单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 28161 - 28180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 28161 | 2024-08-09 |
Spatial multi-omics sequencing for fixed tissue via DBiT-seq
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100532
PMID:34027489
|
研究论文 | 本文介绍了一种通过DBiT-seq平台对固定冷冻组织样本进行空间多组学测序的方法 | 该技术采用基于微流体的方法，将组合DNA寡核苷酸条形码直接引入固定在玻璃载玻片上的组织切片中的细胞 | 该技术不能直接解析单个细胞，但可以实现空间转录组学和目标蛋白质组面板空间分析的近单细胞分辨率 | 构建固定冷冻组织样本的多组学图谱 | 固定冷冻组织样本 | 组学技术 | NA | DBiT-seq | NA | 组织样本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28162 | 2024-08-09 |
Isolation of human bone marrow stromal cells from bone marrow biopsies for single-cell RNA sequencing
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100538
PMID:34027494
|
研究论文 | 本文描述了一种结合机械和酶法从人骨髓活检中分离骨髓间质细胞，并通过FACS分选分离间质亚群进行单细胞RNA测序的方法 | 提出了一种新的结合机械和酶法的分离方法，以及使用FACS分选技术进行单细胞RNA测序 | NA | 研究骨髓间质细胞在调节干细胞静止和稳态中的作用，以及它们在各种血液恶性肿瘤中的关键贡献 | 人骨髓间质细胞及其亚群 | 数字病理学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28163 | 2024-08-09 |
Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models
2021-06-10, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.04.028
PMID:34019796
|
研究论文 | 本文通过构建多个发育中的内胚层器官的单细胞转录组图谱，研究了人类发育过程中器官的细胞多样性和相互作用 | 首次结合细胞图谱和类器官技术，揭示了人类器官发育的分子机制 | NA | 探究人类发育过程中器官的细胞多样性和相互作用 | 内胚层器官的细胞状态、转录因子及器官特异性上皮干细胞和间充质相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个发育中的内胚层器官样本 | NA | NA | NA | NA |
| 28164 | 2024-08-09 |
VEGF receptor 2 (KDR) protects airways from mucus metaplasia through a Sox9-dependent pathway
2021-06-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.027
PMID:34010630
|
研究论文 | 本文探讨了VEGF受体2（KDR）通过Sox9依赖途径保护气道免受黏液化生的机制 | 揭示了VEGFa和其受体KDR在促进黏液化生中的新途径，并发现Sox9在Kdr抑制后的杯状细胞分化中的作用 | NA | 研究VEGFa/KDR信号通路在防御黏液化生中的作用 | VEGFa、KDR、MEK/ERK激酶以及Sox9在杯状细胞分化中的作用 | NA | 哮喘，囊性纤维化 | 单细胞RNA测序分析，遗传小鼠模型 | NA | RNA | 小鼠和人类气道细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 28165 | 2024-08-09 |
Detection of differentially abundant cell subpopulations in scRNA-seq data
2021-06-01, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2100293118
PMID:34001664
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DA-seq的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别不同丰度的细胞亚群 | DA-seq是一种多尺度方法，能够量化每个细胞的局部差异丰度，并识别连续的显著差异丰度亚群，不受限于聚类结构 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中差异丰度细胞亚群的检测方法 | COVID-19患者、接受免疫检查点治疗的黑色素瘤患者、胚胎发育和年轻与老化脑组织中的细胞亚群 | 单细胞RNA测序 | COVID-19, 黑色素瘤 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 多个scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 28166 | 2024-08-09 |
Genetic pathways regulating hematopoietic lineage speciation: Factorial latent variable model analysis of single cell transcriptome
2021-Jun, Data in brief
IF:1.0Q3
DOI:10.1016/j.dib.2021.107080
PMID:34026977
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研究论文 | 本文应用因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM）分析单细胞转录组数据，以揭示稳态造血过程中调控细胞分化的遗传途径 | 首次使用f-scLVM模型分解单细胞转录组异质性，识别调控细胞命运的生物学因子 | NA | 阐明调控造血细胞分化关键阶段的遗传途径 | 来自12周龄雌性小鼠的1920个造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的单细胞转录组数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM） | 转录组数据 | 1920个造血干细胞和祖细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 28167 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing of human liver reveals hepatic stellate cell heterogeneity
2021-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2021.100278
PMID:34027339
|
research paper | 本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性 | 首次描述了人类肝脏中肝星状细胞的两个亚群，并揭示了它们在细胞外基质生成和组织中的特定作用 | NA | 阐明人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性 | 人类肝脏中的肝细胞和肝星状细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 约25,000个新鲜分离的人类肝脏细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 28168 | 2024-08-09 |
Tutorial: guidelines for annotating single-cell transcriptomic maps using automated and manual methods
2021-06, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-021-00534-0
PMID:34031612
|
教程 | 本教程介绍了如何使用自动和手动方法注释单细胞转录组图谱 | 提出了一个三步工作流程，包括自动细胞注释、手动细胞注释和验证 | 需要基本的计算机软件熟悉度和编程知识 | 创建细胞的注释图谱 | 单细胞转录组数据中的细胞类型、状态和其他生物学相关模式 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 28169 | 2024-08-09 |
Fate and State of Vascular Smooth Muscle Cells in Atherosclerosis
2021-05-25, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本文综述了血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的命运和状态，利用细胞系追踪、单细胞RNA测序和人类基因组学等创新技术，探讨了VSMCs向其他细胞表型的分子重编程。 | 整合了细胞系追踪、单细胞RNA测序和人类基因组学等创新技术，提供了对VSMCs在动脉粥样硬化中分子重编程的深入见解。 | NA | 探讨血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的作用及其分子机制。 | 血管平滑肌细胞及其在动脉粥样硬化中的命运和状态。 | NA | 心血管疾病 | 细胞系追踪、单细胞RNA测序、人类基因组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28170 | 2024-08-09 |
Clump sequencing exposes the spatial expression programs of intestinal secretory cells
2021-05-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-23245-2
PMID:34031373
|
research paper | 本文介绍了一种名为ClumpSeq的方法，通过测序小簇附着细胞来揭示小肠中所有上皮细胞类型的空间图谱 | ClumpSeq方法能够重建罕见细胞类型的空间图谱，解决了空间转录组学中罕见细胞类型mRNA含量被稀释的问题 | NA | 研究小肠中罕见细胞类型的空间表达模式 | 小肠中的上皮细胞类型，特别是罕见细胞类型如杯状细胞和簇细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小簇附着细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 28171 | 2024-08-09 |
Evolution of core archetypal phenotypes in progressive high grade serous ovarian cancer
2021-05-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-23171-3
PMID:34031395
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）在治疗过程中的转录组变化，揭示了驱动癌症异质性的核心原型表型 | 首次通过多任务学习方法识别出代谢和增殖、细胞防御反应及DNA修复信号作为跨患者的持续细胞状态，并展示了这些原型表型在多线治疗后癌症细胞中的变化 | 原型表型与特定全基因组驱动突变没有一致关联，但与单细胞水平的亚克隆群体紧密相关 | 理解高级别浆液性卵巢癌在化疗后抗药性演化的驱动因素 | 高级别浆液性卵巢癌细胞在治疗过程中的转录组变化 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 多任务学习 | 转录组数据 | 两个独立患者队列的HGSOC肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 28172 | 2024-08-09 |
ΔN63 suppresses the ability of pregnancy-identified mammary epithelial cells (PIMECs) to drive HER2-positive breast cancer
2021-05-22, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-021-03795-5
PMID:34023861
|
研究论文 | 本文研究了p63在妊娠相关HER2阳性乳腺癌中的复杂作用，发现p63不仅维持妊娠识别的乳腺上皮细胞（PIMECs）的数量，还抑制其内在的肿瘤生成能力。 | 首次揭示了p63在PIMECs中的双重作用，既维持其数量又抑制其肿瘤生成能力。 | 研究主要基于遗传小鼠模型，可能与人类情况存在差异。 | 探讨p63对PIMECs内在肿瘤生成能力的影响。 | 妊娠识别的乳腺上皮细胞（PIMECs）和HER2阳性乳腺癌。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | FACS排序、qRT-PCR和scRNA-seq分析 | NA | RNA | p63+/-;ErbB2和p63+/+;ErbB2雌性小鼠的PIMECs | NA | NA | NA | NA |
| 28173 | 2024-08-09 |
A bioinformatic study revealed serotonergic neurons are involved in the etiology and therapygenetics of anxiety disorders
2021-05-20, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-021-01432-5
PMID:34011923
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法，利用单细胞转录组数据，探讨了焦虑障碍相关基因在特定细胞类型中的表达特异性，特别是发现了血清素能神经元在焦虑障碍的病因和治疗遗传学中的作用 | 本研究首次揭示了血清素能神经元在焦虑障碍的病因和治疗遗传学中的重要作用，与之前的研究结果形成对比 | 研究主要依赖于基因表达数据，未涉及实验验证 | 探讨焦虑障碍相关基因在特定细胞类型中的表达特异性，以及这些细胞类型在焦虑障碍病因和治疗遗传学中的作用 | 焦虑障碍相关基因及其在特定细胞类型中的表达特异性 | 生物信息学 | 焦虑障碍 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 37个焦虑障碍相关基因和23个认知行为治疗相关基因 | NA | NA | NA | NA |
| 28174 | 2024-08-09 |
scCancer: a package for automated processing of single-cell RNA-seq data in cancer
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa127
PMID:34020534
|
研究论文 | 开发了一个名为scCancer的R包，用于处理和分析癌症研究的单细胞RNA测序数据 | 引入了全面的质量控制指标，使用数据驱动的机器学习算法准确识别主要的癌症微环境细胞群体，并估计恶性评分以分类恶性与非恶性细胞 | NA | 处理和分析单细胞RNA测序数据以研究癌症细胞异质性和微环境 | 癌症细胞异质性和微环境 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 单细胞转录组数据 | 56个样本，共433,405个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 28175 | 2024-08-09 |
Comparison of high-throughput single-cell RNA sequencing data processing pipelines
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa116
PMID:34020539
|
研究论文 | 本研究通过Nextflow框架封装了七种现有的高通量单细胞RNA测序数据处理流程，并使用来自五种不同高通量单细胞RNA测序平台的八个公共数据集评估了它们的性能。 | 首次系统地评估了不同高通量单细胞RNA测序数据处理流程的性能，为选择合适的流程提供了实用指南。 | 研究仅限于评估现有流程的性能，未涉及流程的进一步优化或开发。 | 评估不同高通量单细胞RNA测序数据处理流程的性能，为选择合适的流程提供指南。 | 七种高通量单细胞RNA测序数据处理流程的性能。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 八个公共数据集，来自五种不同的高通量单细胞RNA测序平台 | NA | NA | NA | NA |
| 28176 | 2024-08-09 |
The winning methods for predicting cellular position in the DREAM single-cell transcriptomics challenge
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa181
PMID:34020545
|
研究论文 | 本文介绍了在DREAM单细胞转录组学挑战赛中预测果蝇胚胎中单细胞位置的获胜方法 | 开发了超过50种管道，结合不同的预处理RNA-seq数据、基因选择、细胞位置预测和验证方法，取得了多个子挑战的优异成绩 | NA | 预测细胞位置，以估计细胞功能及其与空间环境的整合 | 单细胞转录组数据中的细胞位置 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28177 | 2024-08-09 |
Spatio-temporal landscape of mouse epididymal cells and specific mitochondria-rich segments defined by large-scale single-cell RNA-seq
2021-May-18, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00260-7
PMID:34001862
|
研究论文 | 本研究通过大规模单细胞RNA测序技术，详细分析了小鼠附睾细胞的组成及其在不同附睾段的时空差异表达基因和线粒体的分布 | 首次揭示了小鼠附睾中线粒体的空间特异性分布模式及关键基因，这些基因可能与精子的功能相关 | NA | 研究小鼠附睾细胞的单细胞转录组图谱，揭示与精子功能相关的关键基因和线粒体分布模式 | 小鼠附睾细胞及其线粒体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 共检测了40,623个细胞，并进一步聚类为8种已识别的细胞群体 | NA | NA | NA | NA |
| 28178 | 2024-08-09 |
Identifying cell types from single-cell data based on similarities and dissimilarities between cells
2021-May-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03873-z
PMID:34006217
|
研究论文 | 本文提出了一种改进的谱聚类方法，用于基于细胞间的相似性和差异性从单细胞数据中识别细胞类型 | 本文的创新点在于结合了细胞间的相似性和差异性，改进了现有的谱聚类方法，提高了细胞类型识别的准确性和鲁棒性 | 本文的局限性在于仅在几个真实的单细胞RNA-seq数据集上进行了验证，可能需要进一步在更多数据集上进行测试 | 研究目的是提高从单细胞数据中识别细胞类型的准确性和鲁棒性 | 研究对象是单细胞数据中的细胞类型 | 计算系统生物学 | NA | 单细胞测序 | 谱聚类 | 基因表达数据 | 几个真实的单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 28179 | 2024-08-09 |
Rapid isolation and immune profiling of SARS-CoV-2 specific memory B cell in convalescent COVID-19 patients via LIBRA-seq
2021-05-17, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-021-00610-7
PMID:34001847
|
研究论文 | 本研究通过LIBRA-seq技术，从康复期COVID-19患者中快速分离并分析了SARS-CoV-2特异性记忆B细胞的免疫特征 | 首次揭示了SARS-CoV-2感染后特异性BCR配对的多样性和非随机性，并发现了多种高亲和力的抗体 | 样本量较小，仅涉及五名康复期COVID-19患者 | 探究SARS-CoV-2感染后记忆B细胞的免疫反应和特异性BCR配对的多样性 | 康复期COVID-19患者的记忆B细胞和浆细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序和VDJ测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 五名康复期COVID-19患者 | NA | NA | NA | NA |
| 28180 | 2024-08-09 |
Narrating the story ARC of adipose tissue aging
2021-05-17, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.020
PMID:34004148
|
研究论文 | Nguyen等人在《Developmental Cell》期刊中使用scRNA-seq技术探讨了皮下脂肪组织在老化过程中的细胞景观变化，并发现了一类名为年龄依赖性调节细胞（ARC）的新细胞群体，这些细胞与年龄相关的脂肪组织功能障碍及代谢疾病有关 | 发现了一类新的细胞群体——年龄依赖性调节细胞（ARC），这些细胞与年龄相关的脂肪组织功能障碍有关 | NA | 探讨脂肪组织老化过程中的细胞景观变化及其对代谢疾病的影响 | 皮下脂肪组织在老化过程中的细胞变化 | 数字病理学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |