单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 28126 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-05-22 |
Single-cell analyses unravel ecosystem dynamics and intercellular crosstalk during gallbladder cancer malignant transformation
2025-Jun-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000697
PMID:40377484
|
research paper | 该研究通过单细胞RNA测序分析了胆囊癌恶性转化过程中的细胞生态系统动态和细胞间通讯 | 揭示了胆囊癌恶性转化过程中免疫微环境的变化，并鉴定了与预后不良相关的上皮亚型TOP2A+ Epi和免疫抑制性巨噬细胞TOP2A+ Macro | 样本量相对较小，仅包括2个正常邻近组织、2个高级别上皮内瘤变和6个胆囊癌样本 | 理解胆囊癌恶性转化过程中的细胞和分子变化，以识别早期生物标志物和治疗靶点 | 胆囊癌患者的正常邻近组织、高级别上皮内瘤变组织和胆囊癌组织 | digital pathology | gallbladder cancer | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq、多重免疫荧光染色 | 10种机器学习方法 | RNA测序数据、图像数据 | 98,113个细胞，来自2个正常邻近组织、2个高级别上皮内瘤变和6个胆囊癌样本 |
| 262 | 2025-05-22 |
Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf063
PMID:40391086
|
研究论文 | 介绍了一个名为immunopipe的综合灵活的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)数据分析流程 | 提供了命令行工具和用户友好的网页界面，支持无编程经验的研究者进行数据分析和监控 | 未提及具体的技术验证或性能比较数据 | 增强对T细胞介导的免疫和免疫治疗的理解 | 单细胞RNA测序和T细胞受体测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scTCR-seq | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 263 | 2025-05-22 |
Isolation of Mouse Bone Marrow Niche Cells for Single-Cell Sequencing
2025-May-22, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2025_630
PMID:40397275
|
研究论文 | 描述了从小鼠股骨和胫骨中分离骨髓微环境细胞用于单细胞RNA测序的方法 | 利用荧光激活细胞分选技术确保高活性和高纯度的骨髓微环境细胞分离 | NA | 研究骨髓微环境中的细胞群体 | 小鼠骨髓微环境细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序, 荧光激活细胞分选 | NA | RNA序列数据 | 小鼠股骨和胫骨中的骨髓微环境细胞 |
| 264 | 2025-05-22 |
The Landscape of SPP1+ Macrophages Across Tissues and Diseases: A Comprehensive Review
2025-May-21, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13952
PMID:40395129
|
综述 | 本文全面综述了SPP1+巨噬细胞在不同组织和疾病中的分布及其功能 | 总结了SPP1+巨噬细胞在癌症和非癌症疾病中的功能异质性及其与微环境的相互作用 | 未提及具体的研究方法或数据来源的局限性 | 探讨SPP1+巨噬细胞在疾病进展中的作用及其潜在治疗靶点 | SPP1+巨噬细胞 | 免疫学 | 多种疾病（包括癌症和非癌症疾病） | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 265 | 2025-05-22 |
A Single-Cell Atlas-Inspired Hitchhiking Therapeutic Strategy for Acute Pancreatitis by Restricting ROS in Neutrophils
2025-May-21, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202502200
PMID:40395143
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了急性胰腺炎中中性粒细胞的亚群组成和极化过程，并开发了一种基于二氧化锰纳米反应器的靶向治疗策略 | 首次提供了急性胰腺炎中中性粒细胞的单细胞图谱，并创新性地提出了一种基于纳米反应器的靶向治疗策略，通过限制中性粒细胞中的ROS来治疗急性胰腺炎 | NA | 开发针对急性胰腺炎的个性化治疗方案 | 中性粒细胞在急性胰腺炎中的极化过程 | 纳米医学 | 急性胰腺炎 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 266 | 2025-05-22 |
Aging Compromises Terminal Differentiation Program of Cytotoxic Effector Lineage and Promotes Exhaustion in CD8+ T Cells Responding to Coronavirus Infection
2025-May-21, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70109
PMID:40396260
|
research paper | 该研究探讨了衰老如何影响病毒特异性T细胞在感染过程中的分化程序，特别是在冠状病毒感染模型中 | 揭示了衰老通过失调定义谱系的转录因子表达，损害了病毒特异性CD8 T细胞的终末分化并促进其耗竭 | 研究基于小鼠冠状病毒感染模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 研究衰老对病毒特异性T细胞分化程序的影响 | 老年小鼠中的CD8和CD4 T细胞 | 免疫学 | 冠状病毒感染 | bulk和单细胞转录组学 | 小鼠冠状病毒(MHV)感染模型 | 转录组数据 | 老年小鼠的CD8和CD4 T细胞 |
| 267 | 2025-05-22 |
Unraveling the cross-talk between a highly virulent PEDV strain and the host via single-cell transcriptomic analysis
2025-May-21, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00555-25
PMID:40396761
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示高毒力PEDV毒株与宿主之间的相互作用 | 首次使用单细胞测序技术分析PEDV感染后的宿主细胞组成、基因表达和细胞间通讯的变化，并发现PEDV可在B和T淋巴细胞中启动复制但无法产生感染性子代 | 研究仅针对一种流行的高毒力PEDV毒株，未涵盖其他毒株的相互作用 | 探究PEDV与宿主的相互作用机制，为设计靶向抗病毒干预措施提供依据 | 猪流行性腹泻病毒(PEDV)及其感染的仔猪空肠细胞 | 病毒学 | 猪流行性腹泻 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 19,612个空肠细胞（来自PEDV感染和对照仔猪） |
| 268 | 2025-05-22 |
Malvidin Alleviates Lipopolysaccharide-Induced Acute Lung Injury by Modulating JAK2/STAT3 Signaling to Inhibit Macrophage M1 Polarization and Oxidative Stress
2025-May-21, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c00077
PMID:40397040
|
研究论文 | 该研究探讨了锦葵色素（Malvidin）通过调节JAK2/STAT3信号通路抑制巨噬细胞M1极化和氧化应激，从而缓解脂多糖诱导的急性肺损伤的作用 | 首次揭示了锦葵色素在急性肺损伤中的保护作用及其通过JAK2/STAT3信号通路的作用机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果 | 评估锦葵色素对急性肺损伤的治疗效果并探究其作用机制 | 脂多糖诱导的急性肺损伤小鼠模型 | 生物医学 | 急性肺损伤 | 单细胞转录组学、药物靶点预测、RNA测序、分子对接和动力学模拟、Western blot | 小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据 | 未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和体外实验 |
| 269 | 2025-05-22 |
The Role of HbA1c in Parkinson's Disease: An Integrative Analysis by Single-Cell, Bulk Transcriptome and Mendelian Randomization
2025-May-21, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05063-5
PMID:40397357
|
research paper | 该研究通过单细胞、批量转录组和孟德尔随机化综合分析，探讨了HbA1c在帕金森病中的作用 | 首次将HbA1c与帕金森病预后关联，并通过多组学方法鉴定出5个潜在诊断靶点 | 研究依赖于公开数据库数据，可能存在样本选择偏差 | 探究HbA1c与帕金森病预后的因果关系及潜在诊断标志物 | 帕金森病患者和对照组的基因组和转录组数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | GWAS, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 孟德尔随机化 | 逆方差加权(IVW)方法, 机器学习 | 基因组数据, 转录组数据 | 223个独立SNPs, 625个基因, 842个差异表达基因 |
| 270 | 2025-05-22 |
Accurate Transcription Factor Activity Inference to Decipher Cell Identity from Single-Cell Transcriptomic Data with MetaTF
2025-May-21, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410745
PMID:40397381
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为metaTF的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，以更好地理解细胞身份和功能 | metaTF在估计转录因子活性方面优于现有方法，并在小鼠造血干细胞发育过程中展示了其在表征细胞身份方面的改进效果，同时还能更好地表征乳腺癌上皮细胞的功能身份，并识别出肿瘤免疫微环境中一种新型神经调节T细胞亚群 | NA | 通过推断转录因子活性来解密单细胞转录组数据中的细胞身份 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | metaTF | 基因表达数据 | NA |
| 271 | 2025-05-22 |
Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction
2025-May-20, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 该研究探讨了骨髓脂肪酸代谢如何激活邻近的造血干细胞，从而促进射血分数保留的心力衰竭（HFpEF）的发展 | 发现了HFpEF患者外周血造血干细胞增多的现象，并揭示了骨髓脂肪酸代谢通过影响巨噬细胞线粒体代谢和Vcam1表达来促进HFpEF的机制 | 研究主要基于动物模型，人类样本验证仍需进一步扩大 | 探究HFpEF发病机制中免疫系统和代谢异常的作用 | HFpEF患者样本和动物模型 | 心血管疾病研究 | 心力衰竭 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、碳标记 | 高脂饮食和高血压诱导的HFpEF小鼠模型 | 基因表达数据、代谢组数据 | 患者样本和动物模型（具体数量未明确说明） |
| 272 | 2025-05-22 |
OrthologAL: A Shiny application for quality- aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data
2025-May-20, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311
PMID:40392208
|
研究论文 | 介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据质量感知地转换为人类同源基因数据 | 开发了OrthologAL工具，能够高效地将非人类物种的单细胞或空间转录组数据转换为人类同源基因数据，并保留原始数据的维度结构 | 未提及具体的性能比较或转换准确率的量化评估 | 促进非人类转录组数据的人类同源基因转换，并将药物转录组数据库应用于临床前研究模型 | 单细胞、单核和空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型 | 生物信息学 | 髓母细胞瘤、脊髓损伤 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | Shiny应用程序 | 基因表达数据 | 使用了来自公共数据库的多组数据集，包括GSE129730、E-MTAB-11720、GSE213240和GSE234774 |
| 273 | 2025-05-22 |
Single cell transcription revealing key transcription factors in embryonic kidney development
2025-May-20, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05307-x
PMID:40392427
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示胚胎肾脏发育过程中的关键转录因子 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了肾祖细胞中的不同亚群及其转录景观，并识别了关键转录因子 | 需要进一步研究以验证这些发现及其治疗潜力 | 探索肾脏发育的分子机制 | 肾祖细胞及其分化为肾小管上皮细胞和足细胞的过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 274 | 2025-05-22 |
IL-1β Signaling modulates T follicular helper and regulatory cells in human lymphoid tissues
2025-May-20, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.188724
PMID:40392614
|
研究论文 | 该研究探讨了IL-1β信号在人类淋巴组织中如何调节滤泡辅助性T细胞（Tfh）和滤泡调节性T细胞（Tfr）的平衡 | 揭示了IL-1β通过IL-1R1和IL-1R2受体在人类淋巴组织中调节Tfh和Tfr细胞活化的新机制，并发现IL-1β信号与自身免疫疾病中自身抗体产生的关联 | 研究主要基于体外实验和有限的组织样本，未涉及大规模临床试验验证 | 阐明IL-1β信号在人类淋巴组织中对Tfh和Tfr细胞平衡的调节作用及其与自身免疫疾病的关联 | 人类次级淋巴器官（扁桃体、脾脏和肠系膜淋巴结）中的Tfh和Tfr细胞 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | 流式细胞术、单细胞转录组学、体外培养 | NA | 细胞表型数据、基因表达数据 | 人类次级淋巴器官样本及自身免疫患者样本 |
| 275 | 2025-05-22 |
Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human Bronchoalveolar Lavage Cells by scRNA-Sequencing
2025-May-20, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA
PMID:40392631
|
研究论文 | 比较基于液滴和微孔的方法在分析冷冻保存的人类支气管肺泡灌洗细胞单细胞RNA测序中的应用 | 首次比较了两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法在人类支气管肺泡灌洗液细胞中的应用，特别关注了不同细胞类型的转录本和基因数量差异 | 仅使用了四个BALF样本，样本量较小 | 解决使用新鲜材料进行单细胞RNA测序的物流挑战，特别是在人类样本中 | 人类支气管肺泡灌洗液(BALF)细胞 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq, SCENIC | NA | RNA测序数据 | 4个BALF样本 |
| 276 | 2025-05-22 |
Spatial transcriptomics advances the use of canine patients in cancer research: analysis of osteosarcoma-bearing pet dogs enrolled in a clinical trial
2025-May-20, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0687
PMID:40392977
|
研究论文 | 本文首次应用GeoMx Canine Cancer Atlas技术对参与骨肉瘤临床试验的犬类患者的预后相关样本进行分析 | 首次将空间转录组学技术应用于犬类骨肉瘤样本，并与人类骨肉瘤研究结果进行对比 | 样本量较小（每组8例），且仅针对犬类样本 | 探索犬类骨肉瘤模型在人类癌症研究中的应用价值 | 参与骨肉瘤临床试验的犬类患者样本 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 空间转录组学（GeoMx Digital Spatial Profiler） | NA | 组织微阵列（TMA） | 16例犬类骨肉瘤样本（高DFI组8例，低DFI组8例） |
| 277 | 2025-05-22 |
Asperosaponin VI Promotes Osteoporotic Fracture Healing by Targeting Piezo1 to Enhance the Coupling of LEPR+ BMSCs and PODXL+ ECs
2025-May-20, Phytotherapy research : PTR
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/ptr.8523
PMID:40393465
|
研究论文 | 本研究探讨了Asperosaponin VI (ASP)通过靶向Piezo1增强LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，从而促进骨质疏松性骨折愈合的机制 | 首次揭示了ASP通过激活Piezo1/ERK1/2/YAP/VEGF信号通路促进LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，为骨质疏松性骨折治疗提供了新的治疗策略 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验验证 | 阐明骨质疏松性骨折的分子发病机制并提出新的治疗方案 | LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs | 骨生物学 | 骨质疏松性骨折 | 单细胞RNA测序、分子对接、CETSA、DARTS、三维培养、划痕愈合实验、管形成实验、Western blotting、免疫荧光染色、流式细胞术 | OVX模型结合股骨骨折 | RNA测序数据、蛋白质表达数据 | NA |
| 278 | 2025-05-22 |
A dynamic and multimodal framework to define microglial states
2025-May-20, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01978-3
PMID:40394327
|
research paper | 提出一个动态多模态框架来定义小胶质细胞状态，挑战现有离散分类范式 | 提出小胶质细胞连续状态模型，强调其动态特性而非离散分类 | 未明确说明具体实验验证方法或数据来源 | 建立更准确的小胶质细胞状态分类框架 | 中枢神经系统中的小胶质细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 连续状态模型 | 基因表达数据 | NA |
| 279 | 2025-05-22 |
Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveal Tumor Cell Characteristics and Communication Features of Primary and Lymphatic Metastatic Hypopharyngeal Squamous Cell Carcinoma
2025-May-20, Head & neck
DOI:10.1002/hed.28195
PMID:40395022
|
研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序揭示原发性及淋巴转移性下咽鳞状细胞癌的肿瘤细胞特征及细胞间通讯特征 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了配体-受体对模型以预测HPSCC患者的预后，并揭示了LNM恶性上皮细胞的基因表达特征及细胞通讯差异 | 研究样本量有限，未进行功能实验验证发现的生物标志物和机制 | 识别HPSCC淋巴转移的关键驱动因素和潜在治疗靶点，以早期检测高风险患者并指导个性化治疗策略 | 原发性及淋巴转移性下咽鳞状细胞癌的恶性上皮细胞 | 数字病理学 | 下咽鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 配体-受体对模型 | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，但包括训练、测试和全部队列 |
| 280 | 2025-05-22 |
Spatiotemporal single-cell analysis elucidates the cellular and molecular dynamics of human cornea aging
2025-May-19, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01475-z
PMID:40390022
|
研究论文 | 通过单细胞时空分析揭示人类角膜衰老的细胞和分子动态 | 首次构建了人类角膜的全面时空图谱，揭示了角膜衰老过程中的细胞迁移新模式和区域特异性分子特征 | 样本量相对较小（8个供体），年龄跨度为33-88岁 | 阐明人类角膜衰老过程中的细胞和分子动态 | 人类角膜组织 | 单细胞组学 | 眼科疾病 | scRNA-seq, scStereo-seq, 免疫荧光染色, Western blotting | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 8个供体的角膜组织（年龄33-88岁） |