单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-07-08	Thrombopoietin mimetic stimulates bone marrow vascular and stromal niches to mitigate acute radiation syndrome 2024-04-29, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03734-z PMID:38679747	研究论文	研究探讨了PEG化血小板生成素模拟肽JNJ-26366821在促进骨髓血管和基质微环境再生以缓解急性辐射综合征中的作用	首次阐明了TPOm通过调节骨髓血管和基质微环境支持造血干细胞和祖细胞再生的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索TPOm作为治疗急性辐射综合征的潜在医疗对策	C57BL/6J小鼠的骨髓造血干细胞、内皮细胞和间充质基质细胞	放射医学	急性辐射综合征	流式细胞术、全组织共聚焦显微镜、单细胞RNA测序	小鼠急性辐射综合征模型	组织学数据、流式细胞数据、RNA测序数据	9-14周龄C57BL/6J小鼠，具体数量未明确说明
262	2025-07-08	DPSCs regulate epithelial-T cell interactions in oral submucous fibrosis 2024-04-23, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03720-5 PMID:38650025	研究论文	本研究探讨了口腔黏膜下纤维化(OSF)的致病机制，并探索了牙髓干细胞(DPSCs)作为治疗手段的潜力	发现了一个具有促炎和促纤维化功能的上皮细胞亚群Epi1.2，揭示了其通过MIF-CD74和CXCR4途径与T细胞互作的机制，并首次评估了DPSCs在OSF治疗中的应用效果	OSF的动物模型可能无法完全模拟人类疾病，DPSCs的治疗机制仍需进一步验证	探索OSF的致病机制并开发新的治疗方法	口腔黏膜下纤维化(OSF)患者组织样本、大鼠模型	口腔医学	口腔黏膜下纤维化	单细胞RNA测序、组织染色、免疫组化、扫描电镜、原子力显微镜	动物模型	基因表达数据、组织图像	未明确说明样本数量，涉及人类组织样本和大鼠模型
263	2025-07-08	An integrated toolkit for human microglia functional genomics 2024-04-10, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03700-9 PMID:38600587	研究论文	本文介绍了一个集成的工具包，用于人类小胶质细胞的功能基因组学研究，优化了iPSC向iMG的分化过程，并提供了多组学数据分析平台	开发了一个优化的两步骤、20天的iPSC分化流程，结合了CRISPR-ON/OFF系统和多组学数据平台，显著提高了iMG的生成效率和研究能力	未提及在体内环境中的验证，可能限制了其在真实生理条件下的应用	开发一个高效的工具包，用于人类小胶质细胞的功能基因组学研究	人类诱导多能干细胞(iPSC)衍生的小胶质细胞(iMG)	功能基因组学	阿尔茨海默病(AD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、染色质可及性分析(ATAC-Seq)、蛋白质组学、CRISPR-Cas9	iPSC-derived Microglia (iMG)模型	多组学数据(转录组、蛋白质组、表观基因组)	未明确提及具体样本数量，但强调了可重复收获iMG的能力
264	2025-07-08	Improved therapeutic consistency and efficacy of CD317+ MSCs through stabilizing TSG6 by PTX3 2024-03-27, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03706-3 PMID:38539221	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了不同批次培养基对MSCs亚群组成和异质性的影响，并发现CD317+ MSCs具有增强的免疫抑制活性	发现CD317+ MSCs亚群通过PTX3稳定TSG6蛋白，从而提高治疗效果，并提出了减少MSCs异质性和提高治疗一致性的新策略	研究未涉及CD317+ MSCs在其他疾病模型中的应用效果	提高间充质干细胞（MSCs）的治疗一致性和效果	间充质干细胞（MSCs）及其CD317+亚群	细胞治疗	NA	scRNA-seq分析	NA	转录组数据	NA
265	2025-07-08	Short cell cycle duration is a phenotype of human epidermal stem cells 2024-03-13, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03670-y PMID:38475896	研究论文	本文研究了人类表皮干细胞（SCs）的细胞周期持续时间（CCD），发现与传统观点相反，SCs的细胞周期比更分化的祖细胞（CPs）更短	挑战了干细胞分裂缓慢的传统观点，揭示了人类表皮干细胞具有更短的细胞周期持续时间	研究仅限于体外培养的人类角质形成细胞，未涉及体内环境或其他类型的干细胞	探究人类表皮干细胞的细胞周期特性及其与分化祖细胞的差异	人类角质形成细胞（包括干细胞和分化祖细胞）	细胞生物学	NA	活细胞成像、单细胞RNA测序	NA	图像数据、基因表达数据	初始传代的人类角质形成细胞
266	2025-07-08	Thrombopoietin mimetic stimulates bone marrow vascular and stromal niches to mitigate acute radiation syndrome 2024-Feb-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3946910/v1 PMID:38463959	研究论文	研究探讨了PEG化血小板生成素模拟肽JNJ-26366821（TPOm）如何通过刺激骨髓血管和基质微环境来缓解急性辐射综合征（ARS）	首次阐明了TPOm通过调节骨髓血管和基质微环境支持造血干细胞和祖细胞（HSPCs）再生的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索TPOm作为治疗急性辐射综合征（ARS）的潜在医疗对策	C57BL/6J小鼠的骨髓造血干细胞和祖细胞（HSPCs）、内皮细胞（ECs）和间充质基质细胞（MSCs）	放射医学	急性辐射综合征	流式细胞术、全组织共聚焦显微镜、单细胞RNA测序	小鼠模型	实验数据	C57BL/6J小鼠（9-14周龄）
267	2025-07-08	Epithelial Endoplasmic Reticulum Stress Enhances the Risk of Muc5b-associated Lung Fibrosis 2023-01, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2022-0252OC PMID:36108173	研究论文	本文研究了MUC5B基因启动子变异与特发性肺纤维化(IPF)风险增加的关系，以及内质网应激在其中的作用	首次揭示了MUC5B过表达通过内质网应激途径加剧肺纤维化的机制，并证明ISRIB药物可缓解这一过程	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MUC5B基因变异导致肺纤维化的分子机制	MUC5B基因、内质网应激通路、特发性肺纤维化	分子病理学	肺纤维化	RNA测序(单细胞和批量)、转基因小鼠模型	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠与野生型小鼠的比较研究
268	2025-07-07	Single-cell RNA sequencing identifies a unique ZEB2-Regulated Clec4d+ macrophage state contributing to early inflammatory injury in cardiac hypertrophy 2025-Sep-05, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177867 PMID:40543740	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，鉴定了一种独特的ZEB2调控的Clec4d+巨噬细胞状态，该状态在心脏肥大的早期炎症损伤中起重要作用	首次在心脏肥大模型中鉴定出Clec4d+巨噬细胞状态，并揭示ZEB2作为其炎症激活的关键调控因子	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究巨噬细胞介导的炎症在心脏肥大早期的作用机制	横向主动脉缩窄(TAC)诱导的心脏肥大小鼠模型中的巨噬细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ChIP-seq	NA	单细胞转录组数据	25,328个来自心脏组织的单细胞
269	2025-07-07	Tissue-origin transcriptomic interactions as indicators of inflammatory aging and aging gene discovery 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110534 PMID:40527241	研究论文	该研究提出了一种名为'genomap'的图像表示方法，通过空间编码转录组相互作用来揭示与衰老相关的相互作用模式变化，并构建了一个高精度的组织特异性炎症衰老时钟	创新性地将scRNA-seq数据转换为语义丰富的图像表示（genomap），并利用这种表示揭示衰老相关的相互作用模式变化，而非仅关注基因表达谱的变化	未明确提及具体样本量或实验验证的局限性	开发有效的方法从高维转录组数据中识别精确的免疫遗传衰老标志物	衰老过程中的基因-基因相互作用模式	生物信息学	衰老相关疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
270	2025-07-07	Integrative multi-omics and machine-learning approaches uncover a novel metabolic-related signature associated with cancer-associated fibroblasts in gastric cancer development 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110653 PMID:40543274	研究论文	本研究通过整合多组学和机器学习方法，揭示了胃癌发展中与癌症相关成纤维细胞相关的新型代谢特征	首次整合多种数据类型（微阵列、批量RNA-seq和单细胞RNA-seq）并结合机器学习策略，识别出与癌症相关成纤维细胞（CAF_6）相关的代谢特征，该特征与胃癌患者预后显著相关	研究主要基于公开数据集，缺乏独立的前瞻性队列验证	探索胃癌发展中癌症相关成纤维细胞的分子和功能异质性，并开发预后相关的代谢特征	胃癌组织和相关细胞类型（特别是癌症相关成纤维细胞）	数字病理学	胃癌	微阵列、批量RNA-seq、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	基因表达数据	使用GSE15459、GSE26253和GSE183904数据集，具体样本数量未明确说明
271	2025-07-07	Single-cell multi-omics analysis reveals the plasticity of isthmus stem cells in gastric carcinogenesis 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110662 PMID:40580616	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示胃峡部干细胞在胃癌发生中的可塑性	整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，识别了胃癌中的三种主要上皮成分，并揭示了胃峡部干细胞在胃癌中的三种不同状态	研究样本量有限，未涉及不同胃癌亚型的比较	探究胃癌发生过程中细胞组成和发育轨迹	胃癌患者的配对肿瘤和邻近组织样本	单细胞多组学	胃癌	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	胃癌患者的配对肿瘤和邻近组织样本（具体数量未提及）
272	2025-07-07	Cmpk2 Protects Against Acute Lung Injury in Mice 2025-Jul-05, Lung IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s00408-025-00829-z PMID:40616692	research paper	该研究探讨了线粒体代谢酶Cmpk2在急性肺损伤（ALI）中的作用及其保护机制	首次揭示了Cmpk2通过STING依赖的机制调节中性粒细胞募集和细菌吞噬功能，从而对抗肺炎	研究主要基于小鼠模型和斑马鱼胚胎，人类样本验证有限	阐明Cmpk2在细菌性肺炎诱发的急性肺损伤中的保护作用机制	Cmpk2基因敲除小鼠、斑马鱼胚胎、ARDS患者样本	分子生物学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征	scRNA-seq、流式细胞术、ELISA、GO/KEGG分析	基因敲除动物模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确样本量（使用基因敲除小鼠模型和斑马鱼胚胎）
273	2025-07-07	Modulation of mitochondrial dysfunction: Mechanisms and strategies for the use of natural products to treat stroke 2025-Jul-05, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-25-00016 PMID:40618255	research paper	本文探讨了线粒体功能障碍的调节机制及天然产物在治疗中风中的应用	提出了天然产物通过多靶点调节线粒体功能障碍来治疗中风的新策略	天然产物的临床转化面临成分复杂难以标准化、跨区域临床数据不足以及缺乏长期安全性评估等挑战	研究中风治疗中线粒体功能障碍的调节机制及天然产物的应用	线粒体功能障碍及天然产物	NA	心血管疾病	单细胞测序、类器官模型	NA	NA	NA
274	2025-07-07	Brain macrophages and pial fibroblasts promote inflammation in a hypomyelination model 2025-Jul-04, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02063-3 PMID:40615895	research paper	该研究探讨了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在低髓鞘化模型中对炎症的促进作用	揭示了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在慢性炎症和神经功能缺损中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疾病中验证	了解难治性神经系统疾病中慢性进行性神经功能缺损的机制	Pdgfra条件性敲除小鼠的脑皮质	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序，组织学分析	小鼠模型	RNA测序数据，组织学图像	NA
275	2025-07-07	Protocol for single-cell dissociation of head and neck cancer organoids 2025-Jul-04, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103930 PMID:40616840	研究论文	本文提出了一种将头颈鳞状细胞癌患者来源的类器官（PDOs）解离为适合下游应用（如药物筛选和单细胞RNA测序）的活单细胞悬液的方案	通过使用0.05%胰蛋白酶和温和的机械解离步骤最大化单细胞产量，同时避免高浓度胰蛋白酶和长时间孵育以减少细胞聚集和提高细胞存活率	未提及该方案是否适用于其他类型的癌症类器官或非癌症类器官	开发一种高效的头颈鳞状细胞癌患者来源类器官单细胞解离方案	头颈鳞状细胞癌患者来源的类器官（PDOs）	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、活细胞成像	NA	细胞悬液	未明确说明样本数量
276	2025-07-07	Interleukin-32-expressing CD4+ T cells are a potentially pathogenic subset in systemic sclerosis with interstitial lung disease 2025-Jul-04, Respiratory investigation IF:2.4Q2 DOI:10.1016/j.resinv.2025.06.008 PMID:40617174	研究论文	本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据集，揭示了表达IL-32的CD4+ T细胞在系统性硬化症伴间质性肺病(SSc-ILD)中的潜在致病作用	首次发现IL32基因在SSc-ILD患者CD4+ T细胞中的高表达，并确定了其在Th1、Th2和Th17细胞以及记忆T细胞中的表达模式	需要进一步研究IL-32的具体作用机制和治疗潜力	阐明CD4+ T细胞亚群在SSc-ILD发病机制中的异常细胞因子产生	系统性硬化症伴间质性肺病患者的CD4+ T细胞	免疫学	系统性硬化症/间质性肺病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、微阵列分析	NA	基因表达数据	13例SSc和11例健康对照的肺活检样本，18例SSc-ILD和16例健康对照的外周血样本
277	2025-07-07	Human airway submucosal gland organoids to study respiratory inflammation and infection 2025-Jul-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.05.013 PMID:40513559	研究论文	本研究利用长期培养的器官模型，分别从表面气道上皮（SAE）和黏膜下腺体（SMGs）中提取，以研究它们在呼吸道炎症和感染中的独特生理特性	首次利用SMG器官模型研究呼吸道炎症和感染，揭示了SMG分泌细胞对特定冠状病毒的选择性易感性	研究仅关注了SMG和SAE的器官模型，未涉及其他呼吸道组织或更广泛的病原体	研究呼吸道炎症和感染的生理机制	人类气道上皮和黏膜下腺体的器官模型	生物医学研究	呼吸道感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	器官模型	基因表达数据	NA
278	2025-07-07	Ensemblex: an accuracy-weighted ensemble genetic demultiplexing framework for population-scale scRNAseq sample pooling 2025-Jul-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03643-1 PMID:40611203	研究论文	介绍Ensemblex，一种基于精度加权的集成遗传解复用框架，用于人口规模单细胞RNA测序样本池	整合四种不同算法以识别最可能的样本标签，提高高度复用实验中的准确性	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序样本池中个体遗传解复用的准确性	单细胞RNA测序样本池	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成框架（Ensemblex）	RNA测序数据	计算和实验池化样本
279	2025-07-07	Spatiotemporal liver dynamics shape hepatocellular heterogeneity and impact in vivo gene engineering 2025-Jul-03, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.06.018 PMID:40617259	研究论文	该研究通过克隆追踪、单细胞和空间转录组学技术，探索了小鼠肝脏生长过程中肝细胞异质性的演变及其对体内基因工程的影响	揭示了新生肝脏中克隆形成性肝细胞的空间定位及其在肝脏生长中的关键作用，并阐明了肝细胞异质性对慢病毒基因传递效率的影响	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索肝脏生长过程中肝细胞异质性的动态变化及其对基因治疗的影响	小鼠肝脏不同发育阶段的肝细胞	基因治疗	单基因疾病	克隆追踪、单细胞转录组学、空间转录组学、慢病毒基因转移、靶向基因编辑	NA	转录组数据	不同年龄阶段的小鼠肝脏样本
280	2025-07-07	Single-cell RNA Sequencing Reveals the Role of Heat Shock Protein 90AA1 in Müller Cell Proliferation via the Necroptosis/MAPK Pathway in Diabetic Retinopathy 2025-Jul-03, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110508 PMID:40617280	研究论文	本研究探讨了热休克蛋白90AA1（HSP90AA1）在糖尿病视网膜病变（DR）中Müller细胞增殖中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了HSP90AA1在糖尿病视网膜病变中通过坏死性凋亡/MAPK通路调控Müller细胞增殖的机制	样本量较小（4名糖尿病患者和2名非糖尿病患者）	阐明糖尿病视网膜病变的细胞和分子机制	Müller细胞	生物医学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4名糖尿病患者和2名非糖尿病患者的视网膜样本