单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 2821 - 2840 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2821 | 2025-10-06 |
AI identifies potent inducers of breast cancer stem cell differentiation based on adversarial learning from gene expression data
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae207
PMID:38701411
|
研究论文 | 基于对抗学习从基因表达数据中识别有效的乳腺癌干细胞分化诱导剂 | 开发了一种基于对抗学习的深度神经网络模型，能够有效消除不同数据域间的特异性偏差 | 仅基于转录组学数据，未考虑其他分子层面的信息 | 识别能够诱导乳腺癌干细胞分化的小分子化合物 | 乳腺癌干细胞(MDA-MB-231和MCF7细胞系) | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络, 对抗学习 | 基因表达数据 | 来自未处理人诱导多能干细胞不同分化阶段的公开单细胞RNA-Seq数据，以及LINCS数据库中的药物诱导基因表达谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2822 | 2025-10-06 |
scCRT: a contrastive-based dimensionality reduction model for scRNA-seq trajectory inference
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae204
PMID:38701412
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研究论文 | 提出了一种基于对比学习的降维模型scCRT，用于单细胞RNA测序数据的轨迹推断 | 整合了细胞级成对模块和集群级对比模块，充分利用上游分析的先验信息学习准确的细胞表示 | NA | 开发专门用于单细胞RNA测序轨迹推断的降维方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习降维模型 | 基因表达数据 | 54个真实数据集和81个合成数据集，总计135个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2823 | 2025-10-06 |
scEWE: high-order element-wise weighted ensemble clustering for heterogeneity analysis of single-cell RNA-sequencing data
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae203
PMID:38701413
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研究论文 | 提出一种基于高阶元素加权策略的单细胞RNA测序数据集成聚类方法scEWE | 提出高阶元素加权策略，为单个细胞分配不同的基聚类权重，并提取细胞间的高阶信息增强相似性关系表示能力 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的异质性分析性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2824 | 2025-10-06 |
A New Method for Constructing Macrophage-Associated Predictors of Treatment Efficacy Based on Single-Cell Sequencing Analysis
2024 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000497
PMID:37982646
|
研究论文 | 基于单细胞测序分析构建巨噬细胞相关治疗疗效预测因子的新方法 | 开发了基于单细胞测序的巨噬细胞相关风险评分(TRS)模型，能够预测结直肠癌患者的预后和治疗反应 | NA | 构建结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞的预后预测模型并评估其治疗预测价值 | 结直肠癌患者和肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞测序分析 | Cox回归, LASSO回归 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的结直肠癌患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2825 | 2025-10-06 |
Spatial pattern enhanced cellular and tissue recognition for spatial transcriptomics
2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf106
PMID:40746376
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研究论文 | 开发了一种名为SPECTRUM的空间转录组数据分析方法，用于细胞类型识别和空间社区检测 | 结合了先验已知的细胞类型特异性标记和空间加权方法，增强了细胞和组织识别的空间模式分析能力 | NA | 开发空间转录组数据分析工具以揭示组织空间组织的关键因素和机制 | 空间转录组数据中的细胞类型和空间社区 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | SPECTRUM | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2826 | 2025-10-06 |
Identification of m5C-related genes and subclusters in recurrent pregnancy loss
2025-Aug-02, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03580-9
PMID:40751792
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研究论文 | 通过生物信息学方法识别复发性流产中m5C相关基因并分析其与免疫细胞的关联 | 首次将复发性流产患者分为两个亚群并分析其免疫微环境差异，建立了高精度的诊断模型 | 样本量较小（48例子宫内膜组织样本），需要进一步实验验证 | 阐明m5C相关基因与复发性流产发病机制的关系 | 复发性流产患者的子宫内膜组织样本 | 生物信息学 | 复发性流产 | 机器学习，单细胞RNA测序，基因集富集分析 | 机器学习模型，列线图 | 基因表达数据 | 48例子宫内膜组织样本（24例RPL样本） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2827 | 2025-08-04 |
Rotation-invariance is essential for accurate detection of spatially variable genes in spatial transcriptomics
2025-Aug-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62574-4
PMID:40753081
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2828 | 2025-10-06 |
Comprehensive Single-Cell RNA Atlas of Human Laryngeal Normal, Preneoplastic, and Tumorigenic States
2025-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3679
PMID:40407728
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析喉部正常、癌前和肿瘤状态的细胞微环境差异 | 构建了首个声带息肉和声带白斑的单细胞图谱，并扩展了喉鳞状细胞癌的癌细胞图谱，揭示了VCL作为良恶性过渡病变的混合微环境特征 | 样本量相对有限（36例患者），需要更大规模研究验证发现 | 阐明声带白斑向喉鳞状细胞癌进展的分子机制 | 36例声带息肉、声带白斑和喉鳞状细胞癌患者的手术组织标本 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 36例患者，包含318,907个细胞和12,679个空间转录组位点 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2829 | 2025-10-06 |
Mapping the peripheral immune landscape of Parkinson's disease patients with single-cell sequencing
2025-Aug-01, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf066
PMID:40417848
|
研究论文 | 通过单细胞测序绘制帕金森病患者外周免疫图谱 | 首次使用单细胞RNA和T细胞受体测序全面分析帕金森病患者外周免疫细胞转录组变化，识别出疾病特异性免疫特征和潜在生物标志物 | 样本量相对有限（10名健康对照和14名帕金森病患者），仅关注外周免疫系统 | 探索帕金森病患者外周免疫细胞的转录组变化，寻找疾病特征和潜在血液生物标志物 | 帕金森病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞测序分析 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序，T细胞受体测序 | 生物信息学聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 78,876个细胞（来自10名健康对照和14名帕金森病患者） | NA | 单细胞RNA测序，单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
| 2830 | 2025-10-06 |
Early transcriptional states of spermatogonia and marker expressions in the prepubertal human testis following chemotherapy-induced depletion
2025-Aug-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deaf103
PMID:40482072
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究化疗诱导的精原细胞耗竭后青春期前人类睾丸中精原细胞的分化状态和标志物表达 | 首次在青春期前儿童癌症患者中证实睾丸仅含有未分化精原细胞，并发现表达UTF1和PIWIL4标志物的精原细胞亚型对化疗诱导的耗竭更具抵抗力 | 研究人群在年龄和治疗暴露方面存在异质性，无法单独评估特定癌症治疗的影响，组织可用性有限降低了统计功效，不同精原细胞标志物表达的相关性仅为指示性趋势 | 研究正常条件下和化疗诱导精原细胞耗竭后青春期前睾丸中精原细胞的分化状态 | 青春期前人类睾丸组织和儿童癌症患者的睾丸组织样本 | 单细胞生物学 | 儿童癌症 | 单细胞RNA测序，免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质表达数据 | 6个健康男孩睾丸样本（0-17岁），14个生物库对照样本（中位年龄4.9岁），31个儿童癌症患者睾丸样本（中位年龄6.8岁） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2831 | 2025-10-06 |
Batch correction methods used in single-cell RNA sequencing analyses are often poorly calibrated
2025-Aug-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279886.124
PMID:40623818
|
研究论文 | 比较八种单细胞RNA测序数据批次校正方法的性能表现 | 提出了一种新方法来评估批次校正方法在精细尺度上对数据的改变程度 | 仅评估了八种方法，可能未涵盖所有现有批次校正方法 | 评估单细胞RNA测序数据批次校正方法的校准效果 | 单细胞RNA测序数据批次校正方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2832 | 2025-10-06 |
A novel multislice framework for precision 3D spatial domain reconstruction and disease pathology analysis
2025-Aug-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280281.124
PMID:40659497
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研究论文 | 提出一种名为STMSC的多切片联合分析框架，用于精确三维空间域重建和疾病病理分析 | 开发了具有预校正机制的多切片联合分析框架，能够精确识别复杂空间域并重建三维组织结构 | NA | 通过空间转录组学技术深入解析组织成分和机制，推进疾病病理学研究 | 连续组织切片和病理数据集，重点关注癌症微环境 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学，H&E成像 | 图注意力自编码器 | 空间转录组数据，H&E图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2833 | 2025-10-06 |
Integrated system for screening tumor-specific TCRs, epitopes, and HLA subtypes using single-cell sequencing data
2025-Jul-31, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012029
PMID:40744664
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研究论文 | 开发了一种集成系统，用于从单细胞测序数据中筛选肿瘤特异性TCR、表位和HLA亚型 | 开发了快速TCR组装方法，可在2天内构建TCR文库，并建立了HLA敲除的抗原呈递系统和Jurkat NFAT-GFP报告细胞系 | 仅通过小规模筛选验证了HPV16特异性TCR，需要更大规模的验证 | 开发高效可扩展的方法识别肿瘤特异性TCR以推进TCR-T免疫治疗 | 宫颈癌患者的HPV16特异性T细胞 | 免疫治疗 | 宫颈癌 | 单细胞测序，TCR组装，抗原呈递系统，报告细胞系筛选 | NA | 单细胞测序数据 | HPV16阳性宫颈癌患者数据集 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2834 | 2025-10-06 |
Integrative network pharmacology and multi-omics reveal anisodamine hydrobromide's multi-target mechanisms in sepsis
2025-Jul-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13187-w
PMID:40744980
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研究论文 | 通过整合网络药理学和多组学方法揭示氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制 | 首次整合网络药理学、机器学习、免疫学分析、分子模拟和单细胞转录组学，系统阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制 | NA | 阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症治疗中的作用机制 | 脓毒症患者和动物模型 | 生物信息学 | 脓毒症 | 网络药理学, 机器学习, 免疫学分析, 分子模拟, 单细胞转录组学 | 生存模型, 分子对接模型, 分子动力学模拟 | 转录组数据, 蛋白质相互作用数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2835 | 2025-10-06 |
Multi-omics analysis unveiled fibroblast-mediated pathogenesis in male genital lichen sclerosus
2025-Jul-31, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01453-3
PMID:40745572
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研究论文 | 通过多组学分析揭示成纤维细胞在男性生殖器硬化性苔藓发病机制中的关键作用 | 首次构建男性生殖器硬化性苔藓的细胞图谱，发现成纤维细胞通过胶原-CD44轴和APP-CD74信号通路分别与T细胞和角质形成细胞的相互作用机制 | NA | 阐明男性生殖器硬化性苔藓的发病机制和关键生物标志物 | 男性生殖器硬化性苔藓组织样本 | 生物信息学 | 皮肤疾病 | 多组学分析,单细胞RNA测序,全基因组关联分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,基因组关联数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2836 | 2025-08-04 |
Single-cell sequencing-based study of ferroptosis mechanisms in heat stroke: identification of key biomarkers and dynamic analysis of the immune microenvironment
2025-Jul-31, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02188-3
PMID:40745616
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2837 | 2025-10-06 |
Comprehensive single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblast subpopulations and the prognostic association of COMT in prostate cancer progression， COMT ， COMT
2025-Jul-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10624-8
PMID:40721434
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示前列腺癌中成纤维细胞亚群及其与预后的关联 | 首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序鉴定出三个不同的成纤维细胞亚群，并发现COMT基因在肿瘤来源成纤维细胞中的关键作用 | 需要进一步研究验证结果并探索COMT在前列腺癌进展和治疗抵抗中的机制作用 | 探索前列腺癌中成纤维细胞的分子景观并评估COMT表达的预后意义 | 前列腺癌样本中的成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光检测 | Cox回归风险评分模型 | 单细胞转录组数据, 临床数据 | 来自GEO数据库和TCGA数据库的前列腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2838 | 2025-10-06 |
Negative pressure mechanical signal increases the phosphorylation of eNOS Ser1177 by upregulating HSP90 expression to promote wound angiogenesis
2025-Jul-26, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.07.041
PMID:40721022
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研究论文 | 本研究揭示了负压伤口治疗通过GNAS/CREB1/HSP90轴促进eNOS Ser1177磷酸化从而加速伤口血管生成的机制 | 首次阐明了负压机械信号通过GNAS/CREB1/HSP90信号轴调控eNOS磷酸化促进血管生成的分子机制 | 研究主要基于体外机械拉伸模型和大鼠动物模型，临床验证尚需进一步研究 | 探究负压伤口治疗促进血管生成的生物力学机制 | 血管内皮细胞和大鼠背部伤口模型 | 分子生物学 | 慢性伤口 | 单细胞测序,Ch-IP,Co-IP,分子对接,分子生物学技术 | 机械拉伸模型,动物伤口模型 | 蛋白质表达数据,测序数据 | 大鼠背部伤口模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2839 | 2025-10-06 |
DNFE: Directed network flow entropy for detecting tipping points during biological processes
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013336
PMID:40729372
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研究论文 | 开发了一种基于有向网络流熵的方法，用于检测生物过程中的临界状态和驱动网络 | 提出了有向网络流熵方法，能够将组学数据转换为有向网络，相比传统无向网络方法具有更好的鲁棒性和有效性 | NA | 识别生物过程中的临界状态和驱动网络，预测活跃转录因子和暗基因 | 基因调控网络、转录因子、暗基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、批量测序 | 有向网络流熵算法 | 组学数据、单细胞数据、批量数据 | 六个真实数据集（三个单细胞数据集、两个批量肿瘤数据集、一个血液数据集） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2840 | 2025-10-06 |
Phenotypic Analysis of Nasal CD69+ CD4+ Tissue-Resident Memory T Cells in Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps
2025-Jul, Journal of rhinology : official journal of the Korean Rhinologic Society
DOI:10.18787/jr.2025.00025
PMID:40744699
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术分析嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者鼻腔CD69+ CD4+组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征 | 首次发现鼻腔CD69+ CD103- CD4+ TRM细胞高频率表达Th2细胞标志物，并与疾病严重程度相关 | 样本来源仅限于手术患者，未涉及疾病早期阶段或不同亚型的比较分析 | 阐明嗜酸性慢性鼻窦炎中组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征 | 嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻腔息肉组织和外周血样本 | 免疫学 | 慢性鼻窦炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞数据, 单细胞RNA测序数据 | 接受内窥镜鼻窦手术的ECRS患者鼻腔组织和/或外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |