单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 2781 - 2800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2781 | 2025-10-06 |
Identifying Immunomodulatory Subpopulations of Adipose Stromal Vascular Fraction and Stem/Stromal Cells Through Single-Cell Transcriptomics and Bulk Proteomics
2025-Jun, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-025-10889-6
PMID:40366552
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和大体积蛋白质组学整合分析，识别脂肪基质血管组分中具有不同免疫调节表型的干细胞亚群 | 首次整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，在未培养的基质血管组分中识别出与细胞因子激活的干细胞表型相似的亚群 | 研究样本量有限，主要基于体外实验数据 | 解析脂肪来源干细胞在基质血管组分中的异质性免疫调节潜能 | 脂肪来源的干细胞/基质细胞和基质血管组分 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | Scissor算法 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 大体积蛋白质组学 | NA | NA |
| 2782 | 2025-10-06 |
Prg4+ fibro-adipogenic progenitors in muscle are crucial for bone fracture repair
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.14.654160
PMID:40462922
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研究论文 | 本研究揭示了肌肉中Prg4+纤维脂肪祖细胞在骨骨折修复中的关键作用 | 首次发现Prg4标记的FAP亚群能从肌肉迁移至骨折部位并分化为软骨细胞和骨细胞 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证 | 探究肌肉细胞在骨骨折修复中的贡献机制 | 小鼠肌肉组织和骨骨折模型 | 细胞生物学 | 骨损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2783 | 2025-10-06 |
Targeting FGFR4 Abrogates HNF1A-driven Metastasis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.06.636643
PMID:39974881
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研究论文 | 本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌转移的机制，并证明FGFR4抑制剂可有效阻断该转移过程 | 首次发现HNF1A通过调控FGFR4促进PDAC转移，并验证FGFR4抑制剂对转移的阻断作用 | 研究主要基于细胞系和动物模型，临床转化效果需进一步验证 | 探究HNF1A在PDAC转移中的作用机制并寻找靶向治疗策略 | 胰腺导管腺癌细胞系、患者来源PDAC细胞、小鼠移植瘤模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 组织芯片分析, UMAP空间分析, RNA干扰 | NA | 基因表达数据, 组织染色图像, 细胞迁移和侵袭数据 | ATCC细胞系、患者来源细胞及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析 | NA | NA |
| 2784 | 2025-10-06 |
Characteristics of a CCL21 Gene-Modified Dendritic Cell Vaccine Utilized for a Clinical Trial in Non-Small Cell Lung Cancer
2025-Feb-04, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0435
PMID:39559833
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研究论文 | 本研究对CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗进行了全面表征，并探讨了制造过程中多种因素对疫苗特性的影响 | 首次在非小细胞肺癌临床试验中采用CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗，并通过单细胞RNA测序揭示了疫苗细胞的异质性特征 | 研究样本量有限，仅为I期临床试验结果，且使用健康供者血液可能影响疫苗特性的准确性 | 开发能够克服免疫治疗耐药性的新型树突状细胞疫苗 | 非小细胞肺癌患者 | 免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，腺病毒载体转导 | NA | 基因表达数据 | I期临床试验样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2785 | 2025-10-06 |
Identification of Nfel1a and Nfel3 as novel regulators for zebrafish thrombopoiesis
2025-02, Blood cells, molecules & diseases
DOI:10.1016/j.bcmd.2024.102897
PMID:39413675
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现斑马鱼血栓细胞与哺乳动物巨核细胞在基因表达上的相似性，并鉴定出Nfe2l1a和Nfe2l3作为调控血栓形成的新转录因子 | 首次在斑马鱼中鉴定出Nfe2l1a和Nfe2l3作为血栓形成的新型正调控转录因子 | 研究仅针对斑马鱼模型，未在哺乳动物中验证相关机制 | 探究Nfe2相关因子在斑马鱼血栓形成过程中的调控作用 | 斑马鱼血栓细胞 | 发育生物学 | 血液疾病 | 单细胞测序,基因敲低 | 斑马鱼模型 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2786 | 2025-10-06 |
TIME-CoExpress: Temporal Trajectory Modeling of Dynamic Gene Co-expression Patterns Using Single-Cell Transcriptomics Data
2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634392
PMID:39896591
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研究论文 | 提出一种基于copula的方法来建模单细胞转录组数据中基因共表达模式沿细胞时间轨迹的非线性变化 | 使用数据驱动的平滑函数建模基因共表达的非线性变化，能够处理scRNAseq数据中的过度离散和零膨胀特征 | 仅通过模拟分析和单个数据集验证方法性能，需要更多真实数据验证 | 开发时序轨迹建模方法以识别细胞发育过程中差异共表达的基因组合 | 单细胞转录组数据中的基因共表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | copula模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2787 | 2025-10-06 |
SeqBMC: Single-cell data processing using iterative block matrix completion algorithm based on matrix factorisation
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70003
PMID:39943646
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研究论文 | 提出基于矩阵分解的迭代块矩阵补全算法SeqBMC，用于处理单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 使用基因频率对矩阵分块，通过矩阵分解算法完成分块后的小矩阵，同时保留块矩阵中可能存在的生物零值 | NA | 改进单细胞RNA测序数据中基因表达矩阵的缺失值补全方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 矩阵分解算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2788 | 2025-10-06 |
Analysis of the Relationship Between NLRP3 and Alzheimer's Disease in Oligodendrocytes based on Bioinformatics and In Vitro Experiments
2025, Current Alzheimer research
IF:1.8Q4
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和体外实验验证NLRP3在少突胶质细胞中与阿尔茨海默病的关联 | 首次结合生物信息学与分子生物学实验系统研究NLRP3在少突胶质细胞中与AD的关联，并构建了基于五个关键基因的诊断模型 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步在体实验验证 | 探索NLRP3在少突胶质细胞中与阿尔茨海默病的潜在关联 | 阿尔茨海默病患者与健康对照的基因表达数据，少突胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 生物信息学分析，单细胞转录组学，RT-qPCR，免疫荧光，Western blot | LASSO回归，随机森林，支持向量机 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的AD相关公共数据集 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 2789 | 2025-10-06 |
scRSSL: Residual semi-supervised learning with deep generative models to automatically identify cell types
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12107
PMID:40261690
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研究论文 | 提出基于残差半监督学习的深度生成模型scRSSL，用于自动识别单细胞转录组数据中的细胞类型 | 首次将残差网络引入半监督生成模型，通过残差神经网络提取单细胞数据的局部特征 | NA | 解决单细胞数据高维度、大样本量、高稀疏性和样本不平衡等挑战，实现准确的细胞类型识别 | 单细胞转录组测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度残差生成模型, 半监督学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2790 | 2025-10-06 |
SAE1 May Play a Pro-Carcinogenic Role in Pancreatic Adenocarcinoma: A Comprehensive Study Integrating Multiple Pieces of Evidence
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70017
PMID:40302186
|
研究论文 | 本研究通过整合多种证据探讨SAE1在胰腺腺癌中的促癌作用 | 首次在胰腺腺癌中系统研究SAE1的作用，整合了mRNA数据、免疫组化、CRISPR修饰细胞系分析和单细胞RNA测序等多种方法 | 未明确说明样本量大小和研究人群特征 | 评估SAE1在胰腺腺癌发生发展中的作用机制 | 胰腺腺癌细胞系和临床样本 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | mRNA分析,免疫组化,CRISPR,单细胞RNA测序,ChIP-Seq,分子对接 | 分子对接模型 | mRNA数据,蛋白质表达数据,单细胞测序数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,ChIP-Seq | NA | NA |
| 2791 | 2025-10-06 |
Exploring Key Genes of Glutathione Metabolism in Systemic Lupus Erythematosus Based on Mendelian Randomisation, Single-Cell RNA Sequencing and Multiple Machine Learning Approaches
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70021
PMID:40458850
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研究论文 | 通过孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习方法探索系统性红斑狼疮中谷胱甘肽代谢的关键基因 | 首次整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习方法系统性研究谷胱甘肽代谢在系统性红斑狼疮中的作用 | NA | 识别与系统性红斑狼疮相关的关键代谢物和基因，揭示谷胱甘肽通路的作用机制 | 系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞和单核细胞 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 机器学习 | LASSO回归, CatBoost, XGBoost, NGBoost | 基因表达数据, 代谢组数据 | 多个数据集（包括训练集、验证集和GSE112087数据集） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2792 | 2025-10-06 |
Machine learning combining external validation to explore the immunopathogenesis of diabetic foot ulcer and predict therapeutic drugs
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0328906
PMID:40749079
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研究论文 | 本研究结合机器学习和单细胞方法探索糖尿病足溃疡的免疫发病机制并预测治疗药物 | 首次通过机器学习算法结合外部验证和单细胞测序识别糖尿病足溃疡的核心基因和潜在治疗药物 | 研究依赖公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 探索糖尿病足溃疡的免疫机制并识别潜在治疗药物 | 糖尿病足溃疡患者 | 机器学习 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞测序, 差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, 分子对接, 分子动力学模拟 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | GEO数据库数据集，包含外部验证数据集GSE147890 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2793 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic and spatial analysis reveal the immunosuppressive microenvironment in relapsed/refractory angioimmunoblastic T-cell lymphoma
2024-12-18, Blood cancer journal
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41408-024-01199-0
PMID:39695118
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研究论文 | 通过单细胞转录组和空间分析揭示复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境特征 | 首次结合单细胞RNA测序和成像质谱流式技术系统比较初诊与复发/难治性AITL的细胞组成和空间结构，发现YY1驱动的恶性Tfh细胞增殖、B细胞恶性转化中间状态及髓系细胞功能失调等新机制 | 样本量有限，主要基于观察性分析，缺乏功能性验证实验 | 解析复发/难治性AITL免疫抑制微环境的细胞和分子特征 | 血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤患者样本 | 数字病理 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 成像质谱流式 | NA | 单细胞转录组数据, 空间蛋白表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 2794 | 2025-10-06 |
Analyzing Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Using Coreset
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3418078
PMID:38913513
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研究论文 | 提出一种名为scCoreset的数据摘要框架，用于从大规模单细胞RNA-seq数据中提取加权细胞子集以促进下游分析 | 开发了专门针对高维稀疏单细胞RNA-seq数据的核心集框架，相比现有方法在可视化和聚类等下游任务中表现更优 | 未明确说明该方法对特定细胞类型或生物背景的适用性限制 | 解决大规模单细胞RNA-seq数据的计算和分析挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 核心集算法 | 单细胞基因表达数据 | 多个单细胞数据集（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2795 | 2025-10-06 |
FaStaNMF: A Fast and Stable Non-Negative Matrix Factorization for Gene Expression
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3296979
PMID:37467096
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研究论文 | 提出一种快速稳定的非负矩阵分解方法FaStaNMF，用于基因表达数据的细胞类型特异性表达解析 | 在保证非负矩阵分解准确性和速度的同时，实现了结果的全局稳定性，提高了实验间和实验室间的可重复性 | 方法在四个已知真实值的数据集上验证，但未提及在更广泛生物数据中的应用限制 | 开发一种快速稳定的非负矩阵分解方法，用于基因表达数据的去卷积分析 | 基因表达数据，特别是混合细胞类型样本的解析 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解(NMF) | FaStaNMF | 基因表达数据 | 四个数据集（基于公开数据或RNAGinesis模拟生成） | NA | NA | NA | NA |
| 2796 | 2025-10-06 |
SCRN: Single-Cell Gene Regulatory Network Identification in Alzheimer's Disease
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3424400
PMID:38976461
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研究论文 | 提出一种基于图神经网络的单细胞基因调控网络识别方法SCRN，用于研究阿尔茨海默病的基因调控机制 | 开发了基于γ衰减启发式链接预测和图神经网络的SCRN方法，能够利用局部闭合子图识别可靠的基因调控网络 | NA | 识别阿尔茨海默病中的基因调控网络，发现潜在生物标志物和治疗靶点 | 阿尔茨海默病患者和正常样本的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2797 | 2025-10-06 |
A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960
PMID:39264790
|
研究论文 | 提出了一种基于图自编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 首次将深度特征嵌入和核空间分析统一到单一框架中，通过多级核空间融合策略充分挖掘细胞间深层潜在关系 | 未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制 | 开发更准确的单细胞聚类方法用于细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图自编码器(GAE), 谱聚类 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2798 | 2025-10-06 |
Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170
PMID:39255084
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研究论文 | 提出一种基于变分图自编码器和图注意力网络的多编码器半隐式图变分自编码器(MSVGAE)，用于分析单细胞RNA测序数据 | 引入多编码器学习不同尺度特征并控制非信息特征，通过添加不同噪声促进图结构信息和分布不确定性的传播 | NA | 解决单细胞RNA测序数据高维度和高稀疏性分析难题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分图自编码器,图注意力网络 | 基因表达数据 | 24个模拟数据集和8个真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2799 | 2025-10-06 |
Discriminative Domain Adaption Network for Simultaneously Removing Batch Effects and Annotating Cell Types in Single-Cell RNA-Seq
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3487574
PMID:39471116
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研究论文 | 提出一种判别性域适应网络，用于同时消除单细胞RNA测序中的批次效应和注释细胞类型 | 结合对抗域适应策略、对比损失、类中心语义对齐和自步学习机制，实现全局分布匹配和判别性特征表示 | NA | 开发同时消除批次效应和注释细胞类型的计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 判别性域适应网络(D2AN) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2800 | 2025-10-06 |
Single-Cell Antigen Receptor Sequencing in Pigs with Influenza
2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.13.617920
PMID:39464079
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研究论文 | 本研究开发了适用于猪的单细胞抗原受体测序方法，用于分析流感感染后猪肺部的T细胞和B细胞受体谱系 | 首次在猪中实现了单细胞RNA测序与配对的T细胞受体α/β链和B细胞受体重链/轻链的联合分析 | 研究样本数量有限，且仅针对流感病毒感染模型 | 研究自然杀伤T细胞是否改变肺部T细胞和B细胞受体谱系选择 | 猪肺部T细胞和B细胞 | 单细胞测序 | 流感 | 单细胞RNA测序，VDJ测序 | NA | 单细胞RNA测序数据，抗原受体序列数据 | 冷冻保存的猪肺细胞，流式分选的T细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序，VDJ测序 | 10x Chromium | 10x Genomics VDJ测序方案 |