单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2801	2025-03-09	Targeting Caveolin-1 for enhanced rotator cuff repair: findings from single-cell RNA sequencing 2025-Mar-05, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02359-2 PMID:40044676	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了肩袖损伤组织中细胞亚群的异质性，并评估了Caveolin-1（Cav-1）的调节作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了Cav-1在肩袖损伤中的负相关作用及其通过运动或靶向治疗调节的潜力	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索Cav-1在肩袖损伤修复中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肩袖损伤组织中的细胞亚群	生物医学研究	肩袖损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cav-1敲除和过表达模型	RNA测序数据	动物模型中的肩袖损伤组织
2802	2025-03-09	MCT4: a key player influencing gastric cancer metastasis and participating in the regulation of the metastatic immune microenvironment 2025-Mar-05, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06279-8 PMID:40045374	研究论文	本研究探讨了MCT4在胃癌及其转移中的作用，特别是其对免疫微环境的调节	首次全面利用单细胞测序和外部转录组测序数据库深入分析MCT4对胃癌及其微环境的影响机制，并通过体内外实验验证其功能	研究主要基于实验模型和临床样本，未涉及大规模人群研究，可能限制结果的普适性	阐明MCT4在胃癌发生、发展及转移中的作用及其对免疫微环境的调节机制	胃癌细胞、胃癌肝转移模型、皮下肿瘤模型及临床胃癌患者的肿瘤和正常组织样本	数字病理学	胃癌	单细胞测序、转录组测序、免疫组化、多重免疫荧光	NA	基因表达数据、组织样本	临床胃癌患者的肿瘤和正常组织样本
2803	2025-03-09	Progressive T cell exhaustion and predominance of aging tissue associated macrophages with advancing disease stage in penile squamous cell carcinoma 2025-Mar-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89760-0 PMID:40044748	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了阴茎鳞状细胞癌（PSCC）肿瘤免疫微环境的变化，揭示了疾病进展和HPV感染状态对免疫细胞浸润的影响	首次通过单细胞RNA测序技术系统分析了PSCC肿瘤免疫微环境的变化，揭示了疾病进展和HPV感染状态对免疫细胞浸润的显著影响	样本量较小，仅包括10个PSCC组织样本，可能限制了结果的普遍性	评估PSCC肿瘤免疫微环境在疾病进展和HPV感染状态下的变化，识别晚期PSCC中的潜在免疫逃逸机制	阴茎鳞状细胞癌（PSCC）组织样本	数字病理学	阴茎癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	10个PSCC组织样本，包括阴茎、淋巴结和远处转移部位，其中4个为匹配的阴茎和淋巴结样本
2804	2025-03-09	New mouse models for exploring renal tumor extension into the inferior vena cava 2025-Mar-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07757-x PMID:40044768	研究论文	本研究开发了两种用于探索肾肿瘤延伸至下腔静脉的鼠模型	首次在BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠中开发了两种下腔静脉肿瘤血栓（IVCTT）模型，并使用人类肿瘤细胞系在BALB/c nu/nu小鼠中成功创建了IVCTT模型	NA	阐明肾肿瘤延伸至下腔静脉的发病机制，识别治疗靶点，并筛选有效药物	BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠，以及人类肿瘤细胞系	肿瘤学	肾癌	单细胞转录组测序，免疫组织化学，多重免疫组织化学	鼠模型	基因表达数据，组织图像	BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠
2805	2025-03-09	Bystander neuronal progenitors in forebrain organoids promote protective antiviral responses 2025-Mar-05, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03381-y PMID:40045355	研究论文	本文研究了神经元间相互作用在介导内在神经元免疫中的作用及其对限制病毒感染的贡献	揭示了在三维前脑类器官中，感染神经元与旁观神经祖细胞之间的抗病毒相互作用由I型干扰素信号介导，并发现了表达独特抗病毒基因的旁观神经祖细胞区域	在二维培养中，这种动态反应未能限制病毒传播	探讨神经元内在免疫反应在介导保护性抗病毒反应中的能力	神经元和神经祖细胞	神经科学	病毒性脑炎	空间转录组学	NA	NA	NA
2806	2025-03-09	Unveiling the key mechanisms of FOLR2+ macrophage-mediated antitumor immunity in breast cancer using integrated single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Mar-05, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-01980-4 PMID:40045365	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，结合体内外实验，深入探讨了FOLR2+巨噬细胞在乳腺癌中的免疫功能和机制	揭示了FOLR2+巨噬细胞通过CXCL9-CXCR3轴激活CD8 T细胞，从而在乳腺癌中发挥抗肿瘤免疫作用的新机制	NA	探讨FOLR2+巨噬细胞在乳腺癌中的免疫功能和机制	乳腺癌患者的肿瘤组织和FOLR2+巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2807	2025-03-09	Cell-Type Specific miRNA Regulatory Network Responses to ABA Stress Revealed by Time Series Transcriptional Atlases in Arabidopsis 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415083 PMID:39792694	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了拟南芥在ABA胁迫下不同时间点的miRNA调控网络响应，揭示了miRNA在植物发育和应激反应中的动态和细胞类型特异性作用	首次在单细胞水平上构建了ABA诱导的miRNA调控网络，揭示了miRNA在细胞类型特异性响应中的快速动态变化及其在调控网络中的枢纽作用	研究仅限于拟南芥，未涉及其他植物物种	研究miRNA在ABA胁迫下的动态和细胞类型特异性调控网络	拟南芥	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	不同时间点的拟南芥单细胞样本
2808	2025-03-09	Mannose Promotes β-Amyloid Pathology by Regulating BACE1 Glycosylation in Alzheimer's Disease 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409105 PMID:39807036	研究论文	本文探讨了单糖甘露糖在阿尔茨海默病（AD）病理中的作用，发现甘露糖通过调节BACE1的糖基化促进β-淀粉样蛋白（Aβ）的生成，从而加剧AD的病理进展	首次揭示了甘露糖通过调节BACE1的糖基化促进Aβ生成的具体机制，并提出了限制膳食甘露糖摄入作为AD治疗的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	研究甘露糖在阿尔茨海默病病理中的作用及其机制	AD小鼠模型及AD患者的血清样本	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、代谢组学	NA	RNA测序数据、代谢组数据	AD小鼠及AD患者的血清样本
2809	2025-03-09	Identification of increased dedifferentiation along the Prom1+ cancer cells in Müllerian adenosarcoma with sarcomatous overgrowth 2025-Mar, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02943-4 PMID:39920368	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞的分化异质性及其在肿瘤发展中的作用	首次揭示了Prom1+癌细胞在Müllerian腺肉瘤中的分化异质性，并发现E2F1是Prom1谱系去分化的主要转录因子	研究样本量较小，且主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证	研究Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞的分化异质性及其在肿瘤发展中的作用	Müllerian腺肉瘤（MA）及其肉瘤过度生长（MASO）的肿瘤组织	生物信息学	子宫肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MASO和配对的正常组织
2810	2025-03-09	PCBP2 promotes immune evasion via cGAS-STING pathway in biochemical recurrence of prostate cancer 2025-Mar, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250173 PMID:40051782	研究论文	本研究探讨了前列腺癌（PCa）中与免疫逃逸相关的基因（CIERGs），并开发了用于预测生化复发（BCR）的签名	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定了48个与BCR显著相关的CIERGs，并开发了一个基于CIERGs的风险签名，揭示了PCBP2通过抑制cGAS-STING通路促进PCa细胞增殖、迁移和侵袭的机制	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能缺乏实验验证的广泛性	探索前列腺癌中与免疫逃逸相关的基因，并开发预测生化复发的签名	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	LASSO回归	RNA测序数据	TCGA-PRAD和GSE70769队列的数据
2811	2025-03-09	Prognostic and Therapeutic Significance of Cancer-Associated Fibroblasts Genes in Osteosarcoma Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70424 PMID:40045162	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了癌症相关成纤维细胞（CAF）基因在骨肉瘤中的预后和治疗意义	构建了一个基于11个CAF相关基因的风险模型，用于预测骨肉瘤患者的预后，并提供了新的治疗策略	研究样本量较小，仅包含6名骨肉瘤患者和46,544个细胞	发现新的风险模型以更准确地预测和改善骨肉瘤患者的预后	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	Lasso-Cox回归分析	RNA测序数据	6名骨肉瘤患者和46,544个细胞
2812	2025-03-09	Single-cell RNA sequencing defines distinct disease subtypes and reveals hypo-responsiveness to interferon in asymptomatic Waldenstrom's Macroglobulinemia 2025-Feb-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56323-w PMID:39929803	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，定义了无症状Waldenstrom's Macroglobulinemia (WM)的不同疾病亚型，并揭示了其对干扰素的低反应性	首次在无症状WM患者中通过单细胞RNA测序揭示了免疫失调和干扰素低反应性，并提出了分子分类和疾病进展标志	样本量相对较小，且仅针对特定类型的骨髓瘤进行研究	探讨WM肿瘤内在和免疫机制，特别是无症状WM的疾病进展机制	30名AWM/WM患者、26名Smoldering Myeloma患者和23名健康捐赠者的骨髓肿瘤和免疫细胞	数字病理学	骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	294,206个骨髓肿瘤和免疫细胞，来自79名个体
2813	2025-03-09	Interaction of the endogenous antibody response with activating FcγRs enhance control of Mayaro virus through monocytes 2025-Feb, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012944 PMID:39993025	研究论文	本文研究了内源性抗体反应与激活型FcγRs的相互作用如何通过单核细胞增强对Mayaro病毒的控制	首次评估了在自然感染过程中FcγRs对保护作用的需求，并揭示了抗体Fc与激活型FcγRs的相互作用在MAYV感染中的保护性反应	研究主要基于小鼠模型，未在人类中进行验证	探讨抗体Fc效应功能在MAYV感染中的保护机制	小鼠和Mayaro病毒	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
2814	2025-03-09	Spatiotemporal transcriptome and metabolome landscapes of cotton somatic embryos 2025-Jan-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55870-6 PMID:39833155	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，探索了棉花体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢模式	首次在棉花中应用单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了体细胞胚胎发生过程中的关键基因和代谢物的时空表达模式	研究主要集中在棉花体细胞胚胎发生过程的特定阶段，可能无法全面反映整个发育过程的动态变化	研究棉花体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢模式，以促进作物育种和改良	棉花体细胞胚胎	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、空间代谢组学（SM）	NA	基因表达数据、代谢物数据	NA
2815	2025-03-09	Herpesviruses mimic zygotic genome activation to promote viral replication 2025-Jan-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55928-5 PMID:39814710	研究论文	本文揭示了疱疹病毒通过模仿合子基因组激活（ZGA）来促进病毒复制的新机制	首次发现疱疹病毒通过诱导DUX4表达来模拟合子基因组激活，从而促进病毒转录和复制	研究主要基于HSV-1病毒，其他疱疹病毒的机制可能有所不同	探讨疱疹病毒如何利用宿主细胞的合子基因组激活机制来促进自身复制	疱疹病毒、乳头瘤病毒和Merkel细胞多瘤病毒	病毒学	病毒感染	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、纳米抗体构建	NA	单细胞测序数据	患者单细胞测序数据集
2816	2025-03-09	AI applications in HIV research: advances and future directions 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1541942 PMID:40051479	综述	本文探讨了人工智能（AI）在HIV研究中的应用进展及未来方向	整合AI与单细胞测序等技术，实现精确生物标志物识别和改进治疗靶向	数据限制和模型可解释性等挑战	探索AI技术在HIV研究中的应用进展	人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）和获得性免疫缺陷综合征（AIDS）	医学研究	HIV/AIDS	单细胞测序	NA	NA	NA
2817	2025-03-09	Single-cell genomics and spatial transcriptomics in islet transplantation for diabetes treatment: advancing towards personalized therapies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1554876 PMID:40051625	review	本文综述了单细胞和空间转录组学在胰岛移植治疗糖尿病中的应用，强调了这些技术在糖尿病管理中的革命性潜力	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面解析胰岛移植中的细胞多样性和功能，以及移植胰岛与宿主组织的相互作用	需要解决伦理和技术挑战，以成功将这些集成方法应用于研究和临床实践	通过单细胞和空间转录组学技术，提升胰岛移植的效果，改善糖尿病患者的治疗结果	胰岛移植中的细胞多样性和功能，以及移植胰岛与宿主组织的相互作用	digital pathology	diabetes	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	gene expression data	NA
2818	2025-03-09	Development of a prognostic model for hepatocellular carcinoma based on microvascular invasion characteristic genes by spatial transcriptomics sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529569 PMID:40051627	研究论文	本研究通过空间转录组测序，基于微血管侵犯（MVI）特征基因开发了一种新的肝细胞癌（HCC）预后预测模型	首次基于MVI特征基因构建HCC预后预测模型，并通过外部验证队列验证其预测性能优于现有模型	研究样本量较小，仅包含4个不同分级的MVI样本	开发一种基于MVI特征基因的HCC预后预测模型，用于区分高风险和低风险患者并评估患者预后	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间转录组测序，单核RNA测序	Cox回归分析，LASSO回归分析，随机生存森林	基因表达数据	4个不同分级的MVI样本
2819	2025-03-09	Comprehensive multi-omics integration uncovers mitochondrial gene signatures for prognosis and personalized therapy in lung adenocarcinoma 2024-Oct-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05754-y PMID:39434164	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了线粒体相关基因在肺腺癌（LUAD）中的预后意义，并开发了个性化治疗策略	首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法，开发了基于线粒体相关基因的人工智能预后签名（AIDPS）模型，并验证了其在多个独立数据集中的预后准确性	研究依赖于公开数据库中的数据，可能存在数据偏差或样本量不足的问题	阐明线粒体相关基因在肺腺癌中的预后意义，并开发个性化治疗策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法、AIDPS模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	来自公开数据库的肺腺癌患者数据
2820	2025-03-09	The effects of age and dysfunction on meibomian gland population dynamics 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.08.005 PMID:39122180	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术，探究了与年龄相关的腺体萎缩和Awat2基因敲除小鼠中腺体功能异常的细胞组成、分化和基因表达变化	首次使用单细胞和空间转录组学技术揭示了腺体功能异常的分子机制，包括脂质生成基因的分层表达和免疫细胞浸润的增加	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，可能限制了结果的普适性	探究年龄和功能障碍对睑板腺细胞组成、分化和基因表达的影响	野生型小鼠和Awat2基因敲除小鼠的睑板腺	生物医学	干眼病	单细胞转录组学、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	年轻（6个月）和老年（22个月）野生型C57Bl/6小鼠，年轻（3个月）和老年（13个月）Awat2 KO小鼠