单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2821	2025-04-12	Machine learning and deep learning to identifying subarachnoid haemorrhage macrophage-associated biomarkers by bulk and single-cell sequencing 2024-05, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18296 PMID:38702954	研究论文	通过单细胞转录组测序和批量RNA-seq研究蛛网膜下腔出血（SAH）巨噬细胞亚群，并识别相关关键基因以改进诊断和治疗策略	首次识别SAH相关巨噬细胞亚群，构建基于10个关键基因的诊断模型，并发现CD14、GPNMB、SPP1和PRDX5作为潜在治疗靶点	需要进一步的实验和临床研究来验证这些发现并探索靶点在SAH治疗中的临床意义	改进蛛网膜下腔出血的诊断和治疗策略	SAH大鼠模型中的巨噬细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组测序, 批量RNA-seq	CNN, 机器学习算法	RNA-seq数据	SAH大鼠模型的脑组织样本
2822	2025-04-12	Characterizing Neutrophil Subtypes in Cancer Using scRNA Sequencing Demonstrates the Importance of IL1β/CXCR2 Axis in Generation of Metastasis-specific Neutrophils 2024-02-29, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0319 PMID:38358352	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究健康和恶性肿瘤中中性粒细胞的转录亚型及其发育谱系	首次全面比较健康和恶性肿瘤中中性粒细胞的转录状态，并发现IL1β/CXCR2轴在转移特异性中性粒细胞生成中的关键作用	研究主要基于转录组数据，需要更多功能实验验证	探究中性粒细胞在癌症中的异质性及其在转移过程中的作用机制	人类和小鼠的中性粒细胞	肿瘤免疫学	肺癌、乳腺癌、结直肠癌	scRNA测序	NA	RNA测序数据	公共数据集和独立生成的人类和小鼠数据集
2823	2025-04-12	Recent insights into the pathogenesis and therapeutic targets of chronic liver diseases 2023-Oct, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2023-100020 PMID:38074919	评论	本文综述了慢性肝病的发病机制及治疗靶点的最新研究进展	重点讨论了非编码RNA、自噬、肝外信号传导、巨噬细胞等在肝病中的作用，以及单细胞RNA测序在肝病研究中的应用	未提及具体研究数据或实验验证	探讨慢性肝病的发病机制及潜在治疗靶点	病毒性肝炎、酒精性肝病(ALD)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)及肝癌	肝病学	慢性肝病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
2824	2025-04-12	The Tabula Sapiens: A multiple-organ, single-cell transcriptomic atlas of humans 2022-05-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abl4896 PMID:35549404	research paper	该研究创建了一个包含来自24个不同组织和器官的近50万个细胞的人类参考图谱，用于分子表征细胞类型及其在组织间的分布	利用同一供体的多个组织，鉴定了T细胞在组织间的克隆分布、B细胞的组织特异性突变率，并分析了共享细胞类型在组织间的细胞周期状态和增殖潜力	NA	创建人类单细胞转录组图谱，以促进对细胞生物学和人体器官生理学的新理解	人类24个不同组织和器官的近50万个细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	近50万个细胞，来自24个不同组织和器官，许多来自同一供体
2825	2025-04-11	Integrated bioinformatics analysis to develop diagnostic models for malignant transformation of chronic proliferative diseases 2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000226 PMID:40201199	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析，开发了用于慢性增殖性疾病恶性转化的诊断模型	整合PV和AML的公共数据集，识别差异表达基因并构建加权相关网络，开发诊断模型，并通过临床样本验证基因表达	慢性疾病转化的长期性使得PV患者AML转化前后的纵向高通量测序研究复杂化	开发慢性增殖性疾病恶性转化的诊断模型，解决早期检测和干预的挑战	PV和AML患者	生物信息学	白血病	RNA-seq, scRNA-seq, cMAP, 分子对接	机器学习算法	基因表达数据	NA
2826	2025-04-11	Single-Cell Transcriptomics Identifies a Prominent Role for the MIF-CD74 Axis in Myasthenia Gravis Thymus 2025-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200384 PMID:40117520	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了MIF-CD74轴在重症肌无力胸腺中的重要作用	首次构建了EOMG患者胸腺淋巴细胞的单细胞转录谱，并发现MIF-CD74轴在B细胞存活信号传导中的主导作用	样本量较小（仅11例未接受免疫治疗的EOMG患者）	探究早发型AChR抗体阳性重症肌无力的胸腺增生机制	11例未接受免疫治疗的EOMG患者的胸腺淋巴细胞	单细胞转录组学	重症肌无力	单细胞转录组测序、多重组织学染色、ELISA	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	11例EOMG患者的胸腺样本
2827	2025-04-11	Regulatory T Cell Infiltration-Driven Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies SAP18 as a Prognostic Marker for Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr-10, Journal of gastrointestinal cancer IF:1.6Q4 DOI:10.1007/s12029-025-01174-3 PMID:40208395	研究论文	通过整合GEO来源的批量RNA测序数据和单细胞转录组数据，开发了一个预后模型，并验证了SAP18作为食管鳞状细胞癌预后标志物的潜力	首次通过单细胞转录组分析揭示了Tregs在食管鳞状细胞癌免疫抑制微环境中的关键作用，并鉴定了SAP18作为新的预后标志物和治疗靶点	研究样本量可能有限，且需要在更大规模的临床队列中进一步验证模型的预测能力	探索Tregs在食管鳞状细胞癌免疫微环境中的作用，并开发预后预测模型	食管鳞状细胞癌患者样本和细胞系	数字病理学	食管鳞状细胞癌	RNA测序、单细胞转录组分析、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、CCK8、Transwell侵袭实验、划痕实验、集落形成实验、免疫荧光	预后预测模型	转录组数据、临床数据	未明确说明具体样本数量，但使用了GEO数据库数据和临床标本
2828	2025-04-11	IL-34 promotes the inflammatory role of the IL-1β-producing myeloid cells in pemphigus lesions 2025-Apr-09, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf130 PMID:40203120	research paper	本研究探讨了髓系细胞在天疱疮病变中形成异位淋巴样结构(ELSs)的作用，并发现IL-34通过促进IL-1β产生的髓系细胞在炎症和趋化途径中起关键作用	首次揭示了IL-34通过协同TNF-α增强IL1B_Macro分化，并证实角质形成细胞是天疱疮病变中IL-34升高的主要来源	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，需要进一步的体内实验验证	探究天疱疮病变中髓系细胞在ELSs形成中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	天疱疮患者的皮肤病变组织	免疫学	天疱疮	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术、体外培养实验	NA	RNA测序数据、免疫组化图像、流式细胞数据	未明确说明样本数量（天疱疮患者皮肤组织）
2829	2025-04-11	Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq 2025-Apr-09, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01157-5 PMID:40204970	研究论文	本文介绍了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法，该方法具有高细胞保留率和适用于小样本量的特点	该方法整合了索引分选、随机引物和rRNA去除技术，显著提高了细胞保留率（95%），并能在每个细胞中检测到300-600个基因	NA	开发一种高效率和可靠的细菌单细胞转录组测序方法	细菌单细胞转录组	微生物组学	NA	MATQ-seq, scRNA-seq, FACS, rRNA去除	NA	转录组数据	使用Salmonella enterica等模式生物进行验证
2830	2025-04-11	A robust diagnostic model for high-risk MASH: integrating clinical parameters and circulating biomarkers through a multi-omics approach 2025-Apr-09, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10792-9 PMID:40205303	研究论文	本研究旨在通过多组学方法开发一个稳健的高风险MASH诊断模型	整合循环生物标志物和临床参数，开发了ABD-LTyG预测模型，并验证其在诊断高风险MASH中的优越性	样本量相对较小，需要进一步扩大验证队列以确认模型的普适性	开发一个用于诊断高风险MASH的稳健模型	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）患者	数字病理学	肝病	蛋白质组学分析、转录组分析、scRNA-seq、免疫荧光双标记、LASSO回归	ABD-LTyG预测模型	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据、临床参数	发现队列144人，验证队列171人
2831	2025-04-11	Analysis of the Relationship Between NLRP3 and Alzheimer's Disease in Oligodendrocytes based on Bioinformatics and In Vitro Experiments 2025-Apr-09, Current Alzheimer research IF:1.8Q4 DOI:10.2174/0115672050376534250310061951 PMID:40207815	研究论文	本研究通过生物信息学分析和分子生物学实验，探讨了少突胶质细胞中NLRP3与阿尔茨海默病（AD）的潜在关联	结合生物信息学与分子生物学实验验证NLRP3在AD中的高表达及其与疾病的密切关系，并构建基于五个关键基因的诊断模型	研究主要基于公共数据集和体外实验，缺乏体内实验验证	探索NLRP3在少突胶质细胞中与AD的关联，并构建AD诊断模型	阿尔茨海默病患者和健康对照的基因表达数据及少突胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	生物信息学分析、RT-PCR、免疫荧光、Western blot	LASSO回归、随机森林、SVM	基因表达数据	公共数据集中的AD患者和健康对照样本
2832	2025-04-11	HMOX1-LDHB interaction promotes ferroptosis by inducing mitochondrial dysfunction in foamy macrophages during advanced atherosclerosis 2025-Apr-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.011 PMID:39731912	研究论文	本研究揭示了高级动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞铁死亡的细胞和分子机制，并提出了潜在的治疗策略	发现了HMOX1-LDHB相互作用通过诱导线粒体功能障碍促进泡沫巨噬细胞铁死亡的新机制	研究主要基于RNA测序数据，缺乏直接的体内实验验证	探究高级动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞死亡的机制	泡沫巨噬细胞	分子生物学	心血管疾病	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2833	2025-04-11	Comprehensive bioinformatics analysis identified HMGB3 as a promising immunotherapy target for glioblastoma multiforme 2025-Apr-07, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02235-6 PMID:40192954	研究论文	通过综合生物信息学分析，确定HMGB3作为多形性胶质母细胞瘤（GBM）的潜在免疫治疗靶点	首次将HMGB3识别为GBM中具有异质性和免疫抑制特性的分子，并探讨其作为精准治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索GBM发展的分子机制并寻找相关预后生物标志物	多形性胶质母细胞瘤（GBM）	生物信息学	多形性胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，批量RNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
2834	2025-04-11	Integrating multi-omics data reveals the antitumor role and clinical benefits of gamma-delta T cells in triple-negative breast cancer 2025-Apr-07, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14029-8 PMID:40197136	research paper	该研究通过整合多组学数据，揭示了γδ T细胞在三阴性乳腺癌中的抗肿瘤作用及其临床益处	首次全面评估γδ T细胞在乳腺癌中的作用，并建立了基于MRI的放射组学模型来预测γδ T细胞丰度	研究结果主要针对三阴性乳腺癌，对其他乳腺癌亚型的适用性尚不明确	探究γδ T细胞在乳腺癌中的作用及其临床价值	三阴性乳腺癌患者及其γδ T细胞	digital pathology	breast cancer	bulk and single-cell sequencing, radiomics, MRI, genomic analysis, immunohistochemistry	radiomic model	genomic data, imaging data, clinical data	未明确提及具体样本数量
2835	2025-04-11	Mitochondrial genetic landscape and its correlation with immune cell infiltration in preeclampsia: Insights from bioinformatics 2025-Apr-05, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2025.104527 PMID:40203595	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别了与线粒体相关的基因（MRGs）及其在子痫前期（PE）中的可能调控机制，并探讨了这些基因与免疫细胞浸润的关联	发现了五个关键的MRGs（MOCS1、CYP11A1、GATM、SFXN3和BCL2L11），这些基因对PE具有高诊断准确性，并与免疫细胞浸润相关，其中CYP11A1可能是HELLP综合征的潜在生物标志物	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受到样本量和数据质量的限制，且需要进一步的实验验证	探讨线粒体相关基因在子痫前期中的调控机制及其与免疫微环境的相互作用	子痫前期（PE）患者及其胎盘组织	生物信息学	子痫前期	LASSO回归分析、基因集富集分析（GSEA）、单细胞测序分析、免疫荧光染色	NA	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE114691、GSE190971、GSE75010、GSE25906）
2836	2025-04-11	CXCL12/CXCR4 axis mediates CD8 + T cell overactivation in the progression of viral myocarditis 2025-Apr-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06394-6 PMID:40186195	研究论文	本研究探讨了CXCL12/CXCR4轴在病毒性心肌炎中如何介导CD8+T细胞的过度激活	揭示了CXCL12/CXCR4轴在驱动CD8+T细胞反应中的新作用，并提出了该轴作为心肌炎治疗的新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化需进一步验证	探究病毒性心肌炎中CD8+T细胞过度激活的分子机制	儿童外周血单个核细胞及病毒性心肌炎小鼠模型	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、细胞删除与过继转移、CXCR4阻断	病毒性心肌炎小鼠模型	RNA测序数据、细胞功能实验数据	未明确说明样本数量，涉及儿童外周血单个核细胞及小鼠模型
2837	2025-04-11	NAALAD2 mutations disrupt the fate of photoreceptor cells and retinal pigment epithelial cells during early retinal development 2025-Apr-02, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107724 PMID:40185296	研究论文	本文通过识别NAALAD2基因突变并利用小鼠模型，探讨了该突变与病理性近视发展的潜在联系	首次报道了NAALAD2基因突变与病理性近视的关联，并通过单细胞RNA测序揭示了突变对视网膜细胞组成和转录谱的影响	研究仅基于一个小鼠模型和一个中国家族，样本量有限	探讨NAALAD2基因突变与病理性近视发展的关系	NAALAD2基因突变小鼠模型和病理性近视患者家族	遗传学	近视	单细胞RNA测序	点突变敲入小鼠模型	基因表达数据	一个中国家族和相应的小鼠模型
2838	2025-04-11	S100A8/A9 innate immune signaling as a distinct mechanism driving progression of smoking-related breast cancers 2025-Apr, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03276-5 PMID:39856330	research paper	该研究揭示了S100A8/A9先天免疫信号作为吸烟相关乳腺癌进展的独特分子机制	发现了α7 nAChR-S100A8/A9-Syntaphilin免疫信号模块驱动尼古丁诱导的肿瘤进展，并将吸烟相关乳腺癌识别为一种独特的侵袭性亚型	研究主要关注吸烟相关乳腺癌，未涉及其他环境因素或遗传因素对乳腺癌进展的影响	探索吸烟如何通过先天免疫信号促进乳腺癌进展的分子机制	吸烟相关的乳腺癌细胞和患者样本	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但包括乳腺癌细胞和患者样本
2839	2025-04-11	MiR-146a engineered extracellular vesicles derived from mesenchymal stromal cells more potently attenuate ischaemia-reperfusion injury in lung transplantation 2025-Apr, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70298 PMID:40195092	研究论文	研究通过雾化递送工程化的人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡（hucMSC-EVs）来减轻大鼠肺移植模型中的缺血再灌注损伤（IRI）	使用miR-146a修饰的hucMSC-EVs通过抑制NLRP3炎症小体激活来减轻IRI，并通过雾化递送实现非侵入性治疗	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	探索减轻肺移植中缺血再灌注损伤的新方法	大鼠肺移植模型和细胞冷保存再灌注模型	数字病理	肺移植相关疾病	Bulk-RNA测序、单细胞测序分析、免疫荧光和Western blot	大鼠原位肺移植模型	基因表达数据和蛋白质数据	NA
2840	2025-04-11	Randomized phase 2 trial of pembrolizumab alone or in combination with low dose chemotherapy for patients with non-small cell lung cancer and poor performance status 2025-Mar-27, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108513 PMID:40203764	研究论文	该研究比较了单独使用pembrolizumab或与低剂量化疗联合使用对非小细胞肺癌（NSCLC）且身体状况较差患者的疗效	首次在身体状况较差的NSCLC患者中比较了pembrolizumab单独使用与联合低剂量化疗的疗效，并提供了长期生存数据	样本量较小（43名患者），且仅20名患者可评估反应，可能影响统计效力	评估pembrolizumab单独或联合低剂量化疗在身体状况较差的晚期NSCLC患者中的疗效和安全性	晚期非小细胞肺癌且ECOG评分为2的患者	肿瘤学	非小细胞肺癌	流式细胞术和单细胞测序	随机对照试验	临床数据和生物标志物数据	43名患者（每组20名可评估反应）