单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2781	2025-03-11	Stromal Cell Isolation from Hematopoietic Organs 2024-01-26, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66231 PMID:38345255	研究论文	本文介绍了从造血器官中分离高质量基质细胞的逐步协议，适用于生成高质量的单细胞多组学数据集	提供了从鼠类和人类胸腺以及鼠类骨骼和骨髓中分离基质细胞的详细步骤，并讨论了样本消化、造血谱系耗竭、FACS分析/分选等因素对单细胞测序兼容性的影响	未明确提及研究的局限性	研究造血器官中基质细胞的分离方法，以生成高质量的单细胞多组学数据集	鼠类和人类的胸腺、鼠类的骨骼和骨髓	单细胞测序	NA	单细胞测序、FACS分析/分选	NA	单细胞多组学数据	未明确提及具体样本数量
2782	2025-03-11	Early clinical outcomes and molecular smooth muscle cell phenotyping using a prophylactic aortic arch replacement strategy in Loeys-Dietz syndrome 2023-11, The Journal of thoracic and cardiovascular surgery IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.jtcvs.2023.07.023 PMID:37500053	研究论文	本研究评估了在Loeys-Dietz综合征患者中预防性主动脉弓置换策略的临床风险和血流动力学后果，并表征了Loeys-Dietz综合征动脉瘤和正常大小下游主动脉的平滑肌细胞表型	首次在Loeys-Dietz综合征患者中结合预防性主动脉弓置换和保留瓣膜的主动脉根部置换手术，并通过单细胞RNA测序和四维磁共振成像技术详细分析了平滑肌细胞表型和血流动力学变化	样本量较小（Loeys-Dietz综合征患者n=8），且随访时间较短（中位随访时间为2年）	评估预防性主动脉弓置换策略在Loeys-Dietz综合征中的临床效果和血流动力学影响，并研究平滑肌细胞表型的变化	Loeys-Dietz综合征患者（n=8）、Marfan综合征患者（n=5）和无主动脉病变的对照组患者（n=5）	心血管疾病	Loeys-Dietz综合征	四维磁共振成像、单细胞RNA测序	NA	影像数据、RNA测序数据	Loeys-Dietz综合征患者8人，Marfan综合征患者5人，无主动脉病变的对照组5人
2783	2025-03-10	Paradoxical Effect of Myosteatosis on the Immune Checkpoint Inhibitor Response in Metastatic Renal Cell Carcinoma 2025-Apr, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13758 PMID:40052383	研究论文	本研究探讨了转移性肾细胞癌（mRCC）患者在接受一线免疫检查点抑制剂（ICI）治疗前低骨骼肌质量（LSMM）和肌脂肪变性的预后影响	首次结合单细胞RNA测序技术，比较了肌脂肪变性患者与非肌脂肪变性患者的免疫微环境差异，揭示了肌脂肪变性对PD-1抑制剂联合CTLA-4抑制剂和PD-1抑制剂联合TKI治疗的不同影响	样本量较小（90例患者），且为回顾性研究，可能存在选择偏倚	探讨肌脂肪变性和低骨骼肌质量对mRCC患者接受ICI治疗预后的影响	90例接受ICI治疗的mRCC患者	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据和单细胞RNA测序数据	90例mRCC患者
2784	2025-03-10	Engineered mesenchymal stromal cells with bispecific polyvalent peptides suppress excessive neutrophil infiltration and boost therapy 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7387 PMID:40053594	研究论文	本文通过工程化改造间充质基质细胞（MSCs），利用双特异性多价肽抑制过度中性粒细胞浸润，提升治疗效果	利用DNA自组装技术将P-选择素和E-选择素靶向肽组装成双特异性多价结构，改造MSCs以提高其归巢效率并抑制中性粒细胞浸润	研究仅在急性肝衰竭小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索通过改造MSCs来抑制过度中性粒细胞浸润，以治疗炎症性疾病和组织损伤	间充质基质细胞（MSCs）和中性粒细胞	细胞工程	肝病	DNA自组装技术	NA	单细胞RNA测序数据	急性肝衰竭小鼠模型
2785	2025-03-10	Genetically encoded tension heterogeneity sculpts cardiac trabeculation 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads2998 PMID:40053597	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、基因编码生物传感器和全活体成像技术，研究了心肌细胞命运决定的机制，特别是心肌壁中心肌细胞的分层和心肌小梁的形成	揭示了心肌细胞命运决定的内在机制，特别是通过PI3K活性和Arp2/3复合物的招募，驱动细胞分层，并通过Notch信号通路调控邻近心肌细胞的张力，从而形成心肌模式	未提及具体样本量或实验条件的限制	研究心肌细胞命运决定的机制，特别是心肌壁中心肌细胞的分层和心肌小梁的形成	心肌细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、基因编码生物传感器、全活体成像	NA	基因表达数据、活体成像数据	NA
2786	2025-03-10	Endothelial senescence induced by PAI-1 promotes endometrial fibrosis 2025-Mar-06, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02377-0 PMID:40050610	研究论文	本文研究了PAI-1诱导的内皮细胞衰老如何促进子宫内膜纤维化	通过单细胞测序和实验验证，揭示了PAI-1在子宫内膜纤维化中的作用机制，并提出了抑制PAI-1作为治疗子宫内膜纤维化的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨子宫内膜纤维化的病理机制及潜在治疗方法	子宫内膜纤维化患者和小鼠模型	生物医学	子宫内膜纤维化	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	IUA患者和小鼠模型
2787	2025-03-10	Exploring the active ingredients and potential mechanisms of Pingchan granules in Parkinson's disease treatment through network pharmacology and transcriptomics 2025-Mar-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91344-x PMID:40050654	研究论文	本文通过网络药理学和转录组学探讨了平颤颗粒在帕金森病治疗中的活性成分及其潜在机制	首次系统地识别了平颤颗粒的96个抗帕金森病靶点，并通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析和随机森林模型揭示了SLC6A3和SRC作为核心靶点，进一步通过分子对接和单细胞测序验证了其主要活性成分dauricine的作用机制	研究主要基于计算和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨平颤颗粒在帕金森病治疗中的分子机制	帕金森病患者和相关的分子靶点	网络药理学	帕金森病	网络药理学、转录组学、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、随机森林模型、分子对接、单细胞测序	随机森林模型	转录组数据、单细胞测序数据	NA
2788	2025-03-10	TRain: T-cell receptor automated immunoinformatics 2025-Mar-06, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06074-8 PMID:40050726	研究论文	本文介绍了一个名为TRain的Python工具，旨在简化从T细胞受体（TCR）序列到预测的3D TCRpMHC复合物的过程	TRain工具通过自动化流程整合了现有的TCR建模和对接工具，减少了从序列到3D结构预测的复杂步骤	依赖于现有的TCR建模和对接工具，可能受限于这些工具的准确性和性能	开发一个自动化工具，简化TCR序列到3D TCRpMHC复合物的预测过程	T细胞受体（TCR）和肽-MHC复合物（pMHC）	生物信息学	NA	单细胞测序、RosettaDock对接工具	NA	序列数据、结构数据	NA
2789	2025-03-10	Unveiling ac4C modification pattern: a prospective target for improving the response to immunotherapeutic strategies in melanoma 2025-Mar-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06297-6 PMID:40050821	研究论文	本研究通过整合单细胞测序数据和转录组学数据，识别了与黑色素瘤进展相关的ac4C mRNA修饰模式，并开发了一个acRG相关签名（acRGS），用于预测黑色素瘤患者的总体生存和对免疫治疗的敏感性	首次揭示了ac4C mRNA修饰模式在黑色素瘤中的临床意义，并开发了一个优于现有120个签名的acRGS，用于预测患者生存和免疫治疗反应	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认acRGS的临床应用价值	探讨ac4C mRNA修饰模式对黑色素瘤临床结果的影响，并开发预测工具	黑色素瘤患者	生物信息学	黑色素瘤	单细胞测序，转录组学	机器学习算法	测序数据，转录组数据	四个外部数据集
2790	2025-03-10	Single-cell and spatial transcriptome profiling reveal CTHRC1+ fibroblasts promote EMT through WNT5A signaling in colorectal cancer 2025-Mar-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06236-5 PMID:40050872	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组分析，揭示了CTHRC1+成纤维细胞通过WNT5A信号促进结直肠癌中的上皮-间质转化（EMT）	首次发现CTHRC1+成纤维细胞作为WNT5A的主要来源，通过上调邻近恶性上皮细胞中的MSLN表达，促进EMT和肿瘤细胞侵袭性	研究中使用的样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探索结直肠癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其与肿瘤细胞的相互作用	结直肠癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和恶性上皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	NA
2791	2025-03-10	MAEST: accurately spatial domain detection in spatial transcriptomics with graph masked autoencoder 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf086 PMID:40052440	研究论文	本文介绍了一种名为MAEST的新型图神经网络模型，用于在空间转录组学数据中进行空间域识别	MAEST利用图掩码自编码器进行去噪和表示精炼，并结合图对比学习以防止特征崩溃并增强模型鲁棒性，通过整合一跳和多跳表示，有效捕捉局部和全局空间关系，提高聚类精度	NA	解决现有方法在空间转录组学数据中未能充分利用空间信息的问题，提高空间域识别的准确性和鲁棒性	空间转录组学数据	机器学习	NA	图神经网络	图掩码自编码器	空间转录组学数据	包括人脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎等多种数据集
2792	2025-03-10	Unveiling a novel cancer hallmark by evaluation of neural infiltration in cancer 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf082 PMID:40052442	研究论文	本文通过评估肿瘤微环境中的神经浸润程度，揭示了神经系统在癌症恶性功能获得中的关键作用，并提出了癌症相关神经浸润评分（C-Neural score）	提出了癌症相关神经浸润评分（C-Neural score），并揭示了其在癌症进展和预后中的重要作用	研究主要基于RNA-seq数据，未涉及其他类型的数据验证	评估神经系统在癌症恶性功能获得中的作用，并探索其作为癌症标志物的潜力	多种癌症类型的肿瘤微环境	癌症研究	癌症	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	40个批量RNA-seq数据集和55个单细胞RNA测序数据集
2793	2025-03-10	Integrated Analysis to Reveal Heterogeneity of Tumor-Associated Neutrophils in Glioma 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70745 PMID:40052358	研究论文	本研究通过整合分析揭示了胶质瘤中肿瘤相关中性粒细胞（TANs）的异质性，并开发了一个预后模型	首次系统性地研究了TANs在胶质瘤中的异质性及其作用，并开发了一个基于7个基因的风险评分模型，具有显著的预后价值	研究主要基于RNA-seq数据，缺乏更多临床样本的验证，且体外实验仅验证了部分基因的功能	研究胶质瘤中TANs的异质性及其在预后中的作用，并开发预后模型	胶质瘤中的肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, IHC, CCK8, EdU, Transwell, TUNEL	风险评分模型	RNA-seq数据	四个独立数据集中的胶质瘤样本
2794	2025-03-10	Decoding the corneal immune microenvironment in healthy and diabetic mice during corneal wound healing 2025-Feb-27, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.02.010 PMID:40023495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病和健康小鼠角膜在稳态和伤口愈合过程中免疫细胞的转录变化	首次建立了健康和糖尿病小鼠角膜伤口愈合过程中免疫细胞的全面单细胞RNA测序转录组图谱	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨糖尿病角膜病变（DK）中免疫微环境的变化及其在病理过程中的作用	糖尿病和健康小鼠的角膜免疫细胞	生物信息学	糖尿病角膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	糖尿病和健康小鼠的角膜样本
2795	2025-03-10	Exploring the Expanded Role of Astrocytes in Primate Brain Evolution via Changes in Gene Expression 2025-Feb-05, Brain, behavior and evolution DOI:10.1159/000544004 PMID:39907990	综述	本文探讨了灵长类大脑进化中星形胶质细胞基因表达和基因调控的变化	通过新的技术如诱导多能干细胞和单细胞RNA测序，动态和复杂地理解星形胶质细胞	主要关注灵长类动物，未涉及其他哺乳动物的星形胶质细胞进化	理解星形胶质细胞在灵长类大脑进化中的作用及其在神经系统疾病中的角色	灵长类动物中的星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病, 帕金森病	诱导多能干细胞, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2796	2025-03-10	[Explorations about the correlation between biological changes of meninges in periodontitis mice and cognitive impairment via single-cell RNA sequencing] 2024-Jun-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20231102-00234 PMID:38808420	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析牙周炎小鼠脑膜的生物学变化，探讨其与认知障碍之间的潜在关联	首次使用单细胞RNA测序技术研究牙周炎小鼠脑膜的生物学变化及其与认知障碍的关系	样本量较小，仅使用小鼠模型，未涉及人类样本	探讨牙周炎小鼠脑膜生物学变化与认知障碍之间的相关性	牙周炎小鼠的脑膜组织和认知功能	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	30只C57BL/6小鼠（15只对照组，15只实验组）
2797	2025-03-10	Single Cell Analysis of Human Colonoids Exposed to Uranium-Bearing Dust 2024-May, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP13855 PMID:38771937	研究论文	本文研究了铀尘暴露对人类结肠类器官的分子和细胞变化的影响	首次使用单细胞RNA测序技术分析了铀尘暴露对结肠上皮细胞的转录组变化和谱系分化的影响	研究仅基于三个生物学上不同的供体的结肠类器官，样本量较小	确定铀尘暴露对结肠的分子和细胞变化	人类结肠类器官	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个生物学上不同的供体的结肠类器官
2798	2025-03-09	Plaque erosion risk and JAK2 V617F variant 2025-Mar-07, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf114 PMID:40053703	研究论文	本研究探讨了JAK2 V617F变异与心肌梗死（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	首次明确了JAK2 V617F变异与斑块侵蚀风险之间的显著关联，并通过单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞在其中的潜在作用机制	研究样本量相对有限，且未涵盖所有可能的CHIP突变类型	探讨JAK2 V617F变异与心肌梗死（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体	心血管疾病	心肌梗死	数字滴PCR、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体
2799	2025-03-09	Tracking HIV persistence across T cell lineages during early ART-treated HIV-1-infection using a reservoir-marking humanized mouse model 2025-Mar-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57368-7 PMID:40044684	研究论文	本文介绍了一种名为HIV-1诱导的谱系追踪（HILT）系统，用于在人类化小鼠模型中标记HIV感染的细胞，以检测罕见的潜伏感染细胞	开发了HILT系统，能够在人类化小鼠模型中不可逆地标记HIV感染的细胞，并通过单细胞RNA测序识别不同CD4+ T细胞转录谱系	研究依赖于人类化小鼠模型，可能无法完全模拟人类免疫系统的复杂性	研究HIV在早期ART治疗期间的持久性，特别是在不同T细胞谱系中的持久性	HIV-1感染的人类化小鼠模型中的CD4 T细胞	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	人类化小鼠模型	RNA测序数据	免疫缺陷小鼠移植了基因修饰的造血干细胞
2800	2025-03-09	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2025-Mar-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.016 PMID:39814010	研究论文	本文介绍了一种基于CRISPRi筛选的3D共培养系统iAssembloids，用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其对神经元存活的影响	开发了iAssembloids系统，结合CRISPRi筛选技术，揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的分子机制，并探讨了APOE-ε4在阿尔茨海默病中的作用	研究主要基于体外模型，可能无法完全模拟体内复杂的神经元-胶质细胞相互作用	研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其对神经元存活的影响	诱导多能干细胞（iPSC）衍生的神经元和胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学	iAssembloids（3D共培养系统）	基因表达数据	NA