单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2841	2025-03-28	m6A is required for resolving progenitor identity during planarian stem cell differentiation 2022-11-02, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2021109895 PMID:35971838	研究论文	本研究探讨了m6A mRNA修饰在涡虫干细胞分化和组织稳态中的作用	揭示了m6A修饰与染色质修饰复合物NuRD之间未被认识的联系	研究结果主要基于涡虫模型，在高等生物中的适用性需要进一步验证	探究m6A mRNA修饰在干细胞分化和组织再生中的作用机制	涡虫干细胞(neoblasts)	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过20,000个细胞
2842	2025-03-28	Macrophage-specific inhibition of the histone demethylase JMJD3 decreases STING and pathologic inflammation in diabetic wound repair 2022-11, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-022-00919-5 PMID:36127466	研究论文	本研究探讨了JMJD3在糖尿病伤口修复中调控巨噬细胞炎症反应的作用机制	首次揭示了JMJD3通过JAK1,3/STAT3信号通路调控糖尿病伤口巨噬细胞炎症反应的新机制，并发现STING基因在其中的关键作用	研究主要基于动物模型和体外实验，需要进一步临床验证	探究糖尿病伤口愈合障碍的分子机制并寻找潜在治疗靶点	糖尿病伤口中的巨噬细胞	分子生物学	糖尿病并发症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Jmjd3Lyz2基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类和小鼠糖尿病伤口样本
2843	2025-03-28	Venus: An efficient virus infection detection and fusion site discovery method using single-cell and bulk RNA-seq data 2022-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010636 PMID:36301997	研究论文	介绍了一种名为Venus的高效计算方法，用于病毒检测和整合位点发现，适用于单细胞和批量RNA-seq数据	提出了一种新的计算流程Venus，能够在单细胞和批量RNA-seq数据中高效准确地检测病毒及其整合位点	未明确提及具体限制	开发一种高效准确的病毒检测和整合位点发现方法，以支持公共卫生和病毒病理学研究	病毒感染的细胞和组织，特别是HBV、HIV等病毒	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	包括HBV相关肝细胞癌、HIV感染接受抗逆转录病毒治疗的患者、HIV感染的神经系统患者和深度测序的T细胞
2844	2025-03-28	Single-cell roadmap of human gonadal development 2022-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04918-4 PMID:35794482	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学、染色质可及性分析及荧光显微镜技术，绘制了人类第一和第二孕期性腺发育的全面图谱	揭示了人类特异性调控程序，定义了性别决定时的体细胞状态，包括双潜能早期支持群体，以及在男性和女性性腺发育中的关键细胞和分子事件	研究依赖于有限的样本获取，且人类与小鼠之间的关键差异可能影响结果的普适性	探索人类性腺发育的细胞和分子机制，以指导体外性腺发生研究	人类和小鼠的性腺发育过程	发育生物学	生殖系统疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、染色质可及性分析、荧光显微镜	NA	转录组数据、显微图像	人类第一和第二孕期的性腺样本及小鼠等效发育阶段样本
2845	2025-03-28	Molecular hallmarks of heterochronic parabiosis at single-cell resolution 2022-03, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04461-2 PMID:35236985	研究论文	通过单细胞RNA测序研究异时共生中年轻和老年血液对不同器官细胞类型的特异性反应	首次在单细胞水平上揭示了异时共生中年轻血液对多种器官细胞类型的基因表达影响，特别是线粒体功能在恢复老化中的作用	研究仅关注了基因表达变化，未涉及这些变化的长期功能影响	探索血液因子与细胞完整性之间的系统性相互作用	20个器官的细胞类型，特别是脂肪间充质基质细胞、造血干细胞和肝细胞	分子生物学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	20个器官的单细胞数据
2846	2025-03-27	Erythroblastic island: the niche for erythroid terminal differentiation and beyond 2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000228 PMID:40129604	review	本文综述了关于红细胞岛（EBI）的最新发现，探讨了其潜在的免疫功能，并提供了未来研究的视角	挑战了传统观点，提出红细胞岛可能支持其他造血谱系细胞，并发现了红细胞岛巨噬细胞的新标记——促红细胞生成素受体	尚不清楚免疫倾向性红细胞母细胞是否及如何在红细胞岛中成熟	探讨红细胞岛的功能及其在造血系统中的潜在作用	红细胞岛（EBI）及其细胞组成	NA	NA	谱系追踪小鼠模型、成像流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
2847	2025-03-27	PRMT1 Ablation in Endothelial Cells Causes Endothelial Dysfunction and Aggravates COPD Attributable to Dysregulated NF-κB Signaling 2025-Mar-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411514 PMID:40135804	研究论文	本文研究了PRMT1在内皮细胞中的作用，特别是在慢性阻塞性肺病（COPD）发病机制中的角色	揭示了PRMT1作为肺内皮细胞功能的关键调节因子，防止NF-κB驱动的内皮功能障碍和衰老	PRMT1在内皮细胞中的具体作用机制仍需进一步研究	探讨PRMT1在内皮细胞中的作用及其在COPD发病机制中的影响	内皮细胞和慢性阻塞性肺病（COPD）	分子生物学	慢性阻塞性肺病（COPD）	RNA测序（bulk RNA sequencing和single-cell RNA sequencing）	内皮特异性PRMT1敲除小鼠	基因表达数据	小鼠模型和肺内皮细胞
2848	2025-03-27	Role and Validation of Lactylation-Related Gene Markers in Postmenopausal Osteoporosis 2025-Mar-25, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-025-05216-1 PMID:40131629	研究论文	本研究探讨了乳酸化相关基因标记在绝经后骨质疏松症中的作用及其验证	首次利用单细胞RNA测序数据和转录组数据，结合机器学习算法，揭示了乳酸化相关基因在绝经后骨质疏松症中的重要作用，并构建了诊断模型	研究样本量有限，且未进行实验验证	探究乳酸化相关基因在绝经后骨质疏松症中的作用，并寻找潜在的诊断生物标志物	绝经后骨质疏松症患者	数字病理学	骨质疏松症	scRNA-seq, 转录组测序, Mendelian randomization (MR) 分析	机器学习算法组合	单细胞RNA测序数据, 转录组数据	未明确提及具体样本数量
2849	2025-03-27	Macrophage Subpopulation Promotes Skeletal Muscle Regeneration Through HGF/MET Signaling-Mediated Skeletal Muscle Stem Cell Proliferation 2025-Mar-25, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70042 PMID:40132988	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了巨噬细胞亚群Mac_1通过HGF/MET信号通路促进骨骼肌干细胞增殖，从而促进骨骼肌再生的机制	首次鉴定出促进骨骼肌再生的巨噬细胞亚群Mac_1，并阐明其通过HGF/c-Met信号通路抑制Cdkn1b表达来促进肌肉卫星细胞增殖的分子机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究骨骼肌再生过程中巨噬细胞亚群的作用及其分子机制	年轻(8周龄)和老年(24月龄)小鼠的骨骼肌组织和肌肉卫星细胞	细胞生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序	3D肌肉类器官模型	基因表达数据	年轻和老年小鼠的骨骼肌组织
2850	2025-03-27	Single-cell sequencing combined with urinary multi-omics analysis reveals that the non-invasive biomarker PRDX5 regulates bladder cancer progression through ferroptosis signaling 2025-Mar-24, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13881-y PMID:40122834	研究论文	本研究通过单细胞测序和尿液多组学分析揭示了非侵入性生物标志物PRDX5通过铁死亡信号调控膀胱癌进展的机制	首次结合单细胞RNA测序和尿液多组学数据，系统研究了PRDX5在膀胱癌中的表达特征及其通过调控ROS水平和铁死亡通路促进肿瘤进展的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明过氧化物酶5(PRDX5)在膀胱癌中的表达特征及其生物学意义，特别是研究其通过调控活性氧(ROS)水平和激活铁死亡通路对膀胱癌进展的影响	膀胱癌组织和细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、尿液蛋白质组学、转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的膀胱癌组织样本和单细胞测序数据
2851	2025-03-27	Checkpoint kinase 1 in colorectal cancer: Upregulation of expression and promotion of cell proliferation 2025-Mar-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i3.101725 PMID:40130044	研究论文	本研究探讨了检查点激酶1（CHEK1）在结直肠癌（CRC）中的表达及其对癌细胞增殖的促进作用	首次通过单细胞RNA测序和组织微阵列数据全面分析CHEK1在CRC中的表达和功能，并探索其作为治疗靶点的潜力	数据集多样性有限，需要进一步研究其具体机制	研究CHEK1在CRC中的表达和功能，探索其作为新型治疗靶点的潜力	结直肠癌细胞和组织	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、分子对接、CRISPR敲除实验	NA	RNA测序数据、组织微阵列数据、公共数据库mRNA表达数据	GSE144735数据集中的CRC细胞及多个公共数据库中的mRNA表达数据
2852	2025-03-27	Enhancing TREM2 expression activates microglia and modestly mitigates tau pathology and neurodegeneration 2025-Mar-23, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03420-8 PMID:40122810	研究论文	本研究探讨了TREM2在tau病理和神经退行性变中的作用，发现增强TREM2表达可适度减轻tau病理和神经退行性变	首次在PS19 tauopathy小鼠模型中诱导过表达人类野生型TREM2和R47H变体，揭示了TREM2在调节小胶质细胞活性和tau病理中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，结果对人类疾病的适用性尚不明确	探究TREM2在tau病理和神经退行性变中的作用及其潜在治疗价值	PS19 tauopathy小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明
2853	2025-03-27	Inhibition of stromal MAOA leading activation of WNT5A enhance prostate cancer immunotherapy by involving the transition of cancer-associated fibroblasts 2025-Mar-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010555 PMID:40121032	研究论文	研究探讨了基质细胞中MAOA抑制通过激活WNT5A增强前列腺癌免疫治疗的机制	揭示了MAOA通过调节癌症相关成纤维细胞转化和WNT5A-Ca2+-NFATC1信号通路增强CD8+ T细胞活性的新机制	研究主要基于小鼠模型，人体内的效果尚需进一步验证	探索基质MAOA在前列腺癌免疫微环境中的作用及其作为治疗靶点的潜力	前列腺癌基质细胞、CD8+ T细胞、癌症相关成纤维细胞	肿瘤免疫学	前列腺癌	单细胞测序、体外共培养、小鼠移植瘤模型、双人源化小鼠模型	动物模型	测序数据、细胞实验数据	未明确说明样本数量，使用了小鼠模型和体外培养细胞
2854	2025-03-27	Bulk and single-cell RNA sequencing reveal the roles of neutrophils in pediatric Crohn's disease 2025-Mar-22, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-025-03961-x PMID:40121337	research paper	本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，探索了中性粒细胞在儿童克罗恩病中的作用及其潜在生物标志物和治疗靶点	揭示了中性粒细胞在克罗恩病中的数量和功能状态变化，及其与其他细胞类型的增强相互作用，提出了中性粒细胞作为治疗靶点的潜力	研究样本仅限于回肠和结肠活检样本，可能无法全面反映克罗恩病的整体情况	探索克罗恩病的分子机制、细胞类型及其潜在生物标志物和治疗靶点	儿童克罗恩病患者的中性粒细胞	digital pathology	Crohn's disease	single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	回肠和结肠活检样本
2855	2025-03-27	Mapping Gene Expression in Whole Larval Brains of Bicyclus anynana Butterflies 2025-Mar-13, Methods and protocols IF:2.3Q3 DOI:10.3390/mps8020031 PMID:40126249	研究论文	优化了杂交链反应3.0（HCR v3.0）协议，以可视化非洲蝴蝶幼虫大脑中多个RNA分子的表达	优化了聚丙烯酰胺凝胶固定、固定和样品渗透步骤，并在单细胞分辨率下绘制了十个基因在幼虫全脑组织中的表达域	未提及具体局限性	研究蝴蝶幼虫大脑在分子水平上的行为变化	非洲蝴蝶（Bicyclus anynana）的幼虫大脑	分子生物学	NA	杂交链反应3.0（HCR v3.0）	NA	RNA分子表达数据	未提及具体样本数量
2856	2025-03-27	Single-Cell Transcriptomic Approaches for Decoding Non-Coding RNA Mechanisms in Colorectal Cancer 2025-Mar-10, Non-coding RNA IF:3.6Q2 DOI:10.3390/ncrna11020024 PMID:40126348	综述	本文综述了单细胞转录组学方法在解码结直肠癌中非编码RNA机制方面的最新进展	强调了单细胞生物信息学方法在非编码RNA分析中的应用，包括序列和结构基础的方法、机器学习应用以及多组学数据整合	未提及具体的研究局限性	综述单细胞生物信息学在结直肠癌非编码RNA研究中的现状并展望未来方向	结直肠癌中的非编码RNA	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习	转录组数据	NA
2857	2025-03-27	Myeloma cell-intrinsic ANXA1 elevation and T cell dysfunction contribute to BCMA-negative relapse after CAR-T therapy 2025-Mar-08, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.03.001 PMID:40057828	research paper	该研究探讨了多发性骨髓瘤（MM）在抗B细胞成熟抗原（BCMA）CAR-T细胞治疗后复发的原因，发现ANXA1的高表达与BCMA阴性复发相关	首次发现ANXA1的高表达与BCMA阴性多发性骨髓瘤复发相关，并验证了ANXA1作为潜在治疗靶点的有效性	研究样本量较小，仅基于单例患者的单细胞转录组测序数据	探究多发性骨髓瘤在CAR-T细胞治疗后BCMA阴性复发的机制	多发性骨髓瘤患者和CAR-T细胞	肿瘤免疫治疗	多发性骨髓瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	1例CAR-T治疗后复发的多发性骨髓瘤患者
2858	2025-03-27	Identifying gene expression and cellular pathways involved in glomerular AL-amyloidosis and correlation with experimental data: seeking novel therapeutic interventions 2025-Mar-04, Ultrastructural pathology IF:1.1Q4 DOI:10.1080/01913123.2025.2468708 PMID:39985165	research paper	本研究通过空间转录组学分析肾小球淀粉样变性不同阶段的基因表达和细胞通路，寻找新的治疗靶点	首次在人类肾小球中探测了淀粉样轻链与系膜细胞相互作用时的基因表达谱和激活的细胞通路	样本量较小（仅5例肾活检样本）	寻找改善或消除肾损伤的新型治疗干预措施	肾小球淀粉样变性患者的系膜细胞	digital pathology	renal disease	spatial transcriptomics	NA	gene expression data	5例肾活检样本（不同阶段肾小球淀粉样变性）和正常对照
2859	2025-03-27	Spatially Resolved Single-Cell Transcriptome Analysis of Mycosis Fungoides Reveals Distinct Biomarkers GNLY and FYB1 Compared With Psoriasis and Chronic Spongiotic Dermatitis 2025-Mar, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100681 PMID:39675427	research paper	通过空间分辨单细胞转录组分析，研究蕈样肉芽肿（MF）与银屑病及慢性海绵性皮炎的差异生物标志物GNLY和FYB1	首次利用空间分辨单细胞转录组技术鉴定出GNLY和FYB1作为区分MF与银屑病及慢性海绵性皮炎的特异性生物标志物	样本量相对有限（150例患者），且免疫组化验证的敏感性和特异性仍有提升空间	探索区分蕈样肉芽肿与炎症性皮肤病的诊断标志物	蕈样肉芽肿、银屑病和慢性海绵性皮炎患者的表皮内T细胞	digital pathology	skin disease	spatially resolved single-cell transcriptome analysis, immunohistochemistry	NA	transcriptomic data, immunohistochemical data	150例患者（56例MF，48例银屑病，46例慢性湿疹）
2860	2025-03-27	Esr1-Dependent Signaling and Transcriptional Maturation in the Medial Preoptic Area of the Hypothalamus Shapes the Development of Mating Behavior during Adolescence 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.640339 PMID:40060480	research paper	本研究探讨了青春期期间内侧视前区（MPOA）的转录动态及其对交配行为发展的影响	揭示了雌激素受体1（Esr1）在青春期MPOA GABA能神经元转录成熟中的关键作用，并发现了性别特异的基因调控网络	研究仅在小鼠中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究青春期期间MPOA的转录动态及其对交配行为发展的影响	青春期发育期间的雄性和雌性小鼠	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和杂交技术	NA	RNA测序数据	雄性和雌性小鼠