并与癌症风险相关联	样本量较小（10个IPMN标本），可能影响结果的广泛适用性	提高对IPMN恶性转化风险的预测能力，改善风险分层	导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）标本	数字病理学	胰腺癌	数字空间RNA分析（DSP-RNA），全转录组分析	NA	RNA表达数据	10个IPMN标本，涵盖从正常导管到癌症的发育不良变化谱
2854	2025-05-04	Novel CHI3L1-Associated Angiogenic Phenotypes Define Glioma Microenvironments: Insights From Multi-Omics Integration 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70028 PMID:39989140	research paper	该研究通过多组学整合分析，提出了一种新的CHI3L1相关血管表型分类，用于定义胶质瘤微环境	首次提出CHI3L1相关血管表型分类，并构建了血管相关风险(VR)评分，为胶质瘤的治疗策略优化提供了新见解	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性研究验证	探究CHI3L1信号通路在胶质瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用	胶质瘤及其微环境	digital pathology	glioma	bulk and single-cell transcriptome, genomics, digital pathology	machine learning algorithms	transcriptome, genomics, digital pathology, clinical data	多个数据集（具体样本量未明确说明）
2855	2025-05-04	The correlation between immune profiles and pathological changes in pulmonary tuberculosis granulomas revealed by bioinformatic analysis and experimental validation 2025-May, Tuberculosis (Edinburgh, Scotland) DOI:10.1016/j.tube.2025.102614 PMID:39999566	研究论文	通过生物信息学分析和实验验证揭示了免疫特征与肺结核肉芽肿病理变化之间的相关性	首次结合单细胞转录组和微环境空间特征分析免疫细胞对肉芽肿扩展的贡献，并通过机器学习筛选出6种与肉芽肿大小相关的细胞因子	研究结果需要在更大规模的队列中进行进一步验证	探究免疫系统在肺结核肉芽肿结构形成中的作用	肺结核肉芽肿和患者外周血免疫细胞	生物信息学	肺结核	单细胞转录组测序、免疫荧光、流式细胞术	机器学习	转录组数据、图像数据	已发表的Mtb感染患者和健康对照的外周血转录组数据，以及本地队列的验证数据
2856	2025-05-04	Selective changes in vasopressin neurons and astrocytes in the suprachiasmatic nucleus of Prader-Willi syndrome subjects 2025-May, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.70015 PMID:40055943	research paper	该研究探讨了Prader-Willi综合征(PWS)患者下丘脑视交叉上核(SCN)中精氨酸加压素(AVP)神经元和星形胶质细胞的选择性变化	首次揭示了PWS患者SCN中AVP神经元数量增加和星形胶质细胞减少的特定变化	研究样本来自尸检组织，可能存在死后变化影响结果	探究PWS患者昼夜节律紊乱的神经生物学基础	PWS患者和匹配对照的下丘脑视交叉上核组织	神经生物学	Prader-Willi综合征	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织图像数据	PWS患者和对照的尸检下丘脑组织样本(具体数量未明确说明)
2857	2025-05-04	Mitochondrial fatty acid oxidation regulates adult muscle stem cell function through modulating metabolic flux and protein acetylation 2025-May, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00397-1 PMID:40065099	研究论文	本文揭示了线粒体脂肪酸氧化（FAO）在卫星细胞完整性和功能中的作用	发现脂肪酸氧化通过调节代谢流和蛋白质乙酰化控制卫星细胞功能	未探讨其他能量来源对卫星细胞代谢的影响	研究卫星细胞代谢调控机制	成年肌肉干细胞（卫星细胞）	细胞生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
2858	2025-05-04	Systemic inflammation impairs myelopoiesis and interferon type I responses in humans 2025-May, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02136-4 PMID:40251340	研究论文	该研究通过LPS诱导的系统性炎症模型，揭示了急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制，并提出了IFNβ作为潜在治疗选项	发现了一种炎症性单核细胞样亚群infMono，并揭示了IFNβ在恢复I型干扰素反应和促炎细胞因子产生中的作用	研究主要基于LPS诱导的模型，虽然在细菌性败血症和COVID-19患者中也有所发现，但需要更多临床验证	探究系统性炎症条件下急性高炎症期和晚期免疫抑制期的分子机制	人类系统性炎症模型及患者队列（细菌性败血症和COVID-19患者）	免疫学	细菌性败血症, 冠状病毒病	单细胞RNA测序	LPS诱导的系统性炎症模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
2859	2025-05-04	Unveiling the immune microenvironment of complex tissues and tumors in transcriptomics through a deconvolution approach 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14089-w PMID:40307726	研究论文	开发了一个名为DOCexpress_fastqc的docker化工具包和mySORT网络应用，用于从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞的组成	提出了一个简化的两步工作流程，整合了hisat2-stringtie管道和定制脚本，并通过mySORT应用使用反卷积算法解析21种免疫细胞亚类	虽然验证了合成伪批量数据，但可能仍需进一步在真实临床数据中验证	提高从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞组成的准确性，以推进癌症免疫治疗策略	肿瘤浸润白细胞的组成	生物信息学	黑色素瘤,头颈癌	RNA-seq, scRNA-seq	反卷积算法	转录组数据	使用来自黑色素瘤和头颈癌患者的scRNA-seq数据集生成的合成伪批量数据进行验证
2860	2025-05-04	CXCL12+ fibroblastic reticular cells in lymph nodes facilitate immune tolerance by regulating T cell-mediated alloimmunity 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182709 PMID:40309773	research paper	研究探讨了淋巴结中CXCL12高表达的纤维网状细胞（FRCs）在通过调节T细胞介导的同种免疫反应促进免疫耐受中的作用	首次揭示了CXCL12hi FRCs在淋巴结微环境中通过表达免疫调节基因促进心脏移植耐受的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类淋巴结数据有限，需要进一步验证	探究特定FRC亚群在控制同种免疫反应中的作用及其机制	小鼠和人类淋巴结中的CXCL12hi FRCs	免疫学	器官移植	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	小鼠和人类淋巴结样本