单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2781	2025-03-13	IL-19 as a promising theranostic target to reprogram the glioblastoma immunosuppressive microenvironment 2025-Mar-08, Journal of biomedical science IF:9.0Q1 DOI:10.1186/s12929-025-01126-w PMID:40057744	研究论文	本文探讨了IL-19作为胶质母细胞瘤（GBM）免疫抑制微环境的治疗诊断靶点的潜力	首次将IL-19识别为GBM免疫抑制微环境的关键因子，并开发了新型CHOL-PEG-SPIO-IL-19纳米颗粒用于靶向治疗和诊断	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行大规模临床试验	研究旨在通过靶向IL-19来改善GBM的免疫抑制和侵袭性特性，以提高临床治疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）患者样本、小鼠模型	数字病理学	胶质母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、CRISPR、MRI成像	CRISPR Il-19-/-细胞系、Il-19-/-小鼠模型	基因组数据、RNA测序数据、影像数据	台湾GBM队列和TCGA数据库中的患者样本、小鼠模型
2782	2025-03-13	Lactylation modification in cancer: mechanisms, functions, and therapeutic strategies 2025-Mar-08, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00622-x PMID:40057816	review	本文综述了乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及治疗策略	乳酸化修饰作为一种新发现的翻译后修饰，在癌症中的作用机制和功能被详细探讨	当前研究在揭示乳酸化修饰机制方面仍存在许多障碍	探讨乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及潜在治疗策略	癌症细胞及肿瘤微环境	癌症研究	癌症	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	NA	NA
2783	2025-03-13	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing to predict prognosis and therapeutic response for colorectal cancer 2025-Mar-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91761-y PMID:40055390	研究论文	本文通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一个新的预后模型，用于预测结直肠癌的预后和治疗反应	开发了一个由9个基因组成的预后模型，并基于此模型将患者分为高风险和低风险组，揭示了不同风险组与特定免疫细胞类型的相关性	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	理解结直肠癌的分子机制，识别有效的预后标志物，并为临床预后评估和治疗提供新的理论支持	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	LASSO回归，Cox回归	RNA测序数据	来自GEO和TCGA数据库的结直肠癌样本
2784	2025-03-13	Role of GPX3+ astrocytes in breast cancer brain metastasis activated by circulating tumor cell exosomes 2025-Mar-07, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00833-9 PMID:40055530	研究论文	本研究探讨了循环肿瘤细胞（CTC）衍生的外泌体在乳腺癌脑转移过程中激活GPX3+星形胶质细胞的作用	揭示了CTC通过激活GPX3+星形胶质细胞促进乳腺癌脑转移的新机制，并提出了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索乳腺癌脑转移的机制，特别是CTC衍生的外泌体对GPX3+星形胶质细胞的激活作用	乳腺癌脑转移中的GPX3+星形胶质细胞和循环肿瘤细胞（CTC）	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和代谢组学	小鼠模型	RNA序列数据和代谢物数据	NA
2785	2025-03-05	Scupa: single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf090 PMID:39999031	研究论文	本文介绍了一种名为Scupa的计算方法，用于全面评估单细胞RNA测序数据中的免疫细胞极化状态	Scupa是首个用于全面评估免疫细胞极化的计算方法，利用单细胞基础模型Universal Cell Embeddings的细胞嵌入数据，有效识别不同物种和实验条件下的极化细胞	NA	开发一种系统的方法来评估单细胞RNA测序数据中的细胞因子驱动的免疫细胞极化状态	免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Universal Cell Embeddings	单细胞RNA测序数据	14种免疫细胞类型
2786	2025-03-13	Inferring gene regulatory networks from time-series scRNA-seq data via GRANGER causal recurrent autoencoders 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf089 PMID:40062616	研究论文	本文介绍了一种名为GRANGER的无监督深度学习方法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	GRANGER方法整合了多种先进技术，包括循环变分自编码器、GRANGER因果关系、稀疏性诱导惩罚和基于负二项分布的损失函数，以处理时间序列scRNA-seq数据中的高噪声和数据稀疏性问题	尽管GRANGER在多个基准数据集上表现出色，但其在更广泛的应用场景中的有效性和鲁棒性仍需进一步验证	研究目的是开发一种能够准确处理时间序列单细胞RNA测序数据的方法，以推断基因调控网络	研究对象是时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	循环变分自编码器	时间序列单细胞RNA测序数据	多个流行的基准数据集以及来自BRAIN Initiative项目的小鼠全脑scRNA-seq数据
2787	2025-03-13	STING Deficiency Promotes Th17-Like Tfh to Aggravate the Experimental Autoimmune Uveitis 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.8 PMID:40042874	研究论文	本研究探讨了STING信号调控的Th17样T滤泡辅助细胞（Tfh）在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的致病机制	揭示了STING缺陷如何促进Th17样Tfh细胞的分化和表型转化，加剧EAU的炎症反应，并提出了靶向STING调节Tfh细胞作为葡萄膜炎治疗策略的潜力	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索Th17样Tfh细胞在EAU中的致病机制及STING信号的作用	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型	免疫学	葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	NA	RNA序列数据、细胞表型数据	EAU和对照小鼠的引流淋巴结（DLNs）及naïve CD4+ T细胞
2788	2025-03-13	Single-Cell Multiomics Analysis of Early Wound Response Programs in the Mouse Corneal Epithelium 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.9 PMID:40042873	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和ATAC测序分析，研究了小鼠角膜上皮在早期伤口反应中的基因调控程序	首次结合单细胞RNA测序和ATAC测序技术，详细描绘了小鼠角膜上皮在早期伤口反应中的转录组和表观遗传变化	仅关注了早期伤口反应，未涉及伤口愈合的后期阶段	阐明小鼠角膜上皮在早期伤口反应中的基因调控机制	小鼠角膜上皮	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (RNA-seq), ATAC测序 (ATAC-seq)	NA	单细胞RNA测序数据, ATAC测序数据	未明确说明样本数量，但使用了已发表的小鼠角膜上皮单细胞数据集和伤口后的上皮测序数据
2789	2025-03-13	PerC B-Cells Activation via Thermogenetics-Based CXCL12 Generator for Intraperitoneal Immunity Against Metastatic Disseminated Tumor Cells 2025-Mar, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202411731 PMID:39865939	研究论文	本文描述了一种基于热遗传学的CXCL12生成器，用于激活腹膜腔B细胞亚群，以通过外源性抗原呈递实现腹膜内抗肿瘤免疫	提出了一种不依赖树突状细胞的下一代腹膜内免疫疗法，通过热遗传学方法调控CXCL12表达，避免细胞因子风暴，并识别了在腹膜内免疫疗法中起关键作用的抗原呈递B细胞群	NA	开发一种新型腹膜内免疫疗法，以激活腹膜腔B细胞亚群，增强腹膜内抗肿瘤免疫	腹膜腔B细胞亚群和腹膜转移的肿瘤细胞	免疫疗法	胃癌	热遗传学，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2790	2025-03-13	Analyze the Diversity and Function of Immune Cells in the Tumor Microenvironment From the Perspective of Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70622 PMID:40062730	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肿瘤微环境（TME）中免疫细胞多样性和功能研究中的应用	利用scRNA-seq揭示免疫细胞的功能异质性，并构建免疫细胞相互作用网络，为癌症免疫治疗和个性化治疗提供新途径	尽管scRNA-seq在免疫细胞分析中显示出潜力，但仍存在一些挑战，需要进一步的技术进步以完全整合到临床应用中	总结TME中免疫细胞的多样性及其对患者预后和治疗反应的影响，以及scRNA-seq在理解其功能异质性中的贡献	肿瘤微环境中的免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
2791	2025-03-13	Heat Shock Protein Family A Member 1A Attenuates Apoptosis and Oxidative Stress via ERK/JNK Pathway in Hyperplastic Prostate 2025-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70129 PMID:40066224	研究论文	本文研究了热休克蛋白家族A成员1A（HSPA1A）在良性前列腺增生（BPH）中的作用及其通过ERK/JNK信号通路减轻细胞凋亡和氧化应激的机制	首次揭示了HSPA1A在BPH中的上调表达及其通过ERK/JNK信号通路减轻细胞凋亡和氧化应激的作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨HSPA1A在BPH发病机制中的作用及其潜在的治疗靶点	前列腺细胞（BPH-1和WPMY-1细胞）和睾酮诱导的BPH大鼠模型	生物医学	前列腺增生	RNA测序、单细胞测序、组织芯片分析	NA	基因表达数据、组织样本	139例BPH组织样本
2792	2025-03-13	Spatial and single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblasts dependent immune environment in colorectal cancer 2025 Mar-Apr, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.70012 PMID:40068177	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对免疫环境的影响	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统解析了结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对肿瘤微环境的影响，并识别出四个与成纤维细胞相关的关键基因（TRIP6、TIMP1、BGN和CERCAM），这些基因在结直肠癌的预后和治疗反应中具有显著相关性	研究主要基于计算分析和体外实验验证，缺乏体内实验和临床样本的进一步验证	解析结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对肿瘤微环境和免疫反应的影响	结直肠癌患者样本及其肿瘤微环境中的成纤维细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、CCK8、划痕实验、Transwell实验	Seurat、DESeq2、CIBERSORT、xCell、TIDE平台	RNA测序数据、空间转录组数据	结直肠癌患者样本
2793	2025-03-13	Enhancing single-cell classification accuracy using image conversion and deep learning 2025-Mar, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.24-213 PMID:40068952	研究论文	本文提出了一种创新的单细胞分类方法scIC，通过将单细胞转录组测序数据转换为图像形式并结合深度学习技术进行细胞分类	将单细胞转录组测序数据转换为图像形式，并结合卷积神经网络（CNN）和残差网络（ResNet）构建高效分类模型，显著提高了分类准确率	现有方法在细胞类型识别、特征选择和批次效应校正方面仍存在局限性，难以满足复杂生物学研究的需求	提高单细胞分类的准确性，解决单细胞数据分析中的关键挑战	小鼠皮肤基底细胞、小鼠淋巴细胞、人类神经元细胞和小鼠脊髓细胞	机器学习	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	CNN, ResNet	图像	四种细胞类型的scRNA-seq数据
2794	2025-03-13	Spatial transcriptomics in glomerular diseases 2025-Mar-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae556 PMID:40071426	综述	本文综述了空间转录组学技术在肾小球疾病研究中的应用，探讨了其机会与局限性，并讨论了在少免疫性局灶坏死性（和新月体性）肾小球肾炎（piFNGN）和巨细胞动脉炎（GCA）中使用数字空间分析技术获得的结果	空间转录组学技术为研究自身免疫和炎症性疾病中的特定区域提供了强大的工具，能够识别不同类型病变和不同疾病病因之间的差异表达基因	选择感兴趣区域需要了解基础的组织病理学变化和方法的局限性，如由于预分析变化或使用的探针引起的伪影	探讨空间转录组学技术在肾小球疾病研究中的应用及其潜力	少免疫性局灶坏死性（和新月体性）肾小球肾炎（piFNGN）和巨细胞动脉炎（GCA）	数字病理学	肾小球疾病	空间转录组学，数字空间分析	NA	RNA和/或蛋白质	NA
2795	2025-03-13	A novel signature predicts prognosis in pancreatic cancer based on tumor membrane-associated genes 2025-Feb-28, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42791 PMID:40066030	研究论文	本研究基于肿瘤膜相关基因构建了一个新的签名模型MaGPS，用于预测胰腺癌患者的预后，并探索了潜在的治疗靶点	通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质表达数据，首次构建了基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型MaGPS，并揭示了其与药物敏感性的关联	研究依赖于外部数据集进行验证，可能受到数据质量和样本异质性的限制	开发一个基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型，以改善胰腺癌患者的治疗策略	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 蛋白质表达分析	LASSO, Cox回归	RNA-seq, 蛋白质表达数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的患者队列
2796	2025-03-13	A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638726 PMID:40027680	研究论文	本文提出了一种在广义估计方程（GEEs）框架下的广义得分检验（GST），用于空间转录组学（ST）数据中的差异基因表达分析，并与现有方法进行了全面比较	提出了广义得分检验（GST），该方法能够有效结合空间相关性，相较于非参数方法（如Wilcoxon秩和检验），在控制I型错误率和提高准确性方面表现更优	尽管GST在模拟和实际数据中表现出色，但其在更广泛的数据集和应用场景中的表现仍需进一步验证	研究目的是开发一种更稳健的统计方法，用于空间转录组学数据中的差异基因表达分析	空间转录组学数据，特别是乳腺癌和前列腺癌的数据	生物信息学	乳腺癌, 前列腺癌	空间转录组学（ST）	广义估计方程（GEEs）, 广义得分检验（GST）	基因表达数据	NA
2797	2025-03-13	The tree labeling polytope: a unified approach to ancestral reconstruction problems 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.14.638328 PMID:40027631	研究论文	本文提出了一种基于树标记多面体的新方法，用于解决系统发育树中的祖先状态重建问题	引入了树标记多面体这一几何对象，其顶点表示树的可行祖先标记，从而提供了一种多项式时间的线性规划算法	虽然新方法在模拟和真实数据集上表现优异，但其在大规模数据集上的计算效率仍需进一步验证	解决系统发育树中的祖先状态重建问题，特别是在现代应用中引入的额外全局约束	系统发育树中的祖先状态	计算生物学	肺癌	线性规划、混合整数规划	树标记多面体	系统发育树数据	数千个叶节点的大树，包括小鼠转移性肺腺癌模型的数据
2798	2025-03-13	Adulthood outcomes of thymic transplantation in a case of congenital athymia due to FOXN1 mutation 2025-Feb-14, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.02.006 PMID:39956280	研究论文	本文报告了一例因FOXN1突变导致的先天性无胸腺症患者在接受胸腺移植后的长期临床和免疫学结果	首次详细描述了成年后接受胸腺移植的先天性无胸腺症患者的长期免疫重建情况，揭示了异体胸腺移植后T细胞的独特生物学特性	仅报告了一例患者的长期随访结果，样本量有限，难以推广到更广泛的患者群体	探讨先天性无胸腺症患者接受胸腺移植后的长期免疫重建效果	一例因FOXN1突变导致的先天性无胸腺症患者	免疫学	先天性无胸腺症	高维光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体测序、细胞表面蛋白测序	NA	临床数据、免疫学数据、基因测序数据	1例患者
2799	2025-03-13	A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes 2025-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618577 PMID:39463993	meta-analysis	本文评估了阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）、精神分裂症（SCZ）和COVID-19的单细胞RNA测序研究中差异表达基因（DEGs）的可重复性，并开发了一种基于数据集间相对差异表达排名可重复性的非参数元分析方法SumRank	开发了一种新的非参数元分析方法SumRank，提高了差异表达基因的预测能力，并通过多种指标验证了其特异性与敏感性优于现有方法	研究结果依赖于已发表数据集的可用性和质量，且部分疾病（如AD和SCZ）的预测能力仍较低	评估单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因的可重复性，并开发一种改进的元分析方法	阿尔茨海默病、帕金森病、精神分裂症和COVID-19的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 帕金森病, 精神分裂症, COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SumRank（非参数元分析方法）	单细胞RNA测序数据	多个已发表数据集（具体样本量未明确说明）
2800	2025-03-13	Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634791 PMID:39975330	研究论文	本文提出了一种结合批量DNA测序和单细胞RNA测序数据的方法TUSV-int，用于去卷积和系统发育推断，以解析肿瘤克隆结构	TUSV-int方法通过整合批量DNA测序和单细胞RNA测序数据，能够同时处理单核苷酸变异、拷贝数变异和结构变异，提高了克隆结构的解析能力	尽管TUSV-int在解析克隆结构方面表现出色，但单细胞DNA测序的高成本和技术挑战仍然限制了其在大规模队列中的常规使用	研究目的是开发一种能够整合多种基因组技术的方法，以更好地解析肿瘤克隆结构和突变历史	研究对象为肿瘤基因组数据，特别是单核苷酸变异、拷贝数变异和结构变异	基因组学	乳腺癌	批量DNA测序（DNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	整数线性规划（ILP）	DNA测序数据、RNA测序数据	NA