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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2821 | 2025-08-04 |
Rotation-invariance is essential for accurate detection of spatially variable genes in spatial transcriptomics
2025-Aug-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62574-4
PMID:40753081
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2822 | 2025-10-06 |
Comprehensive Single-Cell RNA Atlas of Human Laryngeal Normal, Preneoplastic, and Tumorigenic States
2025-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3679
PMID:40407728
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析喉部正常、癌前和肿瘤状态的细胞微环境差异 | 构建了首个声带息肉和声带白斑的单细胞图谱,并扩展了喉鳞状细胞癌的癌细胞图谱,揭示了VCL作为良恶性过渡病变的混合微环境特征 | 样本量相对有限(36例患者),需要更大规模研究验证发现 | 阐明声带白斑向喉鳞状细胞癌进展的分子机制 | 36例声带息肉、声带白斑和喉鳞状细胞癌患者的手术组织标本 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 36例患者,包含318,907个细胞和12,679个空间转录组位点 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
2823 | 2025-10-06 |
Mapping the peripheral immune landscape of Parkinson's disease patients with single-cell sequencing
2025-Aug-01, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf066
PMID:40417848
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研究论文 | 通过单细胞测序绘制帕金森病患者外周免疫图谱 | 首次使用单细胞RNA和T细胞受体测序全面分析帕金森病患者外周免疫细胞转录组变化,识别出疾病特异性免疫特征和潜在生物标志物 | 样本量相对有限(10名健康对照和14名帕金森病患者),仅关注外周免疫系统 | 探索帕金森病患者外周免疫细胞的转录组变化,寻找疾病特征和潜在血液生物标志物 | 帕金森病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞测序分析 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序 | 生物信息学聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 78,876个细胞(来自10名健康对照和14名帕金森病患者) | NA | 单细胞RNA测序,单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
2824 | 2025-10-06 |
Early transcriptional states of spermatogonia and marker expressions in the prepubertal human testis following chemotherapy-induced depletion
2025-Aug-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deaf103
PMID:40482072
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究化疗诱导的精原细胞耗竭后青春期前人类睾丸中精原细胞的分化状态和标志物表达 | 首次在青春期前儿童癌症患者中证实睾丸仅含有未分化精原细胞,并发现表达UTF1和PIWIL4标志物的精原细胞亚型对化疗诱导的耗竭更具抵抗力 | 研究人群在年龄和治疗暴露方面存在异质性,无法单独评估特定癌症治疗的影响,组织可用性有限降低了统计功效,不同精原细胞标志物表达的相关性仅为指示性趋势 | 研究正常条件下和化疗诱导精原细胞耗竭后青春期前睾丸中精原细胞的分化状态 | 青春期前人类睾丸组织和儿童癌症患者的睾丸组织样本 | 单细胞生物学 | 儿童癌症 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 6个健康男孩睾丸样本(0-17岁),14个生物库对照样本(中位年龄4.9岁),31个儿童癌症患者睾丸样本(中位年龄6.8岁) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2825 | 2025-10-06 |
Batch correction methods used in single-cell RNA sequencing analyses are often poorly calibrated
2025-Aug-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279886.124
PMID:40623818
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研究论文 | 比较八种单细胞RNA测序数据批次校正方法的性能表现 | 提出了一种新方法来评估批次校正方法在精细尺度上对数据的改变程度 | 仅评估了八种方法,可能未涵盖所有现有批次校正方法 | 评估单细胞RNA测序数据批次校正方法的校准效果 | 单细胞RNA测序数据批次校正方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2826 | 2025-10-06 |
A novel multislice framework for precision 3D spatial domain reconstruction and disease pathology analysis
2025-Aug-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280281.124
PMID:40659497
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研究论文 | 提出一种名为STMSC的多切片联合分析框架,用于精确三维空间域重建和疾病病理分析 | 开发了具有预校正机制的多切片联合分析框架,能够精确识别复杂空间域并重建三维组织结构 | NA | 通过空间转录组学技术深入解析组织成分和机制,推进疾病病理学研究 | 连续组织切片和病理数据集,重点关注癌症微环境 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学,H&E成像 | 图注意力自编码器 | 空间转录组数据,H&E图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2827 | 2025-10-06 |
Integrated system for screening tumor-specific TCRs, epitopes, and HLA subtypes using single-cell sequencing data
2025-Jul-31, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012029
PMID:40744664
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研究论文 | 开发了一种集成系统,用于从单细胞测序数据中筛选肿瘤特异性TCR、表位和HLA亚型 | 开发了快速TCR组装方法,可在2天内构建TCR文库,并建立了HLA敲除的抗原呈递系统和Jurkat NFAT-GFP报告细胞系 | 仅通过小规模筛选验证了HPV16特异性TCR,需要更大规模的验证 | 开发高效可扩展的方法识别肿瘤特异性TCR以推进TCR-T免疫治疗 | 宫颈癌患者的HPV16特异性T细胞 | 免疫治疗 | 宫颈癌 | 单细胞测序,TCR组装,抗原呈递系统,报告细胞系筛选 | NA | 单细胞测序数据 | HPV16阳性宫颈癌患者数据集 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
2828 | 2025-10-06 |
Integrative network pharmacology and multi-omics reveal anisodamine hydrobromide's multi-target mechanisms in sepsis
2025-Jul-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13187-w
PMID:40744980
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研究论文 | 通过整合网络药理学和多组学方法揭示氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制 | 首次整合网络药理学、机器学习、免疫学分析、分子模拟和单细胞转录组学,系统阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制 | NA | 阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症治疗中的作用机制 | 脓毒症患者和动物模型 | 生物信息学 | 脓毒症 | 网络药理学, 机器学习, 免疫学分析, 分子模拟, 单细胞转录组学 | 生存模型, 分子对接模型, 分子动力学模拟 | 转录组数据, 蛋白质相互作用数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2829 | 2025-10-06 |
Multi-omics analysis unveiled fibroblast-mediated pathogenesis in male genital lichen sclerosus
2025-Jul-31, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01453-3
PMID:40745572
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研究论文 | 通过多组学分析揭示成纤维细胞在男性生殖器硬化性苔藓发病机制中的关键作用 | 首次构建男性生殖器硬化性苔藓的细胞图谱,发现成纤维细胞通过胶原-CD44轴和APP-CD74信号通路分别与T细胞和角质形成细胞的相互作用机制 | NA | 阐明男性生殖器硬化性苔藓的发病机制和关键生物标志物 | 男性生殖器硬化性苔藓组织样本 | 生物信息学 | 皮肤疾病 | 多组学分析,单细胞RNA测序,全基因组关联分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,基因组关联数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2830 | 2025-08-04 |
Single-cell sequencing-based study of ferroptosis mechanisms in heat stroke: identification of key biomarkers and dynamic analysis of the immune microenvironment
2025-Jul-31, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02188-3
PMID:40745616
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2831 | 2025-10-06 |
Comprehensive single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblast subpopulations and the prognostic association of COMT in prostate cancer progression, COMT , COMT
2025-Jul-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10624-8
PMID:40721434
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示前列腺癌中成纤维细胞亚群及其与预后的关联 | 首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序鉴定出三个不同的成纤维细胞亚群,并发现COMT基因在肿瘤来源成纤维细胞中的关键作用 | 需要进一步研究验证结果并探索COMT在前列腺癌进展和治疗抵抗中的机制作用 | 探索前列腺癌中成纤维细胞的分子景观并评估COMT表达的预后意义 | 前列腺癌样本中的成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光检测 | Cox回归风险评分模型 | 单细胞转录组数据, 临床数据 | 来自GEO数据库和TCGA数据库的前列腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2832 | 2025-10-06 |
Negative pressure mechanical signal increases the phosphorylation of eNOS Ser1177 by upregulating HSP90 expression to promote wound angiogenesis
2025-Jul-26, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.07.041
PMID:40721022
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研究论文 | 本研究揭示了负压伤口治疗通过GNAS/CREB1/HSP90轴促进eNOS Ser1177磷酸化从而加速伤口血管生成的机制 | 首次阐明了负压机械信号通过GNAS/CREB1/HSP90信号轴调控eNOS磷酸化促进血管生成的分子机制 | 研究主要基于体外机械拉伸模型和大鼠动物模型,临床验证尚需进一步研究 | 探究负压伤口治疗促进血管生成的生物力学机制 | 血管内皮细胞和大鼠背部伤口模型 | 分子生物学 | 慢性伤口 | 单细胞测序,Ch-IP,Co-IP,分子对接,分子生物学技术 | 机械拉伸模型,动物伤口模型 | 蛋白质表达数据,测序数据 | 大鼠背部伤口模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2833 | 2025-10-06 |
DNFE: Directed network flow entropy for detecting tipping points during biological processes
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013336
PMID:40729372
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研究论文 | 开发了一种基于有向网络流熵的方法,用于检测生物过程中的临界状态和驱动网络 | 提出了有向网络流熵方法,能够将组学数据转换为有向网络,相比传统无向网络方法具有更好的鲁棒性和有效性 | NA | 识别生物过程中的临界状态和驱动网络,预测活跃转录因子和暗基因 | 基因调控网络、转录因子、暗基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、批量测序 | 有向网络流熵算法 | 组学数据、单细胞数据、批量数据 | 六个真实数据集(三个单细胞数据集、两个批量肿瘤数据集、一个血液数据集) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
2834 | 2025-10-06 |
Phenotypic Analysis of Nasal CD69+ CD4+ Tissue-Resident Memory T Cells in Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps
2025-Jul, Journal of rhinology : official journal of the Korean Rhinologic Society
DOI:10.18787/jr.2025.00025
PMID:40744699
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术分析嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者鼻腔CD69+ CD4+组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征 | 首次发现鼻腔CD69+ CD103- CD4+ TRM细胞高频率表达Th2细胞标志物,并与疾病严重程度相关 | 样本来源仅限于手术患者,未涉及疾病早期阶段或不同亚型的比较分析 | 阐明嗜酸性慢性鼻窦炎中组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征 | 嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻腔息肉组织和外周血样本 | 免疫学 | 慢性鼻窦炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞数据, 单细胞RNA测序数据 | 接受内窥镜鼻窦手术的ECRS患者鼻腔组织和/或外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2835 | 2025-10-06 |
Distinct single-cell transcriptional profile in CD4+ T-lymphocytes among obese children with asthma
2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00270.2024
PMID:39868576
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童CD4+ T淋巴细胞的转录组差异 | 首次在单细胞水平揭示肥胖哮喘儿童独特的CD4+ T细胞转录特征,发现IL-7R、IL-32、PARP-1等新通路 | 样本量较小(8名参与者),需要进一步验证 | 表征肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童的单细胞CD4+转录谱差异 | 肥胖和正常体重哮喘儿童的CD4+ T淋巴细胞 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8名哮喘儿童(4名肥胖,4名正常体重) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2836 | 2025-10-06 |
Uncovering the molecular mechanisms of Qingdu Zengye Decoction in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: an integrative investigation
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1648294
PMID:40746726
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研究论文 | 通过整合计算药理学、功能实验和单细胞转录组分析揭示清毒增液汤治疗鼻咽癌的分子机制 | 首次结合网络药理学、分子对接和单细胞RNA测序技术系统阐明清毒增液汤在鼻咽癌治疗中的多靶点调控机制 | 未明确说明样本量大小,机制研究主要基于体外实验 | 阐明清毒增液汤治疗鼻咽癌的作用机制 | 鼻咽癌肿瘤细胞和肿瘤微环境 | 计算生物学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序,网络药理学,分子对接,蛋白质印迹,功能实验 | NA | 转录组数据,蛋白质相互作用数据,分子对接数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2837 | 2025-10-06 |
Epiplakin expression is lost in psoriatic skin lesions and is downregulated by IFN-γ in ex vivo skin cultures
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1617737
PMID:40746860
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光分析发现epiplakin在银屑病皮损中特异性下调,并证实IFN-γ是其下调的主要调控因子 | 首次发现epiplakin是plakin家族中唯一在银屑病皮损中特异性下调的成员,并揭示IFN-γ依赖的调控机制 | 研究主要基于外植体皮肤培养和小鼠模型,需要进一步在人体内验证 | 探究epiplakin在炎症性皮肤病银屑病中的表达调控机制 | 人类银屑病皮肤样本、健康皮肤样本、小鼠表皮 | 皮肤病学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 细胞因子处理 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 银屑病和健康皮肤样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2838 | 2025-10-06 |
Exploring the prognostic significance and therapeutic potential of SUCLG2 in prostate cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1592779
PMID:40747103
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研究论文 | 本研究构建了基于脂质代谢的前列腺癌风险模型,并探讨了SUCLG2在肿瘤进展和治疗抵抗中的关键作用 | 首次从脂质代谢角度构建16基因风险预后模型,并发现SUCLG2在管腔和基底/中间细胞亚群中的特异性富集 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于细胞系和部分临床样本 | 开发前列腺癌有效诊断和治疗策略,探索SUCLG2作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 前列腺癌患者样本(497例TCGA数据)和前列腺癌上皮细胞系22Rv1 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 高通量RNA测序、单细胞RNA测序、实时定量PCR、免疫荧光 | Cox比例风险回归、LASSO回归、基因集富集分析 | RNA测序数据、单细胞测序数据、临床样本数据 | 497例前列腺癌样本和22Rv1细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
2839 | 2025-10-06 |
Transcriptome combined single-cell sequencing explores molecular mechanisms of ANGPTL4 in sepsis-induced acute lung injury
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0328551
PMID:40743234
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研究论文 | 本研究通过转录组分析结合单细胞测序探索ANGPTL4在脓毒症诱导的急性肺损伤中的分子机制 | 首次系统分析ANGPTL4在急性肺损伤进展中的时空表达模式和功能网络,并预测其与药物的相互作用 | ANGPTL4与Q9BY76-槲皮素的相互作用需要进一步研究验证 | 探索ANGPTL4在脓毒症诱导的急性肺损伤中的分子机制 | 急性肺损伤患者和小鼠模型 | 单细胞测序 | 急性肺损伤 | 转录组分析, 单细胞测序, 分子对接 | NA | 基因表达数据 | 从GEO数据库获取的急性肺损伤患者数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2840 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell regulatory atlas and multi-omics data for differential treatment response and multimodal predictive modeling in CDK 4/6 inhibitor-treated breast cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1585574
PMID:40746611
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研究论文 | 整合单细胞调控图谱和多组学数据,开发CDK4/6抑制剂治疗乳腺癌的差异治疗反应预测模型 | 首次构建肿瘤预后调控子指数(TPRI)作为CDK4/6抑制剂反应预测的新型生物标志物,并通过多组学整合和实验验证 | 甲基化数据整合的样本量有限 | 解码CDK4/6抑制剂耐药机制并开发预测性生物标志物 | HR+/HER2-乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq, 多组学分析, qPCR, SCENIC, 逻辑回归 | 逻辑回归, 多模态预测模型 | 基因表达数据, 转录组数据, miRNA数据 | 单细胞数据14个样本, 批量多组学数据1149个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量多组学 | NA | NA |