单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-07-20	Identification and validation of cancer-associated fibroblast-related subtypes and the prognosis model of biochemical recurrence in prostate cancer based on single-cell and bulk RNA sequencing 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05011-7 PMID:37369799	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，识别并验证了前列腺癌中与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的亚型，并建立了一个与生化复发（BCR）相关的CAF特征模型，用于预测前列腺癌患者的预后	利用非负矩阵分解（NMF）聚类识别了两种与CAFs相关的前列腺癌亚型，并构建了一个新的BCR相关CAF特征模型，该模型能够独立预测前列腺癌患者的生化复发风险和免疫治疗反应	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本选择和数据处理方法的限制，且未在独立队列中进行外部验证	研究前列腺癌中CAFs的特征，并开发一个预测前列腺癌患者预后的BCR相关CAF特征模型	前列腺癌患者及其肿瘤和癌旁组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NMF聚类，Lasso回归分析，COX回归分析	RNA测序数据，临床数据	来自TCGA和GEO数据库的前列腺癌患者数据，包括四对肿瘤和癌旁组织的scRNA-seq数据
262	2025-07-20	Identification a unique disulfidptosis classification regarding prognosis and immune landscapes in thyroid carcinoma and providing therapeutic strategies 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05006-4 PMID:37347261	研究论文	本研究探讨了二硫键凋亡与甲状腺癌预后的关联，并基于二硫键凋亡基因开发了一个预后指数	首次将二硫键凋亡与甲状腺癌预后联系起来，并开发了新的分类系统和预后模型	二硫键凋亡的机制和功能仍不完全清楚，研究主要基于生物信息学分析	研究二硫键凋亡与甲状腺癌预后的关联，并开发预后预测模型	甲状腺癌患者	数字病理学	甲状腺癌	基因表达分析、单细胞转录组测序	NMF、Enet模型、列线图模型	基因表达数据、体细胞突变信息、拷贝数变异数据、临床数据	来自TCGA数据库的甲状腺癌患者数据和GEO数据库的GSE184362单细胞转录组数据
263	2025-07-20	Lung tumor-infiltrating Treg have divergent transcriptional profiles and function linked to checkpoint blockade response 2023-09-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adg1487 PMID:37713507	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了调节性T细胞在非小细胞肺癌中对免疫检查点阻断治疗反应的调控作用	发现了调节性T细胞在肿瘤微环境中存在多种转录亚群，其中OX40GITR亚群与PD-1阻断治疗抵抗相关，并首次报道了TAA特异性T细胞在肿瘤内会发展为T1样表型	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类样本的临床验证仍需进一步研究	阐明调节性T细胞在免疫检查点阻断治疗反应中的作用机制	非小细胞肺癌患者的肿瘤浸润T细胞和小鼠肿瘤模型中的TAA特异性T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、T细胞受体测序(TCRseq)	NA	单细胞转录组数据	超过73,000个肿瘤浸润T细胞样本(来自抗PD-1治疗和未治疗的NSCLC患者)
264	2025-07-20	A unified pipeline for FISH spatial transcriptomics 2023-Sep-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100384 PMID:37719153	研究论文	本文介绍了一个名为PIPEFISH的半自动化和通用化流程，用于处理基于荧光原位杂交(FISH)的空间转录组学数据	扩展并改进了starfish库，创建了一个标准化且通用的分析流程PIPEFISH，解决了当前空间转录组学数据分析工具缺乏标准化的问题	流程是半自动化的，可能需要一定的人工干预	开发一个标准化的分析流程来处理FISH空间转录组学数据	FISH空间转录组学数据	数字病理学	NA	MERFISH, seqFISH, 靶向测序(ISS)	NA	图像	三个真实数据集
265	2025-07-20	An ovarian phenotype of alpha 7 nicotinic receptor knockout mice 2023-09-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-23-0123 PMID:37432973	research paper	本研究探讨了α7烟碱型乙酰胆碱受体（nAChRa7）在小鼠卵巢中的表达及其对卵巢功能的调控作用	首次揭示了nAChRa7在卵巢中的表达及其对原始卵泡数量和卵巢基质细胞的调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究nAChRa7在卵巢功能中的潜在作用	成年Chrna7基因敲除（KO）小鼠和野生型（WT）小鼠的卵巢	分子生物学	NA	qPCR、原位杂交、单细胞测序、免疫组化、蛋白质组学分析	NA	分子数据、形态学数据	成年Chrna7敲除小鼠和野生型小鼠（3个月大，动情间期）
266	2025-07-20	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04965-y PMID:37296316	research paper	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，基于NK细胞标记基因构建了一个预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应的模型	首次结合单细胞测序和转录组数据分析NK细胞标记基因，构建了一个新的预后模型，并验证了其在预测免疫治疗反应中的有效性	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏差，且未进行前瞻性临床验证	开发一个基于NK细胞标记基因的模型，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	肝细胞癌患者	digital pathology	hepatocellular carcinoma	single-cell RNA-sequencing, bulk RNA-sequencing	COX regression model	RNA-seq data	TCGA、GEO和ICGC数据库中的肝细胞癌患者数据
267	2025-07-20	A pairwise immune gene model for predicting overall survival and stratifying subtypes of colon adenocarcinoma 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04957-y PMID:37316691	研究论文	本研究利用免疫相关基因对构建了一个预测结肠腺癌（COAD）患者总体生存和分层的模型	开发了一个基于三对免疫基因对的预后相关模型，并验证了其在风险分层和预测免疫治疗效果方面的有效性	模型仅基于有限的数据库（TCGA和GEO）数据，可能需要更多外部数据验证	评估COAD预后并开发新的风险分层方法，以更好地预测患者的免疫治疗效果	结肠腺癌（COAD）患者	生物信息学	结肠癌	单细胞RNA测序，生物信息学分析，lasso cox回归分析	基因对模型	基因表达谱，生存随访信息	来自TCGA和GEO（GSE14333和GSE39582）数据库的COAD患者数据
268	2025-07-20	AHR, a novel inhibitory immune checkpoint receptor, is a potential therapeutic target for chemoresistant glioblastoma 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04894-w PMID:37233762	研究论文	本研究旨在阐明MGMT启动子低甲基化胶质母细胞瘤患者对替莫唑胺耐药的机制，并探索潜在的治疗靶点和药物	发现AHR作为一种新型抑制性免疫检查点受体，可作为替莫唑胺耐药胶质母细胞瘤的治疗靶点，并验证了靶向AHR的草药成分七叶树种的显著治疗效果	研究为回顾性研究，需要进一步的前瞻性临床试验验证AHR靶向治疗的有效性	探索替莫唑胺耐药胶质母细胞瘤的治疗靶点和药物	MGMT启动子低甲基化胶质母细胞瘤患者	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	转录组测序、多组学数据分析、单细胞测序、多重免疫荧光染色	T细胞与肿瘤细胞共培养模型	测序数据、临床样本数据	457名胶质母细胞瘤患者的转录组测序数据
269	2025-07-20	Single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq reveal reliable diagnostic and prognostic biomarkers for CRC 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04882-0 PMID:37247080	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，筛选结直肠癌(CRC)的诊断和预后生物标志物	首次结合单细胞和批量RNA测序数据，筛选出CRC的诊断和预后生物标志物，并构建风险评分模型	未提及样本来源的具体限制或潜在的偏倚问题	探索结直肠癌发展过程中上皮细胞特异性基因的作用，并筛选可靠的诊断和预后生物标志物	结直肠癌(CRC)患者样本	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), LASSO-Cox回归	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据, 甲基化数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多个数据集(CRC scRNA-seq数据集、CRC meta数据集和外部验证数据集)
270	2025-07-20	A Bayesian multivariate mixture model for high throughput spatial transcriptomics 2023-09, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1111/biom.13727 PMID:35895854	研究论文	本文提出了一种基于贝叶斯多元混合模型的方法SPRUCE，用于高通量空间转录组学数据分析，以识别组织样本中的细胞亚群	SPRUCE模型结合了多元偏态正态分布和空间随机效应，能够在不依赖近似推理技术的情况下推断空间相关的混合成分成员概率	未明确提及具体局限性，但可能包括模型对数据质量和规模的敏感性	开发一种能够识别高通量空间转录组学数据中细胞亚群的统计模型	人类大脑和乳腺癌的高通量空间转录组学数据	生物信息学	乳腺癌	高通量空间转录组学(HST)	贝叶斯空间多元有限混合模型(SPRUCE)	基因表达数据	公开可用的人类大脑HST数据和人类乳腺癌HST数据
271	2025-07-20	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on T-cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04881-1 PMID:37244876	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，基于T细胞标记基因构建了一个预测膀胱癌预后和免疫治疗反应的签名	首次在膀胱癌中基于T细胞标记基因构建预后签名，并验证其预测免疫治疗反应的能力	研究依赖于公开数据库数据，缺乏独立的前瞻性队列验证	开发膀胱癌预后预测模型并评估其预测免疫治疗反应的能力	膀胱癌患者	生物信息学	膀胱癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	预后签名模型	基因表达数据	TCGA数据库和GEO数据库中的膀胱癌患者样本
272	2025-07-20	CD4-/CD8- double-negative tumor-infiltrating lymphocytes expanded from solid tumor tissue suppress the proliferation of tumor cells in an MHC-independent way 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04823-x PMID:37165118	研究论文	本研究探讨了从实体瘤组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性及其对肿瘤细胞增殖的抑制作用	首次详细描述了DN-TILs的表型、功能及其MHC非依赖性的抗肿瘤活性	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未进行临床试验	研究DN-TILs的特性和功能，探索其作为实体瘤治疗新方法的潜力	从胃癌组织中分离的DN-TILs	肿瘤免疫学	胃癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、异种移植模型	NA	细胞表型数据、基因表达数据	从胃癌组织分离的DN-TILs，单细胞RNA测序分析了7028个细胞
273	2025-07-20	The HDAC inhibitor domatinostat induces type I interferon α in Merkel cell carcinoma by HES1 repression 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04733-y PMID:37071208	research paper	该研究探讨了HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1诱导I型干扰素α在默克尔细胞癌中的抗肿瘤作用	揭示了domatinostat通过抑制HES1表达诱导IFNα的新机制，为默克尔细胞癌的治疗提供了新的理论依据	研究仅针对有限的细胞系进行，未涉及体内实验或临床试验	探究HDAC抑制剂domatinostat在默克尔细胞癌中的抗肿瘤机制	默克尔细胞癌细胞系（WaGa, MKL-1, UM-MCC 34）和原代成纤维细胞	肿瘤学	默克尔细胞癌	RT-qPCR, 流式细胞术, RNA干扰	NA	mRNA表达数据, 蛋白质水平数据	三种默克尔细胞癌细胞系和原代成纤维细胞
274	2025-07-20	Generative modeling of single-cell gene expression for dose-dependent chemical perturbations 2023-Aug-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2023.100817 PMID:37602218	研究论文	本文介绍了一种基于变分自编码器（VAE）的深度生成学习模型scVIDR，用于预测单细胞基因表达在化学扰动下的剂量依赖性反应	提出了scVIDR模型，能够比现有模型更好地预测单剂量和多剂量下的细胞反应，并能够为单个细胞分配“伪剂量”值以评估其对化学扰动的敏感性	未明确提及模型在更广泛细胞类型或化学物质中的泛化能力	开发一种能够预测单细胞基因表达在化学扰动下剂量依赖性反应的模型	小鼠肝细胞、人类血细胞和癌细胞系	机器学习	NA	单细胞测序	VAE（变分自编码器）	基因表达数据	涉及小鼠肝细胞、人类血细胞和癌细胞系，但未明确样本数量
275	2025-07-20	Tff2 defines transit-amplifying pancreatic acinar progenitors that lack regenerative potential and are protective against Kras-driven carcinogenesis 2023-08-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.07.002 PMID:37541213	研究论文	本研究通过长期谱系追踪和单细胞RNA测序分析，定义了胰腺中由三叶因子2（Tff2）标记的过渡扩增祖细胞（TAP）群体，并探讨其在正常稳态和致癌过程中的作用	首次定义了一个新的胰腺过渡扩增祖细胞（TAP）群体，并揭示了其在抵抗Kras驱动的致癌过程中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类胰腺中得到验证	探讨胰腺中Tff2标记的祖细胞群体在稳态维持和肿瘤发生中的作用	胰腺腺泡细胞中的Tff2表达群体	分子生物学	胰腺癌	长期谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
276	2025-07-20	Integrative analysis of transcriptome dynamics during human craniofacial development identifies candidate disease genes 2023-08-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40363-1 PMID:37532691	研究论文	通过整合分析人类颅面发育过程中的转录组动态，识别潜在的疾病相关基因	结合bulk和单细胞RNA-seq数据，首次系统性地鉴定了239个在颅面发育过程中高表达的基因，并发现了539个可能与颅面疾病相关的基因	研究样本仅涵盖受孕后4-8周的颅面组织，未能覆盖整个发育过程	解析颅面疾病的分子机制并识别相关候选基因	人类颅面组织（受孕后4-8周）	基因组学	颅面畸形	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	多个受孕后4-8周的人类颅面组织样本（具体数量未明确说明）
277	2025-07-20	Sub-Cluster Identification through Semi-Supervised Optimization of Rare-Cell Silhouettes (SCISSORS) in single-cell RNA-sequencing 2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad449 PMID:37498558	research paper	提出了一种名为SCISSORS的半监督优化框架，用于在单细胞RNA测序数据中识别稀有细胞类型的子簇	SCISSORS通过轮廓评分和多步骤半监督重新聚类过程，准确分析广泛簇中的子簇，特别针对稀有细胞类型的识别	未明确提及具体局限性，但稀有细胞识别可能受数据质量和初始聚类结果的影响	提高单细胞RNA测序数据中稀有细胞类型的识别准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞簇	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	半监督学习框架	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量
278	2025-07-20	Immunosuppressive role of SPP1-CD44 in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma assessed by single-cell RNA sequencing 2023-Aug, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04498-w PMID:36469154	研究论文	通过单细胞RNA测序评估SPP1-CD44在肝内胆管癌肿瘤微环境中的免疫抑制作用	揭示了SPP1-CD44在肝内胆管癌中的免疫抑制功能及其与T细胞增殖的负相关性	样本量较小（仅9名患者），且未进行实验验证	探究SPP1在肝内胆管癌中的生物学功能及其免疫抑制作用	肝内胆管癌患者的肿瘤组织和邻近肝组织	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	CellChat, CytoSig	转录组数据	9名患者的62,770个细胞
279	2025-07-20	Heterogeneity and Functional Analysis of Cardiac Fibroblasts in Heart Development 2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.30.551164 PMID:37577541	研究论文	本研究通过单细胞mRNA测序和生物信息学方法分析了心脏成纤维细胞的异质性及其在心脏发育中的功能	首次系统比较了心脏成纤维细胞的转录谱，揭示了其异质性，并通过条件性DTA系统消融技术明确了成纤维细胞在不同发育阶段的功能差异	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究心脏成纤维细胞的异质性及其在心脏发育过程中的功能	小鼠心脏成纤维细胞	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq, 单分子原位杂交, DTA系统	NA	基因表达数据	两个小鼠品系在18个发育阶段的成纤维细胞
280	2025-07-20	Loss of metabolic fitness drives tumor resistance after CAR-NK cell therapy and can be overcome by cytokine engineering 2023-07-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.add6997 PMID:37494448	研究论文	研究CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的代谢适应性丧失机制及通过细胞因子工程克服的方法	揭示了CAR-NK细胞在体内演化过程中的代谢适应性丧失是肿瘤抵抗的关键因素，并提出了通过IL-15工程化改造部分恢复代谢适应性的创新策略	研究主要基于临床前淋巴瘤模型和少量患者样本，需要更大规模的临床验证	探究CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制及改进策略	CAR-NK细胞及其与肿瘤的相互作用	细胞治疗	淋巴瘤	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	临床前淋巴瘤模型	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	临床前模型样本+2例患者样本(1例响应者+1例非响应者)