单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-06-06	Intrinsic immunosuppressive features of monocytes suppress CAR-T19 through IL-1 pathway modulation in mantle cell lymphoma 2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.200985 PMID:40458688	research paper	该研究揭示了单核细胞通过IL-1通路调节抑制CAR-T19在套细胞淋巴瘤中的内在免疫抑制特征	发现IL-1受体拮抗剂（IL-1ra）作为M2样巨噬细胞来源的CAR-T19抑制介质，并证实其可作为增强CAR-T19疗效的潜在靶点	研究主要基于临床前模型和ZUMA-2试验的临床样本，需要进一步在更大规模的临床试验中验证	探究CAR-T19在套细胞淋巴瘤中失效的机制，并寻找增强其疗效的方法	套细胞淋巴瘤患者和临床前模型中的CAR-T19细胞、巨噬细胞和肿瘤细胞	免疫治疗	套细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	临床前模型	基因表达数据、临床样本数据	ZUMA-2试验的临床样本及临床前模型数据
262	2025-06-06	Novel insights in the regulation of intercalated cell differentiation 2025-Jun-05, Current opinion in nephrology and hypertension IF:2.2Q2 DOI:10.1097/MNH.0000000000001095 PMID:40466010	review	本文综述了肾脏间质细胞在调节体内酸碱平衡中的关键作用，并探讨了Foxp1及其下游转录因子Dmrt2和Hmx2在间质细胞分化中的重要性	发现了Foxp1及其下游转录因子Dmrt2和Hmx2在间质细胞分化中的新作用，并结合单细胞测序技术揭示了过渡细胞的存在	综述性文章，未涉及具体实验验证	探讨间质细胞分化的分子调控机制及其在酸碱平衡中的作用	肾脏间质细胞及其分化过程	分子生物学	代谢性酸中毒或碱中毒	单细胞测序	NA	NA	NA
263	2025-06-06	scGANSL: Graph Attention Network with Subspace Learning for scRNA-seq Data Clustering 2025-Jun-05, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.5c00731 PMID:40468846	研究论文	本文提出了一种名为scGANSL的新型聚类方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类分析	结合了多视图共享图自编码器和自监督图注意力自编码器，引入了局部学习和自表达策略以保持数据的局部和全局结构	未明确提及具体局限性	提高scRNA-seq数据聚类的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	GAT（图注意力网络）与自编码器结合	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（未明确具体数量）
264	2025-06-06	Real-Time Evolutionary Landscape of the Bronchial Epithelium and Corresponding Dynamic Immune Cell Alterations in Lung Squamous Cell Carcinogenesis 2025-Jun-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413256 PMID:40470646	研究论文	该研究通过建立大鼠模型，利用单细胞转录组测序技术揭示了肺鳞状细胞癌发生过程中支气管上皮细胞的实时进化轨迹及相应的免疫细胞动态变化	首次描绘了从正常上皮到浸润性鳞癌的全阶段单细胞转录组进化图谱，揭示了癌前病变阶段就已出现高频CNV事件和免疫感知现象	研究基于大鼠模型，与人类LUSC的病理过程可能存在差异	阐明肺鳞癌发生过程中肿瘤细胞与微环境的共进化机制	烟草致癌物诱导的大鼠支气管上皮细胞癌变过程	肿瘤进化	肺鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	大鼠致癌模型	单细胞RNA测序数据	涵盖正常、增生、化生、异型增生、原位癌到浸润癌的多阶段样本
265	2025-06-06	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Profiling of Penile Squamous Cell Carcinoma Reveals Dynamics of Tumor Differentiation and Immune Microenvironment 2025-Jun-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500216 PMID:40470730	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析揭示阴茎鳞状细胞癌的肿瘤分化和免疫微环境动态	首次使用单核RNA测序和高分辨率空间转录组技术全面研究PSCC的发展轨迹和肿瘤微环境，发现了一种新的空间亚型Tum_1及其在肿瘤侵袭中的作用	研究样本可能有限，且主要关注PSCC，对其他类型鳞状细胞癌的普适性有待验证	探究阴茎鳞状细胞癌的肿瘤分化动态和免疫微环境特征	阴茎鳞状细胞癌(PSCC)组织	数字病理学	阴茎癌	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	未明确说明样本数量，但包括PSCC患者组织样本
266	2025-06-06	Sustained macrophage reprogramming is required for CD8+ T cell-dependent long-term tumor eradication 2025-Jun-05, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0797 PMID:40471151	研究论文	研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤消退中的作用及其分子机制，发现通过TLR3和CD40激动剂组合（MCT）可原位重编程TAMs，促进CD8+ T细胞激活和长期肿瘤消退	揭示了TAMs在肿瘤消退中的瞬时重编程特性，并提出通过重复MCT给药可维持其抗肿瘤表型	研究基于小鼠乳腺癌模型，尚未在人类临床中验证	探究TAMs在抗肿瘤免疫中的功能状态及分子机制	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	原位小鼠乳腺癌模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及不同肿瘤阶段和MCT处理后的TAMs
267	2025-06-06	BMP5 signalling in beta cells and the impact on insulin secretion in the context of type 2 diabetes 2025-Jun-05, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06457-9 PMID:40471239	研究论文	研究BMP5信号在β细胞中的作用及其对2型糖尿病胰岛素分泌的影响	首次揭示BMP5在β细胞中的功能及其在2型糖尿病中的调控作用	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要进一步体内实验验证	探索BMP5信号通路在β细胞功能和2型糖尿病中的作用	人类胰岛β细胞和EndoC-βH1细胞	分子生物学	2型糖尿病	scRNA-seq, 基因表达分析, 线粒体呼吸测定, 葡萄糖刺激胰岛素分泌测试	NA	基因表达数据, 生理功能数据	来自有无2型糖尿病捐赠者的人类胰岛细胞
268	2025-06-06	NF-κB p65 mediated lnc-Traf3ip2 exacerbates renal fibrosis in diabetic kidney disease 2025-Jun-05, Acta diabetologica IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s00592-025-02515-1 PMID:40471299	研究论文	本研究探讨了NF-κB p65介导的长链非编码RNA lnc-Traf3ip2在糖尿病肾病(DKD)肾纤维化中的作用	首次揭示了lnc-Traf3ip2作为NF-κB p65调控的促纤维化因子在DKD中的作用机制	样本量相对较小(小鼠n=35，患者n=40)，且未进行临床干预试验	探究lnc-Traf3ip2在糖尿病肾病肾纤维化中的分子机制	糖尿病肾病患者的血浆样本(n=40)和db/db糖尿病肾病小鼠模型(n=35)	分子生物学	糖尿病肾病	scRNA-seq, RNA-seq, qRT-PCR, western blot, 免疫荧光, 双荧光素酶报告基因检测, ChIP	db/db小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据	患者血浆样本40例，糖尿病肾病小鼠35只，对照小鼠3只
269	2025-06-06	Mechanisms and therapeutic potential of epithelial-immune crosstalk in airway inflammation 2025-Jun-04, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2025.2514604 PMID:40452271	review	本文讨论了上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力	总结了单细胞测序技术的新发现以及单克隆抗体靶向治疗的最新进展	气道炎症的复杂病理生理机制尚未完全阐明	探讨上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力	慢性鼻窦炎(CRS)、过敏性鼻炎(AR)、哮喘、囊性纤维化(CF)和慢性阻塞性肺病(COPD)等慢性气道炎症疾病	NA	气道炎症疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
270	2025-06-06	DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue 2025-Jun-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133 PMID:40465796	研究论文	本文介绍了一种名为DeepDeconUQ的深度神经网络模型，用于基于批量RNA-seq数据估计恶性细胞比例的预测区间	DeepDeconUQ通过整合不确定性量化，改进了现有恶性细胞比例估计方法，并利用单细胞RNA测序数据和符合性分位数回归生成可靠的预测区间	NA	提高癌症诊断、预后和治疗决策中恶性细胞比例估计的准确性	恶性细胞比例	生物信息学	癌症	scRNA-seq, RNA-seq	深度神经网络	RNA-seq数据	模拟和真实癌症数据集
271	2025-06-06	The spatial and temporal activation of macrophages during fibrosis 2025-Jun-04, Nature reviews. Immunology DOI:10.1038/s41577-025-01186-x PMID:40467841	综述	本文探讨了巨噬细胞在纤维化过程中的时空激活机制及其在组织修复中的作用	整合了单细胞转录组学研究，揭示了健康和纤维化微环境中巨噬细胞的异质性及其与成纤维细胞的协同作用	未提及具体的实验验证或临床数据支持	理解巨噬细胞在纤维化过程中的时空调控机制	巨噬细胞在纤维化过程中的作用	生物医学	纤维化疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	人类和小鼠组织
272	2025-06-06	Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome 2025-Jun-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09071-2 PMID:40468066	research paper	该研究探讨了Y染色体缺失（LOY）在癌症和T细胞中的并发缺失对预后的影响	首次通过全面的人类和小鼠肿瘤数据分析，揭示了LOY在恶性上皮细胞、肿瘤基质细胞和免疫细胞中的存在及其与PBMCs中LOY的关联，并发现LOY在T细胞中诱导免疫抑制转录组特征	研究主要基于RNA测序数据，可能未涵盖所有LOY相关的分子机制	探究LOY在PBMCs、免疫细胞和癌细胞之间的关系及其对癌症死亡率的影响	29种人类肿瘤类型的bulk和单细胞RNA测序数据，以及自体和同基因小鼠模型	癌症研究	上皮癌	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	29种人类肿瘤类型的数据及小鼠模型
273	2025-06-06	CD163+ macrophages drive rapid pulmonary fibrosis via osteopontin secretion 2025-Jun-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114976 PMID:40466617	research paper	该研究揭示了CD163+巨噬细胞通过分泌骨桥蛋白（OPN）在快速肺纤维化（RPF）中的促纤维化作用	首次发现CD163+巨噬细胞-OPN轴在RPF中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究主要基于COVID-19相关RPF患者和小鼠模型，结果在其他类型的RPF中的普适性有待验证	阐明CD163+巨噬细胞在快速肺纤维化中的作用机制	COVID-19相关RPF患者和小鼠模型	免疫学	肺纤维化	scRNA-seq, snRNA-seq	LPS三击诱导的小鼠RPF模型	RNA测序数据	COVID-19相关RPF患者样本和小鼠模型
274	2025-06-06	Efficacy and safety of adjuvant TTFields plus pembrolizumab and temozolomide in newly diagnosed glioblastoma: A phase 2 study 2025-Jun-03, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2025.100708 PMID:40466642	研究论文	评估TTFields联合pembrolizumab和temozolomide在新诊断胶质母细胞瘤中的疗效和安全性的2期研究	首次展示了TTFields与免疫检查点抑制剂（ICIs）在胶质母细胞瘤中的协同作用，特别是通过激活T1IFN通路促进原位免疫	样本量较小（31名患者），且为单臂2期研究，缺乏随机对照	评估TTFields联合pembrolizumab和temozolomide在新诊断胶质母细胞瘤患者中的疗效和安全性	新诊断的胶质母细胞瘤患者	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学和T细胞克隆分型	NA	临床数据和分子生物学数据	31名新诊断的胶质母细胞瘤患者
275	2025-06-06	Tissue-Resident CD8+ T Cells as Mediators of Protective Immunity in Breast Milk Transmission of Human Cytomegalovirus 2025-Jun-02, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae618 PMID:39661655	研究论文	探讨母乳中CD8+组织驻留记忆T细胞在预防人类巨细胞病毒通过母乳传播给婴儿中的保护作用	首次描述了母乳中存在组织驻留记忆T细胞，并发现这些细胞在未传播病毒的母亲中频率更高，且与病毒载量呈负相关	样本量较小，未明确CD8+ Trm的具体保护机制	研究母乳中T细胞在预防HCMV母婴传播中的作用	母乳中的记忆T细胞群体	免疫学	人类巨细胞病毒感染	scRNA-seq分析	NA	细胞频率数据、病毒载量数据	传播者和未传播者母亲的母乳样本
276	2025-06-06	Therapeutic B cell depletion identifies immunoregulatory networks 2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI189442 PMID:40454471	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术研究了B细胞耗竭在多发性硬化症中的免疫调节作用	揭示了B细胞耗竭对免疫反应的全面影响，包括抗炎性脑脊液巨噬细胞的增加和外周CD16+单核细胞TNF-α表达的升高	NA	探索B细胞耗竭在多发性硬化症中的免疫调节机制及潜在治疗策略	多发性硬化症患者及免疫细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	NA
277	2025-06-06	Divergent combinations of enhancers encode spatial gene expression 2025-Jun-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60482-1 PMID:40456823	research paper	该研究构建了一个名为eSpatial的计算框架，用于解析增强子在空间上对基因表达的调控	提出了'空间增强子编码'概念，揭示了增强子组合如何动态塑造不同生物环境中的基因表达	NA	解析空间基因表达模式如何由增强子调控	小鼠胚胎和大脑，人类黑色素瘤和乳腺癌	computational biology	melanoma, breast cancer	spatial transcriptomics, epigenomics, CRISPR/Cas9	eSpatial	spatial gene expression data, chromatin accessibility data	multiple datasets including mouse embryo and brain, human melanoma and breast cancer
278	2025-06-06	SC2Spa: a deep learning based approach to map transcriptome to spatial origins at cellular resolution 2025-Jun-02, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06173-6 PMID:40457183	研究论文	提出了一种基于深度学习的SC2Spa方法，用于将转录组数据映射到细胞分辨率的空间位置	SC2Spa能够从空间转录组数据中学习复杂的空间关系，优于其他预测方法，并能识别空间可变基因	NA	提高细胞在组织中空间位置的映射准确性	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	数字病理	NA	空间转录组学(ST)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	深度学习	转录组数据	NA
279	2025-06-06	Multi-omics unveils BCAA metabolism markers L-leucine and HMGCS1 as prognostic marker for immunotherapy efficacy in non-small cell lung cancer 2025-Jun-02, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03277-8 PMID:40457349	research paper	该研究通过多组学方法揭示了BCAA代谢标记物L-亮氨酸和HMGCS1作为非小细胞肺癌免疫治疗效果的预后标志物	首次将BCAA代谢标记物与免疫治疗预后关联，并验证HMGCS1在肿瘤进展和免疫应答中的关键作用	样本量相对有限，特别是空间转录组学样本较少（n=2和6）	寻找能增强非小细胞肺癌免疫治疗预后评估的生物标志物	非小细胞肺癌患者、黑色素瘤患者、泛癌种ICI队列	digital pathology	lung cancer	UPLC-MS/MS, mIF, scRNA-seq, 空间转录组学, IHC	预后风险模型	代谢组数据、转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	NSCLC患者血浆样本n=94和40，淋巴细胞亚群检测n=72，NSCLC数据集n=274/176/196，验证队列n=16/27/24/339，黑色素瘤n=25，泛癌种n=330/81，mIF队列n=21，scRNA-seq样本n=8/21，空间转录组n=2/6/10，DLBCL IHC样本n=39
280	2025-06-06	Tumor-associated Schwann cells promote salivary adenoid cystic carcinoma stem-like reprogramming via IGF2/IGF1R induced histone H3 lysine 18 lactylation 2025-Jun-02, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217847 PMID:40466903	研究论文	研究探讨了唾液腺腺样囊性癌（SACC）中肿瘤相关雪旺细胞（TA-SCs）通过IGF2/IGF1R诱导的组蛋白H3赖氨酸18乳酰化促进肿瘤干细胞样重编程的机制	首次揭示了TA-SCs通过IGF2/IGF1R-H3K18la轴在SACC进展和干细胞样重编程中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明TA-SCs在SACC肿瘤微环境中的功能及其分子机制	唾液腺腺样囊性癌（SACC）及其肿瘤微环境中的雪旺细胞	肿瘤生物学	唾液腺腺样囊性癌	组织透明化三维成像、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、影像数据	NA